Integbio Database Catalog
Integbioデータベースカタログ
Japan Science and Technology Agency National Bioscience Database Center
独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種
organism
対象
target
データの種類
Information type
国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。 文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の取り組みの一環としてこれまで4省が独自にもっていた以下のデータベースのリストを集約し、4省にまたがるデータベースカタログを構築しました。2011年12月にベータ版を公開し、2012年10月には正規公開版サイトを公開しました。その後も4省が協力して継続的にデータベースの情報を収集し、カタログへの追加・更新を行っています。 - 生命科学系データベースカタログ - WINGpro - MEDALSデータベース便覧 - AgrIDのデータベース便覧 - 医薬基盤研究所のデータベースリスト
稼動中
その他
Others
いずれのカテゴリも該当しない
Not under any categories
論文/その他報告書/書誌
Journal article/Report/Bibliography
論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
- Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases
3DinSight
生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っています (例：自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など）。
休止
九州工業大学
蛋白質
Protein
蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
Sequences, structures, properties and functions of proteins
構造
Structure
生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules
5'SAGE
5'-end serial analysis of gene expression database
ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。 オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
タグ配列 (核酸)
Tag sequence (nucleic acid)
EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.)
遺伝子発現
Gene Expression
細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms
配列
Sequence
核酸配列及びアミノ酸配列
Amino acid and nucleotide sequence data
AAindex
Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials
アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。 AAindex1：アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース AAindex2：アミノ酸置換行列のデータベース AAindex3：アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索）
ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。
独立行政法人理化学研究所
遺伝子
Gene
遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
Sequences, properties and functions of genes
個体/種
Organism
個体/生物種の特徴や属性を対象
Features and properties of species/individuals of organisms
健康/疾患
Health/Disease
ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition
画像/動画
Image/Movie
研究や教育のための画像/動画
Visual materials of research or educational value
バイオリソース
Bioresource
DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms
Arch GeNet
Archaeal Gene Network
好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。
独立行政法人産業技術総合研究所
cDNA
cDNA配列/ライブラリーを対象
cDNA sequences and libraries
相互作用/パスウェイ
Interaction/Pathway
分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
- The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell
ARCHAIC
Archaebacterial Information Collection
古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。
ゲノム
Genome
ゲノムの全配列や構造を対象
Whole genome sequences or structures
ArkDB
家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロサテライト、SSCP等のマーカーを収録しており、核型および染色体情報が一覧できます。
The Roslin Institute （University of Edinburgh）
多型
Polymorphism
SNPなどの多型を対象
Genetic variations (SNP, etc.)
ArrayExpress
ArrayExpress Archive
遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。
European Bioinformatics Institute
RNA
RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
Sequences, structures, properties and functions of RNA
その他の生体分子
Other biomolecule
DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites)
ARTADE
ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons
シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。
Aspergillus oryzae EST DataBase
麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し、公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。
独立行政法人酒類総合研究所
Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺伝学、分子生物学、腫瘍学、血液学、病理学の臨床医や研究者による、研究者のために構築されています。
調査中
細胞
Cell
細胞の構造、属性、及び機能を対象
Structures, properties and functions of cells
BARLEY DB
岡山大学資源植物科学研究所で収集しているオオムギのバイオリソースや、オオムギゲノム解析（cDNA/EST）の情報を提供しています。Germplasmデータベースでは、オオムギ各品種のリソース情報と、種子や穂の写真が収録されています。Full-length cDNA and ESTデータベースでは、プロジェクト概要やクローン情報、ブラスト検索システムを提供しています。その他、ゲノムマップやオオムギ研究のプロトコル（日本語のみ）、バイオリソース価格表（日本語のみ）を閲覧できます。
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
BDGP
Berkeley Drosophila Genome Project
ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。
The Berkeley Drosophila Genome Project
その他のDNA
Other DNA
上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above
Biomolecules Gallery
生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。
BioTermNet
情報検索技術と情報抽出技術を用いて、概念ネットワークを自動的に描画するシステムです。このシステムでは、(1)概念の関係性が1件以上の文献アブストラクトに明確に記述されている、(2)それぞれの概念がMEDLINEアブストラクト中に共起している場合、に2つの概念が関連していると見なしています。
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
オントロジー/用語/学名/命名法
Ontology/Terminology/Nomenclature
統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
- The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms
Photographs of mutants in Bombyx mori
カイコの突然変異体の写真を集めた画像集です。変異遺伝子名をクリックするとカイコの画像が表示されます。
東京大学
脳画像データベース
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。
The Comprehensive Enzyme Information System (BRENDA)
酵素の機能と特性データを収集した総合的な酵素情報データベースです。データの大半は主要文献から手動で抽出したもので、酵素の機能、構造、生成反応、生物種、活性、実験手法、応用、変異体に関する情報を網羅しています。関連するパスウエイへのリンクや、テキストマイニングによる疾患情報も含まれています。
Technische Universitat Braunschweig
酵素
Enzyme
RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules
BSORF
Bacillus subtilis Genome Database
JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されています。
Cancer Chromosomes
ヒト、マウスのがん細胞株の核型解析結果、CGH解析結果、臨床情報等を提供するデータベースです。NCI/NCBIのSKY/M-FISH & CGH Database、NCIのMitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer、NCIのRecurrent Aberrations in Cancerの3つのデータベースを統合したシステムとなっています。身体の部位や診断名、染色体位置から検索できます。現在は廃止され、データはNCBI Database of Genomic Structural Variation (dbVar) URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar ( カタログ詳細ページ：http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00244) に移行しました。
運用終了
National Center for Biotechnology Information
CARD R-BASE
Center for Animal Resources and Development Database
熊本大学生命資源開発研究・支援センター動物資源開発研究部門(CARD)に保存されている遺伝子改変マウスの系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関する情報が記載されています。 また、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報も掲載しています。
熊本大学 生命資源研究・支援センター
CCDS
Consensus CDS
高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。
医用細胞資源センター
東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クローン抗体産生ハイブリドーマ細胞の新たな細胞株の樹立開発するとともに、貴重な細胞の収集に努め、細胞保存、供給、品質管理、データベース構築、インターネット公開を行っています。本ページでは、保有細胞のカタログが掲載されているほか、細胞供給依頼書や同意書などの書式も用意されています。
東北大学 加齢医学研究所
CGED
Cancer Gene Expression Database
癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝子発現データと臨床情報の関係は、モザイクプロットによりグラフィカルに表示されます。一般の分子生物学者にも利用しやすいように、一般的な遺伝子名による検索の他、 Gene Ontology TermやSwissProt functional annotationによる機能グループの検索が可能です。
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
CGH Data Base
Comparative Genomic Hybridization Database
種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。
東京医科歯科大学 難治疾患研究所
ChEBI
Chemical Entities of Biological Interest
生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情報源のデータを組み合わせ、冗長性を除いています。主な情報源はIntEnz(EBI)、KEGG COMPOUND、PDBeChem(EBI)、ChEMBL(EBI)です。 ChEBIオントロジー（化合物オントロジー）による分類情報と階層表示が特徴です。 全てのエントリーにはデータの信頼性を示す★印がついています； 3つ星：ChEBIチームが手作業で注釈付けを行ったもの。2つ星：ChEMBLチームまたはデータ提供者が手作業で注釈付けを行ったもの。1つ星：情報源から自動的に取得した仮エントリーで、手作業での注釈付けが行われていないもの。
薬剤/化学物質
Drug/Chemical
薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds
Chlamydomonas reinhardtii EST index
かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
かずさディー・エヌ・エー研究所
CIBEX
Center for Information Biology gene Expression database
CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGEDが提唱したMIAME互換標準フォーマットで記述されたデータを登録しています。
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
CluSTr
Clusters of SWISS-PROT and TrEMBL proteins database
UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。
系統発生/分類
Phylogeny/Classification
分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms
CORG
Comparative Regulatory Genomics
複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード領域を収集し、データベース化しました。保存領域はゲノムビューワで表示されます。
Max-Planck-Institut fur Entwicklungsbiologie
CSA
Catalytic Site Atlas
酵素の活性部位を集めたデータベースです。Protein Data Bank (PDB）番号やEC番号、Swiss-Prot番号で検索すると、目的の酵素の活性部位に関する情報と、配列上の活性残基の位置が表示されます。
CUTG
Codon Usage Database
各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。
CyanoBase
Genome database for Cyanobacteria
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、37種類のシアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。
CYORF
Cyanobacteria Gene Annotation Database
らん藻遺伝子に関する全世界の研究者の知識を集約した「コミュニティデータベース」です。らん藻の１種であるSynechocystis sp. PCC6803 の全ゲノム配列は1996年にかずさDNA研究所により決定され、その後、配列決定時には未知であった遺伝子機能が続々と解明されました。しかしながら、その情報は学術雑誌に出版され、PubMed データベースに登録されてはいても、配列データベースに全く反映されておらず、ゲノム解析やネットワーク解析に全く利用できない状況でした。そこで、らん藻遺伝子の機能アノテーションを目的としたデータベースを構築し、らん藻DNA チップコンソーシアムのメンバーを中心に我が国の多くのらん藻研究者と共同作業を行いました。Synechocystis ゲノム中に含まれるすべての遺伝子アノテーションを見直し、その1/3にあたる約1000の遺伝子について最新の情報をもとに再アノテーションを行いました。CYORF にはかずさが決定した他のらん藻ゲノムも含まれ、今後は米国などで決定されている多くのらん藻ゲノムも追加し、各らん藻の比較解析ができるようなシステムになっています。
D-HaploDB
Definitive Haplotype Database
全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。
九州大学 生体防御医学研究所
Database of Genomic Variants
A curated catalogue of structural variation in the human genome
ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけるコピー多型の全容を解明するプロジェクトを実施しました。その成果を本データベースで公開しています。プロジェクトの結果、約360Mbp、ヒトゲノムの12％以上という、従来考えられていたよりもはるかに広い領域にコピー数多型が見られ、これまで知られていたSNP に加えて新たな個人間のゲノムの多様性を生み出している可能性が示されました。様々な疾患、薬剤感受性に関連するものを含め約3000個の遺伝子が含まれており、いわゆる染色体異常をともなう先天性疾患だけではなく、生活習慣病、自己免疫疾患といったcommon disease（ありふれた病気）を含むヒト形質の個人差に広く寄与している可能性が示されました。
The Centre for Applied Genomics
Database of the RNAi phenotypes for the 168 genes analyzed
生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生殖細胞の形成過程には多くの研究にも関わらず、未知の点が多く残されています。私たちは逆遺伝学を用いて、生殖細胞形成に関わる遺伝子を効率よく検索するアプローチを試みています。 cDNAプロジェクトによって得られた約7500のcDNAのうちから、生殖腺 (gonad) に特異的に発現する遺伝子約300を同定しました。これらのうち168について、RNAi法と呼ばれる逆遺伝学の手法によって線虫でその遺伝子の機能を阻害し、どのような異常が出るかを調べました。この結果、生殖細胞形成に必要な15の遺伝子を同定しました。胚致死等、不妊以外の表現型が認められたものは26ありました。
PRINTS
タンパク質のフィンガープリントを提供しているサイトです。Accession番号やPRINTS code、配列情報などで検索することが可能です。立体構造へのリンクや生物種間の配列比較を行うためのマルチプルアラインメントを閲覧することができます。
The university of Manchester
DBGET Search
ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。
dbProP
a Protein Polymorphism database
蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけではなく、スプライシング変化による多型にまで拡張して扱っています。そのため、領域SNPsだけでなくalternatively-spliced transcripts 情報 も収集・提供しています。
独立行政法人放射線医学総合研究所
dbQSNP
SNPs in the transcriptional promoter regions in human
遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）に存在するSNPについて、配列情報やアレル頻度情報を掲載しています。SNPのタイピングと定量化は、独自に開発した定量SSCP解析によるものです。
DBTBS
A database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis containing upstream intergenic conservation information
枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。
DBTGR
Database of Tunicate Gene Regulation
ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。
DBTSS
Database of Transcriptional Start Sites
ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しています。ゲノムビューワ上に、オリゴキャッピング法で同定されたcDNA領域、RefSeqやEnsemblで公開されている転写開始点、CpGアイランド、SNP位置が表示されます。
DDBJ
DNA Data Bank of Japan
欧州と米国の対応機関（EBIとNCBI）と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。
DeinoBase
Deinococci Genome Database
放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベースに対してprotein/ORF searchやFasta searchを行うことが可能です。
独立行政法人日本原子力研究開発機構
DGRC
Drosophila Genetic Resource Center
「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関（京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学）で保存されている系統を一括して検索ができるようにしたデータベースです。検索には遺伝子型、細胞学的位置、種名などの項目が利用可能で、検索後、各系統維持機関への提供依頼もできます。
京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
DIP
Database of Interacting Proteins
Yeast two-hybrid等の生化学実験によって決定されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用するタンパク質の情報の他に、相互作用マップを提供しています。相互作用マップでは、相互作用の信頼度によりエッジが色分けされています。
University of California
DOGAN
a genome database of microorganisms sequenced at NITE
NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。
独立行政法人製品評価技術基盤機構
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240
Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
eF-site
electrostatic surface of Functional-site
タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合わせて表示しています。
大阪大学 蛋白質研究所
EGTC
Database for the Exchangeable Gene Trap Clones
熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統情報を掲載しています。各エントリーには、マウスゲノム上の位置、染色体番号、遺伝子名、トラップベクターおよび細胞株、5'-RACE法による塩基配列、ホモロジー検索結果、樹立マウスの情報、各種外部公共データベースへのリンクが含まれています。
EMBL-Bank
EMBL Nucleotide Sequence Database
欧州の核酸配列レポジトリで、個々の研究者やゲノム配列決定プロジェクトから提供される配列データの登録と配布を行っています。GenBank(米国), DDBJ(日本)と国際的なコラボレーションを行っています。
Ensembl
ゲノム解読された脊椎生物およびその他の主要な真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
Wellcome Trust Sanger Institute
ENTREZ, Life Sciences Search Engine
NCBI Entrezは、PubMed、核酸、アミノ酸配列、発現データ、PubChem (生化学的な働きをする小分子)、タンパク質構造、解読が完了したゲノム、TaxonomyといったNCBIの主要な30以上ものデータベースに対して、テキストベースで統合的に検索できる情報抽出システムです。 Entrezではデータベース内の関連するレコードへのリンクや、そのレコードから他のデータベースへのリンク情報も提供しています。
ENU Mutants (A large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC)
理研GSC ENU誘発による大規模マウス突然変異体作製プロジェクトにおいて作製されたマウスラインと関連リソースを検索できます。プロトコルやプロジェクト情報も掲載されています。
独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
eProtS
Encyclopedia of Protein Structures
eProtS（タンパク質構造百科事典）は、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。日本語版と英語版を用意しています。
Escherichia coli O157:H7 Sakai
腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。
東京工業大学 大学院生命理工学研究科
ECGB
Eukaryotic Comparative Genome Browser (真核生物比較ゲノムブラウザ)
この比較ゲノムブラウザでは、ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供しています。比較ゲノミクス解析は、新規遺伝子の発見や、ゲノム進化についての新しい知見の蓄積に役立つ可能性があります。現在は提供を終了しています。
独立行政法人科学技術振興機構
Extremobase
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列などが閲覧できます。他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報も掲載されています。
独立行政法人海洋研究開発機構
EzCatDB
A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms
Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)、PDB番号、触媒部位、リガンド情報、文献情報、触媒機構に関する情報、Swiss-prot, CATH, KEGG等の公共データベースのリンクが含まれています。
FAMSBASE
Full Automatic Modeling System database
全自動ホモロジーモデリングソフトFAMSを用いてモデリングされた277生物種のタンパク質データをまとめました。
長浜バイオ大学
FlyBase
FlyBase (A Database of Drosophila Genes & Genomes)
ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。
Genetics Society of America
FlyView (A Drosophila Image Database)
ショウジョウバエの成長過程や遺伝情報、特に遺伝子発現パターンに関する画像データベースです。ショウジョウバエの主要データベースである"FlyBase"とも互換性を考慮しています。
University of Munster
Full Length cDNA
完全長ヒトcDNAの配列データベースです。GENBANKフォーマット、FASTAフォーマットそれぞれをダウンロードすることが可能です。
東京大学 医科学研究所
Full-Malaria
Malaria Full-Length cDNA Database (Plasmodium falciparum)
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノムをテンプレートとするマラリア原虫間のタンパク配列相同性を解析した結果も登録されています。
Full-Toxoplasma
Toxoplasma Full-Length cDNA Database
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされています。
GBIF
Global Biodiversity Information Facility free and open access to biodiversity data
世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイトです。
GBIF Secretariat
GDBS
Gene Diversity DataBase System
「遺伝子多様性モデル解析事業」において、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)はモデル疾患として選択した幾つかの多因子性疾患に関する遺伝子多型情報等を収集・解析し、疾患の原因となる疾患関連遺伝子を同定するまでの一連の実験・解析フローの確立を目指しました。 同時に、膨大な情報を管理して解析を進めるために必要なデータベースやソフトウェアを構築しました。 産業技術総合研究所のオリジナルサイトからのデータ提供は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからGDBSをご利用いただけます。
GeMDBJ
Genome Medicine Database of Japan
疾患ゲノムデータベースは、アルツハイマー病、がん、糖尿病、高血圧、喘息および薬理遺伝学（ファーマコジェネティクス）のためのミレニアム・ゲノム・プロジェクト（MGP)研究グループ（SGMGP）により構築された統合データベースです。特定の臨床・人口統計情報、JSNPやMGPにおいて発見されたものを含めた他のSNPsの多型情報、AffymetrixのGeneChipにより解析された発現プロファイルを公開しています。また、大部分のデータがヒトゲノム配列上に関連付けられ、「ゲノム・ビューア」上で見ることができます。
独立行政法人医薬基盤研究所
GENA
Gene Name Dictionary
遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベースです。データは、HUGO、OMIM、Genatlas、LocusLink、GDB、MGI、FlyBase、WormBase、CYGD、SGDから自動的に抽出されたものです。
Gene - NCBI
生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベースとした情報を提供しています。
Gene Ontology
遺伝子オントロジー（Gene Ontology;GO）とは、生物学的概念を記述するための標準となる語彙を策定しようとするプロジェクトです。GOで定義された用語はGO Termと呼ばれ、Cellular component、Biological process、Molecular functionという3つのカテゴリーに分類されています。GOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて計算機上で記述することができます。 このサイトでは、GO Termや関連ツールの配布を行っています。
The GO Consortium
GeneAnnot
Microarray Gene Annotation
AffymetrixのプローブセットHG-U95, HG-U133, HG-U133 Plus2.0のアノテーション情報を提供するデータベースです。プローブセットの情報はGeneCards geneとリンクしており、直接プローブ配列とGenBank, RefSeq, EnsemblのmRNA配列と比較することができるようになっています。
Weizmann Institute of Science/Department of Biological
GENIES
Gene Network Inference Engine based on Supervised Analysis
マイクロアレイ発現データやゲノム上の位置情報などの多様なデータを統合して、遺伝子の機能ネットワークを推定します。
GenoBase
Integrated database of E.coli K-12 (W3110)
大腸菌K-12 (W3110)の生細胞システムを包括的に理解するためのデータベースです。大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトームの解析結果、変異株や転写制御に関する文献を収集し、提供している公共リポジトリです。ORFクローンや遺伝子破壊株、欠損株の提供も行っています。
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
Escherichia coli str. K-12 substr. W3110
Genome Project of Streptomyces avermitilis
抗寄生虫剤エバーメクチンを生産する放線菌Streptomyces avermitilisの全ゲノム配列と、さまざまなアノテーションが掲載されています。配列情報、物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、二次代謝産物、種特異的遺伝子、コドン使用頻度、16S rRNAによる系統樹などが表示されます。
北里大学 北里生命科学研究所
GON
Genomic Object Net Pathway Database
Genome Object Net (GON) は、生体パスウエイのモデリングやシミュレーションのためのソフトウェアプラットフォームで、hybrid functional Petri net (HFPN)とXML技術を基本としています。本サイトでは、HFPNのパスウエイモデルを詳細な説明情報とともに提供しています。
山口大学 理学部
GEO
Gene Expression Omnibus
マイクロアレイや次世代シーケンサー、メチル化、その他、高スループット実験で得られた機能ゲノムデータを登録、公開、配布している世界最大のサイトです。登録データの実験情報の記述内容はMIAME（Minimum Information About a Microarray Experiment)形式で統一されており、専門家によって精査されています。サンプル名や解析プラットフォーム名、生物種、実験内容等、各種キーワードで目的のデータを検索することができます。生データの配布も行っています。
GermOnline
GermOnlineは、生殖系列発生、減数分裂、配偶子形成、有糸分裂細胞周期に着目した異種生物間のマイクロアレイ遺伝子発現データベースです。(1)GeneChipデータ、(2)Multiomics Information Management and Annotation System (MIMAS)を用いたサンプルアノテーション、(3)DNA-タンパク質結合データおよびタンパク質相互作用データ、(4)Ensemblによるゲノムアノテーション情報、(5)EnsemblおよびOrthologs Matrix Project (OMA)のデータを用いて定義したオルソログ情報が含まれています。
Universite de Rennes
Ghost Database
Ciona intestinalis genomic and cDNA resources
カタヤユウレイボヤ（Ciona intestinalis）のゲノムDNAおよびcDNAが登録されています。ゲノムブラウザの利用やBLAST検索の実行、発生ステージごとの遺伝子発現パターンの検索などが可能です。BLAST検索は、ゲノムやEST、ゲノムショットガンリードのデータベースに対して行うことができます。
京都大学 大学院理学研究科
GIB
Genome Information Broker
既に公開されている微生物ゲノムに対して、付加されている生物学的情報や配列を検索、取得できるデータベースシステムです。古細菌、真正細菌、数種類の真核生物のデータが登録されています。
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
GiiB-JST mtSNP
ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース (human mitochondrial genome single nucleotide polymorphism database)
このデータベースは、ヒトミトコンドリアゲノムの全塩基配列の解析に基づき、ミトコンドリアゲノムに分布する多型と、多型の相互連鎖、疾患との関連、多型の機能的相違に関する総合的情報を提供しています。
岐阜県国際バイオ研究所
GLIDA
GPCR-Ligand Database
Gタンパク質共役受容体(GPCR)は、細胞外の化学的情報を細胞内に伝達する機能を有する膜タンパク質であり、創薬標的として最も注目されている遺伝子ファミリーの１つです。200以上のヒト由来GPCRが結合するリガンドが不明な「オーファン」として残されています。これらのリガンドを明らかにし、その生理機能と作用機構を解明すれば、全く新しい作用を持った薬の開発につながる可能性があると考えられます。GLIDAは、GPCRに関連した創薬探索やGPCR及びリガンド情報を求めている人たちのために開発されたデータベースです。GLIDAは以下の特徴をもちます; 1. GPCRに関する生物学的知見及びリガンドに関する化学的情報をカバーした高度検索システム、2. GPCR及びリガンドそれぞれの検索機能、3. GPCRとリガンド間の相互検索。
京都大学 大学院薬学研究科
Globin Gene Server
哺乳類βグロビン遺伝子群の配列や実験結果を収めたデータベースです。自然におこるヒトヘモグロビンの変異とその影響、βグロビン遺伝子クラスターの調整に関する実験データについての情報が含まれており、その他、配列を比較するためのソフトウェアツールが使用できます。
Pennsylvania State University
GlycoEpitope
抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。
立命館大学
GrainGenes
A Database for Triticeae and Avena
GrainGenesは様々なクラスの内容を検索することができます。クラスは研究に携わっている論文著者名、遺伝子名、文献、多型情報、タンパク情報、配列情報等があります。その他にもBLASTやCmap,GenomeBrowserを使用することができます。
Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture
GTOP
Genomes To Protein structures and functions
ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースです。配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析 (PROSITE)、ファミリー分類 (Pfam)、膜貫通へリックス予測 (SOSUI)、コイルドコイル予測 (Multicoil)、繰り返し配列解析 (RepAlign)の結果が収録されています。
GTOP (Rice version)
国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通へリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。
独立行政法人農業生物資源研究所
H-ANGEL
The Human Anatomical Gene Expression Library
ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示し,遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。
H-InvDB
H-Invitational Database
H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
HAL
Human genome Annotation Library
ヒトゲノムに潜む遺伝子を発見する信頼性の高いコンピュータアルゴリズムを開発し、それを利用してヒトゲノムに潜む遺伝子の位置と構造、その機能などの注釈情報を取得しました。その成果をデータベース化しています。
HarvEST
大麦、ヤマカモジグサ属、ミカン属、コーヒー、ササゲ、バナナ、オオバコ、ダイズ、イネ、小麦のEST配列を提供しています。各生物種の配列や関連する遺伝子情報は、専用のソフトウェアをそれぞれダウンロードして閲覧します。
Hepatitis Virus Database
肝炎ウィルス (B型、C型、E型）の各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、全遺伝子配列を対象にした系統樹、アライメント、距離行列を掲載しています。ユーザ登録が必要なアカウントモードと、フリーで閲覧できる（データに制限あり）非アカウントモードに分かれています。
Het-PDB Navi
A navigator of small molecules in Protein Data Bank which is called heterogen atoms or in short hetatoms
タンパク質の立体構造がどのような低分子（ヘテロ原子）との共結晶で決定されているかを知ることを目的に、Protein Data Bank (PDB)にエントリーされているタンパク質と低分子の相互作用を収集したデータベースです。PDBに最も多く含まれている低分子は、カルシウム、亜鉛、マグネシウムなどの金属イオンであり、その次に糖分子やヌクレオチドが多く含まれています。これらの低分子は酵素の補因子として働いたり、タンパク質の構造安定化に寄与しています。
HGMD
The Human Mutation Database
このデータベースは、ヒト遺伝病の原因核遺伝子と遺伝病関連遺伝子の生殖細胞における変異情報を網羅的に収載しています。
Institute of Medical Genetics in Cardiff
HGS
Human Genome Sequencing
高機能基盤生体データベース (ALIS) プロジェクトの配列データを提供しています。JSTと4つのシークエンシングチームが7染色体を対象としてシークエンシングを行いました。染色体マップとシークエンシングデータは、表中の染色体名または染色体内の領域名を選択すると表示されます。
HINTdb
Homologous Interactions Database
実験的に決定したタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。配列相同性を元にグループ化されています。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち87,026件の相互作用にはホモログが存在します。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名やキーワードで検索できます。
HIV DATABASES
このデータベースはヒト免疫不全ウィルスの塩基配列、エピトープ、薬剤耐性変異、ワクチンの臨床試験に関する情報が含まれています。
Los Alamos National Secutiry, LLC
HomoloGene
全ゲノム配列が決定された20種類の真核生物の間で自動的検出したホモログ遺伝子のセット、およびmRNAやタンパク質の配列データを提供しています。他の生物種のUniGene配列でホモログの可能性があるものも表示されます。
HOWDY
Human Organized Whole Genome Database
科学技術振興機構(JST)で推進しているALIS(Advanced Lifescience Information System)プロジェクトに関する成果と世界で公開されている主な公共データを相互に関連付け、それらを統合的に利用できるようにしたヒトゲノム情報の統合データベースです。辞書を引くようなイメージで、様々なヒトゲノム情報間の関連を得ることができ、横断的な探索やデータソースへの多角的なアクセスが可能となります。
HPRD
Human Protein Reference Database
ヒトタンパク質に関して、タンパク質名、各種DBのAccessionNumber、HPRD_ID、GeneSymbol、染色体位置、分子分類、翻訳後修飾、局在情報、ドメイン名、モチーフ名、発現位置、タンパクの配列長、分子量、疾患名などで検索することが可能です。その他にもBLASTによる塩基、アミノ酸配列検索が使用できます。
Institute of Bioinformatics
HUGE
A Database of Human Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Human cDNA Project
財団法人かずさDNA研究所では、巨大タンパク質をコードすることが予想される4,000塩基以上のヒト長鎖cDNAの構造情報を蓄積してきました。長鎖cDNAがコードするマルチドメイン構造を持つタンパク質が生物学的に重要な働きをしていると推測したからです。現在までに新しく発見した約2,000種の新規ヒト遺伝子にKIAA番号を付して公的データベース登録し、本データベースで情報公開と遺伝子の配布を行っています。
IMGT
IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®
免疫グロブリン(IG)、Ｔ細胞レセプター(TR）、主要組織適合性遺伝子複合体（MHC）、免疫グロブリン超分子群、主要組織適合複合体スーパーファミリー、免疫システムに関連するタンパク質に特化した知識リソースです。ヒトやその他の脊椎動物、無脊椎動物の情報が含まれています。配列データベース群、ゲノムデータベース、構造データベースから構成されています。
CNRS (The National Center for Scientific Research)
Montpellier University, Montpellier
IMGT/HLA Database
このデータベースはヒト主要組織適合遺伝子複合体の配列情報とWHOの命名委員会の公式配列情報を提供しています。このデータベースはIMGT(the International ImMuno GeneTics project)の一部です。
INOH Pathway Database
Integrating Network Objects with Hierarchies Pathway Database
ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの高次機能情報をオントロジーを使ってデータベース化しています。文献から手作業で抽出したパスウェイ情報を格納しています。
東京大学大学院
InterPro
Integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites
EBI によるタンパク質のファミリー分類、ドメイン、機能サイトに関する記述を収集した統合データベースです。UniProtやPROSITE、PANTHER、ProDom、SMARTなどタンパク質の特性を収録している複数のデータベースを集結し、様々なレベルでのタンパク質の特徴を提供しています。InterProScanを用いて、ユーザが入力した配列から機能ドメインや構造ドメインを検索することができます。
iProClass
Integrated Protein Knowledgebase
UniProtKBおよびUniParc登録タンパク質に対し、タンパクファミリー、機能、パスウェイ、相互作用、構造、構造分類、遺伝子、ゲノム、オントロジー、文献、生物種などを含む90種類以上の生物学データベースのリンク付けを行っているデータベースです。データウエアハウスとハイパーテキストナビゲーション手法を組み合わせて、多数のデータベースのリンク情報を統合したデータを提供しています。
Georgetown University Medical Center
J*FLY
data depository for Drosophila researchers
Jflyでは、ショウジョウバエを中心とした研究を促進する3つのサービスを提供しています。 （１）会員制メーリングリストサービス：ショウジョウバエ研究に関連する情報を交換するメールリストと、bionet.drosophila ニュースグループ記事のメールでの転送を行います。 （２）Jflyホームページ：ショウジョウバエ関連情報（特に日本語の情報）を集積・公開するデータベースを提供しています。 （３）FlyBrain ホームページ：ショウジョウバエ中枢神経系を中心とした画像データベースです。投稿も受け付けています。
東京大学 分子細胞生物学研究所
JDD
Japan Drosophila Database
ショウジョウバエ遺伝学のデータベースです。遺伝子一覧表示、唾液染色体のバンドの地図、体の部位の名称、ショウジョウバエ科の生物の紹介、系統分類に重要な文献の検索、2次元電気泳動によるプロテオーム解析結果が収録されています。ショウジョウバエ各部の形態的特徴とその名称の調査、検索システムは特に優れています。
JG-SNP
老年病SNPデータベース
東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の臨床診断、病理診断、遺伝子多型データをデータベース化したものです。高齢者に特有な疾患と遺伝子多型性との関連に関する研究成果を広く役立てるために構築され、公開されています。
地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター
Under survey
サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
Difficult to assign categories for reasons such as website closures
JMSR
Japan Mouse/Rat Strain Resources Database
JMSRは国内の入手可能なマウス・ラットリソースのほぼすべてを対象として検索できるデータベースです。本データベースを使って希望するリソースを探し出すと同時に、そのまま提供元の機関にアクセスして注文することができます。データは各機関の協力により定期的に更新しています。
JSNP
Japanese Single Nucleotide Polymorphisms
日本人の持つ約19万7000の一塩基多型（SNPs）データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して公開しているデータベースです。
KEGG BRITE
Functional hierarchies and binary relationships of biological entities
生命システムを様々な観点から機能分類し、階層的に表現したデータベースで、文献等から手作業で作成されています。「パスウエイ・オントロジー」、「遺伝子・タンパク質」、「病気・医薬品」、「化合物・化学反応」、「生物種・細胞」について、階層的な分類が表示されます。
KEGG EXPRESSION Database
ラン藻Synechocystis PCC6803、枯草菌、大腸菌W3110 株、窒素固定ラン藻アナベナ PCC7120、その他、日本の研究コミュニティが寄与した生物種の遺伝子発現プロファイルデータのレポジトリです。
KEGG LIGAND Database
Molecular building blocks of life in the chemical space
生体機能と関連する化合物と反応に関する情報を収めたデータベースです。分子量や構造などの化合物そのものの情報の他に、化合物が関連するKEGG PATHWAYへのリンクが含まれています。KEGG COMPOUND, GLYCAN, REACTION, RPAIR, RCLASS, ENZYMEのデータベースから構成されます。
KEGG PATHWAY Database
Wiring diagrams of molecular interactions, reactions, and relations
代謝、様々な細胞プロセス、ヒト疾患などに関する分子ネットワークの知識を表現したパスウェイマップを収録しています。マップは文献等から手作業で作成しています。
KEGG SSDB Database
Sequence Similarity Database (Orthologs/paralogs, conserved gene clusters, and sequence motifs)
KEGG GENES データベースをもとに、完全ゲノム配列決定されている全生物種を対象としてそのアミノ酸配列の類似性スコアがデータベース化されています。
KOME
Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia
「イネ完全長cDNAプロジェクト」において、日本晴イネ由来の各種組織、ストレス処理等をおこなった組織より、完全長cDNAライブラリーを構築し、機能解析を行った約28,000種類のイネ完全長cDNAの情報を公開しています。 核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれます。
KONCHU
昆虫学データベース
昆虫学データベース(KONCHU)は、日本および東アジア、大平洋地域産昆虫 (クモ・ダニ類を含む)に関する種情報データベースの総称で、次のデータベースを含んでいます：昆虫学文献データベース、有用昆虫画像データベース、日本産昆虫目録データベース、日本産昆虫学名和名辞書、熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース、九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベース、九州大学総合研究博物館所蔵甲虫類標本データベース。
九州大学 大学院農学研究院
KONCHUR
昆虫学文献データベース
昆虫学文献データベース(KONCHUR)は日本の主要な昆虫学・動物学雑誌について、掲載された各論文中の昆虫(クモ・ダニ類を含む)の分類単位(種、属、科等の学名または和名)を一つのレコードとした文献データベースです。日本語と英語に対応しています。扱われている昆虫は、日本国内のみならず、アジア、太平洋地域産の種も多く含まれています。各レコードには、著者名、表題名、掲載誌名、巻号頁、刊行年、目名、科名、同物異名、分布、分類、形態、生態、生理等に関するキーワードなど13項目を収録しています。備考には、新種の模式産地、模式標本の所在地、寄生種の寄主など有用な情報も多数採録しています。
LeEST
シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定しました。EST番号、配列、NCBI BLASTによるホモロジー検索結果（ホモログと相同性）を表形式で掲載しています。
島根大学
NBRP Legume Base
ミヤコグサ、ダイズの2種類の収集や情報を提供しているサイトです。分与申し込みもサイト上で受け付けており、種子、DNA、ベクターなどのバイオリソースを検索することが可能です。
宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
LinkDB Search
ゲノムネット内データベースとその他 500以上の外部公共データベースの間のクロスリファレンス情報を2項関係ファイルとして取り込み、あるデータベースのあるエントリについて、他のデータベース中の対応するデータを網羅的に検索できるシステムです。外部データベースと内部データベースを区別なく検索する機能や等価なリンクを扱うための機能が備わっています。
LipidBank
6,000以上の天然生理活性脂質（脂肪酸、グリセロ脂質、スフィンゴ脂質、ステロイド、ビタミン類）について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集したデータベースです。構造はChemDraw、およびMDLMOL形式で提供されます。データベースに登録されている全ての情報は手作業でキュレートを行い、専門家によって承認されたものです。 本ページは旧サイトで、現在はwiki形式で公開されています(http://lipidbank.jp/wiki/Category:LB)。
日本脂質生化学会 (JCBL)
LSD PROJECT
ライフサイエンス辞書プロジェクト (LIFE SCIENCE DICTIONARY PROJECT)
ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書です。英和検索、和英検索、共起検索、用例、スペルチェックなどが可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できます。
MAGEST
MAboya ( the ascidian, Halocynthia roretzi ) Gene Expression patterns and Sequence Tags
ホヤ卵に存在する母性mRNAのESTと各クローンの発現パターンに関するデータを提供しています。
MaizeGDB
Maize Genetics and Genomics Database
トウモロコシ研究の総合サイトです。トウモロコシゲノムの配列、変異データ、染色体上でのマッピングデータの他に、研究者の連絡先等の情報を提供しています。
MBGD
Microbial Genome Database for Comparative Analysis
微生物の比較ゲノム解析結果を収録したデータベースです。約 600の生物種、約200万の遺伝子に加え、数十億件におよぶそれら遺伝子間のホモロジーデータが登録されています。
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
MEPD
Medaka Expression Pattern Database
このデータベースはメダカの遺伝子発現情報をin-situ hybridizationで確認した情報を公開しています。ESTのAccessionNumberやキーワード、発現パターン、配列相同性、アノテーション情報から検索することができます。その他にもOnotology情報や発達段階の解説ページがあります。
The European Molecular Biology Laboratory
MeSH
Medical Subject Headings
文献や、生物学情報の内容を表すキーワードのデータベースです。このキーワードを利用することで関連する生物学情報を得ることができます。キーワードは階層構造をなしており、より詳細に情報をたどることも、より抽象的な検索をすることも可能です。
MG Workbench
Microbial Genome Workbench
ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象とした遺伝子の検索や各種解析ツールを提供しています。プロテアーゼによる分解シミュレーション、制限酵素による切断サイトのシミュレーションも行えます。
MGC
Mammalian Gene Collection
哺乳類の遺伝子全長のcDNAクローンデータベースです。このサイトでは主にヒト、マウス、ラット、ウシの遺伝子名やキーワードで検索でき、そのcDNAクローンの提供先情報などを得ることができます。
MGI
Mouse Genome Informatics
マウス研究の総合サイトです。マウス遺伝子に関する情報の他、遺伝子発現データ、多型・変異情報、パスウエイ、遺伝性癌症候群モデルラットに関するデータ、マウス各系統の表現型に関する詳細な情報等を提供しています。
The Jackson Laboratory
miRBase
microRNA database
公開されているmicroRNAの配列について、配列から予測されるmiRNA前駆体のヘアピン構造(mirで示されます)、成熟miRNAの配列(miRで示されます)、文献情報等が登録されています。様々な検索機能が用意されており、キーワード検索、ゲノム位置による検索、クラスター検索、発現実験による検索、ユーザ自身の配列による検索が行えます。全ての配列とアノテーションはダウンロード可能です。
Faculty of Life Sciences (The University of Manchester)
MitoFish
Mitochondrial Genome Database of Fish
DDBJ、GenBank、EMBL に登録された魚類の完全長ミトコンドリア・ゲノム情報の容易な検索を可能にし、あわせて関連情報（記載論文情報、標本情報、生物情報など）を提供します。また、このデータセットを対象に、任意のDNA塩基配列データの相同性検索（BLAST）を行なうことができるので、手元に何らかの魚類から得たミトコンドリアDNA の部分塩基配列データがある場合、それが完全長ミトコンドリアゲノム情報が得られている魚種のどれに一致するか、あるいはどれに類似性が高いかを調べることができ、魚類の種判別や同定への助けが得られます。
東京大学 大気海洋研究所
miyakogusa.jp
財団法人かずさDNA研究所は、マメ科植物では世界初となるミヤコグサ（Lotus japonicus）のゲノムの解読に成功しました。「miyakogusa.jp」では、得られた成果や情報を公開しており、ミヤコグサのゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ等が掲載されています。マメ科植物は、その根に共生して存在する根粒菌が、空気中の窒素を吸収、固定して宿主（マメ科植物）に供給しています。
MMDBJ
Mouse Microsatellite Data Base of Japan
マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けています。日本産野生マウス（Mus musculus molossinus)に注目し、マウス系統間の単純配列長多型(SSLP)の相違を示す実験結果を、PCR条件とともに提供しています。
MOKUROKU
日本産昆虫目録データベース
昆虫目録データベース（MOKUROKU)は、日本産の全昆虫について1種または1亜種 (一部1変種を含む)を一つのレコードとしたデータベースです。日本語と英語に対応しています。各レコードには、科名、属名、(亜)種名、和名、分布の５項目を収録しています。
九州大学
アサガオホームページ
National BioResource Project Morning glory
アサガオ突然変異系統の収集・保存・提供を行っているページです。系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログのほか、遺伝子リストや連鎖地図など、分かりやすい解説ページとして掲載されています。アサガオの栽培方法についても詳細に記されています。
九州大学 大学院
MRCD
Microbial Resources and Chemotaxomy Database
知的基盤分類番号をIDとする微生物情報のデータベースです。オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報がテキストベースで得られます。Type strain（基準株）が微生物菌株保存機関に寄託されている場合、それぞれの機関にリンクが張られています。DDBJ/EMBL/GenBankや関連データベースサイトであるRDPなどにもリンクが張られています。微生物名の他、化学分類指標、系統学的位置、生理学的性質、形態、単離法／培養法、生育環境など様々な条件による検索が可能です。
Mycoplasma penetrans Genome
マイコプラズマ (M. penetrans、M. pneumoniae) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されています。M. penetransについては、完全長ゲノム配列、アミノ酸配列、アノテーションテーブルを取得できます。
厚生労働省 国立感染症研究所
NBRC Culture Catalogue Search
NBRC (NITE Biological Resource Center)は、微生物資源を研究、教育、産業に利用するための基盤整備を推進しています。生物遺伝資源センターとして、古細菌・放線菌を含む細菌、酵母、糸状菌、微細藻類、ファージ、DNAリソースなど、潜在能力のある生物遺伝資源を収集・保存・提供しています。本サイトではこれら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
NBRP Chrysanthemum
広義キク属の分与、保存を目的としています。属種別の画像が掲載されており、その種類はこのサイトで定義されているAccessionNumberで管理されています。
NBRP E.coli Strain (The Cloning Vecter Collection)
大腸菌や大腸菌組み換えDNA操作ベクター、ラムダファージのコレクションの検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。各生物資源に関する情報や、資源利用した時に得られた成果発表に関する情報を提供しています。
NBRP Medaka
メダカバイオリソースに関する情報を提供しています。組織、発生段階等の情報から絞り込んで目的の資源を分与申し込みすることが可能です。また、Medaka Atlasなどの情報へのリンク、BLAST検索ツールへのリンクも貼られています。
Oryzabase
イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイトです。種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されています。
KOMUGI
Wheat Genetic Resources Database KOMUGI
コムギの統合データベースです。1996年にコムギ（Triticumと関連種Aegilops）の遺伝資源に関心の高い研究者らにより作成され、現在は系統情報に加えてゲノム関連情報として遺伝子記号のカタログ情報、ESTクローンおよび遺伝子配列情報、さらに各系統の染色体構成や表現型（画像データを含む）などを収録しています。現在、本データベースは2002年に発足した文部科学省：ナショナルバイオリソースプロジェクトにおけるコムギ委員会によって管理されています。
NDB
Nucleic Acid Database
Nucleic Acid Database Project (NDB) では、核酸の構造情報を収集、配布することを目的としています。各エントリーにつき、核酸配列、構造とその特徴、最初に報告された文献、実験情報、PDBへのリンクなどが表示され、構造座標や構造因子ファイルのダウンロードが可能です。
The State University of New Jersey
NRSub
Non-Redundant B.subtilis database
枯草菌に関する情報を提供しているサイトです。シーケンス名、遺伝子アクセション番号、全文検索で検索することが可能です。SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENへの相互参照に加えて、遺伝子マッピング情報やコドンの使用頻度情報も掲載されています。
Pole BioInformatique Lyonnais
ODB
Operon DataBase
様々な生物種のオペロンの情報を文献から収集し、データベース化しました。また、既知オペロン構造から推測されるオペロン構造もデータベース化しています。さらに、オペロンに関連する遺伝子間距離、マイクロアレイに基づいた遺伝子間の共発現、代謝系などのパスウェイ間での距離、ゲノム間での遺伝子の並びの保存などの情報も統合されています。
新潟大学 大学院医歯学総合研究科
OMIA
Online Mendelian Inheritance in Animals
ヒト、マウス以外の動物の遺伝子疾患を収録したデータベースです。テキストによる解説、文献情報、OMIM, PubMed, Geneへのリンク情報が含まれます。手作業によるキュレートが行われています。
OMIM
Online Mendelian Inheritance in Man
Johns Hopkins大学のVictor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集を行っている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。全ての既知のメンデル型遺伝病と12,000以上の遺伝子に関して、テキスト形式の情報やリファレンスが示されます。MEDLINEやEntrezのリンクも含まれます。
National Bioresource Project "Pathogenic microbes" (ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原微生物）
複数の研究機関で収集、保存されている病原微生物について、各研究機関をネットワーク化することにより、病原微生物遺伝資源の収集、保存、提供体制を構築することを目的としています。細菌/放線菌、真菌、原虫のリソースを検索するための統合データベースが提供されています。
PDB
Protein Data Bank
タンパク質と核酸の三次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共レポジトリで、生物学的構造データの中心的なデータベースとなっています。X線結晶構造解析やNMRなどで実験的に決定されたデータを蓄積しています。タンパク質の立体構造データの他に、アミノ酸配列、GOといったタンパク質に関する情報やタンパク質に結合している化合物の情報を提供しています。
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
PDBj
Protein Data Bank Japan
日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および欧州バイオインフォマティクス研究所(PDBe)と協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。
PDBSTR
タンパク質立体構造データベースPDBを、京都大学科学研究所で配列解析用に編成しなおしたデータベースです。PDBの１つのエントリーには複数のポリペプチド鎖がふくまれるので、これを別々のエントリーにし、同時に付加情報をつけています。
PEC
Profiling of E. coli Chromosome
大腸菌ゲノムの全体像を明らかにするために、染色体上の全遺伝子について、特に実験的な機能解析に重要な情報を集積させる目的で構築したデータベースです。各遺伝子につき、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献情報を基に分類）、関連する大腸菌株の情報、既知の欠失変異株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、相同遺伝子、核酸およびアミノ酸配列が掲載されています。ゲノムを欠損させた632種の株の情報も掲載されています。
PEDANT3 database
a Protein Extraction, Description and Analysis Tool
数多くの解析ツールで自動的に解析されたゲノムシーケンス情報を提供しています。このサイトには事前に計算されて得られた相同マトリクスデータベースがあり、新しくシーケンスされたゲノム情報に対しても解析をすぐに行うことができるようになっています。
German Research Center for Environmental Health
PEDE
Pig Expression Data Explorer
ブタのゲノム (コンティグ)やcDNA、cSNP (cDNA上のSNP)の配列情報を格納したデータベースです。絞り込み検索により配列やその注釈情報 (他種の配列との類似性検索結果等)を参照できます。また配列のダウンロードやお手持ちの配列との類似性検索 (BLAST)もできます
PEPTIDOME
生体内のペプチドを液体クロマトグラフィや質量分析で網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理しています。
国立循環器病センター研究所
Pfam
現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-Bから構成されています。最大の特徴は、検索システムとしてHMMERというプログラムを使用している点であり、これにより高速で精度の高いモチーフの検索を可能にしています。
PharmGKB
Pharmacogenomics Knowledge Base
薬物応答におけるヒトの遺伝的変異の影響に関する知識を蓄積しているデータベースです。文献より、医薬品や低分子、ジェノタイプ、フェノタイプ、PK/PD、臨床情報、パスウエイの情報を抽出し、重要なファーマコゲノミクス(PGx)遺伝子や薬物パスウエイのデータを集約しています。
Stanford University
PHYSCObase
無処理、オーキシン処理、サイトカイニン処理の原糸体由来のヒメツリガネゴケ完全長cDNAライブラリーから得られた８万以上のEST配列や相同性検索結果、実験プロトコルを公開しています。ヒメツリガネゴケのmRNA、contigの配列、同一クローン由来の5'ESTと3'ESTを連結させてペア化した塩基配列のダウンロードファイルや、ヒメツリガネゴケ全配列に対するBLAST検索機能も提供しています。
Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search
基礎生物学研究所より寄託を受けたヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、DDBJ accession number、clone name (NIBB)を指定することが可能です。
PIR
Protein Information Resource
タンパク質とゲノムの研究をサポートする統合公開バイオインフォマティクスリソースです。PIRは、1984年にタンパク質配列の同定とアノテーションをサポートするためのリソースとしてNational Biomedical Research財団(NBRF)によって設立されました。今日、PIRはプロテオミクスとゲノムクスのデータ統合やタンパク質アノテーションの標準化をサポートするためのリソースとして世界のさきがけとして情報を提供しています。
PLACE
A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements
高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベースです。ユーザ自身の配列からモチーフを検索するシグナルスキャン検索や相同性検索、キーワードによる検索が可能です。
Plant snoRNA Database
植物の核小体低分子RNAに関するデータベースを提供しているサイトです。配列情報、発現データ、メチル化偽ウリジン化領域や遺伝子バリエーションの数といった情報が提供されています。
Scotthish Corp Research Institute
PMD
Protein Mutant Database
タンパク質工学への貢献を目的として作られた文献データベースです。対象は、自然変異、人工変異、ランダム変異、部位指定変異などの全ての変異体を含み、グロビン属と免疫グロブリン属以外の全てのタンパク質としています。各エントリ（文献）には、変異の位置、導入したアミノ酸種などが簡潔に表現され、変異の結果、生じた機能や安定性の変化が記述されています。また、SwissprotやPIRなどのタンパク質配列データベースのリンクが掲載されています。
Polymorphism of Microsatellite Markers
日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度の情報（4868マーカー）をデータベース化したものです。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備しました。
PRF
Protein Research Foundation
タンパク質研究奨励会のホームページです。タンパク質文献データベースである「PRF/LITDB」、アミノ酸配列データベースである「PRF/SEQDB」、合成物質データベースである「PRF/SYNDB」が掲載されています。PRF/LITDBは、ペプチドを主題として扱っている文献を収集し、抄録を登録しています。アミノ酸やペプチドの分析手法に関する文献も収録対象となっています。PRF/SEQDBは、短いペプチドの配列や遺伝子の配列から予測されるアミノ酸配列も含んでいます。また、PRF/SYNDBは、化学合成されている非天然アミノ酸・アミノ酸誘導体・ペプチドに関するデータベースです。文献情報、構造とあわせて化学構造式の図も表示されます。いずれのデータベースも文献より情報を収集しています。
財団法人蛋白質研究奨励会
Probe
遺伝子型決定や遺伝子発現解析、SNP解析、ゲノムマッピング、遺伝子サイレンシングの研究で用いられているプローブ情報が登録されています。各プローブにつき、配列、文献、実験方法が掲載されています。実験の種類やプローブのタイプで検索することができます。
ProDom
Swiss-ProtとTrEMBLのデータから自動生成したタンパク質ドメインファミリーのデータベースです。ProDomデータベースはInterProプロジェクトの一部です。
Rhone-Alpes Bioinformatics Center
ProMode
基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを使うことによって、アニメーションで観察するすることができます。Chimeのコマンドを利用して、分子の色を変えたり、表示方法を変えたりすることも可能です。基準振動解析の結果から定義された動的なドメインと、それら相互の運動をらせん運動として解析した結果も Chimeで表示されます。
早稲田大学
ProNIT
Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が含まれています。
ProTherm
Thermodynamic Database for Protein and Mutants
正常蛋白質及び実験的に作成した変異蛋白質の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。蛋白質の立体構造や安定性を理解するうえで重要です。二次構造や野生型残基へのアクセシビリティ、実験条件（pH、温度、バッファー、イオン、タンパク質濃度）、測定方法、活性情報（Km、Kcat）、文献情報等も含まれています。
Pseudogene.org
ヒトの偽遺伝子に関する情報を得られるサイトです。
Yale University
PubMed
MEDLINEおよび生命科学分野のジャーナル文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録など）を収録したデータベースです。全文をフリーで公開している文献については、提供サイトへのリンクが張られています。
QFBASE
カニクイザルcDNAデータベース
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄、脾臓、膵臓、腎臓、心臓、胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供しています。約120,000の5'末端配列 (5'-EST) 、約22,000の3'末端配列、約9,600の全長cDNA配列が現在登録されています。配列はヒト標準遺伝子 (RefSeq) 配列とのホモロジーによって整理されています。現在、ヒト遺伝子名からの検索またはBLASTサーチによるホモロジー検索により、目的のクローンを探すことが出来ます。
RAD
Rice Annotation Database
イネゲノム研究プログラム(RGP)で蓄積されたイネゲノム(1,3,4&10番染色体)のアノテーション情報及び包括的なゲノム解析情報を提供しています。ゲノム上の予測遺伝子や完全長cDNAのアノテーション情報をグラフィカルに参照できます。
RAP-DB
Rice Annotation Project DataBase
イネアノテーションプロジェクト(RAP)によるイネゲノムの高精度注釈(アノテーション)情報を収録したデータベースです。2種類のアノテーションビューア(GBrowse、G-integra)があり、アノテーション情報をグラフィカルに参照できます。また、ユーザー自身の配列とイネゲノム配列の類似性検索(BLAST,BLAT)を行うことができます。
RARGE
RIKEN Arabidopsis + Genome Encyclopedia
シロイヌナズナに関する情報を提供しており、BLAST検索、cDNA情報、トランスポゾンの変異、マイクロアレイの結果、ゲノム情報などに加えて、Genome情報とPhenome情報を統合した情報も提供しているサイトです。
独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
RDP
The Ribosomal Database Project
細菌及び古細菌のrRNA配列を収めたデータベースです。rRNA配列のアラインメントの他に、類似配列検索ツール及びrRNA配列から生物種分類を行う解析ツール等を提供しています。
Michigan State University
REACTOME
ヒトの生体内の主要反応経路や生化学反応を整備したデータベースです。ヒト以外の20生物種のデータも格納しており、ヒトとの比較ができます。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイ、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われており、SBGN (Sytem Biology Graphical Notation)形式で視覚化されています。パスウエイ解析、生物種間比較、発現解析も行えます。
Reactome Team
READ
Riken Expression Array Database
理研マウスcDNAマイクロアレイで取得した遺伝子発現データのデータベースです。実験情報とデータが登録されており、Web画面上でデータの抽出やグラフィカル表示機能を提供しています。
RefSeq
Reference Sequence
異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています。生物種ごとに、標準となる配列の包括的データセットを提供することを目的としています。配列の情報源はGenBank由来ですが、それらの中から情報を統合して標準となる配列を提供しています。
RGD
The Rat Genome Database
ラットゲノム研究の総合サイトです。ラット遺伝子に関する情報の他に、ラットの系統に関する情報、病態モデルラットに関するデータ、文献情報等を提供しています。
Medical College of Wisconsin/Bioinformatics Research Center
RhizoBase
Genome database for Rhizobia with annotation
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したミヤコグサ根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099を含む、19種の根粒菌の全ゲノム配列情報を収録しています。種毎に、ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。
Rice PIPELINE
複数のイネ関連データベースを統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索 (BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果からリンクによる各データベースの参照を可能としています。現在はKOME (http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/) に統合しています。
Rice Proteome Database
イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。
RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search
理研ゲノム科学総合研究センター(GSC)より寄託を受けたシロイヌナズナ完全長cDNAクローン(RAFL clone)のキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号、NCBI Accesion Number、AGI code、cDNA clone nameの指定が可能です。
RMG
Rice Mitochondrial Genome
イネのミトコンドリアゲノム情報が掲載されています。 ミトコンドリアゲノムの配列や物理地図等の情報を参照できます。
RMOS
Rice Microarray Opening Site
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年開始)に関する総合的な情報が掲載されています。一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。
RPG
Ribosomal Protein Gene Database
24種の真核生物、4種の古細菌、4種の真正細菌のリボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、フグ、ショウジョウバエ、線虫については、ミトコンドリアリボソームタンパク質遺伝子も収録されています。各遺伝子について、核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、オルソロググループの遺伝子構造とマルチプルアラインメントが掲載されています。
SASSC Quick search
The Sendai Arabidopsis Seed Stock Center
仙台シロイヌナズナ種子保存センター（SASSC）より寄託されたシロイヌナズナ野生株・近縁種等の種子に関わるデータベースです。各エントリーには葉の表現系や開花情報、写真が掲載されています。
RiceGAAS
Rice Genome Automated Annotation System (イネゲノム自動アノテーションシステム)
イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベースです。 遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されています。
SBM DB
Systems Biology and Medicine Database
SBM DBは包括的な遺伝子発現データベースです。 ヒトの正常組織や、様々な、組織や細胞、疾患状態や薬剤による遺伝子発現プロファイルを oligo-nuculeotide DNAマイクロアレイ「GeneChip(R)」により解析したものです。 当データベースの遺伝子発現データは、LSBM（Laboratory for Systems Biology and Medicine）、 およびその共同研究者により提供されています。
東京大学 先端科学技術研究センター
SCMD
Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
出芽酵母遺伝子破壊株の形態（出芽の状態）の顕微鏡写真を収集し、形態の様々な特徴をパラメータ化しているデータベースです。細胞の大きさ、細長さ、芽の位置など細胞形態情報を定量的データとして取得する画像処理ソフトウェアを開発し、形態の特徴抽出や類似性による分類を自動的に行います。
SCOP
Structural Classification of Proteins
タンパク質の立体構造をドメインを単位として、進化と構造の類縁関係を考慮して階層的に分類したデータベースです。分類は手動で行なわれています。
The Medical Research Council (MRC) Laboratory of Molecular Biology
SGD
Sugi Genome Database
本データベースは、スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性などに関する情報を提供しています。
独立行政法人森林総合研究所
Saccharomyces Genome Database
スタンフォード大学による出芽酵母の分子生物学データベースです。出芽酵母のゲノムや生物学に関する様々な情報が収録されており、キュレーターによって情報の更新や維持がなされています。SGDでは、Gene Name Registryと呼ばれる出芽酵母の全遺伝子名の管理も行っています。
SilkBase
EST analysis of silkworm gene expression
家蚕であるカイコ及び野蚕の一種であるエリサンはわが国独自のモデル生物であり、鱗翅目（絹糸昆虫および農業害虫の多くがここへ入る）の代表として世界の昆虫研究をリードする研究対象となっています。「SilkBase」は、これらカイコとエリサン(将来的に野蚕のクワコを追加)のゲノム情報を使って構築したデータベースで、ショウジョウバエや蚊類のゲノムデータベースなどでは得られない鱗翅目昆虫に特異的な遺伝子情報が大量に登録されています。
Silkworm Base
Silkworm Genetic Resource Database
カイコリソースの総合データベースです。系統、変異体遺伝子情報のほか、文献情報等が掲載されており、目的に応じて各種バイオリソースの提供を受けることができます。
Silver Project: Ape Genome Sequencing
チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
dbSNP
The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)
1～数塩基の置換、挿入/欠失、反復等の多型情報からなるデータベースです。各SNPについて、集団間での多型頻度の違いを視覚的に比較することもできます。
SPAD
Signaling Pathway Database
遺伝子発現や細胞増殖を制御する膨大なシグナル伝達パスウェイ情報を整理し、可視化したデータベースです。SPADでは、細胞内シグナルパスウエイの引き金となる細胞外シグナル分子に基づき、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスの4つのカテゴリーにパスウエイを分類しています。DNAやタンパク質の配列情報の他、タンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質-DNA相互作用の情報も蓄積しています。
九州大学 大学院生物資源環境科学府
Species 2000
Species 2000は、生物多様性研究の基本となるデータセットとして、現在知られている地球上の生物（動物、植物、菌類、微生物）の種を全て列挙し、地球生物種カタログの作成を目指しているプロジェクトです。生物種データベース「Catalogue of Life」を公開しています。現在、80種類のデータベースに由来する1,293,517生物種の情報が収録されています。
University of Reading
The NAISTrap Project
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成しました。トラップされた遺伝子の配列と、さらにはその配列に基づいて作成したDNAマイクロアレイを用いてマウス体内における遺伝子発現パターンを解析しています。
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
NBRP-Rat
The National BioResource Project for the Rat in Japan
ラットの系統、特性、研究対象分野の検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。ラット資源の保存情報、世代数、特性や繁殖方法、参考文献などの情報が提供されています。
京都大学 大学院医学研究科 附属動物実験施設
TMIG-2DPAGE Database
老化の指標となるタンパク質についての二次元電気泳動実験結果を掲載したデータベースです。
Tobacco EST clones from BY-2 cells Database Search
理研植物科学研究センター(PSC)より寄託を受けたタバコBY-2培養細胞ESTクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、BY-2 EST clone name、DDBJ accession numberを指定することが可能です。
TP-Search
薬物体内動態を規定する重要な役割を果たしていることが想定される薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベースです。全ての情報は非常に多くの文献から抽出されたものです。トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウスやラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されています。
東京大学 大学院薬学系研究科
Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli
大腸菌2成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データを公開しています。2成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の解析が可能です。 ※2012年9月時点で画面によってはリンクエラーが生じます。
奈良先端科学技術大学院大学
TranspoGene
The influence of Transposed Elements (TEs) on the transcriptome of 7 species
7生物種のタンパク質コード領域に存在する可動性遺伝因子Transposed Elements (TEs) のデータベースです。TEsの種類やファミリー、ホスト遺伝子に関する情報が収録されています。
Tel Aviv University
Transposon tag line Database Search
理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異開発研究チームより寄託を受けたトランスポゾンタグライン（第１および第５染色体上に存在するDs因子の転移により挿入変異が生じたライン）の検索ページです。本カタログにはTail PCRにより得られた配列情報についてblast searchを行い、上位２番目までの挿入位置の候補について、近傍にあるMIPSのAGI code numberにより表示を行っています。多くの場合は１番目に記載された位置が正しいと予想されます。検索はGSCのカタログに掲載されているライン番号、ないしはAGI code numberで行ってください。
TraP
Transcription Product Database
古細菌7種の間で、代謝経路（解糖系、TCA回路、電子伝達系、アミノ酸生合成、核酸生合成）を比較したデータベースです。種による差分のハイライト表示が可能です。
TRSIG
Database on Translational Signals
遺伝子発現は転写だけでなく、翻訳のレベルでも制御されています。そこで、mRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベースを構築しました。現在、18種類のウィルス、10種類の植物、10種類の動物のシグナルを収録しています。
UCSC Genome Bioinformatics
ゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムブラウザ/データベースとして公開しているプロジェクトです。ゲノム上にマッピングされた様々な分子情報や実験データを閲覧する機能や、ホモロジー検索、データダウンロードなどの便利な機能を提供しています。ユーザ側が用意したデータをゲノムブラウザ上に表示させることも可能です。
University of California, Santa Cruz
UniGene
転写産物の非冗長配列セット（クラスター）を自動的に生成し、収録しています。各クラスターは別々の遺伝子、あるいは発現偽遺伝子を表し、クラスタごとに相同タンパク、遺伝子発現、ゲノム位置、mRNA配列、EST配列、cDNAクローンの情報を提供しています。
UniProt
The Universal Protein Resource
アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。 UniProtKB: 文献情報などを元に手作業で高品質のアノテーションを付けたSwissProtと、機械的にアノテーションを加えたTrEMBLを公開しています。 UniRef: あらかじめ行われた配列相同性検索の結果を提供しています。 UniParc: 配列IDごとに他のデータベースのID等の情報をまとめています。
UniProt Consortium
UniSTS
STS (Sequence Tagged Site:ゲノム上での位置が決定されている塩基配列情報)の総合データベースです。データソースには、dbSTS、RHdb、GDB、さまざまなヒトマップ、さまざまなマウスマップが含まれます。各STSにつき、定義したPCRプライマー、ゲノムマッピング、e-PCRの結果（配列）、文献等の情報が提供されています。
UTGB Medaka Genome Browser
University of Tokyo Genome Browser
メダカに関して、ゲノムブラウザの利用が可能です。ゲノムブラウザは、洗練されたインターフェースやAJAXによる非同期通信技術により、スムーズに使用できるよう設計されています。Toolkitとしてダウンロードが可能です。
V. parahaemolyticus Genome Information
腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。データ全体の一括ダウンロードも可能です。
XDB
Xenopus laevis Database
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されています。アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされています。WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されています。
XenoBiores
ナショナルバイオリソースプロジェクト 「ネッタイツメガエルの近交化・標準系統の樹立・提供」のWEBサイト
NBRPネッタイツメガエルのプロジェクトは平成24年3月に終了し、同6月に新規事業として再スタートしました。過去に収集されたネッタイツメガエルの近交化、標準系統の樹立、および、その保存と提供を行います。現在は、安田系統、Ivory Coast 系統を提供し、旧NBRP として東京大学で維持してきたNigerian、Golden、および浅島の各系統は、産業技術総合研究所 幹細胞工学研究センター 器官発生研究チームから提供されています。
広島大学 大学院理学研究科附属両生類研究施設
Yeast
ナショナルバイオリソースプロジェクト - 酵母
分裂、出芽酵母株の菌株、プラスミド、ライブラリ、完全長cDNAなどのリソースの検索が可能です。また、それらの分与申し込みも可能です。
大阪市立大学 大学院理学研究科
カイコ完全長cDNAデータベース
カイコの完全長cDNAデータベースです。カイコ完全長cDNA末端塩基配列データベース、カイコEST塩基配列データベース(SilkBase) を対象にしてBLASTによる相同性検索が可能です。
東京大学 大学院農学生命科学研究科
Mutant Panel
Tos17ミュータントパネルのページ
農業生物資源研究所遺伝子機能研究チームは、イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成しています。このデータベースではトランスポゾンに隣接する塩基配列を検索したり、3次元DNAプールを用いたPCRスクリーニングの結果から系統名を検索できるようにしています。利用にはユーザ登録が必要です。
原生生物情報サーバ
原生生物とその他の微生物の画像（静止画 81037枚、内訳：総計765属、3203種、15434サンプル、および、動画 2261クリップ、淡水産が主）と関連情報を提供しています。
法政大学
植物遺伝子材料カタログ
平成8年度より植物細胞開発銀行より提供をおこなっていた遺伝子材料について引き続き実験植物開発室より提供を行なっています。
植物培養細胞カタログ
平成8年度より植物細胞開発銀行が提供をおこなっていた植物培養細胞のカタログです。植物細胞開発銀行の業務は2001年4月より理化学研究所バイオリソースセンターに移管しており、現在では実験植物開発室が行なっています。
統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル
高感度の放射活性を利用したDNAアレイを利用して、統合失調症の脳3領域における病態遺伝子プロファイルを取得し、約2-3000個の主要な既知遺伝子mRNAの発現変化率とその個人差を解析した結果を公開しています。
新潟大学 脳研究所 基礎神経科学部門 分子神経生物学分野
AgriTOGO
農林水産生物ゲノム情報統合データベース
農林水産生物ゲノム情報統合データベースは、農林水産省の研究の成果として公開している情報を統合し、より価値の高い情報を発信することを目的としています。統合検索システム、統合データベース、データベースや解説ツールの紹介、ダウンロードデータなどを提供しています。
3DPSD
３次元医薬品構造データベース
３次元医薬品構造データベース(3DPSD)は医療用医薬品の３次元構造を格納したデータベースで、全ての構造データを公開しています。3DPSDは医薬品の一般名（英名）をアルファベット順に収納し、名称により検索できる階層型データベースと、平面構造式を用いて医薬品を検索できる構造検索システムから成ります。階層型データベースが収納する３次元構造データは、分子モデリングの手法によって計算された分子の最安定構造や分子の運動性を表すアニメーション、電子密度面に貼り付けた静電ポテンシャルマップなどを提供しています。
東京薬科大学 薬学部
GETDB
Gal4 Enhancer Trap Insertion Database
ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定しました。また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにしました。本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されています。
TABR
Tropical Asian Bees Reference Database
熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース(TABR)は、熱帯・亜熱帯アジア産ハナバチ類に関する主要な文献について、掲載された各文献中のハナバチの分類単位(種、属、科等の学名)を一つのレコードとした英語による文献データベースです。各レコードには、科名、属名、同物異名、分布のほか、文献、模式産地、模式標本の所在地など11項目を採録しています。
Soybean Proteome Database
ダイズプロテオームデータベース
2D-PAGEによるダイズのプロテオーム解析の結果を主に収録しているデータベースです。ダイズの各器官に存在するタンパク質や細胞内局在性を示すタンパク質を泳動写真マップから閲覧することが可能です。またトランスクリプトーム解析、メタボローム解析のデータ、及び各種実験のプロトコルPDFも公開しています。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究所
民族薬物データベース
民族薬物データベースには、民族薬物資料館に保管されている生薬の標本情報及び学術情報が収録されています。その内、和漢薬4,800点（英語3,500点）、ユナニー生薬177点、タイ生薬668点を公開しています。
富山大学 和漢医薬学総合研究所
日本で維持されている可移植性腫瘍株一覧表
この一覧表は、全国の研究者にアンケートを送って移植腫瘍の情報を収集し、まとめたものです。1,002株の情報が収められています。
PROSITE
Database of protein domains, families and functional sites
タンパク質のファミリーやドメインに関するデータベースで、主にUniProtKB/Swiss-Protエントリーのドメイン機能のアノテーションに使用されています。現在、1,000以上のファミリーやドメインに対して特徴的なパターンやプロファイルを収集しています。各ファミリーやドメインを解説した文書エントリーおよびプロファイルやパターンに基づいたProRuleエントリーで構成されています。ユーザーが入力した配列からドメインや機能部位を予測することもできます。
Swiss Institute of Bioinformatics
GeneCards
オーソロジー、疾患関連、SNPs、遺伝子発現、遺伝子機能はもちろん、広範囲に存在するゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクス情報を効率よく検索できるようにしたヒトゲノム情報のデータベースです。
Weizmann Institute of Science
Epigenomics
クロマチン修飾（ヒストン修飾、DNAメチル化、DNA分解酵素フットプリント法）のゲノム網羅的研究結果を収録しています。一研究につき、サンプル情報、アッセイの種類、データソース、文献情報が登録されており、実験データはNCBIシーケンスビューワを用いてゲノム配列上に視覚的に分かりやすく表示されます。
dbVar
Database of Genomic Structural Variation
大規模なゲノム構造変異（挿入、欠失、転座、逆位など）に関する情報を収録しています。
Plasma Proteome Database
ヒト血漿タンパク質とそのisoformの包括的リソースです。Isoform特異的発現、関連する疾患、局在、翻訳後修飾、一塩基多型の情報が収集されています。このデータベースで提供される情報は、徹底的な文献調査のもと手作業によるアノテーション付与がなされています。各タンパク質は、キーワードによる検索、あるいは分子機能、ドメイン、モチーフ、PTM、細胞構成成分のカテゴリーから辿ることができます。
Johns Hopkins University
Amphibian Species of the World
世界に生息する両性類の種のデータベース。階層化された両生類の生物学上の分類が表示され、各分類（網:class、目:order、科:family、亜科:subfamily、属:genus、種:species）ついて同義語、英語名、生息地域（分布）、下位分類、コメントを見ることができます。
American Museum of Natural History
Ano Base
The Anopheles Database
ガンビエハマダラカ、ネッタイシマカなどのマラリアを媒介する蚊の種名情報やゲノム情報のデータベースです。
Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB)
Avibase
The World Bird Database
全世界に生息する鳥に関するデータベース。鳥の分布、分類、同義語、各言語での表記法（日本語もある）等を見ることができ、分布は世界地図（画像）で見ることができます。鳥の調査のために世界各地を訪れた際の記録も公開されています。
Bird Studies Canada
BOLD
Barcode of Life Data Systems
DNAバーコード （生物種を特徴付ける短いDNA配列）のデータベース。
The Consortium for the Barcode of Life (CBOL)
BGPlants
Data-base on the plants kept in the Botanical Garden
施設に保存されている研究用植物のデータベース。日本全国の植物園などの施設に系統保存されている植物データの登録・公開を行っています。
研究用植物データベース作成グループ
Bio-Resourse Network
Bio-Resourse Networkの各種システムは、微生物株の分類同定を支援し、ユーザの研究資材データベース作成を支援します。
BioCyc
各種生物の代謝マップが納められたパスウェイデータベースです。
SRI International
Blocks
類似タンパク質のアミノ酸配列のマルチプルアライメントから自動的に抽出したモチーフのデータベースです。
Fred Hutchinson Cancer Research Center
CAGE Basic Viewer
CAGE法によって集められたRNAライブラリやCAGEライブラリなどのデータを検索、閲覧するシステムです。CAGE(Cap Analysis Gene Expression)法とは、遺伝子プロモーター領域を効率よく同定できる手法です。このCAGE法を用いることによって、遺伝子の転写開始点を見つけるために必要な短い配列（タグ）を短時間で大量に収集することができます。
CarpeDB
A Comprehensive Database on the Genetics of Epilepsy
遺伝性てんかんの包括的なデータベースで、遺伝子の情報や論文情報を閲覧できます。また新規データの登録も受付けています。
The University of Alabama
CGAP
The Cancer Genome Anatomy Project
種々の臓器における正常、前癌、癌の各細胞で発現している遺伝子を収録したデータベースです。米国立癌研究所（NCI）のプロジェクトで、正常、前がん状態、がん細胞の発現プロファイルを決定し、がんの発見や診断、治療を向上させることを目標としています。本プロジェクトのリソースはがん関連コミュニティにおいて広く入手することができます。
Codon Table
各種生物のコドンテーブルを掲載。
Conserved Domains and Protein Classification
蛋白質の保存されたドメイン構造についてのアノテーションデータベースです。
CREB Target Gene Database
転写因子CREB（cyclic AMP response element-binding protein：cAMP応答配列結合タンパク質）の標的遺伝子のデータベースです。データベース内の各遺伝子には以下の情報が与えられています。 1. プロモータ上のCREB結合部位 2. CREBによるプロモータ局在 3. 細胞組織内のcAMPによる遺伝子活性化
Salk Institute
DGVa
Database of Genomic Variants Archive
ゲノム上の構造多型データベース。すべての生物種および表現型の生物の構造多型を対象に登録されたデータを、閲覧、ダウンロードすることができます。収録データは、構造多型、ゲノム上の挿入(insertions)、欠失(deletions)、コピー数多型(CNVs：copy number variants)が対象となっています。NCBIのDbVarとカナダのDGVとの国際共同データベースの一環です。
Disease Ontology Wiki
疾患オントロジー。この疾患オントロジーでは、病気とその関連症状を特定の医学コードに容易にマッピングできるように設計されています。
Center for Genetic Medicine
EcoCyc
大腸菌の代謝系の情報データベース。代謝系のマップの表示、経路に関連したタンパク質の情報の取得が可能です。
EGO
Eukaryotic Gene Orthologues
真核生物のオーソロガス遺伝子のデータベース。
Dana-Farber Cancer Institute
ENZYME
Enzyme nomenclature database
酵素の分類、名前、機能、基質、生成物、阻害剤などを登録したデータベースです。
EROP-Moscow
Endogenous Regulatory OligoPeptide knowledgebase
オリゴペプチド配列のデータベース。オリゴペプチドの構造、機能、翻訳後修飾等、クォリティの高いアノテーションを提供しています。
Experimental Animal Database Search
実験動物の情報データベースです。日本実験動物協会が収集及び提供する動物実験関連情報を検索することができます。
FABA
Four-dimensional Ascidian Body Atlas
多細胞生物の発生の時間的経過に伴う３次元構造画像のデータベース。カタユウレイボヤの受精卵から孵化後幼生までの26段階の発生ステージについて、形態の3次元画像および断面画像を取得し、データベース化しています。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することにより得られたものです。
慶應義塾大学
FACTS
Functional Association/Annotation of cDNA Clones from Text/Sequence Sources
遺伝子に、文献情報をマッピングしたデータベースです。
FIDD
The Frequency of Inherited Disorders Database
世界中の遺伝病に関する情報を文献から収集・整理したデータベース。
Cardiff University School of Medicine
FishBase
世界中に生息する魚類の詳細な情報を集めたデータベースです。
FishBase Consortium
Flytrap
ショウジョウバエ脳におけるP（Gal4）line の発現パターンを収録したデータベースです。
The University of Edinburgh
FMRIDC
The fMRI Data Center
機能的磁気共鳴映像法（fMRI）データの集積所としての役割をはたしているサイトです。
FMA
FoundationalModelAnatomy
人の解剖学基本模型データベース。
University of Washington
GeMCRIS
Genetic Modification Clinical Research Information System
600以上の遺伝子治療方法、遺伝子導入に関する情報をまとめたデータベースです。
Office of Biotechnology Activities
GENATLAS
ヒトゲノム計画の成果を公開している分子生物学データベースです。
Universite Rene Descartes
GenBank
公に利用できる注釈付きDNA配列のデータベース。 The International Nucleotide Sequence Database Collaborationの一部。 the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) と相互にデータ交換を毎日行っています。
BioGPS
ヒトおよびマウスの遺伝子発現情報データベース。
Genomics Institute of the Novartis Research Foundation
GeneLoc
ヒト染色体の統合化されたマップを公開しています。
GenomeNet
ゲノムネットは、生物学・医学に関連したさまざまなデータベースと解析ツールが誰でも自由に利用できるインターネットサービスです。世界中に存在する生物学・医学関連の多様なデータベースを、各研究者のデスクトップで統合して利用できる環境を目指しています。
GISD
Global Invasive Species Database
全世界の侵入生物種（invasive species）に関するデータベース。
The Invasive Species Specialist Group
GOALL
GeneOntology、TraitOntology、Taxonomyのデータ構造のビューア。元のデータはGene Ontology Database http://www.godatabase.org/dev/database/から得ています。
RIKEN Hub Database Project
タイリングアレイ（遺伝子発現情報）とゲノム情報を組み合わせて統計的に解析することにより、遺伝子の構造を高い精度で推定する新しい情報処理技術を開発しました。この技術をシロイヌナズナのデータに適用し、これまでに知られている約２万７千の遺伝子領域のほかにも、約５千２百箇所の領域で発現している新たな遺伝子構造を見出し公開しています。遺伝子のネットワークや変異体の有無に関する情報もあわせて提供しています。「Forward Genetics」、「Reverse Genetics」、「Data Integration」、「Estimation of Candidate Genes」を連携させた「統合Genetics」としてのシステムであり、また、この処理を行うために独自に開発したプログラムARTADE（アートエード）の全ソースコード（プログラム内容）も公開しています。近年のゲノミクスの発展によって、膨大な量の公開データとバイオリソースの蓄積が進行しています。これらをバイオインフォマティクスによって統合化し、より効率的な原因遺伝子探索のストラテジーを作り出すことを目的としています。
HIV Structural Database and Chem-BLAST
HIVの構造データベース。2次元構造（化学式）、3次元構造（立体構造）どちらも見ることができます。
National Institute of Standards and Technology
HOVERGEN
Homologous Vertebrate Genes Database
ACNUC sequence databaseを下地とした脊椎動物遺伝子のデータベース。FamFetch application をインストールすると、GUIからアライメントや系統樹を見ることができます。
Hoppsigen
Homologous Processed Pseudogenes database
プロセス型偽遺伝子のデータベース。
HOSTS
A Database of the World's Lepidopteran Hostplants
世界中に生息するチョウやガの幼虫が食べる植物の情報を集めたデータベース。
Natural History Museum
HS3D
Homo Sapiens Splice Sites Dataset
GenBankから抽出したヒトのエキソン、イントロン、スプライス領域のデータセットを提供しています。
Universita degli Studi del Sannio di Benevento
Human Genome Segmental Duplication Database
ヒトゲノムの重複断片のデータベース。
IARC TP53 Database
p53の変異、遺伝病、その解析結果のデータベースです。
International Agency for Research on Cancer
IMGT/LIGM-DB
IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®/LIGM-DB
ヒトおよびその他の脊椎動物の免疫グロブリン、T細胞受容体に関するアノテーションが付与された配列のデータベースです。
INE 稲
INtegrated Rice Genome Explorer
イネの染色体の連鎖地図、物理地図、EST Mapを掲載。現在はWhoGA (http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/index.html.ja) から提供されています。
Kyushu University Rice Database
九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター植物遺伝子開発分野が収集および保存しているイネ品種・系統のデータベース。国内外の品種系統(HO系統、1,398 系統)、FAO国際共同研究供試品種(IBP系統、276 系統)、国内外の陸稲品種(UP系統、342系統)を含んでいます。
LOCATE
subcellular localization database
理研のFANTOM3のタンパク質配列セットに対して、膜組織や細胞内局在性に関する情報を人の手で付加したデータのデータベース。膜組織は MemO pipeline を用いて予測しており、細胞内局在は免疫蛍光検査測定法と人の手による文献の調査によって決定しています。
The University of Queensland
MAEDA
Micro Array Expression DAta search
シロイヌナズナの遺伝子発現データベース。 RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia：http://rarge.gsc.riken.jp/index.html のページで提供されています。
MassBank
High Resolution Mass Spectral Database
代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。
MassBank プロジェクト
MnM
Minimotif Miner (Application to search for short sequence motifs in proteins)
翻訳後修飾、タンパク質・核酸・小分子との結合、タンパク質輸送に関与する短い機能モチーフのデータベース。モチーフを選択する助けとしてMnMではモチーフをランク付けしています。このランク付けは、プロテオーム頻度、タンパク質表面予測、進化的保存性に基づいて行われています。
University of Connecticut
University of Nevada
Mouse Genetic Resources
国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室において維持されているマウス系統に関する情報、及びそれらのマウス系統を用いた遺伝解析に必要な基礎情報を提供しています。
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 系統生物研究センター・哺乳動物遺伝研究室
Mouse SAGE Site
マウスの様々な組織や細胞株から生成された SAGE (Serial Analysis of gene expression) ライブラリのデータベース。
Institute of Molecular Genetics of the ASCR, v.v.i.
Myc Cancer Gene
Myc標的遺伝子およびMycと癌の関連をまとめたデータベースです。
NONCODE
あらゆる種類の非コードRNA（noncoding RNAs）のデータベース（tRNAとrRNAは除く）です。
Bioinformatics Research Group, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences.
OBIS
Ocean Biogeographic Information System
様々な情報源（データベース）の海洋学関連のデータを評価・統合し、多数の海洋生物に関するデータを閲覧、検索できるサイトです。
Census of Marine Life
OBO
Open Biomedical Ontologies
医学・生物学分野で使用される語彙を収集し、構造化しています。
Berkeley Bioinformatics Open-source Project
Okdb
Ovarian Kaleidoscope Database
卵巣内で発現する遺伝子の生物学的機能、発現パターン、発現規則に関する情報を集めたデータベース。
OWL
Swiss-Prot, PIR, GenBank（翻訳したもの）, NRL_3Dのデータをもとにして、重複がないように再構成したものです。
University of Manchester Bioinformatics Education and Research
PDBsum
PDB (Protein Data Bank)に登録されているタンパク質の巨大分子構造をひと目で概観できる画像データベース。タンパク質の分子構造や相互作用を図で見ることができます。
PlantsT
Functional Genomics of Plant Transporters
60種類以上の植物の輸送タンパク質、トランスポーター遺伝子の情報を集めたデータベース。タンパク質の情報（名前、同義語、キーワード、特性、配列、長さ、重量、遺伝子発現データ等）のほかに、タンパク質ファミリーのアライメント、系統樹などを見ることができます。
Purdue University
Pmda
Pharmaceuticals and Medical Devices Agency (医薬品医療機器情報提供ホームページ)
医薬品・医療機器等の安全な使用に役立てるため、医薬品関連情報、医療機器関連情報、医療用医薬品および一般医薬品添付文書情報、安全情報を提供しています。
独立行政法人医薬品医療機器総合機構
中毒データベース検索システム
中毒に関連した情報データベースです。検索条件を入力する前にヘッダーの「中毒情報」や「中毒情報検索（商品分類一覧）」を参照し、原因商品の分類やタイトルを確認すると効率よく検索ができます。医薬品に関する情報だけに留まらず、家庭用品に至るまで身近なものに対し広範囲に網羅しています。
大学病院医療情報ネットワーク
PRIDE
PRoteomics IDEntifications database
プロテオームデータの公的レポジトリ。質量分析ペプチドおよび蛋白質の同定データの公的レポジトリ。
PKR
Protein Kinase Resource
タンパク質キナーゼの様々な情報（配列、立体構造、アノテーション等）を統合し、Webインタフェースからそれらのデータを閲覧、分析できるシステムです。
San Diego Supercomputer Center
RAFL cDNAs
RIKEN Arabidopsis Full-length cDNA
シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14,668の非冗長のcDNAグループのクラスタに分類し、また、14,034種のシロイヌナズナ遺伝子について、5'末端の配列データを得、制御領域（プロモーター）データベースを構築したものです。
RED
Rice Expression Database
REDは、農業生物資源研究所(NIAS)遺伝子発現研究チームと農林水産先端技術研究所(STAFF研)マイクロアレイグループの共同運営組織）によって管理されています。1999年4月から2003年3月までにイネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したページです。現在はKOME（(http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/） に統合しています。
REMIB
The World Biodiversity Information Network (REMIB)
生物学的多様性に関する情報を持つ機関・データベースをネットワーク化し、ネットワークに参加しているデータベースの情報に一元的にアクセス・検索することができるシステムです。
Mexican National Commission on Biodiversity
Repbase
異なる真核生物から得られた反復性DNAを表す原型の配列のデータベースであるRepbase Update(RU) と、電子ジャーナルRepbase Reports(RR)のサービスを提供しています。
Genetic Information Research Institute
RGP
The Rice Genome Research Program
イネゲノムの高密度分子遺伝地図、酵母人工染色体（YAC）の整列化地図、65000個のEST塩基配列情報、及び、これらESTをYAC整列化地図上に位置づけた発現遺伝子地図が公開されています。
RIKEN BIORESOURCE CENTER EXPERIMENTAL ANIMAL DIVISION
バイオリソースセンターにおいて提供を行っている実験動物（マウス）の系統検索等のデータベースのポータルサイト。
老化促進モデルマウス (SAM)研究協議会
老化促進モデルマウス（SAM）に関する掲載論文の書誌情報データベース。
老化促進モデルマウス（SAM）研究協議会
SEER
Surveillance Epidemiology and End Results
1973年からアメリカでの癌の罹患率や生存率、死亡率等、癌に関する統計データを収集しているサイト。30種類以上の癌の情報を集めており、アメリカの人口の約26パーセントをカバーしています。300万人以上の癌患者の腫瘍診断や治療法に関する情報も閲覧することができます。
National Cancer Institute
SHIGEN
Shared Information of GENetic Resources
遺伝資源情報の提供者と利用者が一緒に作り上げる情報アーカイブ。SHIGENプロジェクトは <1> 実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供する(WGR) <2> 国内の利用可能な資源に関しては、関連する様々な情報を含めた統合データベースを構築して利用者の便宜を図る <3> 日本の生物遺伝資源委員会の活動に関する最新の情報を提供する (GRC) <4> 国内の遺伝資源に関するデータベース構築を支援する(Databases) などを目的として、国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報センター(三島市)で推進しています。ここでいう「遺伝資源」とは、遺伝物質を含み、増殖、保存、分譲が可能な実験材料(生物個体、 組織、細胞、DNA、笂など)をさします。本センターは国内の遺伝資源情報の中心を担うべく、1998年に設立されました。また2002年7月に発足したナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)における情報中核機関としても機能しています。
snoRNABase
ヒトのsnoRNA（small nucleolar RNA：核小体低分子RNA）に関する包括的なデータベース。
Laboratoire de Biologie Moleculaire des Eucaryotes
Springer Protocols
ライフサイエンスや医学などに主に使われる、実験の手順や注意点などをまとめたプロトコルのデータベースです。18,000件のプロトコルを収録しており、テキスト検索と分野別ブラウズが可能です。Videoプロトコルも収録されています。
Springer Science+Business Media
SRS
Sequence Retrieval System
生物学に関するサーチエンジン。ライフサイエンスインフォマティックスの統合プラットフォームとして、400以上の世界各地のデータベースをリンクし、独自のIndex生成により一度の検索で全ての関連情報を入手することが可能です。
SMD
Stanford Microarray database
マイクロアレイの遺伝子発現データをデータベース化しています。
HPV Sequence Database
性感染するバクテリアおよびウイルスに関する分子配列情報を集めたデータベース。遺伝子の詳細データや配列、パスウェイなどを見ることができます。
Los Alamos National Laboratory
OSF online
Orthoptera Species File Online
世界中に生息するキリギリス上科の昆虫のデータベース。キリギリス上科に属する昆虫の説明、分布、画像等を見ることができます。
Illinois Natural History Survey
Museum of Comparative Zoology
The Chromosome 7 Annotation Project
ヒト7番染色体に関するデータベース。ヒト7番染色体に総合的な説明を作成することを目的としています。
DRAFT SEQUENCE OF FUGU GENOME ASSEMBLY RELEASE 1, 2, 3 and 4
フグのDNA配列、EST配列を公開しています。
Queen Mary, University of London
The New York Botanical Garden
世界中の植物に関する記事や本のデータ、700万種以上の植物標本を集めたデータベース。
International Plant Science Center
PomBase
Schizosaccharomyces pombeゲノムに関する統合データベース。S.pombeに関する他のサイト、解析ツールへのリンクが充実しており、S.pombeに関する様々な検索、解析がこのサイトから実行できます。
Sanger Institute
United States Regulatory Agencies Unified Biotechnology Website
アメリカ国内で検査を受けた、食品、食料用遺伝子組み換え作物のデータベース。
National Biological Information Infrastructure
WBD
World Biodiversity Database
世界中の生物種の分類データベース。各生物種についての解説、分類、同義語、文献情報、写真、映像、音声等を閲覧することができます。
ETI BioInformatics
WER
WHO疫学週報トピックス(Weekly Epidemiological Record)
WHOの疫学週報、Weekly Epidemiological Record(WER)を邦訳したものを公開しています。この週報は、WHOのHealth Information Management and Dissemination が、国際保健規則（International Health Regulation）に準ずる疾患の流行や事例、あるいは、進行・再興感染症を含む公衆衛生上重要な伝染病に関する迅速な疫学情報を提供するもので、毎週金曜日にWHOのホームページ上で英・仏語で提供されています。その情報を簡単に入手できるように、邦訳、公開をしています。
神戸大学 医学部
文献データベースPRF/LITDB
国内のペプチドを主題として扱った論文のタイトル、雑誌名、独自の抄録を収録した文献データベース。内容に応じて10種の分野に文献を分別し、セクションコードが与えられています。
マウス画像データベース
国立遺伝学研究所、浜松医科大学、宮崎大学、埼玉県がんセンター研究所等で維持しているマウス系統の画像、および国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室が所蔵している中国産野生ハツカネズミの標本画像を公開しています。
家畜ゲノムデータベース
家畜ゲノム解析研究プログラム（略称：ＡＧＰ）で開発されたブタのマイクロサテライトマーカー等のＤＮＡマーカー、ブタ連鎖地図（ToNMaP）等についての情報を提供しています。
極域動物標本データベース
国立極地研究所が収蔵している全動物標本（約2500点）を掲載しています。極域に生息する生物の理解を少しでも深めるため、標本を撮影し、分類群などで検索できるデータベースとして公開されました。
情報・システム研究機構 国立極地研究所
佐賀大学電子図書館 植物遺伝資源検索
佐賀大学が所有する、柑橘及びミカン亜科植物の形態、分布、特徴及び画像を収録したデータベース。
佐賀大学
森林生物情報
このデータベースは、森林病害虫獣を含め、日本の森林に関係する種の個々の生態等について簡単な説明と写真を掲載したものです。現在、菌類及び樹木病原性生物28件、昆虫・小動物類116種、鳥獣類14種、昆虫病原微生物32種、カエル類35種を収録しています。
動物行動の映像データベース (movie archives of Animal Behavior)
動物行動の映像データベース。動物の行動や種類別に映像を分類しています。
帝京科学大学 生命環境学部 アニマルサイエンス学科
苫小牧研究林生命情報データベース (Biological Information in Tomakomai Experimental Forest)
苫小牧研究林所蔵の標本情報のデータベース。データベースのリストは「日本産昆虫目録データベース(MOKUROKU)」(http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/mokuroku/index-j.html) および「日本産蛾類大図鑑」(講談社 1982)を元に作成しています。
北海道大学 総合博物館
南極昭和基地周辺の蘚苔類 (Handbook of Antarctic Mosses)
昭和基地周辺の蘚苔類の生態、分布を掲載しています。
萩庭さく葉標本
植物さく葉標本の約５万点が収録されています。
千葉大学 大学院薬学研究科
Database for Genetic Engineering of Microalgae (微細藻類遺伝子工学データベース)
微細藻類の遺伝子組換えの実用化へ向けて役立つ技術を集めたもので、相互に利用を図ることを目指しています。現在は手持ちのラン藻のホストーベクター系を中心に、ベクターの構造、塩基配列、文献などの情報が収められています。
文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報
文部科学省は、5年単位プロジェクトの4代目として、2005年4月に「特定領域研究ゲノム」をスタートさせました。このプロジェクトの研究成果情報を、カテゴリ、期間、領域、受付番号、氏名、キーワードで検索することができます。
文科省科研費ゲノム4領域特定領域「ゲノム」
木材データベース
木材標本庫所蔵の顕微鏡像、表面観、さく葉標本像、採集時の画像、種名、採集情報を掲載しています。
3DMET
A three-dimensional-structure database of natural metabolites
天然分子の三次元構造、物性値を閲覧することができます。細胞内での分子認識においては三次元構造が重要であり、特に農業分野で利用できる（農薬の設計、食品の成分分析等）天然物を中心に構成されています。簡易な入力操作で、構造や物性が類似している化合物を検索し、その構造と種々の物性値を表示します。
5S Ribosomal RNA Database
古細菌、真正細菌、真核生物の5S rRNAの塩基配列を提供しているデータベースです。二次構造や三次構造、修飾分子の情報も掲載されています。
Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Sciences
ostogenesis imperfecta & Ehlers-Danlos syndrome variant databases
骨形成不全症とエーラー・ダンロス症候群を引き起こすと報告されている全ての遺伝子の変異情報を収録することを目的としています。骨形成不全症では、COL1A1, COL1A2, CRTAP, FKBP10, LEPRE1, PLOD2, PPIB, SERPINH1, SP7遺伝子上に変異がみられます。ＩＩＩ型コラーゲン遺伝子COL3A1上の変異は主にエーラー・ダンロス症候群IV型を引き起こします。V型コラーゲン遺伝子COL5A1, COL5A2上の変異は古典型エーラー・ダンロス症候群を主に引き起こします。各遺伝子につき、遺伝子の基本情報、変異に関する報告数、変異配列リスト、ゲノムビューワ、OMIM、HGMD等の外部リンクなど、全てキュレートされた情報が登録されています。
University of Leicester Department of Genetics
A List of Biodiversity Websites in Japan
ネット上に存在する生物多様性関連のWebサイト454件のリンク集です。各生物種ごと、あるいは標本ごとにWebページが存在し、各々について種の特徴が判別できる精細な画像と、その撮影場所、年月日、和名、学名等、デジタル標本としての記載データが付記されているサイトのみを集めています。
ACLAME
A CLAssification of Mobile genetic Elements
ファージゲノムやプラスミド、トランスポゾンを含む、原核生物の全ての既知の可動性遺伝因子(Mobile Genetic Elements; MGEs)の収集とクラス分けを行ったデータベースです。ゲノムや遺伝子の情報を提供するだけでなく、タンパク質や遺伝子、またはそれ以上のレベルにおいての機能的モジュールの包括的なクラス分けを目指しています。
Universite Libre de Bruxelles
addgene
Addgeneは、研究者にプラスミドを分配する非営利組織です。数百の研究室と共同で、論文発表で用いた高品質なプラスミドのライブラリを収集し、プラスミドレポジトリを構築しています。プラスミドと文献をリンクさせることにより、研究者はいつでも必要とするプラスミドとそれに関連するデータを入手することができます。プラスミド寄託用のページ、プラスミド依頼用のページ、プラスミドの配列解析やベクターデータベースへのリンク、関連プロトコルを収集したページが用意されています。
Addgene
Algae Resource Database
藻類に関する株情報の検索、寄託情報、遺伝子情報、藻類の画像、文献情報を検索することができます。その他、株の分譲に関する情報も得ることができます。
Allie
A Search Service for Abbreviation / Long Form
文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健図書館(National Library of Medicine, NLM)の生物医学分野における書誌情報データベースであるMEDLINERに含まれる全ての題目と要旨を対象として、略語とその展開形を検索します。 MEDLINEは2千万件を超す書誌情報を収めており、実際の文献中に出現する領域固有の略語とその展開形を抽出するのに相応しいものとなっています。またAllie Portal (http://data.allie.dbcls.jp/) からSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクもご利用いただけます。
Aminoacyl-tRNA synthetases database
既知のすべてのアミノアシル-tRNA合成酵素のアミノ酸配列を集積しているデータベースです。対応するアミノ酸や生物種により分類されています。X線回折やNMRで解析した三次元構造も掲載されています。アミノアシル-tRNA合成酵素はDNAから蛋白質への遺伝情報の転移を確実にする広範な酵素群です。それらはアミノ酸のtRNAへの結合を触媒し、アンチコドンのヌクレオチドトリプレットと対応するアミノ酸とをマッチングすることにより、遺伝暗号の法則を確立します。
Poznan Supercomputing and Networking Center
Analysis of CASP8 targets and predictions
CASP8に参加したグループの予測構造と、その評価を納めたデータベースです。各グループの予測構造はPyMOLを用いて表示することができます。
University of Texas Southwestern Medical Center
The Androgen Receptor Gene Mutations Database World Wide Web Server
アンドロゲン(男性ホルモン)受容体変異データベースです。PDFファイルによる一覧と、FileMakerPro用データベースファイルのダウンロードによりデータが得られます。
Lady Davis Institute for Medical Research
AphidBase
The Aphid Genome Database
アブラムシゲノム解析コンソーシアムによる成果として、エンドウヒゲナガアブラムシのドラフト配列とアノテーションを公開しています。各種プログラムによる自動的な遺伝子予測結果に加え、着目した2000以上の遺伝子に対しては人手によるキュレーションが施されています。遺伝子モデルに対する機能アノテーションは、系統樹解析をもとにしたオーソログの予測から、ショウジョウバエのGene Ontologyを自動的に付与しています。
Institut national de la recherche agronomique
AQUA DNABook
ヒラメの遺伝地図作成に用いたマイクロサテライトマーカーと魚病診断に用いるプライマーをスポットしたDNAブックです。コイヘルペスなど病原体17種類のDNA断片と、ヒラメやマダイなどの耐病性の判定に利用できる217種類のDNA断片が収められています。DNAブックから調べたい病気のDNAを切り取って溶液に溶かし、魚から採取した試料と反応させれば、約2時間ほどで病気の有無などが診断できます。水産・海洋分野の新しいツールになることが期待されます。
Arabidopsis thaliana EST Index
かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
Arabidopsis thaliana project
ドイツのシロイヌナズナゲノム解析グループのホームページです。クローンやコンティグ、遺伝子情報を公開しています。データベースMatDBでは、シロイヌナズナゲノムデータベースであるMIPS、TIGR、TAIRのアノテーションと配列データの統合情報を提供しています。
Helmholtz Zentrum Munchen
Ares lab Yeast Intron Database
真核ゲノムのスプライシングパターンや制御を理解するために、酵母ORFのイントロン情報やスプライシング因子破壊株のマイクロアレイデータを蓄積しています。各エントリーには、ORF名、イントロンの数と配列、スプライシング位置、検証した文献情報、発現ヒートマップなどが含まれています。
ARSA
All-round Retrieval of Sequence and Annotation
DDBJがWWWならびにWeb APIで提供している高速なキーワード検索サービスです。国際塩基配列データベースのほか、生命科学分野の主要なデータベースに対して統合的な検索を行うことができます。SRSに代表されるような従来のキーワード検索システムでは、検索条件が複雑になるに従って加速度的に検索レスポンスが悪化したり、データ量の増加に伴ってキーワードインデックスの生成に長時間を要したりする課題がありますが、ARASAではXML型データベースエンジンShunsakuEngineを利用することにより、複合条件検索でも高速な検索を実現しています。
AS-ALPS
Alternative splicing-induced ALteration of Protein Structure
遺伝子機能の多様化に重要な役割を果たす現象と考えられている選択的スプライシングが、タンパク質の立体構造や機能にどのような影響を与え得るかについてコンピュータにより解析した結果をまとめたデータベースです。
CAoGD
Comprehensive Aspergillus oryzae Genome Database
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベースです。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には、酒類総合研究所のRIB40株が使われました。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができます。
ASSETs
Alternative Splicing Sequence Enriched Tags
二つのマウス細胞株（メラノサイト、メラノーマ）由来の完全長cDNA ライブラリから選択的スプライシングライブラリ(Alternative Splicing Library: ASL)を構築し、そこから濃縮した選択的スプライシングクローン（Alternative Splicing Sequence TagS: ASSETS）の配列データを得ました。ASSETS の配列はスプライシングの上流と下流の配列を含んでいるためにマウスゲノムと配列と比較することで選択的スプライシングのパターンを知ることが可能となります。Watanuki et. al., Nature Methods (2004) のsupplementary informationです。
ASTRA
Alternative Splicing and Transcription Archives
ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネについて、選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを収集したデータベースです。独自のアルゴリズムを用いて、ゲノム塩基配列とcDNA配列のマッピング結果から得られるエキソン-イントロン構造から、カセット型、5'end型等の種々の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを検出し、分類しています。
AtGenExpress
理化学研究所植物科学研究センターがMaxPlank研究所などと協力して、植物において初めて大規模なトランスクリプトームデータ（Affymetrixチップ1000枚以上）を収集して公開した「AtGenExpress」国際プロジェクト（2004年）の成果です。材料にはモデル植物シロイヌナズナを用い、生育段階、器官特異性、ストレス応答、ホルモン応答、栄養、光など、植物の成長と環境応答に関する基本データを網羅しています。
Atlas (ISH Data Base)
細胞性粘菌 Dictyostelium discoideum AX2 株 cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridizationに基づく空間的遺伝子発現情報（画像）を収録したデータベースです。シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができます。部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができます。
筑波大学 大学院
ATTED-II
Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
AtGenExpressに蓄積されているシロイヌナズナのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しています。遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供しています。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）で表わされます。
BCBC
Beta Cell Biology Consortium
Beta Cell Biology Consortiumは、膵臓ランゲルハンス島の発生と機能に関する理解を進展させる学際的アプローチの促進を目的としています。長期的な目標として、インスリン・デリバリーのための細胞療法の開発を掲げています。ゲノム機能解析研究のデータや、研究リソースの配布を行っています。
BeanGenes (A Phaseolus/Vigna sp. Database)
マメ（インゲンマメ属、ササゲ属）ゲノムデータベースへのリンク集です。※アクセス不可のページが多数みられます。
North Dakota State University
Biology Links
ハーバード大学分子細胞生物学部で公開している生物学全般に関するリンク集です。生物学の各分野や、インターネットバイオリソース、検索エンジン、データバンク、モデル生物データベースといった分類ごとに有用なリンク情報が集められています。
Harvard University Department of Molecular and Cellular Biology
Biomarker Candidates (Inferences of Novel Biomarker Candidate Functions)
バイオマーカー候補と臨床的障害の関係から新規のバイオマーカー候補を見出すためのデータベースです。MEDLINE、OMIM、PPIs等の文献情報からバイオマーカー関連の情報をまとめています。キーワード検索が可能です。
BioSystems
代謝パスウエイやシグナルパスウエイ、疾患やその他の生体内プロセスに関わる生体分子の相互作用セットを収集したデータベースです。現在は、KEGGとEcoCycデータベースのパスウエイを対象としています。各エントリーには、パスウエイ図、文献情報、遺伝子、タンパク質配列、化合物のデータが含まれています。
BMRB
Biological Magnetic Resonance Data Bank
ペプチド、タンパク質、核酸のNMRデータベース。
University of Wisconsin System Board of Regents
BombMap
Bombyx mori genome Map information system
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューアにより、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。
Bombyx Trap DataBase
エンハンサートラップ法によりカイコの新規突然変異系統を作出し、これらの系統におけるGFPレポーター発現部位情報や画像、ゲノム挿入位置情報などをまとめた新規突然変異系統データベースを構築しました。カイコゲノムデータベース（KAIKObase）との統合を行い、トランスポゾンベクターの挿入位置が染色体地図にマップされるようになりました。
Bookshelf
オンラインで利用できる生物医学関連の電子書籍を収録しています。テキスト中の引用文献はPubMedにリンクしています。
Breast Tumor Image Database
マンモグラフィ検診の導入や診断機器の進歩により、早期乳癌の発見率は増加してきました。一方で、境界病変や非触知病変、腫瘤非形成型病変など診断に苦慮する機会も増えています。そこで、医療関係者の方々を対象として乳腺疾患の医用画像データベースを構築しています。匿名化された乳腺腫瘍の症例について、マンモグラフィ検査や超音波（エコー）検査、MRI検査の診断画像、細胞診や病理組織の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化しており、組織学的分類や年齢から検索できる症例検索、検査方法や検査画像の所見から検索できる画像検索が可能です。
独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター
Broad Institute of MIT and Harvard
ブロード研究所は、マサチューセッツ工科大学（MIT）のホワイトヘッド研究所とハーバード大学のHarvard Institute of Chemistry and Cell Biology (ICCB) という遺伝子医学の二大研究所が2004年に統合改組して設立された研究機関です。ブロード研究所で開発したソフトウエアや、研究データもダウンロードできます。
Broad Institute of Harvard and MIT
Caenorhabditis elegans WWW Server
線虫研究に関するポータルサイト、リンク集です。最新の論文、学会情報、解析ソフトウェア、C. elegans以外の線虫を紹介するページや、主要な線虫データベース、関連サイト、各研究室へのリンク集を提供しています。
Virginia Commonwealth University
NCC-CIR
Cancer Image Reference Database (がん診断画像レファレンスデータベース)
がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報委員会が作成しています。診断や症例からの検索、部位やモダリティの指定による検索が可能です。
独立行政法人国立がん研究センター
Cassava Full-Length cDNA Database
ESTのアセンブルによって得られたキャッサバの完全長cDNAデータベースです。キーワード検索やBLAST検索が可能です。
CDT-DB
Cerebellar Development Transcriptome Database
マウス小脳の生後発達ステージにおける時空間的遺伝子発現プロファイル（トランスクリプトーム）をまとめた総合的な神経科学データベースです。データは、ディファレンシャル・ディスプレイ、RT-PCR、GeneChip、cDNAマイクロアレイ、in situハイブリダイゼーション等のゲノムワイドな解析により収集し、これらをオントロジーや文献情報などに基づいたアノテーションをつけて体系化しています。この体系的な発現データのマイニングで、これまでに知られていなかったり、解析されていなかった脳発達関連遺伝子が多く同定されました。独創的な手法で同定されたこれら新規遺伝子の機能と発現の詳細な解析は、脳発達の分子メカニズムの解明に大きく貢献するものと期待されます。
独立行政法人理化学研究所 和光研究所
CGD
Candida Genome Database
ヒト病原体であるカンジダ菌（Candida albicans）のゲノム配列や、手作業でキュレートした遺伝子、タンパク質のアノテーション情報を提供しているデータベースです。カンジダ菌の代謝パスウエイ表示や実験データ解析、文献の全文検索も行えます。
ChimerDB
A Knowledgebase for fusion sequences
融合遺伝子配列のデータベースです。融合遺伝子転写産物の情報とそのevidenceの情報が登録されています。遺伝子名もしくは染色体バンド名、Domain/MotifのAccession名称で検索がかけられます。
Ewha Womans University
Chloroplast Function Database
A database of mutant phenotypes of nuclear-encoded chloroplast proteins
シロイヌナズナの葉緑体タンパク質を産生すると予想した遺伝子に、トランスポゾンまたはT-DNAを挿入して破壊したタグラインを大規模に収集し、植物体の形態変化を育成プレート上で観察・分類した結果、異常な表現型を示した変異体の原因遺伝子の情報と表現型の写真をデータベース化し、ウェブ上で自由に閲覧・検索可能にしました。
CITRES
Ciona Intestinalis Transgenic line RESources
カタユウレイボヤの系統、GFP導入ベクターによる蛍光発現画像や関連文献が掲載されています。各系統種やベクターの分与申し込みも可能になっています。
筑波大学 下田臨海実験センター
CleanEx
ヒトとマウスの遺伝子発現データを収集・整備し、実験間で比較することができるデータベースです。キーワード検索が可能です。
Clone DB
遺伝子クローンとライブラリの統合データベースです。クローン名とライブラリ情報、末端塩基配列情報、提供者の情報を提供しています。クローンの登録も行えます。
COGs
Clusters of Orthologous Groups of proteins
全ゲノムにコードされているタンパク質配列の全てのオーソログを定義しているデータベースです。オーソログクラスターに含まれる生物種とタンパク質名、系統樹を収録しています。各クラスターは、個々のタンパクやパラログから構成されており、保存ドメインと一致します。前身のデータベースは「NCBI Clone Registry」です。
Comparasite
Full-length cDNA Database
7種類の寄生原虫（熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ネズミマラリア原虫2種、トキソプラズマ原虫、クリプトスポリジウム原虫、エキノコックス条虫）から全長cDNAライブラリを作成し、比較生物学的研究に利用するための比較ゲノムデータベースを作成しました。相同遺伝子群のクラスター化や、モチーフ、細胞膜貫通領域などの比較解析結果が含まれています。
EBI Genomes Pages
完全ゲノム配列決定された生物のゲノム配列と、ゲノムにマッピングされたアノテーション情報を提供しています。
ConfC
Database of conformation changes in protein structures
タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。タンパク質の動的情報を得るには、実験もしくは分子動力学計算を行う必要がありますが、どちらも全てのタンパク質を網羅するには非常に膨大な時間と労力を必要とします。本データベースは、現在得られているタンパク質の立体構造からこの動的情報を抽出し、1）進化的構造変化、2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの3種類に分類しました。
CDD
Conserved Domain Database
分子進化的に保存されたタンパク質ドメインの配列アライメントとプロファイルを収録しています。Pfam、SMART、COG、PRK、TIGRFAMを情報源としています。
COPE
Cytokines & Cells Online Pathfinder Encyclopedia
サイトカインと細胞に関するオンライン辞典で、全てテキストで記載されています。アルファベット別にキーワードが整理されており、情報量が多いのが特徴です。 ※アカデミア、非営利組織のみフリーアクセスが可能です。
CREATE portal
Collaboration of Regional Entities for the Advancement of Technological Excellence
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されています。ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されています。（以上、InGaPデータベースについて） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されています。相互作用は検索／表示／ダウンロードできますが、表示には専用のソフトが必要になります。（以上、InCePデータベースについて）
CSML
Cell System Markup Language
CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XMLフォーマットであるCellMLやSBML形式を包含できるよう定義されています。さらに、より厳密かつ効率的に他形式とのデータのやりとりを実現するため、CSMLは、OWL(Web Ontology Language)で記述したオントロジー言語CSO(Cell System Ontology)を利用して定義しています。CSOは、シグナル伝達経路や遺伝子制御ネットワークをダイナミクスを含めて知識表現するにおいて必須と考えられる語彙を定義しています。さらに、さまざまなアプリケーション間で視覚情報も標準化して相互にやりとりできるようにするため、CSOでは各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。
CyanoClust database
Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids
原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェア「GCLUST」を用いて、10種のバクテリアと38種のシアノバクテリア、59種の葉緑体、1種類の有殻アメーバの全タンパク質のクラスタリングを行い、その結果を収録したデータベースです。系統プロファイリングによる検索が可能なことが特徴です。さらに、植物プロモータデータベースPPDBとの連携により、相同タンパク質のプロモータ構造を比較することができます。
Cystic Fibrosis Mutation Database
嚢胞性線維症(CF;Cystic Fibrosis)の病因はCFTR（CF transmembrane conductance regulator、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子）遺伝子の変異にあります。このデータベースでは、嚢胞性線維症の遺伝研究のために、CFTR遺伝子の変異情報やデータを収集し、提供することを目的としています。既知のCFTR変異配列は全て収録されており、新規の変異情報をオンラインで登録することも可能です。
The Hospital for Sick Children (SickKids)
DaphniaBASE
オオミジンコ（D. magna）のNIESクローンについてcDNAライブラリを作成し、EST解析を実施した結果が公開されています。クローン配列あるいはコンティグ配列、およびそれらに対するホモロジー検索の結果が利用可能です。
The Journal of Biological Databases and Curation
Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュレータとユーザー間の橋渡しを強化することを目的としています。
Oxford University Press
Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi
糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。 Aspergillus oryzae EST データベース：麹菌EST・ゲノム解析コンソーシアムにおいて、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為にシングルパスのシークエンスを行ないました。FastaAによる相同性検索ができます。 他にAspergillus oryzae 転写制御データベース、Aspergillus nidulans コスミドシークエンスなどがあります。
DB-SPIRE
Database for Structure-based Protein Interaction Research
実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータベースとしてPROSITEとBLOCKSの2種類を用い、タンパク質立体構造データベースとしてProtein Data Bank (PDB)を用いています。
dbCFC
Cytokine Family Database
NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報として、各種公開データベースのリンクが記載されています。現在は提供を終了しています。
熊本大学 大学院医学教育部
dbEST
Expressed Sequence Tags database
各生物種のEST情報が得られる世界最大規模のESTレポジトリです。データの登録も可能です。
dbGaP
Genotypes and Phenotypes
ゲノムワイド関連解析(GWAS)、メディカルシーケンシング、分子診断アッセイを含む、遺伝子型と表現型の関連研究のアーカイブです。登録されているデータセットは、公開データとコントロールデータに分けられており、コントロールデータを入手する場合は申請手続きが必要です。
DBH2H
Head-to-head Gene Database
ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグのhead-to-head (h2h)遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグにおいて、h2h遺伝子のペアは転写開始点が1kb以内に存在することが知られています。H2h領域では、CpGアイランドやSNPs、転写因子結合サイトなどの配列的特徴が見出されています。さらに、h2hペア遺伝子は、発現や機能に相関性が見られます。このデータベースでは、h2h遺伝子ペアについて、プロモーター領域に存在するCpGアイランドやSNPの情報、遺伝子発現の相関、OMIMやGene Onotology、KEGG由来の機能情報を提供しています。
Shanghai Center for Bioinformation Technology
DBSB
DataBase for Systems Biology
DBSBはゲノムワイドな情報を利用した複雑な生命現象を解析するためのプラットフォームを提供します。サーカディアンリズムとホメオスタシス、細胞周期と細胞分裂、組織特性と区別、光応答とシグナル伝達などが重点分野ですが、これらに限らず広い分野に渡っています。
独立行政法人理化学研究所 神戸研究所
dbSTS
database of Sequence Tagged Sites
Sequence Tagged Site(STS)を収録したデータベースです。STSはゲノムの位置を特定できる短い（約200-500bp）配列です。ゲノムの物理地図を作成する際の目印になります。dbSTSに登録されている配列はFTPサイトから入手できます。
DGSP
DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT
ショウジョウバエのGSベクター挿入系統データベースです。個々の系統の情報やベクター隣接配列、GAL4存在下で強制発現される遺伝子および表現型情報が登録されています。 GS系統番号、遺伝子名、染色体領域名で検索可能です。
首都大学東京
Dicty_cDB
Dictyostelium cDNA Database
社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。本データベースは、細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果です。
筑波大学
dictyBase
細胞性粘菌研究の総合サイトです。ゲノムや遺伝子情報、学会情報、実験プロトコル、解析ツール等の提供と、株の配布を行っています。
Northwestern University
DiProDB
Dinucleotide Property Database
DNAやRNAのジヌクレオチド配列の熱力学的特性や立体配座特性を収集したデータベースです。Twist, Bend, Roll(DNA-protein complex), Slide (DNA-protein complex)など125の特性について、全ジヌクレオチドの値と、報告された文献や核酸のタイプ等が表示されます。
Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research
Distribution of Human cDNA Clones
NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード検索、BLAST検索により、ヒトcDNAの検索を行ない、希望のクローンが分譲対象になっていた場合、入手することが可能です。
DJI
Dictionary of Japanese Insect Names
日本産の全昆虫について、和名または学名を入力することによって、その文字列を含む昆虫のリストを学名と和名で表示する辞書です。
Pyrococcus DNABook
超好熱古細菌のDNAを収録したDNAブックです。
DPInteract
大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベースです。大腸菌の55種類のDNA結合タンパク質と結合サイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されています。 ※各遺伝子の詳細ページが表示されません。
Harvard University
Dr. Zompo (Data Repository for Seagrass ESTs including: Posidonia oceanica, Zostera marina)
2種類の海藻（地中海ポシドニア、アマモ）のEST配列を提供しているデータベースです。地中海ポシドニア9,412配列(3,387遺伝子）、およびアマモ5,185配列（1,219遺伝子）が収録されています。各エントリーには、Swiss-Protの相同性検索結果、Gene OntologyやPfam、KEGG検索結果、配列情報等が含まれています。
DTA
DDBJ Trace Archive
大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNAクロマトグラム、決定した配列、クオリティ値のアーカイブです。 DTA は International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) のメンバーであり、NCBI Trace Archive と EBI Trace Archive との国際協力の下、データを収集しています。 DTA に登録されたデータは NCBI Trace Archive にアップロードされます。公開されたデータは Trace Archive で検索、取得することができます。
EBI
EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子生物学研究所）の一部門で、1992年に設立されました。バイオインフォマティクス研究の推進、フリーで入手可能なデータやバイオインフォマティクスサービスの整備と提供、教育活動等を目的としています。
Ecgene
Genome Annotation for Alternative Splicing
選択的スプライシングを考慮した遺伝子推定プログラムECgeneをゲノムに適用してアノテーションしたデータベースです。生物種はヒト、マウス、ラットを対象としています。遺伝子を示すビューワーと詳細情報として、転写産物、ドメイン、モチーフ、遺伝子発現情報を閲覧可能です。
ECRbase
脊椎動物ゲノム間の進化的保存領域、RefSeqとUCSC既知遺伝子のプロモーター領域、ゲノム間のシンテニー、プロモーター領域および進化的保存領域の転写因子結合サイトについて、ダウンロード形式でファイルを提供しています。
EMGLib
Enhanced Microbial Genomes Library
原核生物（真正細菌、古細菌）と酵母の完全ゲノム配列を提供しています。GenBankやEMBL、RefSeqなどのデータベース名を選択し、キーワードや配列名、アクセッション番号で検索します。
Universite Claude Bernard Lyon 1
ENA
European Nucleotide Archive
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています。
EnsemblBacteria
ゲノム解読された真正細菌、古細菌を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
Ensembl Project
EnsemblFungi
ゲノム解読された菌類を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
EnsemblMetazoa
ゲノム解読された無脊椎動物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
EnsemblPlants
ゲノム解読された植物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
EnsemblProtists
ゲノム解読された原生生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
EPD
The Eukaryotic Promoter Database
転写開始点が決定されている真核生物のポリメラーゼIIプロモーターについての注釈付きデータベースです。各エントリーの注釈には、転写開始部位のマッピング実験に関する記述、外部データベースへのリンク、文献情報などが含まれています。配列比較用として、意味のあるプロモーターサブセットの動的抽出が容易となるように設計されています。
EpoDB
Erythropoiesis database
脊椎動物の赤血球細胞（赤血球産生）関連遺伝子を収集したデータベースです。各エントリーにはDNA配列、構造、タンパク情報、遺伝子発現情報、転写因子結合サイトが含まれています。 ※現在、検索時にInternal Server Errorとなり、検索結果が表示されません。
University of Pennsylvania
eSOL
Solubility database of all E.coli proteins
再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の実験結果を検索することができます。全データのダウンロードも可能です。
EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)
GenBankに登録されている、転写産物の一部の短い配列（EST）を収集したデータベースです。各エントリーにつき、EST名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます。
ESTHER
ESTerases and alpha/beta Hydrolase Enzymes and Relatives
α/β‐ヒドロラーゼ折畳みスーパーファミリーのデータベースです。タンパク質のα/β‐ヒドロラーゼ折畳みは、α/β/αサンドイッチ構造を形成する5～8本鎖のβシートコアによって特徴づけられます。共通の祖先から派生したスーパーファミリーのメンバーは、広範囲の基質特異性をもつ加水分解酵素や、触媒活性を持たない他のタンパク質に分かれました。ESTHERデータベースは、スーパーファミリーの遺伝子やタンパク質の配列、生化学的、薬理学的、構造的データに関する全ての情報を論文から収集し、注釈をつけています。これらの情報を連結してファミリー内における構造-機能の関係性を示したり、ファミリーのメンバーと関連のあるヒト疾患情報も提供しています。
Evola
Evolutionary annotation database
H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリアントを比較することもできます。EvolaへはH-InvDBの各所にある「evola_icon（樹木アイコン）」からアクセスできます。
Evolutionary Trace Server
アミノ酸配列をクエリとし、Blast検索、マルチプルアライメント、と順次ET法の各過程を実行し、最終的に予測した保存部位を立体構造上に表示します。
FABA2
Four-dimensional Ascidian Body Atlas Ver.2
カタユウレイボヤの孵化後の細胞の時空間的形態変化を明らかにし、網羅的発生ステージ表を作製することを目的に、後期の各発生ステージ（受精後17.5時間幼生～受精後7日幼若体）に対応する形態の3次元画像および断面画像を取得しました。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することで得られたものです。
FANTOM3
Functional Annotation of Mouse 3
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。
FANTOM4
Functional Annotation of the Mammalian Genome
FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。
Flavonoid Database
様々な植物種で同定されたフラボノイドを報告した文献を集めたデータベースです。物質、植物種、文献 という3つの名前空間で構成されます。現在、6918フラボノイド構造、3655植物種、5006件の文献に基づく 19937物質：生物種の対応関係が登録されています。検索機能として、化合物検索、著者や雑誌の検索、構造検索が用意されています。食品情報も提供されています。
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
FLJ Human cDNA Database
転写開始点の多様性やスプラシシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万～2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予測されています。この多様性は転写開始点とスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。このデータベースは、経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られたFLJ完全長cDNA配列、FLJ完全長cDNA配列の5'-EST、公開ヒトcDNA配列、ヒトゲノム配列などを用いて構築されました。
Fluorome
The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Database
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。シアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803の約500の変異株のデータが収録されています。各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。
早稲田大学 教育学部
fRNAdb
Functional RNA Database
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」の成果であるデータベース群のポータルサイト「ncRNA.org」の中のデータベースです。ncRNAの配列、構造、遺伝子発現情報をまとめています。
FUGU GENOME PROJECT
フグのゲノム情報を提供しています。このサイトでは各アセンブルデータに対するBLAST機能やアセンブルされた配列情報のダウンロード、GenomeBrowserを使用することができます。
Institute of Molecular and Cell Biology
Full-Anopheles
Anopheles Full-length cDNA database
ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機能していません。
Full-Babesia
Babesia Full-length cDNA database
バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。
Full-Cryptosporidium
Cryptosporidium Full-Length cDNA Database
クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページでは配列情報がFASTA形式で取得できます。
Full-Echinococcosis
Echinococcosis Full-length cDNA database
エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSearchも使用することができ、本DBの配列と比較することが可能になっています。
Full-Tsetse
Tsetse Full-length cDNA database
ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。
The Plant Organelles Database 2 Functional Analysis Database
植物オルガネラデーターベース第２版に含まれている４つのデータベースの一つで、植物オルガネラ研究のプロトコール集です。
真菌・放射菌ギャラリー
本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。
千葉大学 真菌医学研究センター
G-compass
ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたorthologous なゲノム領域をグラフィカルに閲覧できます。同時に遺伝子座、リピート領域、コピー数多型領域(CNV)、哺乳類の系統で同定された超保存領域(UCE)、cis-element等の詳細なゲノム構造を見ることができ、各遺伝子座からH-InvDB のヒト遺伝子アノテーション情報を参照できます。
GALAXY
Glycoanalysis by the three axes of MS and chromatography
アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄積した500種類に及ぶPA糖鎖の構造式、 ODSカラム及びアミドカラムにおける溶出位置、マススペクトロメトリーで得られるPA糖鎖の分子量、コード番号、試料糖鎖の起源、参考文献が含まれています。
名古屋市立大学 大学院薬学研究科
Gastrointestinal Medical Image Database (消化管医用画像データベース)
匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。独立行政法人国立病院機構九州がんセンターによって運営されています。
Gclust Server
Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースです。95生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づき、類似度の閾値を自動的に設定しながら相同タンパク質の分類を行います。機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため、着目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより、それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりが得られます（系統プロファイリング）。
東京大学 大学院総合文化研究科
GEMCA
Genotyping Microarray based CNV Analysis
マイクロアレイによる遺伝子発現およびDNAコピー数解析によって、染色体およびRNAのレベルからゲノムの多様性を解明し、疾患感受性や薬剤感受性の遺伝的素因を明らかにすることを目指し、ヒトゲノム配列中のコピー数を定量するアルゴリズムを開発しました。
Gene Expression in Tooth Database
歯の遺伝子発現データベースには成長因子、受容体、シグナル分子などの分類で遺伝子発現情報が記録されており、その成長過程での遺伝子発現の有無についても各種実験方法で確かめられた結果がリストで掲載されています。
University of Helsinki
遺伝子発現バンク(GEO)目次
NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) に登録されている遺伝子発現データの全容を俯瞰するための仕組みです。測定技術や生物種、サンプルごとにデータがまとめられ、登録件数を一覧できます。その他、国別登録データ分布や登録データ推移が地図やグラフで分かりやすく表示されます。
Gene Ontology Annotation (UniProtKB-GOA) Database
本プロジェクトは高精度のGOアノテーションをUniProtKBやIPIに付加するためのものです。
GeneDB
GeneDBはSangerInstituteの病原菌ゲノミクスの中核をなすプロジェクトです。GeneDBではタンパクの長さ、タンパク質の分子量、遺伝子の種類やGeneOntology、EC番号などでDB内の情報を検索することができます。
GENIA Project
科学技術分野における情報の洪水を克服するために科学者の書いた文章から有用な情報を抽出することを目的としています。現在、分子生物学論文からのタンパク質反応イベントの抽出をタスクとしたシステムと、その構築に必要なリソース（コーパス、辞書）の開発を行なっています。
東京大学 大学院情報理工学系研究科
GENIUS II
多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて、全ゲノム配列が決定されている生物種の全ORFコードタンパク質を構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。
Genolevures
Genomic Exploration of the Hemiascomycete Yeasts
このデータベースはアノテーション付けされたシーケンスデータや18種類のHemiascomycete Yeastの分類を提供しています。
Bordeaux Bioinformatics Center
1,000以上の生物の染色体配列、コンティグ配列、UniGeneクラスター、遺伝子の染色体マッピング情報を提供しています。真正細菌、古細菌、真核生物、ウイルス、ファージ、ウイロイド、プラスミド、オルガネラの完全ゲノムやドラフトゲノムが登録されています。
Genome Databases
このページは４つのデータベースから構成されています。1)ENA Genomes Server、欧州塩基アーカイブに寄せられたすべての完全ゲノム情報にアクセスできます。2)Ensembl、EMBL-EBIとSangerInstituteが共同で運用しており、真核生物ゲノムに自動的にアノテーション付けをするシステムです。3)Ensembl Genomes、無脊椎動物に関するゲノム情報を提供しています。4)Karyn's Genomes、その他のゲノムシーケンスを提供しています。
Genome Network Platform
「ゲノムネットワークプロジェクト」は転写制御を中心とした生体内のネットワークを網羅的に探査し、その全容を明らかにすることを目的としています。ヒト遺伝子の転写開始点の情報、転写因子とヒトゲノム上の制御領域への結合に関する情報、転写因子を中心としたタンパク質間相互作用に関する情報に関するデータを、利用可能な形に整合化し情報プラットフォームを構築すると共に、統合的なデータベースを作成しました。
BioProject (Formerly Genome Project)
特定の組織やコンソーシアムにより立ち上げられたゲノムプロジェクトをはじめとする生命科学分野の各種プロジェクトを単位とし、そこから産生されたデータセットをまとめたデータベースです。産生された配列データに関しては完全決定配列（ドラフト、進行中を含む）、アセンブリ、アノテーション、マッピングなどの進捗状況が含まれています。
Genome Project of Symbiobacterium thermophilum
Symbiobacterium thermophilum（好熱性細菌の一種）の完全長塩基配列から得られた情報（オーソログ分析の結果、パラログ分析の結果、系統樹等）を公開しています。
日本大学 大学院総合科学研究科
GenomeAtlasDatabase
各種真正細菌の様々な情報がまとまっています。GenomeAtlas, BaseAtlas, A-DNA Atlas, Z-DNA Atlas, Structure Atlasなどがあり、たとえばGenomeAtlasではCDSやGC塩基の割合などが図で示されます。
Center for Biological Sequence Analysis
Genpac
ライフサイエンス専門用語辞書と高度な自然言語処理技術を用いて、MEDLINEアブストラクト内の概念（遺伝子／蛋白質、化合物、疾患、生命現象、器官、組織、細胞内器官、等）の関係情報をデータベース化したものです。アクセスにはユーザーログインが必要です。
ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
GENSAT
Gene Expression Nervous System Atlas
マウスの中枢神経系において、数千の遺伝子がいつ、どこで発現しているか、詳細な遺伝子発現地図を作成することを目的としています。胎児15.5日、生後7日、成獣の発生3段階の細胞について、RI法によるin situ ハイブリダイゼーション画像と、BACトランスジェニックマウスの発現画像を提供しています。
GEO Data Sets
GEOのスタッフによって編集されています。同一のプラットフォーム、実験条件や後処理、であるサンプルを集めてエントリーを構築しておりまたGEOの種々の解析ツール(発現プロファイルやクラスタ)をエントリー中から使用することができます。
GOLD
Genomes Online Database v3.0
古細菌、バクテリア、真核生物、メタゲノムの塩基配列解読に関する情報をアーカイブしているデータベースです。2011年2月現在9900種類のゲノム配列の情報が蓄積されており、1607のゲノム配列の解読が完了しています。
DOE Joint Genome Institute
GPCRDB (Information system for G protein-coupled receptors)
Gタンパク質共役受容体のアミノ酸配列情報を収集したデータベースです。GPCRの立体構造データ、膜貫通部位予測のデータ及び変異実験のデータ等を提供しています。
Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
GRAMENE
イネゲノム統合情報です。ゲノム配列や、各種の系統図、代謝経路、タンパク質、遺伝子、オントロジー、マーカー、QTLなどのカテゴリを横断して検索することが可能です。BLASTなどのツールを使用することも可能です。
Cold Spring Harbor Laboratory
GSS
GenBankのGSS (Genome Survey Sequence)の配列レコードを収集したデータベースです。各エントリーにつき、GSS名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます。
GWAS DB
Genome wide association database
ゲノムワイド関連解析（非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたデータの管理と共有を目的として構築されたリポジトリー型のデータベースです。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
GyDB
Gypsy Database 2.0
可動性遺伝因子(Mobile Genetic Element)に関するWikiベースのサイト構成になっており、BLAST,HMMPfam,HMMSearch,文献検索、データ送付などのメニューから構成されています。MGEに関するファミリーやドメイン情報が説明してあるページが存在します。
La Universitat de Valencia
Universidad Politecnica de Valencia
H-DBAS
Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing
H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。
HATODAS
Heavy-atom Database System
タンパク質のX線結晶解析に用いられる重原子誘導体の作成支援を目的としたデータベースシステムです。既知の重原子誘導体をデータベース化しており、結晶構造解析を行いたいタンパク質のアミノ酸配列を入力すると、標識物質として使える可能性の高い重原子試薬や重原子の結合サイトが出力されます。
血液腫瘍画像データベース (Hematological malignancy image database)
多岐にわたる白血病・悪性リンパ腫の病型をWHO分類(2001)、FAB分類(1976)を基に整理し、匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄、リンパ節、末梢血の顕微鏡像および病理所見・検査所見等をアーカイブ化しています。骨髄転移性腫瘍も提示症例として掲載しています。 臨床医、臨床検査技師をはじめ医療スタッフの方々を対象にしています。
HERVd
Human Endogenous Retrovirus Database
ファミリー、染色体位置などで情報を検索することができます。また、塩基配列をBLAT,FASTAを使用して検索することも可能です。
Academy of Sciences of the Czech Republic
HGPD
Human Gene and Protein Database
「タンパク質機能解析プロジェクト」及び「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」において、約2万2千個のヒト遺伝子の約70％にあたる約15,000種に対応する世界最大のヒトGatewayRエントリークローンを作製し、世界最大規模のタンパク質発現リソースを構築しました。HGPDでは、ヒトGatewayRエントリークローンの詳細情報、SDS-PAGEによる発現タンパク質情報、クローンの入手案内を掲載しています。
GWAS Central
ヒトの遺伝子型と表現型をまとめたデータベースです。アレルや遺伝子型頻度、遺伝的関連の意味の情報を含みます。JBICが開発したデータ記述標準PaGE-OM(Phenotype and Genotype Object Model)を用いています。以前の「Human Genome Variation database of Genotype-to-Phenotype information(HGVbaseG2P)」からデータベース名が変更されました。
University of Leicester
HHDB
Hydrogen and Hydration Database
水素及び水和水を含むタンパク質構造データをデータベース化し、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能、各種グラフを用いた統計情報閲覧機能を提供します。HHDBに登録されている水素及び水和水を含むタンパク質構造データは、中性子解析法によって得られる実測データと、X線解析法等によって得られる構造予測を含むデータです。
Histone Database
Histone Sequence Databaseには、各生物種のヒストンアミノ酸配列をClustalW, MUSCLEでAlignmentした結果や、ヒストンのアミノ酸配列、翻訳後修飾情報、ヒトヒストン遺伝子配列、NCBI Structure, PDBへの立体構造情報へのリンクがあります。一部情報は画像情報で提供されており、テキストベースの情報活用ができません。
National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
HitPredict
A database of high confidence protein-protein interactions
ハイスループットデータから予測した高信頼性のタンパク質-タンパク質相互作用を収録したデータベースです。IntAct、BIOGRID、HPRDのタンパク質相互作用情報を集結させ、アノテーションと信頼度スコアを付与しました。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち116,118件が信頼性の高い予測結果です。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名、キーワード、PubMed IDで検索できます。
Homeodomain Resource
ホメオドメインファミリーについて手作業でキュレートしたデータを収録しています。タンパク配列とドメイン領域の配列と、タンパク-DNA複合体の3次構造、タンパク-タンパク相互作用、DNA結合サイトの文献情報を提供しています。
ヒトES細胞プロジェクト情報公開ページ
ヒトES細胞の分与に関する規定や申請についての情報を提供しています。リソースの特性により、倫理に関する情報、その使用法の政府指針等へのリンクが提供されています。
HUMHOT
Human Meiotic Recombination Hot Spots
減数分裂時に相同組み換えが起こりやすい場所 (HotSpot)に関するデータを集めています。情報は文献等から取得しており、HotSpot名や染色体番号で検索することができます。
Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research
iCOD
Integrated Clinical Omics Database
医療への応用に向けたゲノム、プロテオームなどの分子情報の成果をこれまでの臨床・病理情報や環境情報と関連づけ、新たな臨床医学として体系化するためのデータベースを目指しています。2005年より収集したがん症例について、臨床・病理情報、環境情報および分子情報を利用し、研究デザインに沿った統計解析、症例ごとの病態像について固体レベルから、組織レベル、細胞レベルに至るまで、横断的に視覚化するための情報を統合しています。 「症例一覧」「臨床オミックス解析」「遺伝子検索」の３つのメニューがあります。 「症例一覧」とは、2005年より東京医科歯科大学医学部附属病院および本プロジェクトの協力機関にて、研究の同意を得た患者様より頂いた臨床・病理・環境データを元にデータベースを作成しています。主に癌を対象とするいくつかの組織に関して、背景（病歴、生活歴等）、検査所見（血液、尿、画像検査の結果）、病理所見、治療、予後といった情報を多く、網羅的に掲載しています。個人が特定されないための匿名化および個人の特定情報については掲載していません。また、癌細胞における遺伝子発現情報、検体情報についても合わせて掲載しています。 「臨床オミックス解析」とは、臨床、病理、分子の3つの情報を横断的に統計解析し、病態と遺伝子の相関を見るための解析機能のことです。二次元三層マップとは、各層（臨床層、病理層、分子層）で使用するデータの種類と計算方法を指定し、二次元マップ上に配置します。 ある層のある点を選択すると、それに該当する、別の層での位置と関係性が見えるため、それぞれの相関や関係性が視覚的に認識ことができます。また、正則化正準相関分析による、全データの統合的な表示によって、臨床・病理情報と遺伝子発現データとの相関を一度に把握することができます。 「遺伝子検索」では、疾患を選択し、遺伝子名かプローブセットIDを入力すると、対象遺伝子の正常細胞と比較した時の遺伝子発現値を検索できます。
東京医科歯科大学
IES MDS Database
繊毛虫類の配列データベースです。大核（MAC）や小核（MIC）の配列、IES（Internal Eliminating Sequences）およびMDS（macronuclear-destined sequences） の位置情報や数が登録されています。生物名もしくはタンパク質名で検索をかけます。
Princeton University
IGTC
International Gene Trap Consortium
利用可能な遺伝子トラッピング用細胞株の情報を提供しているサイトです。Accession Number、ID、キーワード、配列データ組織発現プロファイル情報や生物学的経路で検索することが可能です。
IMSR
the Internatinal Mouse Strain Resource
マウスの種類や提供情報をまとめたデータベースです。系統名や系統種、試料の形態、遺伝子名や変異の種類、染色体番号、その他、マウス試料の提供元の場所で検索することが可能です。
The Jackson Laboratory, Medical Research Council
InBase (The Intein Database and Registry)
インテイン（タンパク質分子の一部分で、自動的に切除され、残った部分（エクステイン）がペプチド結合で再結合される（「タンパク質スプライシング」）ようなもの）に関する公開・非公開の情報をまとめたものです。比較表や各インテインに関する詳細情報、網羅的な文献情報を提供しています。また、インテインに特化したBLASTサービスも提供しており新しいインテインを同定するのに役立てられます。
New England Biolabs Inc.
Info-PubMed
PubMedに収録された文献情報（アブストラクト）からキーワードの共起やその関係性を機械的に抽出することによって得られたタンパク質間相互作用、遺伝子と疾病関連性を検索することができます。画面の操作性が優れており、流れるように操作できるのが特徴です。
IntAct
IntActはオープンソースの分子間相互作用のデータベースとツールキットで構成されています。データは文献から取得したり、専門家によって蓄積されたデータから構成されています。
IntEnz
Integrated relational Enzyme database
IntEnzは酵素命名規則にフォーカスした自由に使用可能な情報源です。IntEnzにはIUBMBの命名規則委員会の提言が含まれています。
International HapMap Project (国際HapMap計画)
国際 HapMap 計画は、ヒトにおける遺伝的多型パターンを明らかにし、病気や薬に対する反応性に関わる遺伝子を発見するための基盤を整備するプロジェクトです。この計画は、カナダ、中国、日本、ナイジェリア、英国、米国の科学者と各国政府、財団などの協力により行われています。 「Generic Genome Browser」では、プロジェクトのデータを閲覧することができます。染色体上のある領域について、遺伝子型およびアレル頻度のデータや、それ以外のゲノム情報を同時にみることができます。 染色体の１つをまるごとブラウズすることもできます。 「データ全体のダウンロード」では、現在公開されている遺伝子型のデータ、SNPリスト、連鎖不平衡に関する数値、各SNPのアレル頻度と遺伝子型頻度、タイピング詳細情報、サンプル詳細情報などを取得することができます。遺伝子型データを取得するにはID登録が必要です。
IS FINDER
古細菌や真正細菌から単離された転位因子配列情報を提供しています。名前、長さ、起源、ファミリー名などで検索することが可能で、BLAST検索も使用することができます。
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaire
IUBMB Nomenclature
INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
IUBMB、IUPACの命名規則に関する情報を提供しています。文書全体をWeb上で閲覧できるように変換しており、見やすいように修正を加えています。
University of London
J-GLOBAL
科学技術総合リンクセンター
J-GLOBALには研究開発によく出現する情報を基本情報として登録しています。これらの基本情報同士をJSTが長年培ってきたノウハウを駆使して有機的につなぎ、異分野の知や意外な発見などを支援する新しいサービスです。登録対象としている基本情報は、研究者、文献、特許、研究課題、大学・研究所、科学技術用語、化学物質、遺伝子、資料、です。
J. Craig Venter Institute
J. Craig Venter Instituteのホームページです。下記2つのグループのサイトにデータベースがあります。 ・Genomic Medicineグループ The Microbial Protein Interaction Database（MPIDB）：全ての既知の物理的微生物相互作用の情報を提供しています。検索はタンパク質名や種名で実行可能です。 ・Plant Genomicsグループ Castor Bean Database：トウゴマを対象に全ゲノムアセンブリとアノテーションした結果が登録されています。ゲノムブラウザの閲覧、blast検索が可能です。 Medicago truncatula Database：タルウマゴヤシの全ゲノム、EST、BAC末端配列のデータベースです。発現情報や変異情報も含まれています。ゲノムブラウザの閲覧、blast検索が可能です。 Rice Database：イネゲノムアノテーションデータベースです。
Jabion
日本語バイオポータルサイト
ジャビオンは日本語で最新の生物学や生命科学をわかりやすく解説した総合情報サイトです。コラム、注目ニュース、用語解説、研究最前線に関する情報に加え、GenomeViewer、データベースビューア、文献検索のメニューが含まれています。
情報・システム研究機構 国立情報学研究所
JACVSD
Japan Adult Cardiovascular Surgery Database (日本成人心臓血管外科手術データベース)
心臓血管外科手術を受ける患者の術前後の医学的身体状況と手術内容・結果を掲載したデータベースです。現在日本の心臓血管外科手術の結果に関する状況は全国規模では把握されておらず、どのような手術がどれくらいの危険性でなされているのか、また、手術前の状態が良好な方と重症な方とで手術の危険性にどの程度違いがあるのか、全国規模での研究はなされておりません。そこで、心臓血管外科手術を受ける患者さんの手術前の医学的身体状況と行われた手術およびその結果を調査し、これをデータベースとして情報収集し全国的に集計することにより、日本の心臓血管外科学の進歩、ひいては国民全体の福祉健康の増進に寄与することを目的としています。
日本心臓血管外科手術データベース機構
Japanese Ant Image Database (日本産アリ類画像データベース)
本データベースは、アリ類分類に関する最新の知識を主として学術研究および教育普及に役立てるために、アリ類データベース作成グループにより編纂された高品質画像を中心としたデータベースで、インターネットおよびCD-ROMで利用することができます。「アリ学入門」、「用語の解説」、「日本産アリ類の最新の分類体系」、「日本産アリ類の名前索引」、「日本のアリのタイプ標本」、「世界のアリ」などアリに関する豊富なメニューがあり、アリの専門知識がなくても使用できる幾通りもの検索方法を用意することで、一般の人にも閲覧しやすいシステムとなっています。
宮城教育大学
JCGGDB
Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology Database (日本糖鎖科学統合データベース)
産総研の糖鎖遺伝子機能解析チーム、糖鎖分子情報解析チーム、レクチン応用開発チームが保有する６種類のデータベース（GMDB、LfDB、レクチンと糖鎖の相互作用プロファイリングDB、GGDB:糖鎖関連遺伝子DB、KEM-C:糖転移酵素の基質特異性に関するDB、GlycoProtDB:マウス・線虫等のN型糖タンパク質DB）を公開し、統合します。
JCRB細胞バンク
JCRBが保有する培養細胞を分譲するデータベース。キーワード検索と分譲の注文に関する情報。また、細胞の培養、保存に関する啓蒙情報を提供しています。
JenaLib
Jena Library of Biological Macromolecules
生体高分子の立体構造情報を収録しているデータベースです。Protein Data Bank (PDB) とNucleic Acid Database (NDB)を情報源としています。対象分子はタンパク質、核酸、RNA、糖鎖、ペプタイボルで、立体構造の画像と解析情報が表示されます。
KaFTom
Kazusa Full-length Tomato cDNA Database
矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベースです。
KAIKO Proteome Database
カイコの2次元電気泳動（プロテオーム）情報を格納したデータベースです。組織・発生段階毎のスポット情報をキーワード検索や画像選択により参照できます。
KAIKObase
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。またお手持ちの配列とカイコゲノム配列との類似性検索(BLAST)も行えます。
KAIKOBLAST
カイコの塩基配列、アミノ酸配列の相同性検索(BLAST)を行うためのシステムです。お手持ちの配列とカイコ関連配列との相同性検索を行えます。
KAIKOGAAS
KAIKO Genome Automated Annotation System
カイコゲノム配列を元にタンパク質をコードする遺伝子構造を自動予測するシステムです。予測処理では複数の解析ツール(GeneScan、FGENESH、HMMER等)の解析結果を統合して行なっています。カイコゲノム配列に対する本システムの予測結果が参照できます。またお手持ちの塩基配列に対しての予測処理もできます。
KaPPA-View 4
Kazusa Plant Pathway Viewer
遺伝子の発現データと代謝産物の蓄積データを、代謝経路マップ上で同時に表示することができるビューワーです。ユーザー自身のDNAマイクロアレイデータや代謝産物分析データを、インターネットブラウザを介してKaPPA-View4にアップロードすると、KaPPA-View4は、代謝経路マップ上に各遺伝子や化合物のデータを当てはめて表示します。デフォルトでは、シロイヌナズナ、イネ、ミヤコグサ、トマトに対応する約150枚の代謝マップが準備されています。ユーザーが作成した代謝マップを利用することもできます。
KATANA
Kazusa Arabidopsis thaliana Annotation Abstract
シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。代謝経路とGOタームを用いた高度な検索も行うことができます。
TogoAnnotation
ソーシャルブックマークによる文献情報集積プラットフォームです。
KazusaMart1.0
KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するゲノムスケールの遺伝子情報管理システムです。植物および関連微生物を対象としており、現在シアノバクテリア34生物種が公開されています。システムはBioMartを利用しています。
KCGD
Kyoto Chlamydomonas Genome Database
緑藻クラミドモナスのゲノムデータベースです。データベースの閲覧にはユーザIDとパスワードが必要となります。クラミドモナスは、最初に葉緑体DNAが発見された生物で、葉緑体、ミトコンドリアと核の３つのゲノムについてDNA形質転換が可能なことから、光合成、生殖、鞭毛モーターなどの遺伝子研究のモデル生物として世界中で利用されています。当研究室ではゲノムライブラリー・EST・cDNAアレイが整備されています。次世代シーケンサーを用いた大規模遺伝子発現解析も進めており、収集した発現データはKCGDから公開する予定です。
京都大学 大学院生命科学研究科
KEGG
Kyoto Encyclopedia at Genes and Genomes
KEGGデータベースシステム全体の統括ページです。データタイプごと（PATHWAY、BRITE、DISEASE、DRUG、GENES、GENOME、COMPOUND、GLYCAN、REACTION）、生物種ごとにアクセスできます。KEGG MapperやKEGG Atlas、KASSなど各種解析ツールの実行画面にもアクセスできます。
KEGG DAS
KEGG Distributed Annotation System
KEGGに含まれる全生物のゲノムマップ情報に対して、DAS（Distributed Annotation System）サービスを提供する高度ゲノムデータベースシステムです。GBrowse GUIを用いて、ウェブブラウザからグラフィカルに利用できます。DASプロトコルを用いてプログラムからの利用も可能です。 ※GBrowse2に移行のため、現在サービスを停止しています。
KEGG GENES Database
Molecular building blocks of life in the genomic space
KEGG GENESは、全ゲノム配列が決定されたすべての生物種について、その遺伝子セットをRefSeq その他の公共データベースから自動生成し、KEGG 独自のアノテーション（KO アノテーション）を行っているデータベースです。
KEGG GLYCAN
Glycome informatics resource integrating genomics and chemistry
文献で報告されている糖鎖構造と関連するパスウェイを収集したデータベースです。KEGG Pathwayとのリンクにより、糖鎖の生合成および分解反応や関連酵素の情報も得られます。
Klotho
Biochemical Compounds Declarative Database
Klothoは生物化学で始まる生物学的プロセスをモデル化しようとする試みです。このデータベースでは分子構造を検索することができます。
University of Missouri Bioinformatics Consortium
KMaiDB
Keio Mutation autoimmune database
MutationViewのサブデータベースで、自己免疫関連疾患に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
慶應義塾大学 医学部
KMbloodDB
Keio Mutation blood database
MutationViewのサブデータベースで、血液関連疾患に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMbrainDB
Keio Mutation brain database
MutationViewのサブデータベースで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMcancerDB
Keio Mutation cancer database
MutationViewのサブデータベースで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMDB/MutationView
Keio Mutation Databases
ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM、GDB、文献より収集し、人体・臓器の模式図上への疾患遺伝子/発症疾患名のマッピング表示や、染色体上への疾患遺伝子のマッピング表示を行っています。変異による遺伝子構造の変化 (アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されています。
KMearDB
Keio Mutation ear database
MutationViewのサブデータベースで、聴覚障害に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMeyeDB
Keio Mutation eye database
MutationViewのサブデータベースで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMheartDB
Keio Mutation heart database
MutationViewのサブデータベースで、心筋症に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMmuscleDB
Keio Mutation muscle database
MutationViewのサブデータベースで、筋ジストロフィーに関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMsyndromeDB
Keio Mutation syndrome database
MutationViewのサブデータベースで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KNApSAcK
A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database
生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKを開発し、無償で公開しています。KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。
KOP
Kazusa ORFeome Project
ヒト蛋白質発現クローン（Flexi ORF clones）データベースです。ORF配列やアミノ酸配列、InterProScanの結果、transmembrane regionの予測結果、OMIM databaseの疾病遺伝子に対するホモロジー検索の結果が登録されています。遺伝子名検索やキーワード検索、ホモロジー検索が可能です。機能別に分類された一覧も用意されています。
L1Base
Annotation of Full-Length, Intact L1 Element
L1Baseはヒトやげっ歯類ゲノムに存在する有効と思われるL1 Insertion専門のデータベースです。２つのORFが欠損していないL1 Element配列全長、そして、欠損していないORF2と欠損しているORF1を持つL1 Element配列が含まれています。その他にも完全長を得られていないL1Element配列（6000bp以上）データも含まれています。
University of Wurzburg
Labome.Org
Labome.Orgは研究助成金、論文、特許、研究テーマに関連したWebページに関する情報を掲載しており、ゲノムや遺伝子、科学者や生物種を簡単に検索閲覧できるページです。
National Center for Biotechnology Information, Computer Retrieval of Information on Scientific Projects, United States Patent and Trademark Office
LEGENDA
Literature-Extracted Gene-Disease Associations
PubMedに登録されている文献に記載されているヒト遺伝子/タンパク質名、遺伝子機能名、疾患名、化合物名のうち、2つの用語が共起した文献を検索するシステムです。遺伝子2つのように同じタイプについても検索できます。独自の同義語辞典や共起データベースを利用しています。
LSDB Archive
生命科学系データベースアーカイブ (Life Science Database Archive)
生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管しています。データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にすると共に、 利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです。
LigandBox
LIGANds Data Base Open and eXtensible
化合物の３次元分子構造と原子荷電を収集したデータベースです。KEGG DRUGデータベースを情報源としています。
Lotus japonicus (miyakogusa) EST dataset
かずさDNA研究所で決定したミヤコグサのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
Lowe Syndrome Mutation Database
先天性白内障、精神発達遅滞、尿細管性アシドーシスを主な症状とするLowe症候群を引き起こす原因となっているOCRL1遺伝子の変異に関するデータベースです。
LSDB
統合ホームページ (統合データベースプロジェクト)
文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、各種ツール、バイオNLP、教材、事業説明などを提供しています。2011年4月から一部サービス (生命科学系データベースカタログ、生命科学横断検索、生命科学系データベースアーカイブ)がJSTバイオサイエンスデータベースセンターに移行されました。
M Base
Medaka Genome Database
MEBase (メダカのESTデータベース)、MLBase (メダカの連鎖地図データベース)、MBBase (メダカの人工染色体データベース)の3種類からなっています。また、メダカに関する外部リンクも使用することができます。
MachiBase
A Drosophila Melanogaster 5'-end mRNA Transcription Database
ショウジョウバエの転写開始点に関して世界最大の情報量を提供するゲノムブラウザです。ショウジョウバエの７つの組織（胚、幼虫、老/若x雄/雌, S2（培養細胞株））から収集した約2500万個の5'-end mRNA tags (25-27塩基長) 情報を公開しています。
MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum
根粒菌Bradyrhizobium japonicumのゲノムワイドな発現比較およびCGH解析データをまとめています。１）芳香族化合物の分解過程における遺伝子発現解析結果、２）ダイズ種子抽出物と大豆由来フラボノイドGenisteinで誘導された遺伝子発現解析結果、３）バクテロイドと自由生活細胞の遺伝子発現比較結果、４）Bradyrhizobium japonicum株間におけるCGH比較結果が掲載されています。
大阪大学 大学院理学研究科
Macrophage Curated Database Index
マクロファージの分化・活性化ネットワークに関する遺伝子発現情報等の大規模・総合的データから動的転写制御ネットワークを抽出し、利用するための計算戦略をイン・シリコパイプラインとして構築されています。このパイプラインを使って、マクロファージの分化・活性化に関して、分化のマスター遺伝子やクリティカルパスウェイのイン・シリコ探索及びシミュレーションによる分化・活性化の再現解析が可能です。
MAK type database
Makino Herbarium Type Specimen Image Database
日本の植物分類学の草分けともいえる故牧野富太郎博士（1862～1957）が収集した植物標本約40万点が東京都立大学（現：首都大学東京）に寄贈され、当大学理学部は「牧野標本館」を設置して、整理と保管に当たってきました。この標本は、牧野博士が”新種”として発表した植物の基準標本（タイプ標本）の一部を含み、日本のほぼ全域をカバーする標本で、明治時代の東京都内の植生の証拠としても貴重な標本です。標本館所蔵標本をデジタル化・データベース化して公開する計画の第一段階として、基準標本（タイプ標本）の画像データを含むデータベースを作成しました。
MCPA2
哺乳類頭蓋の画像データベース (Mammalian Crania Photographic Archive Second Edition)
1997年より高解像度デジタルカメラで撮影された10,956件の哺乳類頭蓋の画像集です。6方向（前面・後面・左側面・右側面・上面・下面）からの撮影は、原則として、耳眼平面[眼窩の下縁と外耳孔の上縁によって形成される平面]が水平になるように頭蓋を固定して行い、下面のみ上顎の歯列が形成する平面[骨口蓋の部分]を水平になるようにして撮影しました。 頭蓋画像は(1)系統分類一覧、(2)日本語名、(3)英語名、(4)学名 から検索することができます。各標本につき、左右前後上下方向の6つの写真（測径器付き）と、系統分類名、性別、年齢が表示されます。いくつかの種については生態写真を確認することができます。霊長類の標本には下顎骨の画像が付いています。画像および標本情報と計測値データはダウンロードが可能です。
獨協医科大学
McSyBi
Multi-document Clustering System for Biomedicine
PubMed検索結果を用いた、生体臨床医学のための文献クラスタリングシステムです。
MDB
Metalloprotein Database and Browser
MDBはProteinDatabase(PDB)に存在する構造のうち、金属イオンを含むものに関して定量的な情報を提供しています。金属イオンの種類とその個数、タンパク質立体構造の分解能でも検索することが可能です。また、タンパク質立体構造内の金属イオンとアミノ酸との距離やその個数による検索も可能です。検索方法として、Webで検索したい項目を指定するほか、SQLによる検索も可能です。
The Scripps Research Institute
MDeR
The metadata element repository in life sciences
ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。国際標準およびライフサイエンス分野のデータベースのメタデータ要素の定義や内容、さらにデータ記述法を収録し、データベース構築時のデータのメタデータの標準化や既存のデータベースのデータ相互の関連付けを支援するサイトです。メタデータレポジトリには、異なる標準のメタデータが登録され、統一的なデータの概念、表現、定義を提供しますので、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用が可能となります。MDeRには、ISO/IEC 11179 Part 3 (Registry metamodel and basic attributes) (ISO/IEC JTC1 SC32ホームページ、2008-03-03参照)に準拠した形でメタデータ要素が収録されています。
MEDALS
METI database portal for life science
このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。現在の成果物数: 108 (Database:63, Analysis tool:45)現在のプロジェクト数: 51今後もこれらの成果物が効果的に利用されることを目的に、内容を更新・追加していきます。
独立行政法人産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
MEDIE
自然言語処理とテキストマイニング技術をベースとし、MEDLINEアブストラクトから生物医学の関係概念を検出するための知的検索エンジンです。構文解析によって計算された意味構造を用いて、高精度かつ高速に関係概念を検索・抽出します。
MEROPS
the Peptidase Database
ぺプチダーゼ（プロテアーゼ、タンパク質分解酵素）とそのインヒビターの情報を収集、整備したデータベースです。約3,000件のぺプチダーゼとインヒビターが登録されており、各エントリーには、名称、ドメイン構造、ファミリーなどの分類、活性、ヒトとマウスの遺伝子情報、三次元構造、生物種ごとの配列、文献、基質など様々な情報が含まれています。MEROPSでは、分子構造を基本としたタンパク質の階層分類を採用しています。各ぺプチダーゼは、アミノ酸配列相同性を基本とするファミリーに分類し、さらに相同性を持つファミリーは、スーパーファミリーclanにグループ化しています。
MethDB
the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects
DNAに存在するメチル化シトシンの出現頻度に関するデータベースです。HPLCやシーケンスなど様々な方法で解析されたデータが蓄積されています。このデータベースはメチル化情報を登録するために作成されているため、解析ツールは備わっていませんが、外部に有用なツールがありそれらを活用することができます。たとえば、Ensembl contig viewにMethDBの情報をMappingすることも可能です。
MethDBチーム
Medaka Genome Initiative
MGIはメダカに関する研究チームの国際的な枠組みです。メダカゲノムプロジェクトを推進するべく、効率的に研究を進め、遺伝子情報をはじめそのために必要な情報を収集し、開発するためのコミュニティーです。実質、MEPDへのリンクが有用な資源となっており、関連する組織へのリンクを得ることができます。
MIAMI
Microarray-based Integrated Analysis of Methylation by Isoschizomers
MIAMI法（マイクロアレイによるゲノムワイドなメチル化解析法）について詳しい実験手法を示すとともに、この手法を用いた解析により、様々な疾患とエピジェネティクスの関係の例をまとめています。
群馬大学 生体調節研究所附属生体情報ゲノムリソースセンター
MiBASE
Micro-Tom Database
トマト品種Micro-Tomの果実由来のESTと葉由来のEST(合計125,883EST)を公開しています。公共データベースから得たトマトESTとMicro-Tom ESTと合わせ、アセンブルを行い構築した 76,276個のUNIGENEと機能アノテーション情報、マイクロアレイのデータも公開しています。
miRO
The miR-Ontology Database
ヒトにおけるmiRNAの表現型関連を提供するナレッジベースです。miRNA名、疾患名、遺伝子名、GOターム等で検索でき、バリデーション情報や配列、ステムループ配列、ゲノムの位置情報等を確認することができます。
University of Catania
MitoDat
Mendelian Inheritance and the Mitochondrion
ミトコンドリアの生合成や機能に関わっている酵素、骨格系タンパク質やその他機能がいまだ判明していないタンパク質を規定している核遺伝子の情報を集めたものです。遺伝子名や分画で検索が可能です。また、データベースのダウンロードも可能になっています。
Center for Cancer Research Nanobiology Program
MolMovDB
The database of molecular motions
PDBファイル間の動きをモーフィングしたデータベースです。その多くはユーザの投稿データによって構成されています。また、解析ツールとして、化学的に2つの構造の補間構造を生成する"MorphServer"があり、現在RNA,DNA,複数のサブユニットからなる複合体に対応しています。その他にもへリックス構造の相互作用の解析などの立体構造解析に有用なツールがあります。
Mouse Basement Membrane Bodymap
マウス胎仔における基底膜蛋白質42種（既知の基底膜蛋白質の約90％）の発現部位を免疫組織化学的手法を用いて網羅的に解析し、得られた染色標本のデジタル画像を収録した画像データベースです。各基底膜蛋白質に対する抗体で染色した胎生16.5日のマウス胎仔の全身標本のデジタル画像（高解像度顕微鏡写真より合成された約4GBの画像）210枚が登録されており、タンパク質ごと、組織ごとに閲覧できます。"Google Earth"と同じ感覚で、標本の任意の部位を全身レベルから１個１個の細胞レベルまで任意の倍率で観察できます。
Mouse DNA Microarray
129X1/SvJとC57BL/6Jマウスの系統間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓における遺伝子発現の差をマイクロアレイで調べた結果を掲載しているデータベースです。
Mouse Genome Databases
2000-2001年マウス染色体委員会の報告書、1997年のMITマイクロサテライトマップRelease15、遺伝子組み換え近交系マウスデータベース、染色体マップのテキスト情報をもとに、データを提供しています。データはExcel,TEXT,FileMaker形式で提供されており、ダウンロードして利用することが可能です。
Neurogenetics at University of Tennessee Health Science Center
MTB Database
Mouse Tumor Biology Database
様々な要因で発生したマウスの腫瘍に関する情報を提供しています。腫瘍発生頻度、潜伏期間、系統、臓器などの様々なキーワードで検索することが可能です。病理学データも含まれており、病理組織画像や臓器の腫瘍の様子を映した写真も閲覧することができます。
MusBanks
A portal to worldwide mutant databases
マウスの変異に関して、MEDLINE等の文献と世界のマウス変異データベースから情報を収集したデータベースです。キーワード検索が可能です。
MutationView
ヒトの疾患の原因遺伝子に関するデータベースです。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。例えば目の病気、心臓の病気、脳の病気というように、病気の部位ごとに関与している遺伝子の変異を調べることも出来ますし、総合的に自己免疫病や癌の原因遺伝子について調べることも出来ます。
ナショナルバイオリソースプロジェクト「ニホンザル」(National Bioresource Project "Japanese monkeys")
研究用サルの供給を目的としています。このプロジェクトでは、研究用サルの繁殖・飼育事業、研究用サルの供給事業、供給を通して研究者への実験動物福祉と動物実験の適正化の啓発、ニホンザルに関する種々の基礎的データの蓄積（解剖学、生理学、分子生物学、生化学、獣医学）などを目的としています。
自然科学研究機構 生理学研究所
National BioResource Project Bacillus subtilis
枯草菌の遺伝子破壊株の情報、寄託、分譲に関する申し込みを受け付けているサイトです。分譲の受付から発送状況まで進捗を適宜確認できるページも用意されています。
NBRP ナショナルバイオリソースプロジェクト情報公開サイト
２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイトで、ライフサイエンス研究の基礎・基盤となるバイオリソース（動物、植物等）について収集・保存・提供を行うとともに、バイオリソースの質の向上を目指し、保存技術等の開発、ゲノム等解析によるバイオリソースの付加価値向上により時代の要請に応えたバイオリソースの整備を行っています。また、バイオリソースの所在情報等を提供する情報センター機能を強化しています。
NBRP Nenkin
National BioResource Project Cellular slime molds
細胞性粘菌は単細胞と多細胞の状態を行き来するユニークな生活環をもち、基礎と応用の両面から注目されているモデル生物です。筑波大学は第2期ナショナルバイオリソースプロジェクトの中核機関として細胞性粘菌の株と遺伝子リソースを整備し、リクエストに応じてそれらを国内外に提供します。
NCBI
NCBI（米国立バイオテクノロジー情報センター）は、NIH（米国立衛生研究所）のNLM（米国立医学図書館）の一部門として1988年に設立されたバイオインフォマティクス研究組織です。1989年にBLAST、1990年に検索システムEntrezを開発しました。現在では、NCBI内の各種データベースに対する検索を統一的なインタフェースで行えるようにしています。
Genome - Genome information for rice
イネゲノムに関する各種情報を集約したサイトです。NCBIの情報はもとより、ゲノムシーケンスを行った各機関へのリンクやBLASTへのツールなどがあります。
National Institutes of Health
NCL Mutation and Patient Database
神経セロイドリポフスチン症(NCL; Neuronal Ceroid Lipofuscinosis)に関する遺伝子変異情報を提供しているサイトです。ヒトに限らず、モデル動物に関する情報も掲載されており、公表されていないデータも取り扱われています。命名規則はHuman Genome Variation Societyに従っています。
University College London
RNA Bibliography - ncRNA.org
機能性RNAプロジェクト(NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」の一部です。RNA BibliographyではRNAに関する文献情報を収集しています。キーワード検索により目的の文献の書誌情報やアブストラクトを閲覧することが可能です。
Project Specific Custom Tracks - ncRNA.org
機能性RNAプロジェクト (NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」の一部です。miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベースです。
Neal's DNA Mutation Site
遺伝子導入された微生物lacI遺伝子、ヒトp53遺伝子、ヒトhprt遺伝子、遺伝子導入lacZ遺伝子の変異情報が掲載されており、その解析に使われるツールも使用することができます。
Glaxo Wellcome, Inc.
Neuraminidase Structure DB
抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAMS（ファムス）を用いました。インフルエンザウイルスの増殖にはウイルス由来のノイラミニダーゼと呼ばれるタンパク質が必須であり、特に全世界での新型インフルエンザの流行の可能性という緊急性から、その情報を全て公開することにしました。ノイラミニダーゼは9種類（N1～N9）の亜型に分類されますが、データベースには全種類含まれており、立体構造モデル数は1603件です。
NIJC
Neuroinformatics Japan Center
神経情報基盤センター(Neuroinformatics Japan Center、略称：NIJC)は、OECD国際協力に基づくニューロインフォマティクス日本ノードとして、日本におけるニューロインフォマティクスの情報集積拠点となるべく、独立行政法人理化学研究所・脳科学総合研究センター内に設立されました。ニューロインフォマティクスは脳神経科学と情報科学・技術の接点であり、その目的はデータの共有、データ解析ツールの開発、脳の計算論モデルの開発などから成る新しい分野です。センターでは、脳科学に関するデータベースの構築・運用を支援するとともに、データベースやニューロインフォマティクス情報へのポータルサイトを運用し、脳科学研究の情報、ニューロインフォマティクス情報の流通基盤を整備します。また、データベース開発、データベース間連携、情報流通に関する技術開発も行います。
New Natural Compounds purified in Antibiotics Lab, RIKEN
理化学研究所長田抗生物質研究室で精製された新規天然化合物一覧です。化合物名、生物活性、産生生物、参考文献、化学構造が収録されています。
NEXTDB
The Nematode Expression Pattern DataBase
線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcDNAクローンの塩基配列、ホモロジー検索の結果が利用可能です。
NIG Mouse Genome Database
MSM/Ms近交系マウスに特化した染色体、遺伝子、BAC Cloneに関する情報を提供しているサイトです。このマウスは日本で樹立された系統で、研究で用いられている亜種に３種類あり、そのうちのMUSという亜種から作成された系統です。
NIG Mouse Phenotype Database
染色体提供としてMSM/Ms系統種、宿主系統種としてC57BL/6Jを用いconsomic（遺伝的背景が同一の）系統を作成し、それらの系統からComplex Traitに重きを置いた表現系情報を収集しており、現在も継続して進められています。
Nocardia farcinica Genome Project Page
病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタンパク遺伝子、リボソームRNA遺伝子、tRNA遺伝子などを閲覧できます。
Noncoding RNA database
非コードRNAの配列と機能に関する情報を収集したデータベースです。真正細菌、古細菌、真核生物の99生物種について30,000以上の配列が登録されています。配列情報はGenBank、アノテーション情報はFANTOM3（マウス）、H-inviational Integrated Database（ヒト）、ゲノムマッピング情報はUCSCゲノムブラウザを用いています。細菌由来の低分子量細胞質RNA（scRNA）の配列とアノテーションはRfamデータベースを用いています。 本データベースにはmicroRNA、snoRNAや、rRNA、tRNA、snRNA、SPR RNAのようなハウスキーピングRNAは含まれません。
Poznan University
NucleaRDB
information system for Nuclear Receptors
核内受容体に関する情報を提供しているサイトです。受容体タンパク質の配列情報、配列アラインメント情報、構造情報として、２次元情報やPDBへのリンク、NRSAS (Nuclear Receptor Structure Analysis Server)へのリンク、その他、変異情報や核内受容体遺伝子の染色体上における位置、受容体結合に関する情報も掲載されています。
University of California, San Francisco, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
Nucleotide
国際塩基配列データベースであるGenBank、EMBL、DDBJ の配列データを収録しています。NCGR（National Center for Genome Resources）が提供しているゲノム配列データベース（GSDB）の配列データや、米国特許商標庁（USPTO）および他の国々の特許庁の国際的なデータベースで公開されている特許配列も含まれます。
O-GlycBase
O- and C-glycosylated proteins database
O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベースです。各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されています。
OLIGAMI
Oligomer Architecture and Molecular Interface
生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられています。
創価大学
OmicBrowse
ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成されており、データサーバーは強力なデータ統合機能と豊富な拡張性を持ち、ビューアーは表示範囲に限界がないという特徴があります。データが多い場合でも統計的な指標を瞬時に計算して表示することができ、そこからキーワードで重要な遺伝子を絞り込むことにより、病気の原因遺伝子を探索するなどの作業が大幅に効率化されます。
OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)
MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変異、局在、薬物名等に関してキーワード検索が可能です。
OriDB
DNA Replication Origin Database
出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。
University of Aberdeen Foresterhill
PANDIT
Protein and Associated Nucleotide Domains with Inferred Trees
Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。2008年11月のアナウンスとして予算上の都合でデータベースの更新が滞っていることが示されています。
The European Bioinformatics Institute
Pathguide
Pathway resource list
約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝パスウエイ、シグナルパスウエイ、パスウエイダイアグラム、転写因子・遺伝子制御ネットワーク、タンパク質-化合物相互作用、遺伝子相互作用ネットワーク、タンパク質配列、その他）に分類されています。
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
病理コア画像
Pathology Core Pictures
主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目的の画像を閲覧することができ、さらに画像を自由にダウンロードすることも可能です (商用利用の際には申請が必要です）。現在は第２版改訂版を公開しています。以前は「病理各論コア画像 (Pathology Core Pictures)」として公開されていました。
社団法人日本病理学会
PAZAR
A Public Database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation
転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。
Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
PDB-REPRDB
代表タンパク質チェイン決定システム
PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins とpeptides のチェインは分類対象から除くものとします。
PDBe
Protein Data Bank Europe
欧州蛋白質構造データバンク（PDBe: Protein Data Bank Europe)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および日本蛋白質構造データバンク（PDBj)はと協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。
PDDB
Prion Disease Database
プリオン病研究に特化したデータを扱っているデータベースです。このサイトではプリオン病研究を行っている研究者に、解析、データの投稿、共有を他の研究者と行うことができるようにすることを目的にしています。
Institute for Systems Biology, University of Cambridge
PEDB
Mammalian Promoter/Enhancer Database
保存されているnon-coding領域転写開始領域、転写因子結合領域の情報を統合した、哺乳類のプロモーター/エンハンサーデータベースを提供しているサイトです。Gene SymbolやRefSeqID、Functionなどのキーワードで検索することが可能で、動物種はヒト、マウス、ラットです。
Prostate Expression Database
前立腺での遺伝子発現に関するデータを集めたデータベースです。EST配列、cDNAライブラリに関する情報、マイクロアレイデータ等を提供しています。
Peptidome - NCBI
タンデム型質量分析器測定で得られたペプチドやタンパク質同定データを蓄積している公共データベースです。イオン化方法や同定エンジン、修飾情報等、同定時のパラメータや生データを取得することができ、それらのキーワードを用いて実験の検索も可能です。なお現在はサイト運用を終了しており、過去のデータはftpサイト (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/peptidome/ )から取得可能です。
Petri Net Pathways
ビジュアルな例を通して、ペトリネットによる生命パスウェイの構築方法を理解することができます。現在はシグナル伝達経路だけですが、代謝経路、遺伝子ネットワークなど追加される予定です。
PFDB
Pathogenic Fungi Database (病原真菌データベース)
病原真菌データベース(PFDB)は、病原真菌の研究と教育のために利用できる画像とデータを公開しています。データベースの内容は、起因菌別あるいは疾患別に整理した病原真菌、および病理、臨床画像をメインに構成しました。
帝京大学 医真菌研究センター
PicSNP
A Catalog of Non-Synonymous SNP
ヒトの非同義置換（アミノ酸置換をともなう）SNP (Non-synonymous SNP; nsSNP)を収集したデータベースです。nsSNPは遺伝子の機能に従って分類し、タンパク質機能の階層分類リストガイダンスによる検索を可能にしました。また、既知のタンパク質の活性部位およびドメインにおいてアミノ酸変化を引き起こすnsSNPに注目しました。
PigGIS
Pig Genomics Informatics System
配列の判明している領域における豚の遺伝子アノテーションを正確に提供しているサイトです。Sino-Danish Pig Genome Projectで得られたWGSデータ、ESTデータGenbankのデータを統合しています。配列データだけでなく、SNPデータも公開しており、さらに欠損変異を解析する"SIFT"も近日公開予定です。
Beijing Genomics Institute
PiSITE
Database of Protein interaction SITEs
タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位を同時に考慮している点が特徴です。また副産物として、多くの異なるタンパク質と一時的な相互作用することが出来るSociable proteinのリストも提供しています。
Plant Repeat Databases
12種類の植物の反復配列データベースを提供しているサイトです。各配列に含まれている反復配列は配列や構造の類似性を基にsuper-class, class, subclassに分類されています。主に塩基配列をBLASTにかけることで検索することができます。
PolymiRTS
Polymorphism in microRNA Target Site
microRNA(miRNA)のTargetSiteのDNA自然変異に関する情報を集めているデータベースです。miRNA Target siteの変異により、遺伝子発現に影響を及ぼすことがあります。SNPID,miRID,GeneID,GeneSymbol, Gene Description, Phenotypeなどで検索することができ、入力例も用意されています。GeneIDにいくつのmiRNAが関与していて、miRNA Target siteの変異がいくつ報告されているかという一覧も見ることができます。
The University of Tennessee Health Science Center
Poplar Full-Length Clone Database Search
森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能です。
Popset
ある集団の進化的関係を解析するために集められたDNA配列のセットを収録しています。集団は同一生物種の個体で構成されている場合と、異なる種の個体で構成されている場合があります。各エントリーの配列セットでアライメントすることもできます。
Porphyra yezoensis (susabinori) EST dataset
かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
PosMed
Positional MEDLINE
任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力します。まず、最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索し、次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けします。さらに、OmicsSpace中の生体内相互作用の情報を参照してキー遺伝子に関連する遺伝子を探索し、それに対応する情報（オリジナル論文を含む）も出力します。詳細情報の表示にはOmicBrowseを使用します。
PPI view
Protein-Protein Interaction viewer
PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割り当てを行いました。
PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されています。ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されています。また、マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能です。
PRIGEN
PRImate GENes
チンパンジーの脳や皮膚、上皮組織を材料に作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定、その一部の全長配列を解読しデータベース化しています。現在、14,004の5'EST配列を格納しています。
PRIMe
Platform for RIKEN Metabolomics
PRIMeは、網羅的代謝産物解析の基盤を整備し、メタボローム研究を促進することを目的としたプロジェクトです。複数の研究機関と協力し、代謝産物測定のハイスループット化や、解析ツールの開発、データベースの構築を行い、生物の全体像の解明を目指しています。
PRIMe - SpinAssign
Platform for RIKEN Metabolomics - SpinAssign
メタボロミクスにおいて2次元NMRは新しいアプローチです。そのため、スペクトルの測定から物質を帰属する流れは確立されていません。SpinAssignでは、標準化合物の2次元NMRスペクトルデータベースに対し、ピーク値によって検索する手法を開発し、ウェブアプリケーションとして提供しています。
PRIMe - Standard Spectrum Search
Platform for RIKEN Metabolomics - Standard Spectrum Search
PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名またはPubChem CompoundID、KEGG ID、組成式で検索することができます。スペクトルデータは、質量分析の場合はMassBank.jp上で、NMR分析の場合はPRIMe上で閲覧することができます。
PROPHECY
PROfiling of PHEnotypic Characteristics in Yeast
遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間（成長を始めるまでの時間）を用いて表現系を定量化しています。
Goteborgs universitet
GenBank、EMBL、DDBJの核酸配列から翻訳したコード領域のアミノ酸配列と、PIR（Protein Information Resource）、SWISS-PROT、PRF (Protein Research Foundation)、PDB (Protein Data Bank) に登録されているタンパク質配列（既知配列）を収録しています。
Protein Cluster
アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情報が手動で付与されます。
Pseudomonas Genome Database V2
シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を閲覧することができます。ゲノムで確認されているCDS,ncRN, rRNAなどのかず、全ゲノムのタンパク質の細胞内位置なども閲覧することができます。
Simon Fraser University
PTM-Switchboard
通常のパスウェイデータベースと異なり、出芽酵母の3つの遺伝子の情報を１つのかたまり(MFG triplet)としてみなして文献から情報を収集してデータベースを構築しています。文献からの情報はどのレベルで確かめられているかの情報も持ち合わせています。また新しいMFG Tripletを特定する方法を計測する機能も提供しています。
PubChem BioAssay
化合物を用いた実験結果を参照できるサービスです。どの様な目的で行った実験か、どの様なデータを取得したか、用いた複数の化合物データがPubChemIDと結びついて閲覧することができます。使用した化合物数とともに、活性・不活性となった数も閲覧することができます。
PubChem Compound
化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も可能です。
PubChem Substance
薬物名や分子量、SubstanceIDやCompoundIDなどで薬物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も可能です。
Radiation Gene
Database of genes transcriptionally modulated by ionizing radiation in mammalian cells
哺乳類の細胞を用いて電離放射線による転写の影響を測定したマイクロアレイデータを公共リポジトリや文献から収集し、データベース化しています。遺伝子名や放射線の種類、時間や量、生物種、細胞の種類などの条件で絞り込んだデータについてヒートマップ表示やクラスター解析ができます。
Consorzio interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo Per Universita e Ricerca / CASPUR
RAPID
RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database
理研植物科学研究センターで作製したシロイヌナズナトランスポゾンタグラインのデータベースです。Line Codeをキーにした検索と、表現型を選択することによる検索が可能です。Line Codeの一覧も表示できます。
Resource of Asian Primary Immunodeficiency Diseases
アジアの原発性免疫不全症の問題の解決を目指した情報基盤リソースです。アジアでの研究者、臨床家と連携し、情報や技術を共有し、より有効な診断治療の確立を目指しています。インドのバイオインフォマティクス研究所と共同で構築し、公開しています。DNA配列、アミノ酸配列、タンパク質間相互作用、遺伝子発現情報など様々な情報を提供しています。
RARTF
RIKEN Arabidopsis Transcription Factor database
PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシークエンスアライメント、系統樹、機能モチーフなどが収録されています。
REBASE
The Restriction Enzyme Database
制限酵素と関連するタンパク質に関する情報を収集したデータベースです。制限酵素の認識サイトや切断サイト、同一の塩基配列を認識するイソ制限酵素、入手先、メチル化感受性、文献情報などが収録されています。DNAメチルトランスフェラーゼやホーミングエンドヌクレアーゼ、DNAエンドヌクレアーゼ、特異的サブユニットなどのデータも含まれています。
Recode v.2.0 (Database of translational recoding events)
Recodingとは、塩基配列を通常の規則に沿わないで読み取ることを指します。Recodingが起こることにより、セレノシステインが挿入されたり、停止コドンが無視されたりなどの現象が起こります。これらの情報は通常の遺伝子に対するアノテーションに比較して遅れており、この"Recoding"に関する正確な情報を提供するためのサービスです。
University College Cork
RVD
The Recombinant Virus Database
理研バイオリソースセンター遺伝子材料開発室で収集している組換えレトロウイルス、組換えアデノウイルス、DNAクローンのデータベースです。組換えアデノウイルスは、研究で実際に使用されたクローンならびに当開発室で独自に開発したクローンを収集しており、他にはないユニークなものが多数あります。STSマーカー情報や標準操作手順書も掲載されています。
RED II
Rice Expression Database II
イネウィルストランスクリプトームプロジェクト（2007年～）において得られた、9種類のイネウイルスに感染させたイネの遺伝子発現データを収録したデータベースです。マイクロアレイは、Agilentカスタムアレイ（44k 60mer oligo-based microarray system)を用いています。
RefDIC
Reference Database of Immune Cells
代表的な免疫関連細胞の標準的な状態（無刺激、もしくはごく一般的な刺激後）のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測定プラットフォームは、Affymetrix GeneChip、Luminex、二次元電気泳動です。
RegTransBase
A curated database of regulatory interactions in Prokaryotes
原核生物の転写制御について、文献情報を基に手作業でキュレートした転写制御相互作用情報と転写因子結合サイト情報、検証に用いた実験情報を提供しています。遺伝子名や制御因子名、エフェクター、その他フリーワードによる検索が可能です。
Lawrence Berkeley National Laboratory
Rfam
RNA family database
構造RNAの配列ファミリーを収録したデータベースです。RNAファミリーは、非コードRNA遺伝子、シス制御エレメント、自己スプライシングRNAの3つに分類され、保存された二次構造を持つことが知られています。現在、1,446のファミリーが登録されており、ファミリーごとに、概要、配列、マルチプルアライメント、二次構造、文献、キュレーション情報が表示されます。概要はWiki方式による編集も可能です。
RIKEN ENU-based gene-driven mutagenesis system
理研ENU-based gene-driven mutagenesis system (RGDMS)は次世代版ジーンターゲッティングシステムとして一般に公開しています。新規変異マウス研究開発チームは、RGDMSを主要な業務活動のひとつとして変異マウス系統を提供してきました（ENU変異系統マウスは、遺伝子組換えマウスではありません）。RGDMSは2000-2008年に理研ゲノム総合科学研究センター個体遺伝情報研究チームによって開発されたもので、2008年以降は理研バイオリソースセンターにおいて、誰でも利用可能な「次世代版ジーンターゲッティングシステム」として利用の公開と、マウスリソースの開発、提供が促進されています。ユーザが希望している標的遺伝子は「現在の標的遺伝子リスト」から公開しています。申し込まれた標的遺伝子につき、年間100～150系統の点突然変異マウス系統を提供することができます。一般に公開されている系統は「公開中のENU変異マウス系統」から確認することができます。入手希望の場合は、BRC実験動物開発室から分与いたします。
Rhodococcus genome Project
PCB分解微生物Rhodococcus sp.のRHA1株について、ゲノムDNA配列やアノテーション結果を提供しています。BLAST検索やゲノムブラウザの利用も可能です。
Rhodococcus Genome Project
Rice Full-Length cDNA Encyclopedia DNABook
イネ完全長cDNA約3万2千個を収録したDNAブックです。農業生物資源研究所の所有する約3万2千個のイネcDNAをより一層有効活用する手段の1つとして、1冊の本の中にそれらの全cDNAを貼付けた書籍タイプのDNAブックを作製しました。新たな方法でのクローン提供が可能となることから、穀類ゲノム研究をはじめ植物生命科学研究への貢献が期待されます。
Rice TOGO Browser
農林水産生物ゲノム情報統合データベースの情報をグラフィカルに表示するシステムです。 イネゲノムのアノテーション情報、配列情報、物理・連鎖地図情報をグラフィカルなビューアにより参照できます。
RIKEN Activation Tagging Line Database
アクティベーションタギング法により作成したシロイヌナズナの突然変異体（gain-of-function型）約50,000ラインの中から、作成中に観察した変異体のT-DNA挿入部位に関する情報をデータベース化し、公開しています。 ※データベースの利用にはユーザ登録が必要です。
RIKEN BRCのバイオリソース
マウスを中心とした実験動物、シロイヌナズナを中心とした実験植物、ヒトや動物の細胞材料、微生物・動物・ヒト由来DNA等の遺伝子材料、微生物材料等、ライフサイエンス研究の発展に 不可欠なバイオリソースを収集し、リソースの所在・特性に関する情報環境を整備するとともに、リソースを高度な品質管理の下に増殖・保存し、国内外の研究者等に提供する「世界最高水準の研究基盤」を整備しています。トップページに各リソース配布先のリンクが存在します。
RIKEN BRC Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines
シロイヌナズナのアクティベーションタグラインは、理研バイオリソースセンター（BRC）または理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異探索研究チームにおいて、Dr. Waldenらが作成したT-DNA ベクター、pPCVICEn4HPTをAgrobacteriumの系を用いて野生株（Col-0）に導入することにより作成されました。本ラインの特徴は、T-DNAの挿入による遺伝子破壊とともにT-DNA中に存在するエンハンサーの効果により近傍遺伝子の過剰発現効果が期待できることにあります。本ラインはスクリーニングに供することを前提として種子プールの形で提供されます。
RIKEN BRC CELL BANK
理研・細胞材料開発室では研究者が開発した細胞材料を収集し、培養をして提供していますが、最も重要なミッションは細胞材料の標準化です。当室では、マイコプラズマ汚染がなく、かつ、他の細胞との取り違えのない細胞材料の提供体制を完備しました。これに加えて、細胞材料の「遺伝子発現プロファイリング情報」や「エピジェネティックな修飾に係る情報」などを試料付随情報として付加できれば、細胞材料の価値が高まり、また、より高度な細胞材料の標準化につながるものと考え、その技術開発にも取り組んでいます。 また従来の培養細胞株に加えて、ヒト体性幹細胞（臍帯血、間葉系幹細胞等）、胚性幹細胞（ES細胞）、及び、iPS細胞も提供しています。
RIKEN BRC DNA BANK
理研・遺伝子材料開発室（旧DNA開発銀行）は、平成５年度より汎用宿主ベクター系とクローン化遺伝子を中心に収集と提供を開始しました。その後、様々な研究機関、研究者からの寄付・寄託を得て、「動物および微生物のDNA」の収集・保存・提供に関わる中核機間として認定され事業を進めて参りました。現在、DNAバンクでは、所有の DNAクローン、組換えアデノウイルス、ベクターなどの他、NIA/NIHマウス15 K cDNAクローンセットやライブラリーの供給を行っています。
JCM
RIKEN BRC Japan Collection of Microorganisms
理研・微生物材料開発室は、 Japan Collection of Microorganisms（JCM）として発足し、1981年より微生物株の収集・保存・提供を行う微生物系統保存事業を実施してきました。2004年のRIKEN BRCへの統合後、独自のバイオリソース事業を展開することにより、微生物に関連する研究の支援とその発展に貢献することをめざしています。2010年9月現在、約19,900株を保有し、このうち細菌（放線菌を含む）約7,400株、アーキア（古細菌）約300株、真菌（酵母と糸状菌）約4,100株、総計約12,000株を提供対象としています。
RIKEN BRC PLANT DATABASE SERCH - BLAST Search
理研BRC実験植物開発室で提供しているシロイヌナズナを中心とした植物遺伝子材料のBLAST検索ができます。
RIKEN Hub Database
理研には約400の研究室があり、それぞれが自発的に研究成果の発表を行っています。データ公開も様々な形式で行われ、現在約80のデータ提供サイトがWeb上で公開されています。このため、どこでどのようなデータが公開されているのかが分かりづらく、公開データの再利用やコンピュータを使った統合利用が容易ではありませんでした。また、ライフサイエンスで扱われるデータのほとんどは、形式が定まっていない集積困難なデータであり、塩基配列やDNAチップデータのような集積リポジトリが存在しておらず、データ公開が容易ではありません。理研総合データベースでは、SWF(Semantic Web Folders)を使うことで、理研の公開データをセマンティック・ウェブのRDF形式に準拠させつつ、さらに数百テラ～ペタバイトにもなる膨大なオミックス実験データを関連付けて、SWFからダウンロードできるように計画しています。これにより、理研が公開するデータの永続性を担保するとともに、文部科学省が推進する「ライフサイエンス統合データベース」からの統合検索を可能にし、外部からのアクセスを容易にします。本データベースは2009年3月より公開を開始しました。
RIKEN Human cDNA Encyclopedia Metabolome DNABook
ヒトの代謝に関する遺伝子DNAを収録したDNAブックです。
RIKEN Mouse Genome Encyclopedia DNABook
6万以上のマウス完全長cDNAクローンを収録したDNAブックです。DNAブックとは、DNAを固相化して紙に固定し、書籍の形にする技術です。通常の宅配便などで多種類のDNAを印刷された情報とともに研究者に配布することが可能で、受け取った研究者は容易な方法で短時間のうちに必要なDNAを回収することができます。
SciNeS
Scientist's Networking System
理研サイネスは、セマンティックウェブに準拠したウェブシステムです。セキュリティで区切られた多数のバーチャルラボを同時並列的に内包できるクラウド型のウェブシステムで、理研の生命情報基盤研究部門で研究開発され運営されています。理研サイネスのバーチャルラボを活用することで、個々の研究者は自らウェブサーバーを維持することなく、各自のデータベースを構築することができます。また、研究成果物としてスムーズに外部へ向け発信・発表公開することも可能です。各研究プロジェクトを機密性高く区切り、未公開情報の管理や大規模なデータを介した研究業務フローを、プロジェクトごとに柔軟に設定することができることから、研究プロジェクト内のデータガバナンスを向上させ、新しいタイプの学術メディアとしても期待されています。
RSGI
RIKEN Structural Genomics Proteomics Initiative
構造プロテオミクス研究推進本部 (RSGI)では、生命活動に重要なタンパク質や、創薬などの産業に有用なタンパク質を選び出し、その構造と機能を大量かつ迅速に解析し、また、さらなる解析技術の革新を推し進めています。解析の数やスピード、その精度などにおいてRSGIは世界の最先端を走り、優れた研究成果を次々と生み出していきます。今後、私たちは、次世代の生命科学の研究基盤を築き、創薬をはじめとする産業応用に研究を役立て、より豊かで健やかな生活の実現に貢献します、
RIKEN-CIAT Cassava Full-Length Clone Database Search
理化学研究所は国際熱帯農業センター（コロンビア共和国）と協力して、キャッサバ（タピオカ）完全長cDNA10,577種を同定しました。この中には、4,621種の新規キャッサバ配列と、植物のタンパク質配列と相同性のない新規配列1,521種が含まれることが明らかとなりました。本データベースには8,494件のストレス応答性に関与する遺伝子の転写産物や、キャッサバ研究の様々な分野で重要とされる遺伝子が含まれています。
ROUGE
A Database of Rodent Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Mouse cDNA Project
かずさDNA研究所が同定したヒト長鎖遺伝子(KIAA cDNAs)のマウスホモログ(mKIAA cDNAs)の情報公開と遺伝子の配布を行っています。各エントリーにつき、クローン情報、cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、InterProScanやSOSUIによるモチーフ探索結果が掲載されています。
RPOPDB
RIKEN Populus Database
10種類のポプラとヨーロッパクロマツのゲノム情報を収録したデータベースです。mRNAは、GenBank/DDBJ/EMBLを情報源としています。理研で収集、アノテーションしたPopulus nigra 完全長cDNA配列 (PnFL)は、BLAST検索により取得できます。
S/MARt DB
The S/MAR transaction DataBase
真核生物ゲノムにおけるMAR（マトリックス結合領域）、または、SAR（スキャフォールド付着領域）と呼ばれる核マトリックスに付着する染色体DNA配列と、それらに結合する核マトリックスタンパクに関する情報を収載しています。データは主に文献から取得しており、酵母からヒトまで幅広くカバーしています。非営利目的のユーザーはフリーで使用できます。
Gesellschaft fur Biotechnologische Forschung
The SABRE DB
Systematic consolidation of Arabidopsis and other Botanical REsource
植物で最も解析が進んでいるシロイヌナズナの研究成果を集めたデータベース「TAIR」の遺伝子情報を軸（串）とし、研究グループで収集・保存・提供しているシロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ、ポプラ、タバコ培養細胞など6種の遺伝子リソースを統合（串刺し）したデータベースシステムで、遺伝子名やキーワードを入力するだけで、すべての植物リソースの類似遺伝子やTAIRにある遺伝子情報を瞬時に得ることができます。現在公開中の植物に加えて、大豆や白菜などの作物の遺伝子情報を追加するための準備も進めており、塩害や砂漠化などに耐性のある“スーパー作物”を生み出す有益なツールとなることが期待されます。
SALAD Database
Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram
SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域（モチーフ）の有無がグラフィカルに表示されること、植物種間でのアノテーション比較が容易であること、アノテーションの類似性を指標にクラスタリングできること、保存モチーフごとに簡単に分子進化系統樹を作成できること、冗長性のない全ゲノム情報を解析していること、クラスタリングにアミノ酸置換マトリックスを用いていることなどが挙げられます。最新版では、単子葉2種、双子葉2種、ヒカゲノカズラ1種、コケ1種、藻類2種、酵母1種の生物間で比較ができます。
サンガー研究所の研究部門やプロジェクトの紹介と、研究所で配列決定したゲノムデータのダウンロードサイト、開発したデータベースのリンク集とソフトウエアのダウンロードサイト、マウスとゼブラフィッシュの研究リソース配布サイトがあります。
Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database
理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sanger研究所のGeneDBにもリンクしています。また、分裂酵母の発現ベクターや株の提供を行っています。
ラット系統検索 - RIKEN BRC
理研バイオリソースセンターで管理しているラットの系統の一覧が表示されます。RBRC No.やタイプ、系統名、特徴、文献、提供者が記述されています。
SEVENS
Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収録しています。56種の真核生物ゲノムからバイオインフォマティクスツール（遺伝子検索ツール、配列アライメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、膜貫通へリックス予測ツール）を用いて高精度に同定しています。
SMART
Simple Modular Architecture Research Tool
シグナル伝達タンパク質、細胞外タンパク質、クロマチンタンパク質のドメインのデータベースです。系統分類、機能クラス、立体構造、機能上重要な残基の情報があります。キーワード検索、HMMERを用いたドメイン検索、GO Termによる検索が可能です。
EMBL Heidelberg
snOPY
snoRNA Orthological Gene Database
snoRNA(核小体低分子RNA)のオーソログの情報を整備することを目的に、生物種ごとのsnoRNAの情報を網羅したデータベースを構築しています。現在は、35生物種15,619件のsnoRNAについて、配列やモチーフ、遺伝子座、ターゲットRNAの情報等を提供しています。
SNPedia
SNPediaは、ヒトのDNA変異に関する情報共有を目的としたwiki形式のサイトです。遺伝子名、ゲノム、医薬品名、病名のリストから、それぞれSNP情報を確認することができます。
River Road Bio
Soybean Full-Length cDNA Database
ダイズの完全長cDNAの全データを閲覧できるデータベースです。理化学研究所では世界で初めてダイズの完全長cDNAを大規模に解析し、約23,000種のcDNAの全データを公開しました。本研究では、日本の代表的なダイズ栽培品種のルーツである「農林二号」の約40,000種の完全長cDNAを単離後、重複を除いた約23,000種のcDNAの部分塩基配列情報（EST）を決定し、その中から約4,700種のcDNA全長配列を決定しました。
SpBase
Strongylocentrotus purpuratus database
ムラサキウニのcDNAマイクロアレイライブラリおよびゲノムDNAについてのデータベースです。アメリカムラサキウニ（Strongylocentrotus purpuratus）とその近縁種のゲノムレベルの情報や材料を提供していたSUGP（Sea Urchin Genome Project）の後継です。ゲノムブラウザやBLAST検索も可能です。
California Institute of Technology
SRA
Sequence Read Archive
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。現在扱っているプラットフォームは454(ロシュ)、Genome Analyzer(イルミナ)、SOLiD(アプライドバイオシステムズ)、Heliscope(ヘリコス)。研究単位でデータの登録、配布を行っています。
SRPDB
Signal Recognition Particle Database
シグナル認識粒子(SRP)の構造と機能に関するデータベースです。アノテーション付けされたSRP RNAとSRPタンパクの配列を提供しています。SRPコンポーネントの構造情報の他に、比較配列解析によるRNA二次構造ダイアグラム、SRP仲介タンパクの輸送に関わる他のタンパクの情報等が含まれています。
Department of Biochemistry University of Texas Health Science Center
STRBase
Short Tandem Repeat DNA Internet Database
STRマーカーを用いる法医学DNAタイピングコミュニティのための情報リソースとして、1997年から運用されています。STRシステムの配列情報、人口データ、一般的に使用されている多重STRシステム、PCRプライマーと条件、STRアリル解析のための様々な技術のレビューが掲載されています。
STRING
Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins
タンパク質相互作用情報のデータベースです。相互作用は既知のものと推定のものがあり、直接的（物理的）および間接的（機能的）関係が含まれています。情報源は高スループット実験や共発現実験のレポジトリ、コンピュータ予測、文献から取得しています。異なる生物間での比較も可能です。タンパク質名や配列による検索が可能で、目的のタンパク質と相互作用するタンパク質とその関係性がネットワーク形式で視覚的に分かりやすく表示されます。
STRING開発チーム
Structure（またはMMDB）は、Protein Data Bank (PDB)に登録されている結晶解析やNMR構造解析の実験データを収録しているデータベースです。タンパク、DNA、RNAそれぞれ単独の構造や、これらの複合体、化学物質との複合体の構造が登録されており、各構造につき、文献情報や配列データベース等のリンク情報が含まれています。NCBIで提供している3D構造ビューワ（Cn3D)を用いることにより、分子構造を効果的に表示できます。
SubtiList World-Wide Web Server
B. subtilis 168株由来の完全DNA配列およびタンパク配列のデータセットを提供しています。遺伝子名やゲノム位置、キーワード等の様々な条件で検索することができます。枯草菌ゲノムシーケンスプロジェクトの成果を主な情報源とし、他の公共データベースや文献情報なども掲載されています。
Institut Pasteur
SubtiWiki
Bacillus subtilis annotationthe "wiki" way!
Wiki方式による自由参加の枯草菌コミュニティリソースです。枯草菌に関する遺伝子やタンパク質の詳細情報、パスウエイ（SubtiPathways）、研究グループ、Excelテーブル形式の最新の遺伝子アノテーション、遺伝子の機能分類、リンク集を提供しています。
Georg-August-Universitat Gottingen
Swine Marker Viewer
ブタのDNAマーカー情報です。プライマー情報、連鎖地図、RH地図を提供しています。
SWISS-2DPAGE
Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis database
様々な2D-PAGEやSDS-PAGEを用いて同定されたタンパク質のデータを収録しています。各エントリーには、タンパク質名、生物種、文献、電気泳動マップと該当スポット、UniProtKB/Swiss-Protのアノテーションおよび外部の様々なデータベースのリンクが含まれています。
TAB project
Transcription Analysis of BY-2
植物のモデル細胞として最も広く用いられているタバコ培養細胞株BY-2について、cDNAライブラリを構築し、EST解析を行いました。各ESTの配列や相同性検索結果を公開しています。
TAIR
The Arabidopsis Information Resource
シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベースです。注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を提供しています。
Ohio State University
Tandem Repeats Database
ゲノムDNAのタンデムリピート情報を収集したデータベースです。UCSCのゲノムデータをデータソースとしています。ゲノムごとに、タンデムリピート配列、サイズ、コピー数、塩基含量％が表示されます。ユーザ自身の配列をTandem Repeats Finder（塩基配列上にある繰り返し配列を検出してくれるツール）で解析することもできます。
Boston University
TassDB
Tandem Splice Site DataBase
GY(N)0-10GYNドナーとNAG(N)0-10AGアクセプター間で生じる選択的スプライシングに関するデータを提供しています。現在、ヒトとマウスの遺伝子について、2-12塩基の距離にあるタンデムスプライス部位が収録されています。1,329,181件のタンデムスプライス部位が収録されており、内14,312件は選択的スプライシングのエビデンスとなるEST/mRNA配列が示されています。
Albert-Ludwigs-University Freiburg
Taxonomy - NCBI
NCBI Entrezデータベースに少なくとも1件以上登録されている全ての生物種と上位分類名を収集したデータベースです。160,000以上の生物種が登録されています。各エントリーには、学名、英名、階層分類、上位階層、Entrezデータベース群の収録数とリンクが含まれています。このデータベースは、種々のデータベース間で生物名の表記を統一することを目的として構築しており、分類学や系統発生学の権威となるものではありません。採用されている生物名や系統分類は、分類学的、系統発生学的に普及している内容と異なる場合があります。
TFdb
Riken Transcription Factor Database
本データベースはマウスの転写因子遺伝子とその関連遺伝子を収録したデータベースです。マウスゲノムの非冗長な転写因子遺伝子セットが提供されます。遺伝子名、Gene Ontology、InterPro、RefSeqと、cDNA clonesの情報やリンクが表示されます。
THE CANDIDA ALBICANS PHYSICAL MAP WEBSITE
カンジダ・アルビカンスの物理地図、SNP地図のデータベースです。
University of Minnesota
The Contents Library of Medical Information
第一線で診療に当たる医師の修学の機会をインターネットを利用して提供することを目的とし、診断・治療に関する多数のコンテンツが用意されています。
東北大学
The Kidney Development Database
腎臓の発達に関するデータベースです。発達過程や腎臓の部位等で区別されて、変異やマーカー、遺伝子発現情報を検索することができます。発現データは次のサイトへ移行されています。http://www.gudmap.org/
University of Edinburgh
The Plant Organelles Database 2 Organelles Movie Database
植物の細胞小器官の動画を提供しているサイトです。系統、小器官名、Accession番号、その他キーワードで検索することが可能です。
The Plant Organelles Database 2 Organellome Database
植物の細胞小器官の蛍光染色画像を系統、小器官名、Accession番号、その他キーワードで検索することができるサイトです。Channel1～3がありますが、それぞれ３原色に対応しています。蛍光染色剤についても記載されています。
The RNA Modification Database
転写後に自然修飾されるRNAに関するデータベースです。古細菌、真正細菌及び真核生物の全RNAからの転写後修飾ヌクレオシドの包括的リストを提供してします。各エントリーには、修飾ヌクレオチドの名称と化学構造、質量、修飾基の名称、化学式、修飾が起きたRNAの種類と生物種と引用文献、構造特性や化学合成に関する引用文献が含まれます。
University at Albany
The tmRNA Website
tRNAとmRNAの両方の性質を持ち合わせるRNA分子のデータベースです。tmRNAの配列、二次構造、tmRNAによって付加されるタンパク質分解タグ、関連する文献の情報等を提供しています。
Indiana University
The Wnt Homepage
Wnt研究者に向けて、Wnt研究の最新情報、WntおよびWntシグナル経路上の遺伝子やタンパク質の分子情報、シグナルパスウエイマップ、研究方法など、Wntに関する有用な情報を提供しています。
THz spectral database
アミノ酸、ポリマー、農薬、医薬品など164種類の有機材料と、半導体、誘電体を含む18種類の無機材料について、テラヘルツ帯の透過スペクトルを掲載したデータベースです。カーボンナノチューブ、シリコンをはじめとする産業的に重要な材料も多数含まれており、そのテラヘルツ帯での特性を知る手がかりとして活用することができます。本データベースは研究・教育の目的に提供してきたもので、ウェブ上から自由にアクセスでき、テキストファイル、PDFファイル形式によるダウンロードが可能です。 スペクトルデータの利用に関する重要な点は、そのスペクトル形状だけでなく、どのような条件で測定されたかを知ることにあります。例えば、測定時の温度が変わるだけで、スペクトル形状が大きく変化する場合があります。そのため、測定時の温度、試料の厚さ、試料の濃度といった、スペクトルを見る上で必要な測定条件も提供しています。 ユーザーが測定した同様のスペクトルデータの登録も受け付けています。
TIGRFAMs
隠れマルコフモデルに基づくタンパクファミリーのデータベースです。手作業でキュレーションしたファミリーが登録されています。キーワードもしくは配列をクエリーとしてファミリーを検索できます。
TIGR Plant Transcript Assemblies
植物の転写産物データベースです。dbESTやGenBank nucleotide databaseのcDNAを収集しています。全ゲノム配列決定のプロジェクトからの予測転写産物は含んでいません。キーワード検索やBLAST検索、配列のダウンロードが可能です。
TMBETA-GENOME
Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences
TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ-バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などのツールも提供されています。
TMFunction
Functional Database of Membrane Proteins
α-へリックスおよびβ-バレル膜タンパク質中の機能的に重要な残基についてのデータベースです。タンパク質の基本情報やアミノ酸の修飾、変異情報の他、親和性、解離定数、IC50、活性などの実験値を格納しています。実験データは文献から収集しています。Uniprot、PDB、Pubmedなど様々な公共データベースへのリンクを持ちます。
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
tmRDB
tmRNA（以前は「10S RNA」と呼ばれていた）の配列や構造を収集、提供しているデータベースです。tmRNAは1分子でtRNAとmRNAの両方の性質をあわせ持つRNAです。生物種ごと（アルファベット順／系統発生順）にtmRNAの配列とアノテーションが整理されています。二次構造や三次構造のデータも配信しています。
University of Texas Health Science Center
TOMATO (National BioResource Project)
トマトの野生種に加え、ガンマ線照射、EMS(Ethyl Methanesulfonate)処理による変異体の情報を検索することができ、そのまま分与申し込みが可能です。表現系もまとめられており、変異体の形状にあてはめられています。Plant Ontology情報も付加されています。
筑波大学 遺伝子実験センター
Swine Linkage Map Viewer
ブタの連鎖地図です。マイクロサテライトマーカーを配置しています。
Germline Mutagenesis Database - SB transposon
Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスのトランスポゾン挿入部位と変異遺伝子を提示したデータベースです。
Transterm
mRNA配列と制御エレメントを提供しているデータベースです。Genbankから取得したmRNA配列を、5'非翻訳領域と3'非翻訳領域、翻訳開始領域と翻訳終了領域、完全コード領域に分割し、各エレメントにつき、詳細な解説、部位、結合因子、分類、文献情報など、テキストベースで詳しい情報を提供しています。
University of Otago
tRNADB-CE
tRNA gene database curated manually by experts
3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン（不適合コドン）を調べることができます。
Tropical Medicine and Health
日本熱帯医学会では熱帯医学分野の学術的研究成果を学術誌「Tropical Medicine and Health」にて発表、掲載しています。本誌は熱帯地を中心とした海外における医療、研究、教育のそれぞれの活動のオピニオン誌として、熱帯病および熱帯医学に関するあらゆる情報を発信しています。このサイトでは「Tropical Medicine and Health」に掲載されている文献の検索が可能です。抄録と本文のPDFを配布しています。
HSG Database
Two-Dimensional Electrophoresis Database of HSG cells proteins
HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載しています。各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定しています。
岩手医科大学 歯学部
UgMicroSatdb
Unigene MicroSatellite database
Unigeneの80種のゲノム配列中のマイクロサテライトを検索するためのデータベースです。様々な検索パラメータが用意されており、検索結果として、マイクロサテライトの型、長さ、繰り返し数、配列、配列のアノテーションが表示されます。このデータベースでは、アミノ酸をコードする3塩基（コドン）の繰り返し領域の情報も提供しています。
Guru Gobind Singh Indraprastha University/University School of Biotechnology
UK CROPNET
UK Crop Plant Bioinformatics Network
UK Crop Plant Bioinformatics Network (UK CropNet) で開発した作物ゲノムのデータベースや解析ソフトウェア、米国で開発された植物データベースを保守、管理しています。キーワードテキスト検索により、これらのデータベースを横串検索できます。UK CropNet BLAST serverでは、これらのデータベースに格納されている配列に対してブラスト検索を行えます。
UK CropNetコンソーシアム
UM-BBD
University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database
微生物の生体触媒反応と生分解パスウエイのデータベースです。登録されている化学反応は、自然科学の基礎研究や、化学薬品製造の生体触媒反応、環境汚染物質の生分解の研究向けとなっており、各反応には、開始化合物と中間化合物の情報と、反応を起こす生物や酵素、遺伝子の情報が付与されています。現在510種の微生物のパスウエイが登録されています。
UniVec
冗長のないベクター配列のデータベースで、NCBIのFTPサイトで配布されています。ベクターの他、アダプター、リンカー、プライマーの配列も登録されています。VecScreenを用いることにより、入力核酸配列中に存在するベクター由来の配列セグメントを簡単に同定することができます。
UNKA (BPH) EST
トビイロウンカのcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。
UR-DBMS/Syndrome Finder
琉球大学医学部医科遺伝学（遺伝医学）により作成された奇形症候群を中心とする遺伝性疾患の総合データベースです。「UR-DBMS」は、奇形症候群や染色体異常を中心とし、遺伝性疾患全般を含む遺伝性疾患総合データベースです。各疾患について、症状（写真入り）や責任遺伝子、診断、発生機序、文献情報等がテキストベースで詳細にまとめられています。「Syndrome Finder」はUR-DBMSの症状データから診断候補を検索するソフトウェアです。こちらは医師専用で、利用の際にはユーザ登録が必要です。
琉球大学 大学院
UTGB
酵母に関して、ゲノムブラウザの利用が可能です。検索は、遺伝子名（Gene symbol）やORF name、chromosome numberから実行します。
UTRdb
真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域は、mRNAの細胞質輸送や翻訳効率、局在や安定性の機能に関わることで遺伝子発現を制御する役割があります。UTRdbは真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域に関するキュレートデータベースです。実験で実証された機能性モチーフ、miRNAターゲットと保存配列エレメントはアノテーションが付与され、UTRsiteデータベースとリンクしています。各エントリーは遺伝子を基本としており、選択的スプライシングなどによる5'および3'非翻訳領域の変異体も網羅するように視覚化されています。UTRdbは、UTRefとUTRfullの2つのサブデータベースが含まれています。 UTRefには、79生物種の遺伝子483,605件について、473,330件の5'UTR と527,323件の3'UTRが登録されています。 UTRfullは、ヒトに特化したデータベースで、ASPicDB由来の全長転写産物のUTRが含まれています。124,345件の5'UTR（3.37件/遺伝子）と194,503件（5.18件/遺伝子）の3'UTRが登録されています。
Institute for Biomedical Technologies
VarySysDB
H-Inv転写産物のアノテーションに基づいたヒト多型情報を提供しています。転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型(SNPs)、挿入欠失多型(DIPs)、縦列型反復配列(STRs)、単一アミノ酸反復配列(SARs)、構造多型(コピー数多型、CNV)について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて公開しています。多型のタイプごと、転写産物ごとに情報を検索したり、検索結果をダウンロードすることが可能です。
VectorDB
分子生物学分野で一般的に使用されている2,600以上のベクターの配列情報とアノテーションを収録しています。対象としているベクターの種類は、Pharge Vector、Plasmid Vector、Phagemid Vector、Phasmid Vector、Cosmid Vector、Virus Vector、YAC Vector です。
Viral Probe Database
ウイルス検出方法の殆どは、特定のウイルスや良く知られている少数のウイルスのみを対象としていたり、感染力の強い新興ウイルスをカバーできないという欠点があります。そこで我々は保存配列プローブを用いて新興ウイルスや配列決定されていないウイルスを属のレベルで分類できる計算手法と、既知ウイルスを同定するための特異的プローブを開発しました。 27,610のウイルスゲノム配列(GenBank viral database (Release 152))を用いて決定した、5,700以上のウイルスに対応する属および種特異的なプローブをデータベースで提供しています。
Academia Sinica
VISTA Enhancer Browser
転写エンハンサー活性を持つヒトとマウスの非コード領域を収録しています。エンハンサー活性はトランスジェニックマウスを用いた実験で検証されています。各エントリーには、配列上の位置、胚における発現パターンと画像、塩基配列、プライマー情報が含まれています。
WHO/TDR MALARIA Database
マラリア原虫に関する遺伝子情報やタンパク情報が掲載されています。外部リンクとして代謝マップへのリンクも閲覧することができます。ESTや制限酵素での切断情報、マラリア原虫の種類についての情報も掲載されています。
Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research
WhoGA
Whole Genome Annotation
イネゲノム研究プログラム(RPG)では、日本型イネ「日本晴」全塩基配列解析の配列 Build04 を利用し、全染色体のマニュアルアノテーションを行いました。WhoGA ではこれらアノテーション結果をゲノムブラウザ「Gbrowse」にて簡単に閲覧する事が出来ます。 WhoGAは2013年3月31日をもって停止いたしました。 今後はRAP-DB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00182) をご利用いただきますよう、よろしくお願いいたします。
WINGpro
ライフサイエンス分野のデータベースについての情報が収集、整理、分類されており、現在のところ約417件の記事が存在します。ディレクトリからは、データベースの構築法による分類と生物種および対象による分類でデータベースを一覧できます。 2007年7月2日より、ユーザである皆様が記事を投稿および編集できる機能を公開しました。新規データベースに関する記事の投稿、既登録データベース関しても利用方法やTipsに関する追記をしていただけます。 2013年7月29日をもって運用を終了しました。WINGproに掲載されていたデータベースはIntegbioデータベースカタログ (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00001) に収録されていますので今後はこちらをご利用ください。
WORFDB
Worm ORFeome Database
線虫の約19,000の全タンパク質コード予測領域ORF(worm ORFeome)に関するデータベースです。キーワード検索、BLAST検索が検索が可能です。
Harvard Medical School
World-2DPAGE Repository
論文で報告された二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動イメージデータを蓄積している世界的なデータベースです。各マップにつき、ゲル実験情報、生物種、同定スポット数、同定タンパク質数、ゲルの写真と同定スポット、同定したタンパク質のリストが表示されます。
WormBase
線虫ゲノム研究の統合サイトです。ゲノム情報の他に、遺伝子、多型、遺伝マーカー、変異株等の情報を提供しています。データの登録も可能です。
Ontario Institute For Cancer Research
Xanthobase
Xanthomonas oryzae pv. oryzae genome database
イネ白葉枯病菌のゲノム情報を格納したデータベースです。 グラフィカルなビューアによる遺伝子のゲノム位置や注釈 (アノテーション)情報が参照できます。 またお手持ちの配列と白葉枯病菌のゲノム・遺伝子配列との類似性検索も行えます。
Yeast Interacting Proteins Database
出芽酵母タンパク質に対する網羅的酵母２ハイブリッド解析によって得られた相互作用およびそれに関する付随する情報をデータベース化したものです。
UMASS Amherst Yeast snoRNA Database
出芽酵母のsnoRNA（核小体低分子RNA）の分子情報を収集、整理したデータベースです。各エントリーには、名前、配列長、生体内プロセス、標的サイト、染色体マップによる位置情報、遺伝子破壊による表現型、オーソログ、RNA配列、文献情報などが含まれています。
University of Massachusetts Amherst
yMGV
Yeast Microarray Global Viewer
公開されている酵母の遺伝子発現データセットを収録し、遺伝子間の発現プロファイルをグラフィカル表示するためのビューワを提供しているデータベースです。様々な条件でデータの絞り込みを行えます。
Ecole normale superieure
National BioResource Project Zebrafish
ゼブラフィッシュの分与可能な系統に関する情報を掲載しており、分与、寄託などの情報に関しても掲載されています。トランスジェニック、変異体、野生由来のゼブラフィッシュが自然科学研究機構、国立遺伝学研究所、理化学研究所の協力により分与体制ができています。
ZFIN
The Zebrafish Model Organism Database
実験情報から研究コミュニティーの情報まで、ゼブラフィッシュに関するすべての知識と情報を入手することができます。研究リソースの配布も行っています。
University of Oregon/Zebrafish Information Network
zTRAP
Zebrafish Gene Trap and Enhancer Trap Database
国立遺伝学研究所で提供しているトランスポゾン転移技術をもとにしたトランスジェニックゼブラフィッシュにおいては、さまざまな細胞、組織、器官を特異的にGFPで光らせることができます。本サイトでは、約800のトランスジェニックゼブラフィッシュについて、各器官や組織においてGFPが発現している画像を検索することが可能です。
アトピー性皮膚炎 よりよい治療のためのEvidence-based medicine (EBM)とデータ集
アトピー性皮膚炎に関するあらゆる情報をまとめたデータ集です。研究者、治療方法、薬剤情報などが収録されています。
九州大学 医学部
イネタンパク質構造データベース
イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を収集したデータベースです。Protein Data Bankを情報源とし、タンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。
イネ品種・特性データベース検索システム
イネの品種情報と特性を収録したデータベースです。各品種につき、育成地、系統番号、交配組合せ、登録年、作付面積と全国の順位、普及見込み地帯、来歴、形態的特性、生態的特性、配布種子量、栽培適地、栽培上の注意等が詳細に掲載されています。 検索方法には、「品種名検索」、「特性情報検索」、「作付面積検索」、「登録特性検索」の4種類が用意されています。
ゲノムネット医薬品データベース
JAPIC 医薬品添付文書情報 (医療用及び一般用) を KEGG にある様々な情報と統合したデータベースです。研究の最先端と医療の現場さらには一般社会とをつなぐことを目指しています。キーワード検索により、医療用医薬品と一般用医薬品の一括検索または個別検索ができます。 現在はKEGG MEDICUS ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01185 )に統合されています。
コケ類コレクション
国立科学博物館植物研究部に収蔵されているコケ類のタイプ標本について、「コケ植物標本インデックス」、「コケ植物図インデックス」にて紹介しています。
国立科学博物館
S-Net
サイエンスミュージアムネット (S-Net)
サイエンスミュージアムネットは、全国の科学系博物館の展示情報や教育普及活動、自然史系の標本に関する情報を横断的に検索できるポータルサイトです。一般の方や研究者の方にご利用いただけます。全国の科学系博物館の協力の基に国立科学博物館が運営しています。
魚類写真資料データベース
本データベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています。 本データベースは神奈川県立生命の星・地球博物館の魚類写真資料データベースに登録されている画像に基づいて構築されています。データの検索機能は同博物館と国立科学博物館との共同開発です。閲覧やダウンロードした画像の個人的な利用を除き、資料の利用に際しては神奈川県立生命の星・地球博物館および国立科学博物館の許可が必要です。個々の写真の著作権は撮影者に属します。
Database for Genes Contributing to Sustainable World (持続可能型社会への貢献遺伝子データベース)
自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング（メタゲノム解析）で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試みています。
植物細菌病の診断と病原細菌の同定に関する情報
日本で発生する植物細菌病の図鑑です。病徴で病名を判断するための写真や解説、菌種を簡易同定する方法が紹介されています。
独立行政法人農業環境技術研究所
食品害虫サイト (貯穀害虫・天敵図鑑)
貯蔵食品中で生育する昆虫とその天敵情報を格納したデータベースです。 昆虫の形や名称、食品の種類から検索することができ、形態・加害食品・防除方法等の情報を参照できます。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所
線虫の感覚神経に発現する遺伝子の検索結果データベース
mRNA-tagging methodによる線虫（Caenorhabditis elegans）の感覚神経に発現する遺伝子について研究を行った成果を閲覧できます。
東京大学 大学院
天然化合物バンク
理化学研究所・長田抗生物質研究室では、研究室内外で合成された化合物や、放線菌の二次代謝産物をはじめとする天然物の収集・保管、機器分析スペクトルなどをデータベース化し、これらを提供するシステムの構築を行っています。 登録されている化合物は企業や研究所・大学、理化学研究所から寄託されている約24,700件（2009年1月現在)で、その内訳は合成化合物約9,100件、合成ペプチド約7,600件、天然化合物約5,200件、天然化合物約2,800件となっています。利用には利用者登録が必要です。
統合がんゲノムデータベース
財団法人癌研究会ゲノムセンターでは、抗がん剤の治療感受性や副作用を規定する遺伝子の同定を効率的に行うための知的基盤を整備するため、 がん患者の一塩基多型（SNP）のジェノタイプ頻度と、薬剤応答性や副作用の情報を統合した「統合がんゲノムデータベース」 を公開しています。SNPのジェノタイプ頻度情報はダウンロード可能です。
公益財団法人がん研究会
日本産糸状菌類図鑑
農業環境には10万種ともいわれる糸状菌類が生息しています。その中でも植物体上には共生するもの、病気を起こすもの、常在的に生息するものなど様々な菌類が生活しています。この図鑑ではこれらの糸状菌類を解説し、画像と共に紹介いたします。学名、分類、発生状況、無性世代ならびに有性世代の画像、病徴画像、農環研所蔵標本リスト等の情報が得られます。
保有糸状菌株リスト
酒類総合研究所で維持管理されている麹菌株のリストです。シャーレで培養された状態の写真や、顕微鏡写真、菌の形質などの情報があり、学術目的の場合、遺伝子資源分与願を提出すれば分譲を受けることができます。
immu-no
いむーの（病理診断＆染色統合データベース）
「いむーの」は病理診断、各種染色法などのナレッジデータベースです。神戸大学病院病理部が中心になり、運営しています。 病理診断に用いる抗体の情報を収集した抗体データベース、免疫染色理論・技術に関するページ、特殊染色を集めたページ、病理診断学・総論に関するページがあります。
神戸大学
野菜図鑑
書籍「グラフィック100万人の野菜図鑑」の電子版です。“畑から食卓まで”を一貫したテーマとし、日常の食卓をにぎわす47種類の野菜についてカラフルな写真と楽しいイラストで紹介しています。
独立行政法人農畜産業振興機構
有機溶剤中毒症例データベース
日本産業衛生学会有機溶剤中毒研究会が1984年から2000年にかけて刊行した「有機溶剤中毒症例集」をベースに電子化したものです。症例を発表した文献の有無、業務上認定申請及び決定状況などは、すべて症例収集当時のものです。また、各症例の診断はすべて症例報告者によってなされたもので、有機溶剤中毒であることが確定的な例から中毒の可能性がある例まで、幅広い診断確度の例が含まれています。
名古屋大学 大学院医学系研究科
Digital Atlas of Actinomycetes
日本放線菌学会は、1997年に朝倉書店より 『放線菌図鑑、"Atlas of Actinomycetes"』を刊行しました。 本書は、10ヶ国120人の研究者から提供された約400枚の放線菌の顕微鏡写真を日本語と英語の説明付きで収載しており、放線菌の形態上の多様性を網羅したモノグラフです。 これらの写真の中から著者の了解が得られた約120枚を選び、編集されたデジタル図鑑です。
日本放線菌学会
EM Navigater
3D Electron Microscopy (3D-EM) Data Navigator
生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイトです。EMDB と PDB のデータを利用しています。
Molecule of the Month
このサイトはRCSBの David S. Goodsell博士による「Molecule of the Month」を日本語に訳したものです。社会で話題となっている内容に関わる分子を蛋白質構造データバンク（PDB）から選び、機能と構造に関して解説しています。本レコードは http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01186 から、最新の情報を閲覧できます。
万見 (Yorodumi)
万見は、生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。Protein Data Bank (PDB) と EM Data Bank (EMDB) のデータを利用しています。分子構造ビューアアプレットとして「Jmol」と「jV (PDBj Viewer)」を利用しています。
Protein Globe
代表的なPDBエントリーを点で表し、構造の似ているエントリーほど距離が近くなるよう球上に配置してタンパク質の世界を表現したものです。分子の構造的位置づけを視覚的にとらえながら、PDBjおよびその他関連サービスを利用するための視覚的インタフェースとして利用できます。
VegMarks
a DNA marker database for vegitables
各種園芸作物のDNAマーカーや連鎖地図情報を蓄積し公開しているデータベースです。 品目ごとに、連鎖地図、DNAマーカーの塩基配列、検出条件、品種系統間多型データ、論文情報などがご利用いただけます。 現在登録されている作物は、ハクサイ、ネギ、キュウリ、ナス、メロン、トマトです。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 野菜茶業研究所
NIAH 病理アトラス
都道府県の家畜保健衛生所職員の方を対象に、病理診断に役立てていただくための病理画像を提供しています。現在は、1)牛病、2)豚病、3)鶏病、4)その他 の各疾病の病理画像と参考情報を提供しています。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 動物衛生研究所
写真で見る家畜の有毒植物と中毒
家畜の有毒植物について、基本情報、写真、有毒成分、中毒症状、病理所見、文献情報を提供しています。 本サイトの情報は、2000年3月に刊行された「写真で見る家畜の有毒植物と中毒」（畜産技術協会）をウェブ化したものです。ウェブ化に際しては、テキスト、写真等に一部修正や変更を加えています。上記冊子に収載されていない植物の情報についても順次追加していく予定です。
家畜の監視伝染病
家畜伝染病と届出伝染病について、原因、疫学、臨床症状、病理学的変化、病原学的検査、抗体検査、予防・治療、発生情報、参考文献を調べることができます。
写真で見る外来雑草
全国の飼料畑等で問題となっている外来雑草に関するデータベースです。科名、種名、学名、葉の形状、種子の形状から検索でき、外来雑草の解説、群生写真、全体写真、種子の写真を確認できます。本データベースは「写真で見る外来雑草」（畜産技術協会編）を元に作製されています。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所
飼料作物病害図鑑 (Illustrated Encyclopedia of Forage Crop Diseases)
日本で発生する飼料作物病害について、畜産草地研究所、およびその前身のひとつである草地試験場が長年にわたって調査・研究を行ってきた成果を広く活用いただくために、各病害の病徴や病原菌の写真を中心に図鑑の形にまとめました。 宿主植物名、病原菌名、病徴から検索ができ、それぞれの病害について解説と病徴や病原菌の写真、文献情報が得られます。
PGE
Gene Expression Pattern Database of Mouse Embryos
哺乳類の初期発生における非対称性の出現を遺伝子レベルから探るために、マウス初期胚で発現している約25000個のcDNAの部分塩基配列を決定し、胚の体軸形成に関連する遺伝子や約4000の新規遺伝子を見い出しました。受精卵、2細胞期、4細胞期、8細胞期、16細胞期、胞胚期のEST解析による発現量をデータベース化したものです。現在は提供を終了し、過去のデータセットは生命科学系データベースアーカイブから取得可能です。
「健康食品」の素材情報データベース
健康食品に利用されている素材（成分）一覧から目的の素材名を選ぶと、素材の概要が表示されます。「すべての情報を表示」ボタンを押すと、構造式、分析法、有効性、安全性、総合評価、参考文献など詳細情報が得られます。
独立行政法人国立健康・栄養研究所
トクホなど機能性食品データベース
特定保健用食品（トクホ）などの機能性食品について、機能性成分の名称、化学式、効能、詳細な安全情報、分析情報などを提供しています。 大阪市の健康・予防医療分野における産業振興の一環として、市民の健康増進に役立てていただくことを目的としています。
大阪市立環境科学研究所
医療情報サービスMINDS
本医療情報サービスの目標は、医療者と患者が、充分に科学的合理性が高いと考えられる診療方法の選択肢について情報を共有し、患者の希望・信条や、医療者としての倫理性、社会的な制約条件等も考慮して、医療者と患者の合意の上で、最善の診療方法を選択できるように、情報面からの支援をするものです。 本サービスで提供する診療ガイドラインおよび関連文献は、科学的根拠にもとづき専門家により作成されたものです。ガイドラインにおける推奨は、医学研究の集積による科学的判断により作成されています。よって臨床の現場においてガイドラインを判断材料として利用することができます。また充実した閲覧・検索機能により、ガイドラインや関連文献の情報を的確に得ることが可能になっています。目次による閲覧、キーワードによる検索、質問形式による閲覧（クリニカルクエスチョン）が利用できます。
財団法人日本医療機能評価機構
Trifolium pratense EST Index
アカツメクサの38,109 ESTsの解析結果を格納しています。
MassBase
A comprehensive mass spectral tags archive for plant metabolomics
MassBaseは代謝産物(メタボライト）に関するマススペクトラルタグ（MST）のアーカイブです。主に植物の生体サンプルやその代謝産物から得られた生のクロマトグラムデータおよびクロマトグラムデータを解析したテキストデータを収録しています。MassBankやKNApSAcKのような他のデータベースと組み合わせて興味のある代謝を理解するだけでなく、代謝物質ピークを抽出し、代謝物質をアノテイトするパイプライン・ソフトウェアを開発するためにも活用できます。全てのデータセットがダウンロード可能です。
RnR
Regulatory-network Research in Arabidopsis T87 cultured cells
RnRはT87培養細胞における遺伝子転写や蓄積する代謝産物の予測データベースです。このデータベースは214のDNAマイクロアレイと222のGC-MS、202のUPLC-MSアッセイをベースにしています。
NEDO database
New Energy and Industrial Technology Development Organization Database
かずさDNA研究所のヒト脾臓cDNAライブラリー由来のcDNAクローンの配列データを収集したデータベースです（NEDOヒトcDNA配列決定プロジェクト）。cDNAの全てが完全長ではなく、平均サイズは4.5kbです。本プロジェクトで得られたcDNAクローンはFLJから始まるIDが付与されており、かずさcDNA配列決定プロジェクトで得られたクローンはKIAAから始まるIDが付与されています。
毒きのこデータベース
日本の毒きのこと中毒の型を分類し、中毒症状の概略と毒成分、きのこの見分け方、治療法を記している。代表的な毒きのこについてはカラー写真を掲載している。
滋賀大学
Streptococcus pyogenes
化膿レンサ球菌のゲノム情報データベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。
東京工業大学
薬剤分類情報閲覧システム
新薬の薬価算定にかかる類似薬の選定を図る観点から、平成11年12月の中医協で了解された「薬価制度改革の基本方針」に基づき、効能・効果、薬理作用等に着目し既存品の分類を行ったものです。 分類名と品目名から検索し、各薬品の効能効果、用法用量が表示されます。
厚生労働省 保険局
Food Composition Database (食品成分データベース)
食品成分データベースは、「五訂増補 日本食品標準成分表」（平成17年1月24日 文部科学省 科学技術・学術審議会 資源調査分科会 報告）、「五訂増補 日本食品標準成分表 脂肪酸成分表編」（平成17年1月24日 文部科学省 科学技術・学術審議会 資源調査分科会 報告）をデータソースとして、食品成分に関するデータをインターネットを通じて提供しています。
文部科学省
メルクマニュアル
メルクマニュアルは、医薬品の研究開発力で高い評価を得ているMerck & Co., Inc., Whitehouse Station, N.J., U.S.A.が、非営利事業として提供しているもので、世界で最も信頼されている医学書の一つです。
MSD株式会社
メルクマニュアル家庭版
メルクマニュアル家庭版は、世界で最も信頼されている医師向けの「メルクマニュアル」をベースに、わかりやすく書き下ろした家庭向け医学書で、300人近い医療の専門家によって執筆されています。 オンライン版は、Merck & Co., Inc., Whitehouse Station, N.J., U.S.A.（日本では完全子会社の万有製薬）が非営利目的のサービスとして、無償で提供しています。
APASD
Asian-Pacific Alien Species Database
近年、世界的な物や人の移動が著しく拡大するとともに、世界各国で昆虫を含む動物、植物、微生物などの侵略的外来生物が増加し、これらは農作物に直接被害を与えるだけでなく、固有の生物多様性や生態系に対する深刻なかく乱要因にもなっています。アジア・太平洋諸国においても、外来生物がもたらす被害は大きく、この地域における外来生物の動態を把握し、蔓延防止および経済的生態的被害軽減策に関する情報を蓄積する必要があります。そのために、アジア・太平洋諸国の農業生態系に生息する外来生物に関わる最新情報をデータベース化し、インターネットによる情報の共有化を推進しています。 本データベースに掲載する対象種は、アジア・太平洋地域の農業生態系に国境をこえて非意図的あるいは意図的に導入された外来生物（植物、動物、微生物等）とし、日本およびアジア地域を中心にデータを収集しています。外来生物の分類名、形態的特徴、定着状況、分布拡大、経済的および生態的被害、繁殖・生育特性、防除対策、文献、写真等が入力されており、これらを検索および閲覧することができます。
JECDB
既存化学物質毒性データベース (Japan Existing Chemical Data Base)
化学物質の毒性試験報告書を公開しています。化学物質名一覧やCAS番号、毒性試験の種類から検索することができます。
厚生労働省 国立医薬品食品衛生研究所
食品照射データベース
電離放射線により処理された食品の安全性と利点は十分に証明されています。 食品照射に関して、人が一般に関心を持っている事柄について科学的に正確な情報を提供しています。
NBRC (Biological Resource Center, NITE)
独立行政法人 製品評価技術基盤機構 生物遺伝資源部門：NBRC (NITE Biological Resource Center)は、生物遺伝資源センターとして、アーキア・放線菌を含む細菌、酵母、糸状菌、微細藻類、ファージ、DNAリソースなど、潜在能力のある生物遺伝資源を収集・保存・提供しています。
GGDB
GlycoGene Database
糖鎖合成に関連する遺伝子や、糖転移酵素の基質特異性に関する情報を収集しています。
GlycoprotDB
GlycoProtein Database
この糖タンパク質データベース(GlycoProtDB)は、線虫 (Strain N2)およびマウス(C52BL/6J系のオス)の組織を材料として、実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の情報を一般に提供するためのデータベースです。現在、線虫試料より同定されたN結合型糖タンパク質全てと、マウス肝臓からコンカナバリンA（ConA）で捕集された糖タンパク質の情報を公開しています。これらのデータには、タンパク質(遺伝子)ID、タンパク質名、糖鎖修飾部位、および、糖ペプチドを捕集するために使用したレクチンの情報が含まれています。
LfDB
Lectin Frontier Database
レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、レクチンの詳細情報と、各構造を持つ糖鎖との相互作用データを収集、公開しているデータベースです。レクチンと糖鎖（ピリジルアミノ化糖鎖）の相互作用データは、自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステムを用いて取得した定量的データです。
GMDB
Glycan Mass Spectral DataBase
GMDBは、N-結合型糖鎖、O-結合型糖鎖、糖脂質糖鎖およびこれらの糖鎖の部分構造のMS2、MS3、およびMS4スペクトルのデータベースです。
Rat Brain Sections: Super-fine images
ラットの脳断面画像を7枚ほど見る事が出来ます。ズームイン、ズームアウト操作により脳の特定の部位に自分が入り込んで行くかのように感じる事ができます。
ProSeg
A database of local structures of protein segments
タンパク質分子の部分構造を網羅的に分類、整理したデータベースです。7万以上のセグメントが主鎖の立体構造類似性にしたがって数千個程度のクラスタに分類されています。
侵入生物データベース (Invasive Species of Japan)
侵入生物の基本情報、侵入情報、法的扱い、移入元、影響、写真を提供するデータベースです。対象は、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫類、その他の無脊椎動物、維管束植物です。
独立行政法人国立環境研究所
サプリメントデータベース
成分や機能性食品から掲載製品を検索できます。また、生活習慣病、身近な症状から、関連する成分や機能性食品、予防のためのアドバイスが得られます。
日本サプリメント協会
生物アイコン
真正細菌から動植物を含む200種類以上の生物種のアイコン（イラスト）集です。ダウンロードしたアイコンを自由に改変・使用することができます。現在の収録数は220件です。
統合TV
統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が発信するデータベース(DB)やツールの使い方を紹介した動画コンテンツです。
PODB2
Plant Organelles Database 2
蛍光タンパク質などで可視化された植物オルガネラの動画や静止画像、オルガネラ研究の解析方法や関連リンク集を収集したデータベースです。 「Organelles Movie Database」では、可視化されたオルガネラの組織や成長段階に応じた動き、野生型と変異体における違い、細胞内でどのような配置をとっているのかなどをご覧になれます。 「Organellome database」では、種々の植物体の様々な成長段階の組織におけるオルガネラの動態を調べることができます。 「Functional analysis database」では、新たな研究方法を導入したい場合に、どの研究室がその研究方法を得意とするのか、どのようなプロトコールに従えば良いかという情報が得られます。
GlycoForum
糖質科学に関する総合情報サイトです。国内外の複合糖質研究の最前線を網羅しています。
生化学工業株式会社
がん情報サイト (Cancer Information Japan)
がん情報サイトは日本で唯一米国国立がん研究所 (National Cancer Institute: NCI)とLicense契約している、がんの最新治療情報や治療成績、臨床研究の情報、がんに用いられる標準治療薬や支持療法薬といった、がんに関する最新かつ包括的な情報を配信するサイトです。
先端医療振興財団
HACCP関連情報データベース
食品の安全性の確保や品質管理の徹底に関する要請はより一層高まっており、消 費者に安全で高品質な食品を提供するため、食品の製造過程におけるＨＡＣＣＰ手法の導入が要請されています。しかしながら、その導入のためには一定施設の整備と共に、専門的知見の入手が必要なことから、中小企業が多数を占める食品製造業者にとって困難をともなう面があります。そこで、中小の食品製造業者によるＨＡＣＣＰのさらなる導入推進にむけて、必要となる技術情報に係るデータベースを構築し、環境整備を促進することを目的としています。
財団法人食品産業センター
がんinfo.
がんInfo. は、米国国立がん研究所（National Cancer Institute : NCI）のがん情報（PDQ）の患者向け情報を、NCI承認のもと国際医学情報センターの責任で翻訳し提供しております。93項目中、40項目がご覧になれます。
国際医学情報センター
KEGG DRUG
Drugs viewed as perturbants to the molecular system
KEGG DRUG は、日本、米国、欧州の医薬品情報を、化学構造と成分の観点から一元的に集約・管理したデータベースです。とくに日本の医薬品は医療用（処方薬）だけでなく一般用（大衆薬、OTC薬）もすべて網羅し、個々の製品情報（添付文書情報）へのリンクがつけられています。また化学薬品だけでなく、生薬・漢方方剤もデータベース化されています。
KEGG DISEASE
Diseases viewed as perturbed states of the molecular system
KEGG DISEASEは、遺伝要因が既知の疾患（単一遺伝子疾患及び多因子性疾患）と病原体ゲノムが既知の感染症疾患に関する情報を、計算処理が可能な形に集約したデータベースです。各疾患エントリは H番号とよばれるアクセッション番号で識別され、関連するパスウエイ、病因遺伝子のリスト、ならびに環境要因、診断マーカー、治療薬などの分子のリストで表現されています。
KEGG COMPOUND
Metabolome informatics resource integrating genomics and chemistry
KEGG COMPOUNDは、小分子、生体高分子、および生体関連化学物質のデータベースです。 各エントリーはC番号とよばれるアクセッション番号で識別され、化学構造や関連する生体反応、パスウエイ、他のデータベースとのリンク情報が含まれています。
DBGET Search - ENZYME
KEGG ENZYMEは、IUBMB/IUPAC生化学命名委員会によって定義された酵素命名法 (EC番号)を識別子とし、酵素分類、反応式、基質、生成物、補因子、生物種、関連遺伝子、パスウエイ情報が収集されています。トリニティー大学（ダブリン）のExplorEnzデータベースを基にしています。
KEGG GENOME
Organisms and ecosystems with genome sequence information
KEGG GENOMEは、全ゲノム配列が決定されたすべての生物種の情報を収集しています。RefSeq 等の公共データベースより作成しています。
KEGG ORTHOLOGY (KO) Database
Linking genomes to pathways by ortholog annotation
KEGG ORTHOLOGYは、KEGGパスウェイの各ノードまたはBRITE機能階層の最下層ノードに対応したオーソロググループを手作業で定義したものです。ゲノム中の各遺伝子にKO識別子（K番号）を付与することで、KEGGパスウェイやBRITE機能階層へのマッピング（エンリッチメント）が可能となります。KOシステムは、ゲノムの情報からパスウェイ等高次生命システム情報を解読するための架け橋となります。
KEGG REACTION
Knowledge base for predicting biodegradation and biosynthesis
KEGG REACTIONは、KEGG ENZYMEに格納されているすべての反応と、KEGG PATHWAYの代謝パスウエイの反応を蓄積したデータベースです。 各反応はR番号によって識別され、 反応の構造式や関連する酵素のオーソロググループが収集されており、ゲノム(酵素遺伝子)情報と化学(化合物のペア)情報の統合解析を可能としています。
DBGET Search - RPAIR
KEGG RPAIRは、KEGG REACTIONの各反応の基質-生成物 (反応物質ペア）を収集したデータベースです。RP番号を識別子とし、基質と生成物の化学構造、RDMパターンで記述した化学構造変化、関与する酵素、KCFデータなどが含まれます。 一般的に、1つの反応には複数の反応物質ペアが存在しますが、特にKEGGパスウエイマップ上のものはメインのペアと呼ばれます。
DBGET Search - VGENES
KEGG VGENESは、RefSeqからウイルス遺伝子情報を自動抽出して作成したデータベースです。
DBGET Search - VGENOME
KEGG VGENOMEは、RefSeqからウイルスゲノム情報を自動抽出して作成したデータベースです。
3D MR Microscopic Images of Kyoto Collection of Human Embryos
筑波大学磁気共鳴画像研究所で開発された超並列型MR 顕微鏡による1,204のヒト胚の3D MR顕微鏡画像を公開しています。 ここで用いているヒト胚は、京都大学大学院医学研究所付属先天異常標本解析センター所蔵のヒト胚子・胎児標本コレクション(40,000-50,000)の一部です。このヒト胚子・胎児標本コレクションは1961-1974年に収集されたもので、世界で最大規模のコレクションです。
ここカラダ 病気辞典
病気の詳細な情報を提供しています。キーワードや病気の種類、50音順から病気を検索できます。
株式会社リクルートドクターズキャリア
ここカラダ お薬辞典
処方薬の主成分名、製薬会社、薬価、写真、主な作用、副作用、服用上の注意を調べることができます。 製品名や成分名から検索できます。成分名を入力して検索をすると、同一成分を主成分とする薬の一覧が表示されます。
サイバーデンタル
歯科情報ポータルサイト。歯の基礎情報から治療情報まで分かりやすく説明しています。
株式会社Cyberデジタル
食品機能成分データベース
五十音順食品素材一覧表で、学名、成分、機能性成分、機能性、科名、利用部位、使用上の注意などを一覧することができます。 リンクのある食材はさらにその機能性、相互作用などのエビデンス（科学的根拠の要約と出典など）が掲載されています。食品の機能や安全性を評価する時に参照して下さい。
北海道医療大学
内科診断検査アクセス
本システムは電子教科書の将来像を探るため、「内科診断検査アクセス: 日本医事新報社(1989.5.20.)」を電子化したものです。症候編、疾患編、臨床検査編の3部構成です。
北里大学 医学部
ウイルス図鑑
ウイルスの感染と病気、粒子構造、遺伝子に関する解説と、電子顕微鏡（一部）の写真を提供しています。ウイルスの分類法は、国際ウイルス分類委員会（The International Comittee on Taxonomy of Viruses: ICTV）によって定められているので、このウイルス図鑑も、ICTVによる分類（7th Report of the ICTV: M. H. V. van Regenmortel, C. M. Fauquet, D. H. L. Bishop eds., Academic Press, 2000）に従って各項目を立てています。
歯チャンネル88
歯科医師が作った歯科総合情報サイトです。日本の歯科医療をより良くすることを目的としています。
株式会社ファンクション・ティ
お薬110番
ハイパー薬辞典、副作用リスト、禁忌薬 と 警告、薬価サーチなど、市販薬に関する様々な情報を調べることができます。
医薬品情報研究会
Proteopedia
タンパク質、リボ核酸、DNA、および他の分子の3D百科事典です。フリーユーザーアカウントで誰でも記事を編集できます。 Proteopediaの目的は、興味のあるタンパク質やその他の分子、科学物質に関する情報を共有し、議論するサイエンスコミュニティのフォーラムとして機能することです。
Protein Quaternary Structure
Protein Data Bank (PDB)のデータを基に、ホモおよびヘテロの推定蛋白質会合体、複合体の立体構造データを得ることができ、分子間相互作用を立体的に理解することができます。2009年8月から新しいデータの追加を停止しました。将来的にサービスが中止される予定です。
日本語版ウィキぺディア
フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』の日本語版です。ウィキペディア (Wikipedia) はウィキメディア財団が運営するオンライン百科事典です。コピーレフトなライセンスの下、誰もが無料で自由に編集に参加できます。世界各国の言語で展開されています。
ウィキメディア財団
Gene Wiki
Wikipediaの仕組みを用いてヒトの遺伝子やタンパク質に共同でアノテーションを付与することを目的としています。
VIPERdb
Protein Data Bank (PDB)から収集した正二十面体ウイルスキャプシド構造のデータベースです。289種類のウイルス由来の全てのキャプシドは単一の二十面体配向性をもち、異なる構造間での比較を容易にしています。
MedlinePlus
米国NLMで評価された信頼できる健康・医療関連の情報源を提供し、世界中で消費者健康情報源として利用されています。コンテンツは毎日更新されています。
National Library of Medicine
BodyParts3D
解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベースです。人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴です。臓器の３次元的位置や形状を確認する電子アトラスとしてだけでなく、人体シミュレーションやデータマッピングなどの入力データとして再利用可能です。BodyParts3Dの臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜を手軽に作成できるツール、アナトモグラフィーも公開しています。
Budding yeast cDNA sequencing project
Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値を格納しています。
AcEST
Adiantum capillus-veneris EST
ホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に2次情報を追加したデータベースです。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められていますが、陸上植物(種子、シダ、コケ植物)の中でシダ植物のゲノムに関する研究は発展していません。そこで、光形態形成に関する研究に用いられてきたホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)をシダのモデル植物として位置づけるために、 EST配列の解析を行いました。
BCSDB
Bacterial Carbohydrate Structure Database
微生物の糖鎖構造、文献、分類、関連情報を提供しています。 微生物の糖鎖構造の約95%を網羅しています。収録データは手作業でチェックしているためエラーのない高い質を保持しています。 1995年以降に文献で報告されたCarbbank databaseの約4,000の構造、および1995年以降に文献で報告された約5,000の構造を収録しています。
Russian Academy of Sciences
PubMeth
Reviewed methylation database in cancer
各種がんにおける遺伝子のメチル化頻度を調べることができます。現在のエントリーは5,000以上で、1,000件以上の文献から自動テキストマイニングにより抽出した情報を元に、キュレーションとアノテーション付与をしています。遺伝子側からの検索とがんの種類からの検索ができます。
Ghent University
3D Lectin Database
各エントリーは由来（動物、植物、藻類、菌類、微生物、ウイルス）ごとに分類されており、さらにレクチンのタイプ（構造ファミリー）から辿ることができます。PDBの立体構造や結合する糖鎖構造、文献情報が収集されています。
Centre de Recherches sur les Macromolecules Vegetales
YMP
Yeast Mitochondrial Proteome 2-D database
酵母の発酵と呼吸に関するミトコンドリアプロテオーム解析結果 - 2次元電気泳動画像、同定されたタンパク、および、その他のミトコンドリアデータベースのリンク集が掲載されています。
University of Oulu
家庭の中医学
漢方の情報サイト。中医漢方処方解説、中医生薬解説、症状の解説と治療、中医学用語解説が掲載されています。
おもしろい糸状菌
カビはおもしろい形の胞子を作ったり、おもしろい形のキノコを作ったりします。 色々なカビの顕微鏡写真をご紹介しますので楽しんで下さい。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センター
JUMOKU
日本産樹木検索
日本産樹木508種（針葉樹を除く）の検索ができます。
アサガオ類画像データベース (MORNING GLORIES DATABASE)
日本の伝統的な園芸花で多数の遺伝子突然変異体をもつアサガオを中心に、近縁種およびアサガオとの種間雑種およびヒルガオ科の園芸植物の画像を集めたデータベースです。
Vascular Plant Specimens of Makino Herbarium
牧野標本館には36万点あまりの維管束植物標本が保存されており、これらの標本の画像をデータベース化しています。ブナ科、カバノキ科、ミズキ科、アブラナ科、マメ科、モクセイ科、ミカン科、ユリ科 の大部分が現在公開されています。
TOBIKOBACHI
Image Database of Encyrtid Wasp Collection
日本産トビコバチ類画像データベースTOBIKOBACHIは、立川哲三郎博士のコレクションに基づいた日本産トビコバチに関する、画像を含めた種情報のデータベースです。各レコードは、科名、属名、種名、和名、分布、模式産地、模式標本の所蔵機関、原記載の出典、同物異名、発生期、寄主、天敵、文献、画像(全体図と部分図)等16項目を収録しています。
HANABACHI
Image Database of Japanese Bees
日本産ハナバチ類画像データベース(HANABACHI)は、 日本産の全種のハナバチに関する、画像を含めた種情報のデータベースです。 各レコードには、科名、属名、種名、和名、分布、模式産地、模式標本の所蔵機関、 原記載の出典、同物異名、種の説明、訪 花植物、文献、画像(全体図と部分図)、 分布図等を収録しています。
ELKUType
Type Specimen Collection Preserved in the Entomological Laboratory, Kyushu University
ELKUTypeは、九州大学農学研究院昆虫学教室所蔵のタイプ標本情報のデータベースです。タイプ(模式標本)は、新種等のタクソン(分類単位)が設立され、記載命名された時に用いられた標本で、その中の1個体をホロタイプ(完模式標本、holotype)、同時に用いられたこれ以外の標本で指定されたものはパラタイプ(副模式標本、paratype)と呼んでいます。 ELKUTypeは主としてホロタイプに関するデータベースで、各レコードには、学名、和名、目名、科名、原著者、命名年、原記載の出典、タイプの種類と雌雄、タイプ産地、国、保存形式、パラタイプの有無、画像等19項目を収録しています。
瀬戸内海海藻類標本データベース
神戸大学内海域環境教育研究センター（兵庫県津名郡淡路町）に保存されている海藻類標本をデータベース化しました。センターに保存された標本の中から、代表的な標本約529点（228種）の画像と採集情報を公開しています。
藻類画像データ
この画像データベースでは藻類の分類名、学名、画像を提供しています。 筑波大学生物学類および全国の生物学科の学生諸氏の藻類への理解を助けると同時に，全国の大学および中高等学校で生物学教育に携わる先生方が利用できる画像資料の提供をめざしています。
筑波大学 生物科学系
相模湾生物データベース
相模湾で採取された水生生物のデータベースです。画像と分類、採取情報が収集されています。
東京大学 大学院理学系研究科附属臨海実験所
中国薬草古典「証類本草」データベース
「証類本草」は中国で１世紀頃に創刊された薬草古典『神農本草経』を基本とし、その後収録項目を追加しながら12世紀頃までに31巻発刊された最も権威がある薬物書です。 収載品目は1,700種類で、薬用植物・動物・鉱物、さらには食用とされる果実類、米穀類、野菜類、獣禽類などの効能が、形態、産地などとともに時代毎に収載されています。 医薬学及び植物学方面の内容の正確さや情報量の豊富さ、生薬の基源の歴史的変遷をたどることができ、薬効のみならず食効に関する情報が提供できるなどの点で、漢方資料として極めて重要な価値を有しています。 この古典を我が国として初めて翻訳・データベース化しました。
富山大学
DBGET Search - DGENES
KEGG DGENESは、公共データベースからドラフトゲノム中の遺伝子情報を抽出し作成したデータベースです。
DBGET Search - EGENES
KEGG EGENESは、dbESTよりESTコンティグ遺伝子を自動抽出して作成したデータベースです。
KEGG MGENES
KEGG MGENESは、NCBIのリソースよりメタゲノム中の遺伝子情報を自動作成したデータベースです。
KEGG RCLASS
KEGG Reaction Class
KEGG RCLASSは、KEGG RPAIRのメインペアを化学構造変化パターンで定義した化学反応クラスです。RC番号を識別子としています。
Visual database of Primatology (サル学画像データベース)
霊長類の頭蓋骨の写真を集めたページです。 前、後、上、下、右、左の方向を決定すると、写真の一覧が表示されます。
京都大学 霊長類研究所
みんなのバイオ学園
毎日の生活に欠かすことのできない「バイオテクノロジー」を、子どもから大人まで楽しく学ぶことができます。基礎、歴史、農作物、医療、倫理などの授業形式のコースや、e-ラーニングを選ぶことができます。
財団法人バイオインダストリー協会
VARIOUS MARINE INVERTEBRATES
最近では、深海探査その他により、未知の無脊椎動物が相次いで発見されており、分類の新しい動物門を増やしています。 無脊椎動物図鑑は古典的な分類に最近の知見を加味したものです。
公益財団法人水産無脊椎動物研究所
遺伝学電子博物館
遺伝学の歴史、進化と遺伝、分子遺伝学などの学術情報をビジュアル的に分かりやすく解説しています。マルチメディア資料館では、RNAポリメラーゼやリボゾームの3Dモデルを手元で自由に動かしたり分解して見ることができます。
SciencePortal
最新の科学技術情報を伝えるポータルサイト。研究開発や調査に役立つデータベースをご紹介します。
海棲哺乳類図鑑
海棲哺乳類の画像と、分類や特徴、大きさなどの情報を公開しています。日本国内のストランディング情報も掲載されています。
EMBRYS
Embryonic Gene Expression Database for Biomedical Research Source
マウス胚の約1,600の転写関連遺伝子発現をホールマウントin situハイブリダイゼーション法（WISH）によって可視化し、発生段階に応じた遺伝子発現を捉えた3次元的実体顕微鏡画像データベースです。
国立成育医療研究センター研究所
マメハモグリバエ寄生蜂の図解検索
マメハモグリバエLiriomyza trifolii (BURGESS)は1990年頃から侵入害虫として日本で問題になり、現在までに在来の寄生蜂が少なくとも28種確認されています。本データベースでは、これらマメハモグリバエ寄生蜂の分類と簡単な説明、画像を提供しています。
育成品種紹介
日本国内において育成された果樹品種について樹種名、品種名、登録状況、育成場所、品種の説明等と関係画像を収集・蓄積し、データベース化し、提供しています。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 果樹研究所
EPFDB
Entomopathogenic Fungi Database (昆虫病原糸状菌データベース)
健全な昆虫にとりつき、昆虫体内に侵入後その昆虫を死に至らしめる昆虫病原糸状菌類のデータベースです。宿主に寄生した状態の写真や培地での増殖写真、顕微写真などが収録されています。属名、和名、種名のリストから検索できるほか、宿主からのリスト検索が可能です。菌種のシノニム（同種異名）リストも掲載しています。
資源作物見本園
農林水産省農業研究センターの資源作物見本園で栽培された61種類の作物の様々な写真とその作物についての簡単な解説を収めたデータベースです。
農業経営情報研究会
AGROPEDIA
AGROPEDIA（アグロペディア）とは、農林水産試験研究に関する知の泉を創造するべく, 様々なデータベースを一同に集め,これらをインターネットを通じて情報提供するシステムの愛称であり、農(Agriculture)に関する知の泉 (Encyclopedia)を意味する合成語です。研究に役立つ文献、数値、衛星画像など様々なデータベースをご利用ください。
農林水産省 農林水産技術会議事務局筑波事務所
農林認定品種データベース
農林認定（旧命名登録）は、農林水産技術会議事務局が所管している独立行政法人及び指定試験事業を委託している都道府県の試験研究機関が育成した農作物の系統で、その特性が優良なものについて農林水産省の新品種として決定し、普及に資するために認定しています。平成19年3月現在で89作物、1,807品種が登録されています。 本データベースはこれらの品種についてデータベース化したものです。検索した品種に関する詳細な解説の他、品種の系統図、図表データ、画像が表示されます。
やさい・くだもの百科
約60種の作物と、その品種約600種が納められているデータベースです。品種の名前、写真、簡単な説明がつけられています。
RRDB
イネ学データベース（Rice Research Database）
栽培イネの形態的・生理的特性データを集めた公開データベースです。 1000以上の品種についての約80の項目の特性データ（11万件）から構成されます。
株式会社植物ゲノムセンター
Regenerative-medicine.jp
株式会社グローバルインフォメーションが運営する再生医療の市場情報に関するサイトです。 海外のニュースやホワイトペーパーなどの最新マーケット動向概要、世界各地で開催されるカンファレンスやイベント情報などが掲載されています。
株式会社グローバルインフォメーション
診療情報提供サービス
診療報酬情報提供サービスは、医療保険請求に関わるレセプト電算処理システムに必要な情報を提供するホームページです。 医療保険請求に関わる様々な機関が事務を効率的かつ迅速に行えるよう、各種制度改正情報や点数表、薬価基準などの保険請求に必要な各種の情報や磁気レセプト作成のための基本マスターを提供しています。
iyakuSearch
iyakuSearchはJAPICが提供する国内外の医薬品情報に関するデータベースです。
財団法人日本医薬情報センター
JAPICDOC
医薬文献情報データベース
JAPICDOC は国内・海外の医学・薬学関連文献から医薬品に関する情報を蓄積したデータベースです。 国内文献は、医薬品の基礎から臨床までの情報で、特に医薬品の有効性や安全性を中心に収録し、 海外文献は、安全性に関する情報のみを収録しています。
健康食品データベース
本データベースで扱う「健康食品」は、健康の保持・増進に資する食品として販売・利用されているもの全般としています。本データベースで提供する健康食品の情報は、健康食品の輸入・製造・販売会社からデータの提供を受け公開しているものです。医療関係者や都民の方が、健康食品の安全な利用について適切な判断を行う補助として利用すること、また医療相談の際に利用することを目的として作成されています。
社団法人東京都薬剤師会
UMIN
University hospital Medical Information Network
UMINは、国立大学附属病院長会議のもとで運用されているネットワークサービスで、東京大学医学部附属病院内にセンターがあります。大学病院業務 (診療・研究・教育・研究）及び医学・生物学研究者の研究教育活動の支援を目的としてサービスを行っています。
BirdBase
BirdBase（アジアの鳥類分布データベース）は複数の調査機関に分散して所蔵されている調査データを横断的に検索できるWebGISシステムを提供しています。 「種名から検索する」、「地域から検索する」、「生息地の情報を見る」、「分布地の一覧を見る」などの検索メニューがあります。
地方独立行政法人北海道立総合研究機構 環境・地質研究本部環境科学研究センター
TMIG-2DPAGE Proteome Database
ヒト由来培養細胞4種類と、病理解剖組織1種類の二次元電気泳動画像と同定されたタンパクの情報を公開しています。
GBIF JAPAN
The Global Biodiversity Information Facility in Japan
GBIF(Global Biodiversity Information Facility)は、生物多様性に関するデータを各国・各機関で分散的に収集し、ネットワークを通じて全世界的に利用することを目的とする国際協力による科学プロジェクトです。 その活動により、動物、植物、微生物、菌類等広範な生物種、生物標本データ、遺伝子配列情報、タンパク質データ、生態系データ等の相互運用、利用が可能になることが期待されています。
飼料イネ技術情報
飼料イネは水田の機能を維持したままで生産が可能な食用イネ以外の作物として、また、安全な国産粗飼料として飼料自給率の向上が期待されています。飼料イネの品種開発から、栽培・収穫・調整、家畜への給与に至る技術開発を情報発信するページです。
草地植生ファクトデータベース
日本の草地生態系における生物群集の動態を調査したデータベースです。地域別、草地の種類別に植生データを検索できます。「草地の動態に関する研究」の第 I 期 (1972−1981年)で得られたデータを収録しています。
畜産環境文献データベース
畜産環境文献情報データベースは、畜産草地研究所畜産環境分野の研究員が興味を持った文献等を適宜入力してデータベース化し、全文検索（キーワード検索）および文献リストの形で利用できるようにしているものです。畜産環境技術研究所の畜産環境技術情報データベースとも連携しており、全文検索は双方のデータベースを対象に行われます。
牛肉のプロテオーム解析データベース
動物の筋肉は多数の筋構造蛋白質と筋漿蛋白質で構成されています。食肉の品質はこれらの蛋白質成分の量や質が変わることで違ってくると考えられます。このデータベースは牛肉の全蛋白質、筋原繊維蛋白質、筋漿蛋白質の２次元電気泳動のゲル画像と同定されたタンパク質、研究成果を公開しています。
有用植物の病害診断/防除総合システム
穀類、野菜類の病害データと病原菌の情報を検索するサイトです。全国各地で作成された病害虫データベースや生理障害データベースを一括して検索できます。また、病害データベースは宿主からの検索も可能です。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 中央農業総合研究センター
野菜生理障害事例検索システム
野菜に発生した生理障害に関する事例情報を総合的に検索するサイトです。農業関連の研究者・普及員・生産者を対象としています。
日本植物病名データベース
日本植物病理学会編集の日本植物病名目録に記載された情報を、同学会の許可を得て転載したデータベースです。宿主の索引から検索することも可能です。
農業生物資源ジーンバンク：植物画像データベース
稲類、麦類、豆類、野菜、花き・緑化植物、特用・飼料作物について、その特徴を画像とともに紹介しています。
農業生物資源ジーンバンク：動物画像データベース
国内に多くの品種・系統が存在するニワトリとカイコについて、その特徴を画像とともに紹介しています。
農業生物資源ジーンバンク：遺伝資源データベース
農業生物資源ジーンバンクでは、遺伝資源に関する情報をデータベース化し、オンラインで公開しています。遺伝資源の配布を希望される方にもご利用いただくことができます。植物遺伝資源、動物遺伝資源、微生物遺伝資源、DNA (NIAS DNAバンク)の４つの部門から構成されます。
MgNEST-DB
Magnaporthe grisea EST Database
イネいもち病菌のESTを35,189配列解読し、その配列を用いて4,155の遺伝子情報を詳細に決定しました。解読したEST配列、決定した遺伝子座及び関連解析の結果をデータベースに収録し、公開しています。
動物用医薬品データベース
動物用医薬品の詳細情報を収集したデータベースです。商品名、販売社名、主成分、対象動物、薬効分類から検索できます。
農林水産省 動物医薬品検査所
副作用情報データベース
過去に報告された動物用医薬品副作用情報を収集したデータベースです。最新報告、報告年月日、品名、主成分名、生物学的製剤名で検索できます。
GlycomeDB
The carbohydrate structures metadatabase
糖鎖配列の構造情報を蓄積するためのXMLベースの配列記述フォーマット(GlycoCT)を定義し、公共データベース(CFG, KEGG, KEGG, GLYCOSCIENCES.de, BCSDB and Carbbank)の全糖鎖配列をGlycoCTに変換し、アノテーションとともにデータベースに収容しました。 構造の記述方法を統一したことによって異なるデータベース間のクロスリンクが可能となり、ユーザはこのデータベースを使用することで、5つの糖鎖構造データベースの構造情報を得ることができます。 検索したい構造を画面上で簡単に作成、入力できる構造検索、部分構造検索、類似構造検索、その他、生物種別の検索ができます。
German Cancer Research Center
GLYCOSCIENCES.de
糖鎖生物学やグライコミクスのためのデータベースや各種ツールを提供しているサイトです。GLYCOSCIENCES.deプロジェクトは German Cancer Research Center (DKFZ)の分子モデリンググループにて糖鎖関連データベースやツールを開発するプロジェクトとして1990年代にスタートしました。現在、6種類のモデリングツールと10種類の解析ツール、文献データベース、各種構造データベース、NMRデータベース、質量分析データベース、Protein Data Bank (PDB)に登録されている糖鎖を収録したデータベースを提供しています。
Justus-Liebig University Giesen
AffinDB
Affynity Database For Protein-Ligand Complexes
PDBに登録されているタンパク-リガンド複合体のアフィニティデータを収集したデータベースです。リガンドの構造やアフィニティ強度、文献等の情報を調べることができます。現在748のアフィニティデータが登録されています。
Department of Pharmaceutical Chemistry, Philipps-University Marburg
tRNAdb
Transfer RNA Database
577生物種の12,000以上のtRNA遺伝子と、104生物種の623以上のtRNA配列と構造が格納されています。これらはアンチコドン・トリプレットによって決定されるアミノ酸特異性によってファミリーに分類されています。各エントリーは、生物種、DNAまたはRNA配列、アミノ酸ファミリー、アンチコドン、文献、PubmedID等をクエリとして検索できます。
University of Leipzig
JASPAR
JASPAR COREデータベースは、実験で明らかにされ文献で報告された真核生物の転写結合サイトのデータをキュレートし、冗長を省いた転写結合プロファイルを収容しています。TRANSFAC等の同様のデータベースとの違いは、オープンアクセス、非冗長性、質の点で異なります。
University of Copenhagen
Human Protein Atlas
様々な種類のヒト正常組織やがん細胞におけるタンパクの発現および局在を、免疫組織化学(IHC)画像と免疫蛍光(IF)共焦点顕微鏡画像で示したデータベースです。キーワードや染色体マップ、タンパクの分類から検索することができます。
Uppsala University
GlycoSuite
GlycoSuiteDBは、アノテーション付けされた糖鎖構造の関係型データベースで、Tyrian Diagnostics Ltd の製品です。1990-2005年に文献で発表されたO-glycan, N-glycanの構造が収録されています。glycanのタイプ、リンケージ、アノマー配置、質量、組成、ソース等で検索できます。
MetaCyc
MetaCycは実験的に検証された代謝パスウエイのデータベースで、1900種以上の生物由来の1500以上のパスウエイが収録されています。
SMPDB
Small Molecule Pathway Database
SMPDB(Small Molecule Pathway Database)は、350以上のヒトの小分子パスウエイを含む視覚的なデータベースです。これらのうち2/3以上のパスウエイ(>280)は他のパスウエイデータベースでは見つけることができません。 SMPDBは、メタボロミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、およびシステム生物学におけるパスウエイ解明や発見をサポートするために構築されています。 全てのパスウエイには、詳細な解説、文献情報、関連器官、細胞内コンパートメント、タンパク質補助因子、タンパク質局在、代謝物質局在、化学構造、タンパク質四次構造に関する情報が含まれています。代謝物質名、薬剤名、遺伝子/タンパク質名、SwissProt ID、GenBank ID、アフィメトリクスIDまたはAgilentマイクロアレイIDのリストをクエリーとして検索すると、該当するパスウエイのリストが作成され、マッチした分子をハイライト表示します。
University of Alberta
HMDB
Human Metabolome Database
ヒト体内における低分子代謝物の詳細情報を収集したデータベースです。メタボロミクスや臨床化学、バイオマーカー探索、教育分野で活用されることを目的に構築しており、化学データ、臨床データ、分子生物学/化学データを含んでいます。現在、7,900代謝物が登録されており、7,200のタンパク質（DNA）配列のリンク情報があります。
Animal Genome Size Database
動物のゲノムサイズデータの総合的なカタログです。ゲノムサイズとは、ハプロイド核DNA含量、すなわち、1生物種の染色体の1コピーのDNA量を指します。 ハプロイドDNA含量は"C-value"とも呼ばれます。二倍体の生物ではC-valueとゲノムサイズは同義です。 現在の収録数は、4972生物種（3231脊椎動物、1741無脊椎動物）にのぼり、C-valueや染色体数が収録されています。
University of Guelph
IPI
International Protein Index
7つのデータリソース（UniProtKB/Swiiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL., RefSeq, Ensembl, TAIR, H-InvDB, Vega)のタンパク配列をもとに、非冗長タンパク配列データセットを収録しています。 2001年から2010年まで更新を続けてきましたが、2011年9月をもってサービスを終了しました。今後はUniProtKBを通じてデータへのアクセスが可能です。また過去のすべてのリリースについてftpサイトから引き続き取得可能です。
Plant DNA C-value Database
一生物種の非複製配偶子の核DNA量はC-valueとして表されます。植物DNA C-value データベースは現在5150種の植物のC-valueデータを収容しています。被子植物DNA C-valueデータベース、裸子植物DNA C-valueデータベース、シダ植物DNA C-valueデータベース、コケ植物DNA C-valueデータベース、藻類DNA C-valueデータベースのデータを集結したものです。
Royal Botanic Gardens, Kew
BioCarta
Charting Pathways of Life
細胞内のパスウエイ模式図を検索できる企業サイトです。図中の分子をクリックすると、OMIMやPubMedなど外部リンクにて分子の詳細を確認することができます。 図が綺麗です。
BioCarta LLC
PMN
Plant Metabolic Network
PMNは生化学者とデータベースのコラボレーションプロジェクトであり、植物の代謝パスウエイデータベースを構築することを目標としています。 PMNで現在公開しているデータベースは、「PlantCyc」「AraCyc」「PoplarCyc」および他の植物代謝データベースのリンク集です。 「PlantCyc」はPMNの中心的存在となる包括的な植物生化学パスウエイデータベースであり、300種類以上の植物の一次代謝、二次代謝に関わる遺伝子、酵素、化合物、反応、パスウエイについての文献情報やコンピュータによる解析結果をキュレートし提供しています。 「AraCyc」はモデル植物であるシロイヌナズナの代謝パスウエイに関する情報をキュレートし提供しています。シロイヌナズナの実験データ（遺伝子発現データ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ）を代謝パスウエイマップに重ねることができます。 「PoplarCyc」はモデル樹木であるポプラとその近縁種やハイブリッド種の代謝パスウエイに関する情報をキュレートし提供しています。ポプラの実験データ（遺伝子発現データ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ）を代謝パスウエイマップに重ねることができます。
Carnegie Institution for Science/Department of Plant Biology
Geneimprint
ゲノムインプリンティングの関連記事、レビュー、プレス報道、講演のビデオおよび音声、学会、遺伝情報を収集したポータルサイトです。「genes」タブには、7種類の生物種のインプリンティング遺伝子リスト（遺伝子名、染色体ロケーション、同定ステータス、発現アリル）が掲載されています。
Duke University
ITIS
生物名と種の階層分類を収録しているデータベースです。ホワイトハウスの生物多様性および生態力学に関する分科委員会では、系統分類学が生物多様性保全と生態系管理の基礎となる優先研究課題であると認識されており、用語体系の標準化や組織化の改良が必要とされています。このデータベースはこれらの要件を実現するように設計されており、使い易く、信頼性の高い情報を提供するデータベースを目指しています。
Integrated Taxonomic Information System
GenProtEC (E. Coli genome and proteome database)
Escherichia coli K-12 (strain MG1655) ゲノムにコードされた機能に対するアノテーションを蓄積しています。1)オーソログの配列相同性、機能ごとに分子ユニットを形成する融合タンパクの解析、2)大腸菌間で相同タンパク配列を示すグループの同定、3)文献情報のアップデート、4)遺伝子のタイプや細胞内の役割による遺伝子産物の分類等の情報が整理されています。
Marine Biological Laboratory
Cancer Genes
がんゲノム大型共同プロジェクトにおける遺伝子選択および優先付けプロセスを簡素化するためのリソースです。各遺伝子は専門家によってアノテーション付けされています - 遺伝子名、機能説明、生物種、染色体番号と位置、遺伝子構造、転写制御領域、外部リンクなど。ユーザはブラウザ上あるいはスプレッドシートのダウンロードにより遺伝子リストを取得できます。
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Pathway Interaction Database
National Cancer Institute (NCI)とNature Publishing Group (NPG)の共同プロジェクト。NCIとNPGでキュレートした信頼性の高い113ヒトパスウエイ（7496相互作用）と、BioCarta/Reactomeからインポートした332ヒトパスウエイ（7575相互作用）を収集しています。
TCGA
The Cancer Genome Atlas Project
米国立衛生研究所（NIH）の一機関である米国立癌研究所（NCI）と米国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）が資金提供する共同プロジェクト。がんに関連する重要な遺伝子変異の包括的な目録づくりを目指すため、成人がん患者の腫瘍のDNA配列解読を行っています。TCGA Data PortalよりTCGAで産生されたデータの閲覧やダウンロードが可能です。
CGEMS
Cancer Genetic Markers of Susceptibility
様々ながんのゲノムワイド関連解析(GWAS)を実施し、がんになるリスクに影響を及ぼす共通の遺伝的変異を同定するためのプロジェクトです。前立腺がん、乳がん、膵がん、肺がんの解析が終了しています。データを閲覧するにはユーザ登録が必要です。genotype data (raw data)をダウンロードするにはData Access Requestの承認が必要となります。
HIV-1, Human Protein Interaction Database
HIV-1タンパクと宿主細胞タンパクとの相互作用の知見を収集することは、HIV-1の複製や発症のプロセスを理解するのに重要であり、また安全かつ効率的なAIDSの治療法や予防戦略の開発に必須となります。 本プロジェクトでは、HIV/AIDS研究分野の研究者にHIV-1タンパクと宿主細胞タンパク、他のHIV-1タンパク、HIV/AIDSに関連する病原生物のタンパクとの既知の相互作用について、簡潔で詳細な概要を提供することを目的としています。 データベースで提供される相互作用データはすべて文献で報告されたものに基づいています。
IEDB
Immune Epitope Database
IEDBでは、実験で明らかにされたT細胞およびB細胞エピトープ（抗原決定基）のカタログや、主要組織適合性複合体(MHC)結合アッセイ、MHCリガンド溶出アッセイのデータ等を提供しています。エントリーには、ヒトやその他の霊長類、齧歯動物、ブタ、ウシ、その他の動物で認識されたエピトープが含まれています。 180,978件の実験情報は文献から手作業でキュレートし、HIV以外の感染因子に関連するペプチドエピトープについては全公開情報の99%をカバーしています。アレルゲンに関連するエピトープは93%、自己免疫に関連するエピトープについては2010年までに完成する予定です。 検索は、エピトープ構造、由来生物種、MHCクラス、アッセイタイプ、宿主生物等を指定できます。
National Institute of Allergy and Infectious Diseases
Health Information
NIHヘルスインフォメーションは、読者に健康に関するより良い知識と理解を助け、病気を防ぐ手段とし、家族や身近な人が罹る病気の理解を深めることを目的としています。これらの記事は専門家によって精査され、正確、有用、かつタイムリーな情報のみを掲載しています。そして、誰もが読みやすく情報にアクセスしやすいように努めています。
GAD
Genetic Association Database
ヒト疾患の遺伝的関連研究データを管理するデータベースです。候補遺伝子解析やゲノムワイド関連解析(GWAS)に関する査読文献から抽出した要約データも含まれます。各エントリーは遺伝子名、染色体番号、文献名、疾患名、環境要因名から検索できます。
BBID
Biological Biochemical Image Database
生物学的パスウエイ、高分子構造、遺伝子ファミリー、細胞間相互作用に関する画像を収集したデータベースです。遺伝子名、パスウエイ名、細胞や組織、病名、生物学的機能名をキーワードとして検索できます。 cDNAアレイや機能的ゲノミクス、あるいはプロテオミクスの研究者を対象としたデータベースです。
National Institute on Aging
LactMed
Drugs and Lactation Database
母乳育児中の母親が曝露するかも知れない薬や化学物質のデータベースで、母乳や乳幼児血液中のレベルと可能性のある副作用のほかに、代用可能な治療薬に関する情報を提供しています。すべてのデータには科学的根拠となる文献が明記されています。
TOXNET
Toxicology Data Network
毒性、有害危険化学物質、環境衛生、毒性排出に関するデータベース群を集めた毒性情報総合サイトです。 化合物名、病名、環境衛生に関するキーワードを入力すると、TOXNET上の全データベースを横断検索できます。
HSDB
Hazardous Substances Data Bank
5,000以上の潜在的危険有害化学物質の毒性に焦点を当てた毒性データファイルです。ヒト曝露値、産業衛生、緊急時の取扱手順、環境運命、法的要求事項やその他の関連事項情報などが収載されています。すべてのデータは、核となる文献、政府の公式文書、研究論文および選びぬかれた一流の雑誌文献から引用されています。
IRIS
Integrated Risk Information System
500以上の化学物質のリスクアセスメントに役立つ情報が提供されています。データレコードは発ガン性のアセスメント (暴露度に関するリスクの推測) とレファレンスコード (有害物質への暴露、または人体に健康への影響が及ばないレベルの推測) に主眼がおかれています。消化吸入による暴露も対象となっており、また化学物質の規制情報の要約や物性値も含まれています。
CCRIS
Chemical Carcinogenesis Research Information System
8,000以上の化学物質の発がん性や変異原性、腫瘍プロモーション、助発ガン性などについての試験結果とその条件が集められています。一般的に受け入れられているプロトコルに従った研究からのデータが抽出されています。データは厳選された文献のレビュー、環境中に存在する化学物質の調査、NIHが出資した活動から抽出された研究結果です。
TOXLINE
Toxicology Literature Online
毒性に関する文献データを収載したデータベースです。
DART
Developmental and Reproductive Toxicology Database
生殖毒性試験に関する文献データを収載したデータベースです。
GENETOX
Genetic Toxicology Data Bank
3,000以上の化学物質の遺伝毒性テストデータを収載しています。各物質について、実施された試験方法、ホスト、試験結果、文献情報等を確認できます。
ITER
International Toxicity Estimates for Risk
世界の信頼ある研究グループから寄せられた600以上の化学物質の人体に及ぼすリスク情報を収載しています。
GtRNAdb
Genomic tRNA Database
ゲノム全塩基配列が決定された生物種について、tRNAscan-SEプログラム(Lowe & Eddy, 1997)によって予測されたtRNA遺伝子を収集しています。全てのアノテーションは自動的に付与されています。
The Multi-Dimensional Human Embryo
核磁気共鳴画像法(MRI)で撮影されたヒト胚の立体画像のデータベースです（アメリカ国立小児保健発育研究所(NICHD)資金提供）。ヒト胚画像コレクションはヒト発生研究に興味を持つ学生や研究者、臨床医、一般市民向けに提供しています。 11段階の発生時期の胎児の特徴や様々な方向から撮影された画像、360度回転動画、MRIによるX軸、Y軸方向の切片画像を見ることができます。
University of Michigan
ChromatinDB
酵母のヒストン修飾やその他の染色体の特徴パターンをマッピングしたゲノムワイドChIPマイクロアレイデータを収集しています。遺伝子名とプロモーター領域あるいはORFを選択すると、その領域での22種類のヒストン修飾タイプ（例：リシンアセチル化）の平均相対濃縮率のグラフと表が表示されます。
Washington State University
IKMC
International Knockout Mouse Consortium
国際ノックアウトマウスコンソーシアム(IKMC)は、C57BL/6マウス由来胚性幹(ES)細胞において遺伝子トラッピング法と遺伝子ターゲッティング法を組み合わせ、マウスの全タンパクコード遺伝子のミュータントを作成することを目的としています。 目的の遺伝子をノックアウトしたマウスや、ミュータント作成のためのベクター、遺伝子トラップES細胞等を注文することができます
RiceBLAST
Rice sequence database BLAST search
イネゲノムのBLASTサーチ用のページです。ゲノムデータセットはRiceGAASから収集したものです。
Genome Database ORF Viewer (Xanthomonas oryzae pv. oryzae)
イネ白葉枯病菌のゲノム上のORF情報を見るためのViewerです。Xanthobase (http://microbe.dna.affrc.go.jp/Xanthomonas/) の一部です。
RGRC
Rice Genome Resource Center (イネゲノムリソースセンター)
イネゲノムリソースセンターのホームページです。イネゲノムリソースセンターでは、イネ突然変異系統・イネ遺伝解析材料・イネ完全長cDNAの３種類のデータを公開しています。
GLocate
隠れマルコフモデルによるイネ遺伝子予測ページです。
The Rice Growth Monitoring System
イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベースです。
Genome Methylation Database
RLGS法によるイネ・シロイヌナズナゲノムのメチル化状況をまとめたデータベースです。
NIAS Oryza SNP Database
NIAS栽培イネコアコレクションと在来品種の多型情報データベースです。
RiceXPro
Rice Expression Profile Database
イネの遺伝子発現情報データベースです。
Koshihikari vs Nipponbare SNP Database
コシヒカリと日本晴のSNP比較データベースです。
SGP
SILKWORM GENOME RESEARCH PROGRAM
カイコゲノム研究プログラムのホームページです。KAIKObase, KAIKOBLAST, KAIKOGASSなどを公開しています。
KAIKOcDNA
カイコcDNAの塩基配列データベースです。
作物学DATABASE
作物関連の文献データベースです。
DGBY
Database for Gene function and expression of Baker's Yeast (パン酵母遺伝子データベース)
パン酵母のポストゲノム解析による遺伝子発現・遺伝子機能データベースです。DNA マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）や酵母遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析（フェノミクス）という手法を用いて製パン時のストレスに対するストレス耐性関連遺伝子の情報を収録しています。
Open TG-GATEs
131化合物（医薬品等）のin vivo（ラットの肝臓と腎臓）およびin vitro（ヒトとラットの肝細胞） 暴露データ（遺伝子発現データ、毒性学データ）を集積したデータベースです。遺伝子発現データと毒性学データを関連づけして閲覧することができるとともに、絞り込んだ遺伝子発現データをファイルとしてダウンロードすることも可能です。
難病研究資源バンク
厚生労働省の難治性疾患克服研究事業で収集された難病患者試料（DNA、細胞など）を集約・保管し、分譲を行うバンク事業のサイトです。試料データベースの利用には利用者登録が必要です。
メディカルバイオリソースデータベース
このデータベースは、ヒトやマウスなどの医療用バイオリソース情報を収録しています。また、独立行政法人医薬基盤研究所が提供する8つのデータベースを横断的に検索可能な医薬基盤研究所データベース横断検索システムを公開しています。
JCRB遺伝子バンク
ヒト：約6千、チンパンジー：約1.5万、カニクイザル：約15万、マウス：約8万の完全長cDNA クローンを作製・収集し、分譲すると同時に、それらの配列情報も解読して公開しています。さらに疾患の原因解明に必要な糖尿病などの患者集団や健常人集団のDNAサンプルも提供しています。
実験動物研究資源バンク
ヒト疾患モデルマウス（ライソゾーム病モデル、生活習慣病モデル、ネフローゼモデル、心筋症モデルなど）を収集し、提供しています。25 疾患・評価系に関連する、144系統のマウスの情報があります。さらに、マウス凍結胚・凍結精子による保護預かりサービスなど、実験動物を利用する研究者のサポートも行っています。
Mouse BAC browser
マウス（C57BL/6N系統）のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベースです。
RA target genes in the Ciona embryo
カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補のマイクロアレイによる発現解析とWhole mount in situ hybridizationによる画像のデータベースです。
高知大学 理学部
The NAISTrap database
遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベースです。
生命科学系データベースカタログ
生命科学系データベースの情報 (URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベースです。2013年7月29日をもって運用を終了しました。本カタログに記載されていたデータベースはIntegbioデータベースカタログ (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00001) に収録されていますので、今後はこちらをご利用ください。
生命科学系学協会カタログ
生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベースです。 http://biosciencedbc.jp/adcatalog/adcatalog.cgi からの公開は2013年5月13日をもって終了し、現在は生命科学系データベースアーカイブからデータを取得可能です。
生命科学系主要プロジェクト一覧
日本国内の主要プロジェクトに関する情報（体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等）を収集したカタログ型のデータです。ベース
施設名辞書
施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書です。
遺伝子名称シソーラス
9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。
AGE
Ancient Genome Encyclopedia
古代 DNA に関する論文の内容を表示・分類しています。
BodyMap
Human and mouse gene expression database
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベースです。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されています。
BodyMap-Xs
anatomical and taxonomical breakdown of animal EST
臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができます。 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機（自前）を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類(BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとっています。
HOMOPHILA
Human Disease to Drosophila Gene Database
ショウジョウバエの遺伝子と相同な配列を持つヒトの疾病遺伝子のデータベースです。疾患名、遺伝子名、OMIM番号、タイトルなどのキーワードでデータを検索することが可能です。
University of California San Diego
PRIME
Protein interaction and Molecular information database
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されています。
ProLINT
Database for Protein-Ligand Interactions
タンパク質-リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベースです。 リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されています。
TMPDB
TransMembrane Protein DataBase
収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築しました。 弘前大学のhttp://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB からは提供を終了し、現在は生命科学系データベースアーカイブからデータを取得可能です。
牧野シーボルト標本データベース
牧野標本館のタイプ標本743点の文字情報（学名、和名、科名、採集地、採集年月日、採集者、原記載など）と標本画像（標本全体とラベル部分の拡大画像）をデータベース化したものです。牧野標本館所蔵の記載データ743点と基準標本（タイプ標本）の画像1962枚が掲載されています。
AHMII
Agent to help microbial information integration
微生物に関する主要なデータベースを横断的に検索することができるシステムです。
Alternative Protein Isoforms
細胞内局在性シグナルを基にした、ヒトのタンパク質アイソフォームのパターン分類、相関関係のデータを公開しています。
ASDB
Alternative Splicing DB
オルタナティブスプライシングのデータベースです。
BED
Brain EST Database
大正製薬機能ゲノミクス研究所で集められた3'末端ESTコレクションに基づいて作成されたデータベースです。 公共データベースのID番号や単語で検索が可能です。また、遺伝子とライブラリの発現プロファイルが検索できます。
地方独立行政法人大阪府立病院機構 大阪府立成人病センター研究所
BGED
Brain Gene Expression Database
マウスの脳に発現する遺伝子のデータベースです。
Chick Eye EST DB and Expression DB
ニワトリの眼の発生に着目したESTおよび発現のデータベースです。
徳島大学
Cricket EST DB and Expression DB
コオロギのESTおよび時空間発現のデータベースです。
Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝達経路データベース）
サイトカインシグナル経路に関するデータベースです。
熊本大学
Database for Anti-HIV Compounds
抗HIV化合物、HIV治療薬に関する情報を集めたデータベース。データベースに登録されている情報は、主要な文献の調査を継続して行い、収集したものである。Webサイトは、次の6つのセクションに分かれている。 ・Viral Life Cycle ・Viral Targets ・Cellular Targets ・FDA Approved Anti-HIV drugs ・Anti-AIDS Drugs Listed by Class
DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房
国際DNAデータベースに登録、公開された配列情報をもとにヒトゲノム配列をアセンブルしてコンティグを作成する独自の方法を開発し、より正確な染色体配列を作成して公開していました。
DED
Database of Evolutionary Distances
ヒト、マウス、ラットの進化距離のデータベースです。
DOMO
Swiss-ProtとPIRをもとに自動分割で作成したドメインのデータベース。
Infobiogen
DoTS
Database Of Transcribed Sequences
一般に公開されている転写配列から作成した、ヒトおよびマウスの転写インデックスのデータベースです。
Computational Biology and Informatics Laboratory
EICO DB
Expression-based Imprint Candidate Organizer
ヒト、マウスの刷り込み遺伝子のデータベースです。
FREP Database
Functional Repeats in Mouse cDNAs
マウスのFREP解析の関連性と、ヒトを中心とする種間の比較をまとめたデータベースルールベースの知識発見支援システムです。
GDB
ゲノム統合データベースです。Amplimer、クローン、遺伝子、遺伝子位置、SNP、文献などの情報がありました。
An international collaboration in support the Human Genome Project
GeneMap DB
BAC (bacterial artificial chromosome) クローンの情報に関するデータベースです。
Children's Hospital of Philadelphia
Glycan Structure Search using KCaM
KEGG Glycan は、構造ベースの糖鎖データベースです。検索の際に入力する糖鎖構造を編集するための糖鎖構造エディタが用意されており、任意の糖鎖構造で検索を行うことができます。
HemoPDB
Hematopoiesis Promoter Database
血液生成の際の転写制御に関する情報を集めたデータベースです。
The Wistar Institute
HMPDb
Human Mitochondrial Protein Database
ミトコンドリアの発生と作用に関与するタンパク質のデータを包括的に集めたデータベース。以下のデータベースの情報を集約・整理したものである。 SwissProt, LocusLink, Protein Data Bank (PDB), GenBank, Genome Database (GDB), Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Human Mitochondrial Genome Database (mtDB), MITOMAP, Neuromuscular Disease Center, Human 2-D PAGE Databases
HotMolecBase
疾患で重要な役割を果たしていると思われる因子（タンパク質や遺伝子等）について、広範囲の情報を提供していました。 情報は次に示す項目に整理・分類されていました。 因子の説明、構造、翻訳後の修飾（Post-translational Modification）、発現、細胞機能、代謝作用、用途（application）、モノクローナル抗体、浄化作用（purification）、取り扱い（manipulation）、動物モデル、研究者の連絡先、ウェブ上のリソース、参考文献
ICB Database
バクテリア中に存在するジャイレースB遺伝子（gyrB）のデータベースです。
株式会社海洋バイオテクノロジー研究所
IRSLDB
Infrared and Raman Spectroscopy Literature Data Base
赤外ラマン文献データベースの情報検索システム。文献のタイトル、ジャーナル、ページ、日付が検索結果として表示される。
情報知識学会
IXDB
The Integrated X Chromosome Database
ヒトX染色体に関する統合データベースです。
Max-Planck-Institut
Medaka EST database
メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、オリゴチップmedaka microarray 8Kのデータを掲載しています。すべてのクローンはNBRP Medaka (http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/top/top.jsp) を通じて提供可能です。 国立遺伝学研究所により運用されていた http://medaka.lab.nig.ac.jp/ からの公開は終了いたしました。現在は当時のデータセットを生命科学系データベースアーカイブから取得可能です。
Molecular Information Agent
高分子、タンパク質に関する情報をインターネット上に存在する複数のバイオ関連データベースから取得することができます。SWISS-PROT、GenBank、PDB、PubMedをはじめ、50以上のデータベースに対して検索を行うことができます。
Mosquito Genomics World Wide Web Server
蚊のゲノム学に関する論文、ブログ、データベース、ディスカッション・フォーラム、ファイル、画像ギャラリー、投票、調査、Wiki にアクセスするためのコミュニティーを提供しています。
MULTI ONTOLOGY VIEWER
複数のオントロジーを表示できるビューワです。
NDG
Neuroscience Database Gateway
神経科学に関係のあるデータベースのカタログです。
SfN (Society for Neuroscience)
Obesity Gene Map Database
肥満に関連した遺伝子の位置や特性等の詳細情報を集めたデータベースでした。
Pennington Biomedical Research Center
PBDB
病原細菌データベース
病原細菌の顕微鏡写真、性状検査結果を掲載しています。データは以下の研究機関から提供されています。京都大学医学部保健学科、京都大学医療技術短期大学部、山口大学医学部保健学科、東京都臨床医学総合研究所、法政大学
PINT
Protein-protein Interactions Thermodynamic Database
タンパク質相互作用のデータベースです。
RNABase.org
The RNA Structure Database
NDBとRCSB PDBに登録されているデータから立体構造を持つRNAを抽出し, データベース化したシステム。 それぞれの立体構造について完全な立体配座マップを提供しており, マップの外れ値の割り合い, 全ての外れ値のリストも見ることができる。
SAGEmap
Serical Analysis of Gene Expression Tag to Gene Mapping
SAGE法による発現解析データベース。データはGEOに取り込まれた。
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
SERPIN
Southeastern Rare Plant Information Network
アメリカ南東部に生息する珍しい植物の情報を集めたデータベースです。
The State Botanical Garden of Georgia Duke University Biological & Experimental Sciences Library
TATA-less Promoters in Plants
転写開始点既知の植物核遺伝子230余をその機能に従って分類し、個々の遺伝子についてTATAボックスの有無を解析したデータです。
名古屋大学 遺伝子実験施設
The Tumor Gene Database
ガン関連遺伝子のデータベースです。
Baylor College of Medicine
TIGR Gene Indices
GenBankに登録されている配列から重複がなく、同じ遺伝子由来と考えられる配列を自動的にクラスタ分けし、データベース化したシステム。
TIGR (The Institute for Genomic Research)
TissueDB
体内におけるタンパク質の局在に関する情報を、論文をもとにまとめたデータベースです。ヒトの組織の包括的な階層構造や個々の組織の名称、個々の組織で発現する遺伝子の情報を得ることができます。
WILD RICE DATABASE
野生イネの形態的特徴データを紹介するデータベースです。栽培イネの祖先種と考えられているO. rufipogon, O. barthiiおよびO. glumaepatulaなど約600系統の情報を含んでいます。また、植物体全体, 籾, 玄米などの写真, それらの長さや重さなどの計量形質および出穂期など26項目の形態的特性のデータも含みます。
Database of Eukaryotic Protein Encoding Genes (Xpro)
タンパク質をコードしているDNA配列のデータベースです。イントロンを含む遺伝子、含まない遺伝子の両方の遺伝子について、詳細かつ広範囲な特徴を提供しています。
National University of Singapore
遺伝子保存林データベース
材木遺伝資源保存林ごとの保存対象樹種の一覧表です。保存林コード、保存樹種名、所在都道府県名で検索できます。成長や形質の優れた林分の遺伝子を永続的に保存するために、優良林分が伐採される前に種子を採取し、その後継林分-遺伝子保存林-を造成しています。種子を採取した林分の樹種、所在地、後継林分の所在地、造成年、面積、生育状況などの情報をデータベース化しています。
身近な野草を調べよう (植物写真DB)
NIFTY のＳＡＳ氏が作られた「身近な野草を調べよう」を平田法隆氏が HTML 文書化したものです。
広島大学 大学院
動物実験データベース
実験動物に関するオンラインデータベースです。
国立大学医学部附属動物実験施設協議会学術情報小委員会
ASAP II
the Alternative Splicing Annotation Project II
選択的スプライシング情報のデータベースです。生物種は、ヒト、マウス、ラット等9種類の脊椎動物、4種類の昆虫類、ホヤ、線虫です。キーワード検索が可能です。
University of California, Los Angeles
BAInt
Base-Amino Acid Interactions Database
タンパク質-核酸複合体中における塩基とアミノ酸の特異的相互作用の原子対と距離を検索するためのデータベースです。
BISMaL
Biological Information System for Marine Life
日本周辺の海洋生物の多様性情報、特に生物地理情報を扱うデータシステムです。海洋生物の採取・観察位置、画像、動画、分類学的情報、生態・生理学特性の概要、採取記録・文献情報を収集、蓄積、公開しています。現在のところ、JAMSTECの調査・研究を基礎とした深海生物を中心に情報が提供されていますが、日本の排他的経済水域内に産するすべての海洋生物を網羅することを目指しています。
Blood SAGE
SAGE法を用いて、ヒト血液細胞の約70万個以上の遺伝子発現を解析した結果を公開しています。生体防御機構（免疫）、特に炎症、免疫疾患をターゲットにした遺伝的要因の同定と分子レベルでの解明の為、生体防御機構に中心的な役割を担う血液細胞（特に樹状細胞） に焦点を絞りました。
C. elegans RNAi Phenome Database
線虫のRNAi表現型解析を行ない、そのデータを細胞数・各組織の分化・形態等の独立したカテゴリーについてあらかじめ定義した表現型指標の有無について体系的に表現型を記述しました。機能未知遺伝子の機能予測や、協調して働く遺伝子群の抽出を行うために、この方法で記録した表現型プロファイルを用いてクラスター分析を行い、表現型の類似度による遺伝子分類を行ないました。その結果についても表示することが可能です。
CELLPEDIA
ヒト正常細胞に関する情報を統合的に整備したデータベースです。ヒト成人細胞、幹細胞と成熟前の先駆細胞約2300種類について、独自に開発したノイズ画像に強い細胞形態測定ツールを用いて測定した染色画像データ等による形態情報、物理的位置や機能、遺伝子発現、細胞オントロジー等、細胞に関する情報を網羅的に集めて、細胞情報の系統的検索や可視化が可能な辞書を作成しました。将来的には、細胞分化や再生医療等の細胞医療をサポートする情報を提供することを目的としています。
CIPRO
Ciona intestinalis Protein Database
海産無脊椎動物であるホヤは、ヒトと同じ脊索動物に属し、脊椎動物の祖先にあたる動物です。幼生はオタマジャクシ幼と呼ばれ、脳、眼、脊索、神経管、筋肉をもっているにも関わらず、全細胞数が2,600と非常にシンプルな構造です。このことから、ヒトの形作りを理解する上で進化系統学上、極めて重要な生物と考えられます。CIPROは、ホヤにおけるポストゲノム研究の成果を集結し、ホヤタンパク質に関する分子情報、発現情報、オルソログ情報など提供することを目的としたデータベースです。既存のゲノミクスデータベースとの新たな統合をはかり、発生の３次元細胞情報や細胞内局在情報を盛り込むことにより、ホヤで発現しているタンパク質情報を統合的に提供することを目指しています。
シロイヌナズナの研究者のためのサイトです。マイクロアレイによる遺伝子発現解析、遺伝子の検索および解析、プライマー設計等のツールが提供されています。
名古屋大学 大学院生命農学研究科
Database for Protein-3000 Project
文部科学省「タンパク3000プロジェクト」の現状と成果をまとめたものです。ゲノム創薬の実現等を目指し、平成１４年度からの５年間でタンパク質の全基本構造の１/３（約３０００種）以上のタンパク質の構造及びその機能を解析し、特許化まで視野に入れた研究開発を推進することを目的としたプロジェクトです。プロジェクト対象とされたターゲットタンパク質の情報の表示、その進捗状況の確認、TargetDB形式XMLダウンロードなどが可能です。
DNAデータベース (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD)総覧と検索
DNAデータベース(DDBJ/EMBL/GenBank=INSD)は研究者からの登録によってできた世界共通の登録型DNA配列集です。生物種での分類の下に研究分類があり、遺伝子発現の情報のみならず特許に関する情報も含まれています。
Full-Mite
House Dust Mite Full-Length cDNA Database (Dermatophagoides farinae)
"Blast againt Full-Mite"のみ有効です。リンク先で、検索DBをOrganism Specific、サブカテゴリーを"Full-Mite Dematophagoides farinae (dust mite)"を選択することでダニ完全長cDNAデータベースに対してBLASTすることが可能です。
GISSD
Group I Intron Sequence and Structure Database
本データベースは様々なデータベースからグループ1イントロンに特化した有用な情報を集めたものです。
RNA Research Group at Wuhan University/College of Life Sciences/Wuhan University
Glycoconjugate Data Bank
「Structure」「Glyco-Net」の2つのデータベースから構成されています。Structure：Protein Data Bankに登録されている糖鎖の3次元構造を収録しています。Glyco-Net：複合糖質と関連酵素、表現型や病気に関係する生体機能ネットワークを収録しています。
北海道大学
IBMD
Integrated Biomedical Database
このプロジェクトは、従来散在していた個々の医科学DBの可用性の向上・高度利用・戦略的統合を可能とし、 我が国におけるライフサイエンスの医科学研究の情報基盤を形成します。このプロジェクトによって、分子から臨床の多階層にわたる医科学研究の支援に用いることのできる疾患情報基盤データベースを構築し、医薬産業の活性化と国際競争力の強化、将来医療実現の礎の形成を目指します。
IBRG
Image Bioinformatics Research Group
IBRGの大きな目的は、ツールやサービスを開発・提供し、生物学的研究のデータの有用性を高めることです。 IBRGプロジェクトの一環であるThe ImageStore Projectでは、FlyTED: The Drosophila Testis Gene Expression Databaseを提供しています。このデータベースには、野生型・変異型ショウジョウバエ精巣における遺伝子発現画像データが登録されています。遺伝子や系統、CG number、発現場所によって検索できます。
InSatDb
Insect Microsatellite Database
このデータベースは5種の昆虫ゲノム(ショウジョウバエ、ミツバチ、マラリア蚊、コクヌストモドキ、蚕)のマイクロサテライト情報を提供しています。ユーザはサイズ、ゲノム上の位置などでマイクロサテライトを検索することができます。
Centre for DNA Fingerprinting and Diagnostics
Islander
Database of Genomic Islands
Islanderはゲノムアイランドに関するデータベースです。Islanderに含まれている情報は微生物ゲノムの完全長塩基配列情報をアルゴリズムで抽出したゲノムアイランドの情報です。ゲノムアイランドは原核生物間で移動するため、ゲノム進化に重要な役割を持っています。
Bioinformatics Consortium of Taiwan, Comparative Bioinformatics Services (CBS)
Kinase Pathway Database
Database of kinase, pathways
ゲノム配列が決定された主要な真核生物（ヒト、マウス、ラット、酵母、線虫、ショウジョウバエ）のプロテインキナーゼについて、クラス分類、機能的保存、生物種間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造、パスウエイ情報を収録している統合データベースです。タンパク間相互作用は、文献の抄録から自然言語処理(NLP)により抽出しています。生物種間のパスウエイの比較も容易にできます。
KTmAbDB
C. elegans Monoclonal Antibody Collection
抗体染色法を用いて、線虫の胚の各発生段階におけるタンパク質発現の細胞および組織特異性や局在を調べた画像が掲載されています。
MICAS
Microsatellite Analysis Server
MICASは与えられた塩基配列、ゲノム配列からマイクロサテライトを検索するツールです。また、マイクロサテライト情報を蓄積したデータベースも備えており、各種キーワードで検索することが可能です。
Molecules To Go
PDB形式で提供されているデータを可視化するためのデータベースです。各種Viewerにて立体構造を可視化することができます。自動的に回転させて全体像を閲覧することが可能です。
PPDB
PlantPromoterDB
シロイヌナズナの高密度転写開始点情報や、イネなどのプロモーター情報を提供しているデータベースです。CT-MPSS 法を用いて、シロイヌナズナの完全長cDNA 5'末端タグ配列を解析し、ゲノム上にマップすることで転写開始点を決定しています。
岐阜大学
PrognoScan
A new database for meta-analysis of the prognostic value of genes
遺伝子発現と患者の予後との関係を調べるためのサイトです。OS(治療開始から原因は問わず死亡する確率), DFS(治療開始から寛解導入不能、再発、死亡などのなんからかのeventが起こるまでの生存確率)を患者予後とし、公開されている大量の癌マイクロアレイデータから検索するサイトです。 検索方法として、Gene Identifierを１つないし、２つ以上で検索することができ、元になったデータやp-Valueなどの統計値が閲覧でき、データのDownloadも可能です。
ProNuc
Protein-Nucleic Acid Complex Database
蛋白質と核酸の複合体構造を集めたデータベースで、認識モチーフやDNAの形状にしたがって分類されています。PDBのIDやタンパク名、モチーフの種類、DNAのタイプ、認識エレメント等の条件で検索できます。
RIKEN Arabidopsis cDNA Encyclopedia DNABook
理研で保有するシロイヌナズナの転写因子の完全長cDNAクローンを固定したDNAブックです。研究グループでこれまでに単離したシロイヌナズナ完全長cDNAクローン中に、転写因子をコードすることが予想されるクローンが1,069個存在しており、これら1,069個のシロイヌナズナ転写因子を1冊の本に収めました。この「シロイヌナズナDNAブック」では、転写因子はファミリー毎に分類された状態でスポットされており、各転写因子ファミリーを研究する植物研究者にも利用しやすい形になっています。 スポットした転写因子の詳細情報（機能モチーフ、マイクロアレイ解析による発現プロファイル、選択的スプライシング、Ac/Dsトランスポゾン挿入変異系統、などの情報）は、シロイヌナズナの全転写因子を扱うデータベースRARTF(RIKEN Arabidopsis Transcription Factor Database; http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/）より公開されています。
SNPSTR
A database of compound microsatellite-SNP markers
マイクロサテライト(STR)マーカーと1つ以上のSNPの組み合わせのSNPSTRと呼ばれる複合遺伝マーカーのカタログです。各SNPSTRのSNPとマイクロサテライトは250塩基以内に存在しているため、2つの独立したマーカー間で生じた組み換えではなく、小さなハプロタイプと考えられます。それゆえSNPSTRは集団遺伝学分野において有用なツールになる可能性があります。 このデータベースでは、ヒト、マウス、ラット、イヌ、ニワトリの推定SNPSTRに関する情報を提供しています。
Imperial College London
Streptomyces griseus IFO 13350 Genome
ストレプトミセス・グリセウスIFO13350株は土壌バクテリアで、最初のアミノグリコシド系抗生物質として60年以上前に発見された抗結核薬ストレプトマイシンを生産します。この菌株の全ゲノム情報を、東京大と北里大、国立感染症研究所の研究チームが解読しました。ゲノムサイズは8,545,929塩基対、平均GC含量72.2%、7,138個の予測オープン・リーディング・フレーム(ORF)、6つのリボソームRNAオペロン、66のtRNA遺伝子が含まれています。これらの情報はゲノムブラウザで検索、閲覧できます。
Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350
TriFLDB
Triticeae Full-Length CDS Database
コムギ連作物であるコムギとオオムギの全長コード配列とアノテーション情報を提供しています（コムギ8,530件、オオムギ7,341件）。各全長コード配列につき、様々な配列データベースに対するブラストの結果や、シロイヌナズナ、イネおよびソルガムの相同配列による階層的クラスタ結果、InterProScanによるドメインの予測結果、ESTアライメントが視覚的に表示されます。 遺伝子機能やオントロジー(GO)タームによるキーワード検索や、ユーザの配列とコムギ、オオムギ、シロイヌナズナ、イネ、ソルガムとの相同性検索が行えます。
TriMEDB
Triticeae Mapped EST Database
小麦、大麦の遺伝子解析によりゲノム上の位置遺伝子情報が判明している約3,500遺伝子の情報を統合したデータベースです。cDNAに由来する遺伝子マーカーに注目し、公開されている遺伝子地図情報を収集、統合しました。各遺伝子マーカー配列について、遺伝子データベース（NCBI UniGene、TIGR Gene Index、HarvEST、PlantGDB）との対応付け、イネゲノム情報との対応付けがなされています。
UTRome
A C.elegans 3'UTR Database
3'UTR（3'非翻訳領域）は、タンパク質やマイクロRNAのような非コードRNAとの相互作用によって転写後発現調節を行うための重要な部位です。 このデータベースは、線虫の3'UTR生物学の包括的リソースとして構築され、全mRNAの3'UTR構造に関する詳細な情報を提供しています。 解説およびキュレート配列、マイクロRNA結合サイトやPolyA付加の推定コンセンサスシグナルなど機能エレメントについての実験およびコンピュータ解析結果、 WormBaseやPicTarなど外部データベースのアノテーションが収録されています。
New York University/Center for Genomics and System Biology
WFCC
World Federation for Culture Collections
微生物の培養株を収集・保存し、研究や教育などのために菌株の分与と情報の提供を行う国際機関のホームページです。
生活習慣病ナレッジデータベース
糖尿病、虚血性心疾患、高血圧症、高脂血症、高尿酸血症について、概要、症状、対処療法、医療機関への目安などの情報を提供しています。 データベースの他に「FAQ」「健康チェック」「リンク」等のコンテンツを用意し、生活習慣病に関する情報のポータルサイトとしてご利用いただけます。
山梨県中央市役所
水生生物情報データーベース
水生生物各種の概要、NCBIの分類に基づいた分類情報、近縁種情報、文献情報、DNA情報、系統保存情報などが閲覧できます。
独立行政法人水産総合研究センター
COXPRESdb
1000以上の公共のマイクロアレイデータから計算したヒト・マウス・ラット、他4 種の共発現遺伝子データベースです。各生物種について約20000 遺伝子の共発現情報を参照でき、任意の遺伝子群に対して遺伝子ネットワークを描画することができます。自前のマイクロアレイデータ等の大規模データの解析に利用することも可能です。
Dr.Supplement
消費者のために正しいサプリメントの知識や選び方を医師の立場から判りやすく説明しているサイトです。サプリメント総論のコーナーでは、サプリメントを正しく理解するために是非知っておいて頂きたいことについて掲載しています。データベースではサプリメントなどに含まれている各種成分の説明を調べることができます。
The European ribosomal RNA Database
小サブユニットおよび大サブユニットのリボソームRNA配列を収録したデータベースです。配列はアライメント形式で提供され、比較解析によって導かれた二次構造情報が表示されます。その他、参考文献、生物種、二次構造モジュール、ヌクレオチド変動マップが表示されます。 このデータベースは20年以上の歴史があり現在も公開を続けていますが、データの更新は2007年5月をもって終了いたしました。
University of Gent/Department of Plant System Biology
組織画像データベース
関西医科大学の組織学実習の画像を公開しています。画像は器官・組織ごとに階層型にまとめられています。
関西医科大学
Pathogenic Bacteria Data Base
病原細菌データベース（PBDB)は、病原細菌の研究情報をネットワークを通じて一般に公開し、研究者の相互協力を促し、研究者の教育及び研究を目的としたデータベースです。 各細菌の画像、分布、形状、培養、性状、病原性、感受性について調べることができます。
京都大学 大学院医学研究科
KEGG EDRUG
生薬、精油など、主に植物由来の天然物を集めたデータベースです。成分、効能、由来生物種などの情報が蓄積されています。現時点での EDRUG の主なカテゴリーは生薬、精油の２つです。
SNP Database Network in Japan
わが国で構築した多型情報データベースや多型情報解析ツールのリンク集を紹介しています。
深海映像データベース
JAMSTECが保有する貴重な深海調査映像を、調査場所、調査目的、撮影内容（生物名や事象）などのメタ情報、パノラマ画像等とともに、ストリーム配信しています。
深海ビデオキャスト
JAMSTECが保有する貴重な深海調査映像を軽量なフォーマット（MPEG-4）で公開しています。
Deep Sea Image Database (深海画像データベース)
JAMSTECでは潜水調査船や無人探査船により取得された膨大な深海の静止画像を保管・管理しています。 本データベースではこれらの画像のうち公開猶予期間を経過したものを公開しています。
Marine Biological Sample Database (海洋生物サンプルデータベース)
JAMSTECの船舶・潜水船等で採取した生物サンプルのデータベースです。サンプル名、採取場所、水深、保存方法、採取システムなどを収集、蓄積、公開しています。
健康・栄養情報基盤データベース
国民栄養調査(NNS:National Nutrition Survey）に関するデータ検索サービスです。世帯別摂取量、個人別摂取量、個人身体情報、料理情報、各国栄養所要量、栄養素寄与に関する情報を提供しています。
Functional Food Factors
さまざまな機能性食品因子が食品中にどれくらい含まれているか実際に定量した結果が、一般的な栄養素とともにデータベース化されています。イソフラボンを含む食品を摂取したいといったときに、ワンクリックで含有量の多いものから検索することができます。文献や構造式のデータベースも含まれています。
JFODB
Japan Fisheries Oceanography Database (水産海洋データベース)
明治、大正から継続されている日本の水産調査研究により収集された日本周辺海域の海水温など海洋環境、卵・稚仔・プランクトンおよびマイワシ・サバなど浮魚類の魚体測定データなど生物データを公開しています。日本周辺海域の水産研究や海洋環境研究の基礎データされることが期待されます。なお、現在、脆弱性への対応のため、公開を休止中です。
ExPASy (Bioinformatics Resource Portal)
ExPASy Webサーバーはスイス生物情報科学機構(SIB)において提供されるプロテオミクス分野に向けた統合サービスです。タンパク質やプロテオミクスを中心とした種々のデータベースや解析ツールにアクセスできます。データベースとしては、UniProtKB、PROSITE、SWISS-2DPAGE、ENZYME、GlycoSuiteDB等があります。解析ツールには、プロテオミクスツール、相同性検索、ドメイン予測、翻訳後修飾予測、トポロジー予測、一次、二次、三次構造解析のためのツールが用意されています。データベースと解析ツールは相互にリンクしており、SIB等で開発された関連リソースが組込まれています。
DrugBank
薬剤の化学的、薬理的、薬事的データとそのターゲット（配列、構造、パスウエイ）の詳細情報を収集、統合したバイオインフォマティクスおよびケモインフォマティクスのリソースです。薬剤エントリー約4,800件のうち、FDA承認小分子薬剤が1,350以上、FDA承認バイオテク（タンパク/ペプチド）薬剤123件、栄養補助食品71件、実験的薬剤が3,243件以上が含まれています。2,500以上の非冗長タンパク配列がFDA承認薬剤エントリーにリンクしています。各エントリーにつき100以上のデータ項目が存在します。
University of Alberta/Department of Computing Science
The Stem Cell Community
ヒト胚性幹細胞（ES cell)に関する情報を共有するためのコミュニティです。ES cell lineデータベース、論文、特許、遺伝子発現データなどが掲載されています。
ARMLiPDB
マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。
CoP
Co-expressed Biological Processes
植物遺伝子の発現相関データベースです。
DAGViz
Directed Acyclic Graphs Viewer
各生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。
DIAM
微生物産業利用支援データベース：DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes
微生物やバイオセーフティ関連情報のデータベースです。「バイオセイフティ関連の法規則」、「バイオテクノロジーの基礎知識」、「安全性に関する文献」、「微生物情報」に分かれます。2011年3月31日をもって財団法人バイオインダストリー協会によるオリジナルサイト ( http://diam-jba.jp/diam/index.jsp )からの提供を終了しました。現在は過去のデータセットを生命科学系データベースアーカイブから取得可能です。 「バイオセイフティ関連の法規則」はＤＩＡＭから提供されていた遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、「国内のカルタヘナ法関連文書」、「海外の法規制の概説」、「カ ルタヘナ法Q&A」についてまとめたデータベースです。 「バイオテクノロジーの基礎知識」はＤＩＡＭから提供されていた遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、バイオセイフティに関する基礎知識をまとめたデータベースです。一般市民の方々を対象とするバイオテクノロジーに関する解説（入門編）、代表的な質疑応答集(Q&A)、用語説明を含みます。 「安全性に関する文献」はDIAMで提供されていた安全性に関する文献をまとめたデータベースです。 「微生物情報」は微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報に関する情報を提供するデータベースです。
DNA ProbeLocator
多様な形式のマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。
H-Exp
組織特異的転写物発現頻度データベース（iAFLP-DB）です。
KomicMarket
Kazusa Omics Data Market
KomicMarket (Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されています。 KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法（液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析）で検出された代謝物のピークのアノテーション（精密質量に基づく組成式や化合物名候補など）を主に格納しています。
MS-MS Fragment Viewer
LC-FT/ICR-MS解析で得たフラグメントイオンの構造を予測したFT-MS、IT-MS/MS、FT-MS/MSのスペクトルデータを格納したメタボロミクスデータベースです。
RISH Database
EST Database of Trees for Sustainable Humanosphere
アカシアのESTを6253個、配列決定し、そのデータを蓄積したデータベースです。
京都大学
ミヤコグサEST・完全長配列
ミヤコグサの98838のEST配列と3488の完全長cDNA配列を蓄積したデータベースです。
CHRIP
Chemical Risk Information Platform
化学物質の番号や名称等から、有害性情報、法規制情報及び国際機関によるリスク評価情報等を検索することができるシステムです。
RefExA
Reference database for gene Expression Analysis
ヒト正常組織、正常細胞、癌細胞株の網羅的な遺伝子発現データベースです。
Escherichia coil Multi-omics Database
大腸菌のオミックスデータを集積したデータベースです。
KNApSAck Family
二次代謝産物データベースKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されています。タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMine、インドネシア生薬データベースJAMUや漢方薬のデータベースKAMPOも含んでいます。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されています。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。
機能性RNAゲノムブラウザー
UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧することができます。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。
バイオサイエンスデータベースセンター - NBDC
ライフサイエンスデータベース統合推進事業の紹介及び広報サイトにアクセスできます。事業の一環として提供しているデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブの各サービスサイトをはじめ、関係各機関のデータベース統合に向けたさまざまなサービスへのリンクを提供しています。
生命科学データベース横断検索
国内外に散在する生命科学系データベースの中身を一括でキーワード検索できるサービスです。ライフサイエンスデータベース統合推進事業の一環で作成しています。現在約300近くの文献、特許、分子等の多様なデータベースを横断的に検索することが可能です。
ライフサイエンス新着論文レビュー (FIRST AUTHOR'S)
トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを、だれでも自由に閲覧・利用できるよう、いち早く公開しています。
Webリソースポータルサイト
バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたサイトです。処理要素、分野、文献別などの階層分類により目的のリソース情報を探し出すことが可能です。
ゲノム解析ツールリンク集
分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集です。論文やWebから解析ツールに関する情報を調査収集し、各ツールを用途によって階層的に分類しています。また各ツールの簡易な説明も提供しています。
GenLibi
Gene Linker to Bibliography
ＪＳＴ文献情報から得られる遺伝子機能や関連する疾患／表現型を提供するためのシステムです。テスト版では、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患／表現型、オーソログ／アミノ酸配列を合わせて提供しています。
ゲノム特定領域（2005年-2009年）年次報告書データ 一覧
2005年から2009年に実施された文部科学省ゲノム特定領域の年次報告書及び最終報告書のPDFをダウンロードして閲覧できます。また2000年から2004年に実施された旧ゲノム特定領域の最終報告書のリストも同様に閲覧可能です。
TogoProt
蛋白質関連データベース統合検索システムです。キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶとその蛋白質 (ファミリー)のデータとリンクが表示され、目的のデータベースのエントリーにたどり着くことができます。
OReFiL
Online Resource Finder for Lifesciences
論文中に記述される、オンライン上に公開されいてる生命科学系データベースやソフトウェアなどを検索するシステムです。MeSH用語や著者名での検索も可能です。
医学・薬学予稿集全文データベース
科学技術振興機構(JST)のJDreamサービスの「医学・薬学予稿集全文データベース」に搭載されていた学会要旨集のうち、改めて利用許諾をいただいた学会の予稿集を無償で公開しています。
DRA
DDBJ Sequence Read Archive
DRAは次世代シークエンサからの出力データの登録及び登録されたデータの検索のためのデータベースです。NCBIのSRA、EBIのERAとの国際協力のもとDDBJにより運営されています。従来のキャピラリ型のシークエンサからの出力データについてはDDBJ Trace Archiveにて登録が可能です。
RefEx
Reference Expression Dataset
ヒトやマウスなどを対象に、異なる手法 (EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seq)により取得された臓器/組織別の遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で標準となるリファレンスとして利用することを目的としたデータベースです。
Gendoo
Gene. Disease Features Ontology-based Overview System
遺伝子について関連する疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワード (MeSH用語)で関連性の度合いとともに示したデータベースです。興味のある疾患名称やOMIM IDから関連する遺伝子の情報を調べることもできます。
DBCLS SRA
Survey of Read Archives
SRA, ENA, DRAに登録された次世代シークエンサからの出力データを対象とした目次を提供しています。具体的にはデータ生産の目的、プラットフォームの種類、生物種別に登録情報を閲覧、検索することができます。
統合遺伝子検索GGRNA
キーワードから遺伝子を簡単に検索できるGoogleライクな検索エンジンです。塩基配列やアミノ酸配列情報を入力し高速に検索することも可能です。
ライフサイエンスQA
ライフサイエンス研究に関する質問や疑問、それに対する回答を共有するためのQAサイトです。質問及び回答は誰でも投稿可能ですが、対象ユーザーはライフサイエンス研究に携わっている人を想定しています。投票機能によりコメントや評価を残すことも可能です。
kusarinoko
Search SRA Entries with PubMed Article
公共データベースに登録されている次世代シーケンサから出力された配列データを対象に、メタデータ （実験手法やサンプルなどの登録情報）を検索・閲覧することができます。
Togo Picture Gallery
ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に利用できるよう無料で公開しています。研究発表のスライドなどで使用することが可能です。
TargetMine
創薬支援のための統合データウェアハウスです。 16 個の公共データベースからのデータを統合し、タンパク質立体構造や医薬品関係データ、タンパク質相互作用や転写因子制御データなどの統合的検索を可能にしました。また、このシステムを使って、複数の候補遺伝子または候補タンパク質から、任意の関連性（特定の機能や疾患との関連性など）を有する遺伝子またはタンパク質を絞り込む手法を開発し、実験的検証に成功しました。
Micro-Tom BAC End Sequence Database
トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベースです。 筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センターで作成され、生命科学系データベースアーカイブに収録されています。
Plabrain DB
Planarian Brain Database
プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベースです。 特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となります。 京都大学を中心に作成され、生命科学系データベースアーカイブに収録されています。
Gene Brain Systems.nimh
GENSATプロジェクトによって提供された、BACトランスジェニックマウスの脳細胞の発現画像を検索・閲覧することができます。
National Institute of Mental Health
健康づくりに向けた『食育』取組データベース
「食育推進基本計画」、「健康日本２１」等の健康づくりに関連した指標に関する各種事業の取組のデータベースです。全国の自治体で実施している食育の事例の登録を受けつけています。団体区分、人口区分、対象年齢などの項目別の詳細検索が可能です。
運動データベース
健康・体力づくりと運動に関するデータベース
運動と生活習慣病予防、健康増進についての、最新かつ可能な限り科学的根拠 (エビデンス) の高い文献を1,200本余収集し、その概要を提供するデータベースです。疫学、運動生理学を中心とした研究者が文献の収集とデータ作成に関わっています。文献ごとにその文献の紹介者を明記し、紹介者が日本語で文献の概要とコメントを付加しています。 論文名・著者・年代・研究の対象・種類・方法、アウトカムなどによる検索とフリーキーワード検索ができます。事前にユーザー情報の登録が必要です。
財団法人健康・体力づくり事業財団
国民栄養の現状
1947年（昭和22年）から2002年（平成14年）まで実施された国民栄養調査（現在の国民健康・栄養調査）の結果を集約したデータベースです。この調査は栄養改善法（現在の健康増進法）に基づいて厚生省（現在の厚生労働省）によって行われた全国調査で、国民の身体の状況、栄養摂取および生活習慣の状況を明らかにすることを目的として、全国300地区の約5,000世帯及びその世帯員（約15,000名）に対して毎年実施されました。PDFおよびExcelファイルをダウンロードすることができます。
特別用途食品・栄養療法エビデンス情報 (Information on Food for Special Dietary Uses and Nutrition Care)
栄養療法や特別用途食品を、管理栄養士などの専門家や一般消費者が自主的に「利用する」あるいは「利用しない」などの選択を行う際の指針となることを目的としているサイトです。主に専門職をサポートするための栄養療法に関連したエビデンスのデータベースです。栄養療法エビデンスの情報は2つの研究グループによって収集されたものを利用しています。
国立健康・栄養研究所 産学連携提案テーマデータベース
国立健康・栄養研究所の最新の成果の概要と、それに基づく発展的な研究テーマについてのデータベースです。産学連携で研究成果の具体化や発展化に共同で取りくむことを考えている企業及び団体や、共同研究を希望する研究者に対して情報を提供することを目的としています。具体的には、特許、意匠登録、実用新案、商標登録、著作権などの実績に関する情報を提供しています。
医療用医薬品の添付文書情報
医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書の内容を各製薬企業において電子化したものを提供しています。添付文書の内容をWeb上で閲覧できるほか、PDFおよびSGML形式のファイルをダウンロードすることができます。医薬品名（販売名または一般名）、薬効分類などで検索することができます。
医療用医薬品の添付文書情報【副作用】
医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書に書かれている副作用情報のデータベースです。医薬品名（一般名または販売名）での検索および医薬品名（販売名）の五十音順リストを利用して探すことができます。
医療用医薬品の添付文書情報【禁忌】
医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書に書かれている禁忌情報（その医薬品を使用してはいけない患者の情報）のデータベースです。医薬品名（一般名または販売名）での検索および医薬品名（販売名）の五十音順リストを利用して探すことができます。
DSU（医薬品安全対策情報）
DSU（医薬品安全対策情報；Drug Safety Update）は、医療用医薬品の「使用上の注意」改訂に関する情報です。日本製薬団体連合会安全対策情報部会に参加している製薬企業が製造または輸入している医療用医薬品が対象となっており、日本製薬団体連合会により通常は年10回発行されています。このサイトでは、DSUをPDF化したものが掲載されています。
2009年度以降の医薬品及び医療機器の回収に関する情報 (回収情報検索ページ）
2009年度以降の医薬品および医療機器の回収（リコール）に関する情報のデータベースです。提供している情報は、医薬品等の回収を行う製造販売業者等が作成したものです。回収品目、種類、製造販売業者、クラス、年度などの条件を指定した検索が行えます。また、全文検索も行えます。
緊急安全性情報（イエローレター）・安全性速報（ブルーレター）
医薬品または医療機器の「緊急安全性情報」と「安全性速報」を提供しているサイトです。医薬品または医療機器の製造販売業者が作成した情報をPDF化したものが掲載されています。「緊急安全性情報」は、緊急に安全対策上の措置をとる必要があるものです。 「安全性速報」は、一般的な使用上の注意の改訂情報よりも迅速な安全対策措置をとる場合のものです。
がん研究データベース
がん研究開発費（正式名称は独立行政法人国立がん研究センター運営費交付金研究開発費，旧がん研究助成金）によって行われる研究をデータベース化したものです。研究の基本情報、研究者情報、報告書が閲覧できます。キーワードや研究区分、実施年度、報告書の有無、研究者などの検索条件を指定した検索が行えます。
各種がんのエビデンスデータベース
がんに関連する、科学的根拠に基づく診療ガイドラインおよびそれに準じた診療ガイドラインや資料をデータベースとしたものです。日本国内と欧米の両方の情報が収集され、リンクされています。がんの種類、分野、対象、編者、発行者などといった条件で検索を行うことができます。
産業中毒文献検索
産業中毒の研究者向けに産業中毒の症例・論文・学会発表の情報を提供しています。産業中毒、災害医学、産業医学、産業衛生学などの分野の国内学術誌や学会抄録集から産業中毒を中心とするデータを収集しています。 キーワード、刊行形態、発表形式、対象、発表年、データ分野、中毒因子などの条件で検索が行えます。
独立行政法人労働者健康福祉機構
じん肺データーベース
じん肺診療に携わる医療関係者の研究、診療等の参考となることを目的に作成されており、じん肺症例の分類、所見、レントゲンやCTなどの各種画像が閲覧できます。全国の労災病院からじん肺患者の診療情報を収集し、公開可能な症例を収載しています。
腰痛データベース
腰痛についての大規模調査の成果から、各調査の概要とレポートを掲載しています。腰痛の大規模調査は、勤労者脊椎・腰痛センターを中心に全国の労災病院で実施されています。
振動障害HP・データベース
振動障害の診療等に携わっている労災指定医療機関の医師や産業医の研究・診療の参考となることを目的に作成されており、労災病院に蓄積された振動障害の臨床データを集積したデータベースの分析結果を掲載しています。
HSRRB
ヒューマンサイエンス研究資源バンク (Health Science Research Resources Bank)
ヒューマンサイエンス研究資源バンクでは、高等動物の細胞・遺伝子バンク業務に加え、ヒト組織バンク業務、日本人の遺伝子多型解析に有用な日本人由来B細胞株・DNAのバンク業務を行っています。細胞や遺伝子の番号や名称からの検索、アルファベット順リストからの選択などによって細胞・遺伝子・ヒト組織を探すことができます。
ヒューマンサイエンス振興財団
第十六改正日本薬局方 名称データベース (The Japanese Pharmacopoeia Sixteenth Edition (JP16) Name and Structure Database)
第十六改正日本薬局方に収載されている化学薬品等および生薬等について、名称、構造式、化学名、分子式、CAS登録番号、本品記載などをデータベース化したものです。現在公開しているデータベースは評価版であり、入力データの完全なチェックは行われていません。名称、CAS登録番号、化学名などで検索できます。
JAN
日本医薬品一般名称データベース (Japanese Accepted Names for Pharmaceuticals)
医薬行政・研究のための基盤となる情報を提供することを目的として、日本で一般的名称が付けられたすべての医薬品について、医薬品の名称、日本薬局方収載状況、構造式、化学名、分子式、CAS登録番号、薬効分類コード、薬効分類名などが収載されたデータベースです。医薬品の一般的名称について（通知）、第十五改正日本薬局方、および添付文書情報に基づいて作成されています。名称、CAS登録番号、化学名などで検索できます。
日本語版ICSC (ICSC in Japanese)
国際化学物質安全性カード(ICSC) 日本語版 (International Chemical Safety Cards (ICSC) Japanese Version)
ICSCは、化学物質を扱う労働者など化学や毒性の専門家でない人々を対象に化学物質の健康や安全に関する重要な情報を簡潔にまとめたものです。国際的に認められた専門家達が健康や安全性に関する情報を収集、検証し、詳細に検討しています。化学物質の名称、 ICSC番号、CAS登録番号で検索できます。また、50音順、ICSS番号順、アルファベット順のリストも掲載されています。
遺伝子組換えデータベース
非食用モダンバイオテクノロジー応用植物・生物（医薬品遺伝子組換え植物・生物および工業原料遺伝子組換え植物・生物など）の食品への混入を監視することを目的とした、非食用の遺伝子組換え植物・生物のデータベースです。キーワードによる検索が行えます。また、GM生物、GM微生物、工業原料GM、薬用GMなどにカテゴリ分けされています。
毒物及び劇物取締法 (毒劇法)
毒物および劇物のデータベースです。毒物及び劇物取締法（毒劇法）の対象となっている物質が収載されています。官報告示名、化学物質名またはCAS登録番号で検索できます。データベースの検索結果には物質名のみ表示されます。
食品添加物含有量データベース
生鮮食品および加工食品に含まれる、天然由来の食品添加物の自然含有量を収載したデータベースです。1997年までに国立医薬品食品衛生研究所・大阪支所食品試験部（2004年3月31日に閉鎖）で行われた調査の結果が収載されています。調査対象添加物は亜硫酸、安息香酸、過酸化水素、硝酸、亜硝酸、オルトリン酸の6種類です。各添加物の含有量は、添加物ごとにPDFファイルとしてまとめられています。
農薬等ADI関連情報データベース
農薬等の一日許容摂取量（Acceptable Daily Intake；ADI）に関するデーターベースです。海外のデータはJMPR（Joint FAO/WHO Meeting on Pesticide Residues）およびJECFA（Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives）の情報から，国内のデータは食品安全委員会，厚生労働省ホームページ（審議会議事録等），食品衛生研究の資料に記載されている情報から得ています。用途別物質名一覧や物質名やCAS登録番号からの検索ができます。
食品添加物ADI関連情報データベース
食品添加物の一日許容摂取量（Acceptable Daily Intake；ADI）に関するデーターベースです。海外のデータはJECFA（Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives）の情報，国内のデータは食品衛生法による指定添加物についての情報を収載しています。用途別物質名一覧や物質名やCAS登録番号からの検索ができます。
ADFS
アレルゲンデータベース (Allergen Database for Food Safety)
食物アレルギーを引き起こす抗原（アレルゲン）タンパク質のデータベースです。既知のアレルゲン同士の交差反応性の予測や、新規の食品のアレルゲン性を予測することを目的としています。既存のアレルゲン・データベースや独自に収集した文献からの情報に基づいています。アレルゲン名、カテゴリー（花粉、動物、食物など13種類）、アミノ酸配列、エピトープなどの情報を収載しており、これらを利用して検索をすることができます。利用にはユーザー登録 （無料）が必要です。
ClEST
トコジラミ器官ESTデータベース
トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列（EST)のデータベース です。 トコジラミはヒトなどの温血動物を吸血する害虫です。この昆虫は体内に栄養相利共生細菌Wolbachiaを保持していたり、外傷的交尾と呼ばれる奇抜な交尾行動をとります。トコジラミ属では菌細胞塊を共生維持のために、Spermalegeを外傷的交尾行動のためにそれぞれ進化させてきました。本データベースはこれらのユニークな器官のESTを扱い、基礎的な遺伝学的情報が進化生物学のみならず、医学・衛生学分野において応用されることが期待できます。
RIKEN SSBC
RIKEN Systems and Structural Biology Center
高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、Ｘ線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製など一連の付随実験情報を含みます。ヒトとマウスの48種のタンパク質のデータを公開しています。
WorTS
Worm TS mutant database
表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース。 変異株毎に、遺伝子名等の一般的な情報、及び変異情報、表現型の情報等を格納しています。
大阪大学 微生物病研究所
FuLoJa
Lotus japonicus Full-length cDNA Databases
ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報をInterProで解析したデータを集積したデータベースです。
MCG CNV Database
日本人の健常者集団を対象として独自に開発したBACアレイ（ MCGアレイ ）ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収録したデータベースです。日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、 ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります。
PMPj-Blast
ミヤコグサやシロイヌナズナのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj （NEDO植物物質生産プロジェクト、H14-22）で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベースです。
MFSearcher
Kazusa Molecular Formula Searcher
精密質量値から予測される組成式を高速に推定することができます。 既存の化合物データベースに対する質量値からの検索も高速に行えます。
PoSSuM
Pocket Similarity Search using Multiple-Sketches
タンパク質の類似リガンド結合部位データベースです。
DoBISCUIT
Database Of BIoSynthesis clusters CUrated and InTegrated
細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。 放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されていますが、二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、これまで集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類した知識集約型のデータベースです。 二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。
GTPS
Gene Trek in Prokaryote Space
ゲノム配列が決定された原核生物を対象に各種解析を行い再アノテーションを行ったデータベース。GIB (Genome Information Broker) に登録されている真正細菌と古細菌のORFを共通プロトコルを用いて再アノテーションし、グラフィカルユーザインタフェースやフラットファイルとしてデータ提供をしています。
BSD
BioSimulated DataBase
さまざまなデータソース（マイクロアレイ、EST、SAGE）を扱う遺伝子発現解析システム。空間的、時間的変化による遺伝子発現情報を3次元グラフィック上で表示することができます。また、異なるプロトコルによる発現情報を比較解析することも可能です。
GIB-IS
Genome Information Broker for Insertion sequence
DDBJに登録されている塩基配列から抽出したバクテリアの挿入配列（IS)のデータベースです。
BioDataBaseShowcase
生物学分野のデータベース情報をまとめたデータベースです。概要やカテゴリ、PubMed IDなどのリストを閲覧できます。また、いわゆるリンク集ではなくデータベースごとにCGI情報をまるごと保管し、ユーザーが目的のデータベースを検索しやすくしています。
東京理科大学
バイオ基幹情報資源の高準化と共用化
バイオ研究分野の膨大なデータを標準形式化し、バイオ情報資源の選択的統合利用を可能にすることを目指した「バイオ基幹情報資源の高準化と共用化」BIRD受託事業の一環で作成されたデータベース横断検索システムです。ウェット系およびドライ系のプロトコールやツール、データベースなど生命科学データベースの横断検索ができます。
xPSSS
xml-based Protein Structure Search Service
正式なXML（eXtensible Markup Language）で記述したPDBデータ（PDBML）によるタンパク質構造検索サービスです。現在は運用を終了しPDBj Mineへ移行されました。
PDBj Mine
xPSSSの後継となるPDBjタンパク質構造検索サービス。PDBML （eXtensible Markup Language：PDBの正式なXMLフォーマット）で記述したPDBデータ （PDBML）に基づく関係データベースを使用しています。詳細検索にはSQL文を指定した検索も可能です。
Sequence Navigator
PDBエントリに対し、PDB ID やアミノ酸配列を入力してBLAST検索を行います。結果を類似性でクラスタリングする機能があり、また PDB ID 入力では、各配列の構造の重ね合わせができます。
Structure Navigator
PDBエントリに対し、指定した立体構造に類似の立体構造を持つタンパク質を検索します。結果はASH類似度（ASH similarity score）によって順位付けされ、構造ドメイン（「鋳型 (templates)」）一覧として返します。各鋳型に対しての配列および構造の類似度が表示され、ペアワイズアライメントや構造重ね合わせもできます。構造重ね合わせの結果はダウンロードができます。
CiAID
Ciona intestinalis Adult In situ hybridization Database (ver.2 beta)
カタユウレイボヤ幼若体/成体の遺伝子発現プロファイルデータベースです。WISHデータ（約1,700）を各種関連データ(組織別ESTグラフ、ステージ別ESTグラフ、ステージ別マイクロアレイグラフ、ghost KH-ID、ghost clone-ID、ghost gene collection-ID、ghost CLSTR-ID、CIPRO-ID)と統合しています。また、CiAID (約1,700)およびCiona Ghost データベース(約28,386)に対する ２通りの検索（基本検索、組み合わせ検索）が可能であり、さらに幼若体の形態、発生関連の各種情報（360度回転観察データ、3D-CGモデル、連続切片、連続切片からの立体構築モデル）を備えています。
千葉大学 大学院融合科学研究科 ナノサイエンス専攻
3DPL
3-Dimensional Protein Localization
カタユウレイボヤ初期胚におけるタンパク質の局在情報の3次元イメージ（免疫局在、GFP融合タンパクの発現）、および関連情報（細胞局在、染色法、発生ステージ、実験条件など）を搭載したデータベースです。CIPRO（カタユウレイボヤのタンパク質データベース）の一環として開発されました。
慶應義塾大学 理工学部
ACBD
Ascidians Chemical Biological Database
ホヤ研究においてこれまでに使われたことのある小分子化合物、あるいは単離された小分子化合物のデータベースです。過去の論文800報（1970-2009年）を調査してアノテーションされたものです。
Kyoto Human Embryo Visualization Project
ヒトの発生と先天異常の解析に役立つ形態形成過程の詳細な三次元画像データベースです。1961年以来収集された母体保護法（旧優生保護法）に基づいた4万例以上の器官形成期ヒト胚子・胎児標本とその臨床データ（京都コレクション）を用いています。胎児の各発生段階のＭＲ画像、ＭＲ断層画像、連続切片像、三次元立体画像などを提供しています。
京都大学 大学院医学研究科 附属先天異常標本解析センター
TPプレスリリース（研究）一覧
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の成果について報告されたプレスリリースや論文情報をまとめたサイトです。成果ごとに、各研究機関のサイトから公開されたプレスリリースや論文のフルテキスト及びアブストラクトを閲覧できるサイトへのリンクを成果内容のまとめとともに提供しています。また報道の記録やPDBjに登録された蛋白質の構造情報へのリンクもあります。
ターゲットタンパク研究プログラム
TP構造ギャラリー
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題で解析された蛋白質の立体構造の画像と分子情報のデータベースです。キーワードで検索する他に「生物種」や「X線解像度」などのカテゴリごとに一覧を絞り込むこともできます。各エントリーからはPDBjの該当エントリーがリンクされています。
TP Atlas
Targeted Proteins Atlas
TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳細情報や論文情報を引き出せる「ターゲットタンパク研究成果データベース」です。シグナル伝達ネッ トワーク、酵素反応経路、化合物代謝など多様な生命現象を対象とする、基本的生命、医薬、食品環境3分野の35課題を網羅しています。（Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。） タンパク質間の相互関係、シグナル伝達経路などが研究テーマごとに模式的に示されており、ネットワーク図はダウンロードすることもできます。各タンパク質について、タンパク質の詳細情報（配列、構造）、遺伝子情報、文献情報へとリンクされています。ターゲットタンパク研究の各課題について、その背景、ハイライト、概要が簡潔にまとめられています。
AT Atlas
Advanced Technologies Atlas
AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを組み合わせて、分かりやすく表現することを目指した枠組みです。AT Atlasによって、あるタンパクの構造や機能を解明した実験方法を理解することができます。さらに、AT Atlasから実験プロトコルデータベースPREIMS (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01163) へのリンクを辿って、実験を実際に始めるに十分な精密な実践的情報を入手することができます。Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。) タンパク質合成実験の諸問題（難溶性、膜たんぱく質合成、タンパク質複合体の合成など）に取り組んだ各種プロトコルの情報、構造解析技術、タンパク質の機能解析に用いる化合物ライブラリー作成に関する技術についての技術開発が紹介されています。
PREIMS
PRotein Experimental Information Management System
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムで開発された実験プロトコル情報をまとめたデータベース「蛋白質実験情報マネージメント・システム」です。実験プロトコル情報はターゲットタンパク研究プログラムに参加している各研究者がアクセス権限を指定したうえで登録されます。プロトコル情報はテキストの他にオントロジー・エディター「法造」によるオントロジーで記載されている場合もあります。検索や閲覧はキーワード、ID、あるいはカテゴリー一覧から行うことができます。ログイン後はユーザーのアクセス権限に基づいて閲覧可能な情報が表示されます。
糖鎖構造検索インターフェース（CFG単糖シンボルによる検索）
本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータセットから成るデータベースです。米国コンソーシアム（CFG）の単糖シンボルを利用して構造検索できます。
GlycoChemExplorer
本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索インターフェースです。糖鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できます。
Glycan Structure 詳細ページ
本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。各種検索インターフェースや各DBの構造情報とクロスリンクされています。
PACDB
Pathogen Adherence to Carbohydrate Database
病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化したものです。
GlycoPOD
GlycoScience Protocol Online Database
平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実験マニュアルです。“書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く”実験書を目指しています。
TuMaRDB
Tumor Markers Reference Databse
腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化したものです。
JMSDB
Japan Monosacchairde Database
本DBは、単糖構造のデータベースです。
GDGDB
Glyco-Disease Genes Database
本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結び付けてデータベース化したものです。病態の情報も著者の許可を得て掲載されています。
KOmouseDB
Functional Glycomics with KO mice database
本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子のノックアウマウスのフェノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと共同で収集し構築したものです。
JCGGDB Report
本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方式で収集したものです。
GlycoNAVI Database
本DBは、糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報を収録しています。糖鎖の化学合成法における反応の基質・生成物・反応条件・収率などを収録した化学反応データベース、および糖質の化学構造や精製方法、スペクトルデータなどを収録した分子情報データベースを含んでいます。
公益財団法人野口研究所
KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity)
代謝物質とそれらの生物活性の関係に関するデータベースです。代謝物質名、生物活性 (機能)、ターゲットとなる生物種および参考文献の情報を収録しています。各データは代謝物質名、C_ID、CAS_ID、生物活性、生物種、分子式で探索することが可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
Bio-MassBank
本DBは、植物の組織や微生物試料をLC-, GC-, CE-MSで分析して得られたマススペクトルを代謝物を同定できた、できないにかかわらず収集しています。未同定代謝物のマススペクトルをその化学構造を表現する化学的descriptorとして利用することによって、異なる試料間で同じあるいは類似したマススペクトルがあれば同じ未同定代謝物が含まれている、と考えることができます。このように代謝物を同定することができなくても、その存在を知ることができます。2012年現在、シロイヌナズナの葉、ミヤコグサの花をLC-MS, MS2分析したデータそれぞれ664件、636件を公開しています。
metabolomics.jp
本DBは、メタボロミクスを中心とした有田研究室の活動全般を対象としたポータルサイトです。フラボノイド、基礎代謝物、生薬、植物系統分類データベースのほか、ファイトレメディエーションを含めた放射線情報、講義資料も掲載しています。
BRC マウス リソース
本DBは、生物遺伝材料としてのマウス系統を収録しています。系統の持つ遺伝子の変異、生物学的な特性が、公共データやオントロジーにリンクされています。リンクの仕方は上位オントロジーに従っており、他のデータベースと連携しています。ここに登録されているマウス系統は、理研バイオリソースセンターより提供されているものです。
BRC 細胞 リソース
本DBは、生物遺伝材料としての培養細胞株を収録しています。ヒトやマウス等の哺乳類をはじめ様々な生物種にわたる、多種の細胞株を公開しています。ここに登録されている細胞株は、理研バイオリソースセンターより提供されているものです。
BioLOD.org
Biophenome Linked Open Databases
生命科学関連の公開データを、W3CのLODプロジェクト (World Wide Web Consortium Linking Open Data project)に準拠した標準形式で提供しています。2012年3月現在で205件のデータベース、986件のクラス、8,773,671件のインスタンスを統合しています。
MicrobeDB.jp
本DBは，微生物に関する多種多様な情報を遺伝子・系統・環境の3つの軸に沿って整理統合し，セマンティックWeb技術を利用して単一の検索ウィンドウからそれらの情報を検索可能な統合DBです。
MEO
Metagenome/Microbes Environmental Ontology
本DBは，微生物の生息環境に関するメタデータを記述し整理するためのオントロジーであるMEO (Metagenome/Microbes Environmental Ontology)のOWLファイルと，公共のメタゲノムデータのメタデータをMEO相手にマッピングしてサンプルごとに整理した結果のRDFファイルの2つから構成されたDBです。
Metagenome.jp (Human Meta BodyMap)
世界中で公開されているヒトメタゲノム解析で得られた配列情報を，独自に注意深く再アノテーションしたメタデータに基づき参照できるようにしたDBです。メタデータ検索機能や配列相同性検索ツールBody-BLASTを用いたメタデータ検索機能も提供しています。
GTPS/RDF
本DBはセマンティックWeb技術によって，GTPSと微生物統合データベースにおける他の要素データベースとの連携を可能としたGTPS2011のRDF化版です。
KEGG MEDICUS
本DBは、疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合し、研究者コミュニティには研究成果を創薬・医療等の応用分野で活用するためのリソースを、一般社会には医薬品添付文書等から病気や薬に関する科学的理解を深めるためのリソースを提供しています。KEGG MEDICUSの一部はゲノムネット医薬品データベースを引き継いだものです。 ミラーサイトのURLは下記です。http://www.genome.jp/kegg/medicus/
MoM
Molecule of the Month：今月の分子
高校生以上の学生および一般社会人に、日本語と英語で蛋白質の構造と機能を平易に説明した百科事典です。RCSBのDavid S. Goodsell博士による「Molecule of the Month」を日本語に訳したものを提供しています。
SNP control database
数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
CNV control DB
copy number variation database
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVを登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
CNV association DB
copy number variation association database
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVのケースコントロール解析の結果を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
Human Variation DB
human genome variation database
次世代シークエンサーによって検出された健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。また、日本人健常者の参照配列情報も閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
HLA DB
HLA database
次世代シークエンサーによって検出されたHLA領域における健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ(http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
Allie Portal
MEDLINEを対象とし、出現する略字とその正規系のペアを検索するシステムAllieのポータルページです。ウェブでの検索システムやREST/SOAPインターフェースを提供しているAllie (http://allie.dbcls.jp/) へのリンクに加えてSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクを提供しています。
SAHG
Structure Atlas of Human Genome
ヒトゲノムにコードされいてるタンパク質の立体構造予測情報のデータベースです。PDBエントリーに対するホモロジー検索によるタンパク質ドメインの決定、MODELLERによるモデリングやeFSeekによるリガンド結合ドメインの予測を行い最終的に予測したモデルを視覚的に表示しています。
PGDBj
Plant Genome DataBase Japan (植物ゲノム統合データベース)
国内で提供される植物ゲノム関連情報（塩基配列、遺伝子、DNAマーカー、連鎖地図等）や植物リソース情報の総合検索をめざしたデータベースです。ゲノム解析の対象となった植物の基本情報も提供しています。
ライフサイエンス領域融合レビュー
Leading Author’s
生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。
Autophagy Database
オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースです。 まず出芽酵母、ヒト及びマウスにおいて実験的にオートファジー関連と示されたタンパク質を網羅的に収集した後、真核生物種におけるオーソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造、分子間相互作用などの情報や独自の実験解析結果を加えて公開しています。関連論文リストは日々更新しています。
日本の雑草 種子画像Database
日本の雑草の種子画像を公開しています。既存の帰化植物種子画像データベースと日本の雑草種子画像データベースを合併したデータベースです。植物名や種子の形態からの検索が可能です。特に種子の形態から検索ができる植物図鑑としては世界有数の規模を持ちます。
岡山大学 資源植物科学研究所
近藤萬太郎 収集種子データベース
大原奨農会農業研究所 (現・岡山大学資源生物科学研究所)初代所長 近藤萬太郎博士により収集された種子の標本の目録です。標本瓶や試験管のラベルの記載をもとに作成したものです。収集日、和名、学名、入手先の情報を閲覧できます。
RAvariome
Rheumatoid Arthritis variome
自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供するとともに、これらの信頼できる遺伝子多型の情報を基にして関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールも提供しています。
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
PCDq
Protein Complex Database with complex quality index
予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 （PPI）データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2H)を整理統合し、それらのPPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体を予測しました。さらに、それらを文献をもとに既知の複合体情報と照合し情報の付加や修正などの人手によるアノテーション (注釈づけ)を行いました。アノテーションの際には独自の蛋白質複合体の信頼性指標として品質管理指数 （complex quality index: CQI）を各複合体に付与しています。また複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapを提供しています。
生命誌ジャーナル
生命誌ジャーナルは、JT生命誌研究館が年に4回発行するカード季刊生命誌と連動した、Webジャーナルです。 内容はトーク、リサーチ、サイエンティストライブラリーの3本立てです。巻頭トークでは、中村桂子館長と各界の第一人者による対話を通して生命誌を掘り下げます。続くリサーチでは、生きものの研究から人間の文化までさまざまな分野の研究を通して、さらに創刊から続けているサイエンティストライブラリーでは、人を通して、科学を表現します。 さらに2012年に追加された「生命誌アーカイブを巡る」では、過去の生命誌の記事を現象、専門分野、生物種の観点のキーワードで絞込みながら閲覧することができます。
株式会社生命誌研究館
サイエンティストライブラリー特別編 ～日本の生命研究を築いた科学者～
JT生命誌研究館が発行する季刊生命誌に掲載のサイエンティストライブラリーをウェブ用に編集した記事のアーカイブです。20世紀、独自の研究によって日本の生命研究の基礎をつくった科学者が自らの研究と人生を語ります。豊富な写真と図版つきの記事を閲覧できます。記事の一覧は発生学、進化学などの分野ごとにセクションが分けられています。
TMBETA-DISC
アミノ酸配列をもとにβ-バレル型膜タンパク質を識別するためサポートベクターマシン (SVM)や統計的手法を用いた計算手法を開発しました。アミノ酸の構成、residue pair preference及びモチーフを主な属性とした、5種のプログラム (TMBETADISC-COMP、TMBETADISC-DIPEPTIDE、TMBETADISC-MOTIF、TMBETADISC-SVM、TMBETADISC-RBF)の利用が可能です。なお、TMBETADISC-RBFについては現在は以下のURLから公開されています。 http://rbf.bioinfo.tw/~sachen/OMPpredict/TMBETADISC-RBF.php
独立行政法人産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
OpenPML
ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法でデータを記述することが重要となります。 JBiCは2005年よりそのようなデータモデルの構築に取り組んでおり、初期のモデルDVAR (DNA Variation and Phenotype Data Model)を引き継ぐPaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model)を2008年に開発しました。また既存のさまざまな表現型及び遺伝子データベースに適用することでPaGE-OMを検証しており、さらにどのようなデータベースをPaGE-OMで表現することが可能か明らかにしていきます。健康科学や製薬での応用までを見通した改良を念頭においています。本サイトではPaGE-OMの説明、スキーマやサンプルスクリプトなどを公開しています。
一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
Mutation Database
疾患原因遺伝子や関連遺伝子の変異に関する情報とそれに伴う疾患の臨床情報をアーカイブし共有することを目的としたレポジトリデータベースです。ラボでの独自の解析結果と文献から抽出した情報をともに公開しています。既に筋萎縮性側索硬化症 (ALS)などの疾患についてデータを公開しています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
CellMontage
CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。移転のため2012/11/5現在休止しています。
AmoebaDB
寄生アメーバである赤痢アメーバやアカンソアメーバのゲノム及びゲノムの機能解析結果をまとめた統合データベースです （EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノムシーケンスデータやマイクロアレイ発現データが登録されています。遺伝子、ゲノム、モチーフ、SNP、EST、ORFに対して多様な種類の検索機能やデータダウンロード機能、バイオインフォマティクスツールを提供しています。
EuPathDB Bioinformatics Resource Center
AREsite
脊椎動物のmRNAのUTR配列のAU-リッチ領域 (AU-rich elements; ARE)に関するデータベースです。 AREはmRNAの3'非翻訳領域上のシスエレメントの一つであり、多くのRNA安定化/不安定化に関わるARE結合蛋白質が配列特異的なモチーフに対して見出されています。本データベースではこれらの機能性領域の系統発生的な観点および構造的要因に基づいた解析結果の詳細について検索が可能です。また、実験的に検証済みのターゲットに関する文献情報が提供されています。現在はヒトとマウスのデータが収録されています。
Institute of Theoretical Chemistry, University of Vienna
ASD
Allosteric Database
アロステリックタンパク質とそのエフェクター (制御因子)に関するデータベース。101の生物種にわたる336のアロステリックタンパク質および8095のエフェクターが登録されています。タンパク質にはアロステリー、生物学的機能および関連疾患のアノテーションがされており、また、エフェクターには結合親和性、物理化化学的性質および疾患領域に関するアノテーションがされています。データベースは低分子の構造類似性およびアミノ酸配列のBlastによる検索が可能です。
Shanghai Jiaotong University
BriX
主鎖骨格の類似性によりクラスタリングされたタンパク質断片のデータベースです。登録されているタンパク質断片は、Astral40のデータセットから取得した7290のタンパク質について4～14アミノ酸残基で断片化し、6種類の異なる閾値を用いて主鎖骨格の類似性によりクラスタリングを行っています。また、Loop BriXではAstral95のデータセットから取得した14.525のタンパク質からのループ断片について、両端間距離およびアンカー残基の重ね合わせによるクラスタリングを行った結果が登録されています。
Flanders Institute of Biotechnology, Free University of Brussels
BSDB
Bio-molecule Stretching Database
タンパク質をはじめとする生体分子の機械的伸張性についてのシミュレーション結果のデータベースです。現在はタンパク質に限ってデータを提供しています。文献に基づく実際の伸張実験の結果についてもまとめられています。またシミュレーションを希望する構造のPDBコードを登録し、シミュレーションを依頼することが可能です。
Institute of Physics, Polish Academy of Sciences
WDDD
Worm Developmental Dynamics Database
線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理解する上で重要な情報となります。
独立行政法人理化学研究所 生命システム研究センター
COMBREX
COMputational BRidge to Experiments
COMBREXは微生物ゲノムにコードされた遺伝子の機能決定の促進を目的とし、微生物を研究対象とするインフォマティクスのコミュニティとウェットのコミュニティの交流の場の形成をサポートするプロジェクトです。具体的にはインフォマティシャンは解析対象としたい遺伝子やそのアノテーション情報、予測解析の結果を登録することができ、ウェットの研究者がそれらの登録されたデータの実験検証を行うことで、微生物の遺伝子の機能に関する重要な知見を得るしくみになっています。登録されたデータは、キーワード、遺伝子シンボル、ID、生物種、研究の進捗度、表現型の分類から検索が可能です。
CCDB
Cervical Cancer Gene Database
子宮頸癌に関わる遺伝子のカタログデータベースです。実験結果をもとに子宮頸癌の様々なステージに関与するであろうと考えられる遺伝子及びmiRNAの情報を、手作業のキュレーションにより収集しています。各エントリーでは遺伝子の基本情報と、タンパク質の配列や機能情報、さらに外部データベースへのリンク情報が提供されています。
Institute of Cytology and Preventive Oncology
lncRNAdb
Long Non-Coding RNA Database
真核生物long non-coding RNA (lncRNA)の包括的アノテーション情報を提供しているデータベースです。収録データのほとんど (～75%)のlncRNAは哺乳動物由来ですが、その他脊椎動物から単細胞真核生物に至るまでのlncRNAを収録しています。 エントリーごとに配列、文献リスト、さらに文献をもとにしたアノテーション情報を機能、発現などの属性別にテーブル形式で公開しています。またUCSCゲノムブラウザやNRED (ncRNA Expression Database)へのリンクも提供されています。本データベースへの情報の追加、修正、及び新規lncRNAの登録も可能です。
Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland
蛋白質 核酸 酵素 バックナンバー全文検索
蛋白質核酸酵素のアーカイブ記事全文検索のサイトです。検索に加えて出版年ごとに記事を閲覧することも可能です。当サイトで提供するPDFファイルは個人の用途以外での利用はできません。収録範囲については1985年から掲載していますが、2010年分については抄録のみの提供となります。
miRTarBase
世界最大規模および最新のmiRNA-ターゲット相互作用 (miRNA-target interaction; MTI)を蓄積しているデータベースです。MTIの収集は、miRNAの機能解析研究に関する文献からテキストマイニングで自動抽出した後、手動で文献を調査しており、リポーターアッセイ、ウェスタンブロット、miRNAの過剰発現あるいはノックダウンのマイクロアレイ実験等で検証済みのものが収集されています。 現在、14生物種、669種のmiRNAと2,533件のターゲット遺伝子間の4,270件のMTIが登録されています。
Institute of Bioinformatics and Systems Biology, National Chiao Tung University
PmiRKB
Plant microRNA Knowledge Base
miRNAの4つの主要セクション (functional modules)から構成されている植物miRNA知識データベースです。対象生物はシロイヌナズナとイネです。 (1) "SNP"では、miRNA前駆体やmiRNA, 標的サイトに存在するSNP情報を提供しています。(2) "Pri-miR"は、MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing)データに基づく組織特異的なpri-miRNAの転写シグナル情報を提供しています。(3) "MiR-Tar"は、PARE (Parallel Analysis of RNA Ends)データに基づく予測miRNA標的認識サイト内の開裂シグナル情報を提供しています。(4)"Seld-reg"は、PARE (Parallel Analysis of RNA Ends)データに基づくmiRNA前駆体のプロセシングとmiRNAによる自己制御の残余物シグナル情報を提供しています。
Zhejiang University
TMPad
TransMembrane Protein Helix-Packing Database
αヘリックス型膜タンパク質のヘリックスパッキングデータベース。実験的に決定された膜貫通ヘリックスの配置、トポロジー、脂質アクセシビリティ、リガンドとの結合部位等の情報が収められています。ヘリックスの配置、ヘリックス-ヘリックス相互作用および膜貫通ヘリックスのトポロジーがグラフィカルに表示されます。
Bioinformatics Lab., Institute of Information Science, Academia Sinica
PSSRdb
Polymorphic Simple Sequence Repeats Database
原核生物の持つ繰り返し回数に多様性のある1～6bpの短い配列モチーフからなる反復配列のデータベース。バクテリアゲノムのコーディング領域、非コーディング領域中に含まれるタンデムリピート領域の検索とデータのダウンロードが可能です。
ArachnoServer
クモ毒由来のタンパク質毒素の配列、立体構造、生物活性に関するデータベースで、手動でキュレーションした情報を収録しています。現在、85生物種由来の800件の毒素が登録されています。毒性情報や生物活性、タンパク質情報、生物種、文献情報からの詳細検索やBlast検索が可能です。
Queensland Facility for Advanced Bioinformatics, The University of Queensland
MatrixDB
Extracellular Matrix interactions DataBase
細胞外マトリックスタンパク質間相互作用、及び糖鎖との相互作用に着目したデータベースです。コラーゲン、ラミニン、トロンボスポンジンのような多量体を形成している細胞外タンパク質も扱っています。収録データは、本データベースを作成した研究室で行われた実験データ、論文からマニュアルキュレーションにより抽出したデータ、IMSxデータベースやHuman Protein Reference Databaseから抽出したデータが対象です。MatrixDBはthe International Molecular Exchange (IMEx) consortiumに参加しています。
Institut de Biologie et Chimie des Proteines, UMR 5086 CNRS-Universite Lyon 1
wiki.jscpb.org - Who's Who
日本比較生理生化学会が提供する研究者データベースです。2012年11月現在テスト運用中です。研究者名および種名の50音検索やキーワードに加えて、「動物の分類から探す」を利用することで系統樹に従って研究者を探し出すことができます。各研究者のページでは所属や研究テーマなどのプロフィール、研究者からのコメントの掲載欄があります。 また「動物の生きるしくみ事典」もあわせて公開中です。
日本比較生理生化学会
CancerResource
CancerResourceは、ガンに関連するターゲット遺伝子と薬剤との相互作用情報をまとめた統合データベースです。PubMedから独自にテキストマイニングにより抽出した情報と外部のデータベースから得た情報、および遺伝子発現、薬剤作用、遺伝子発現や差次的遺伝子発現への薬剤作用、パスウェイデータの情報を併せて提供します。細胞株、ターゲット遺伝子、薬剤から検索できます。
Charite - University Medicine Berlin, Institute for Physiology, Structural Bioinformatics Group
HGD
Hymenoptera Genome Database
ハチおよびアリのゲノム情報のデータベースです。ゲノムおよびゲノムにマッピングされた遺伝子セットの配列ファイルのダウンロードおよびゲノムブラウザによるブラウザ上での閲覧が可能です。
Georgetown University
PDBWiki
PDBデータを用いてユーザーが蛋白質の構造アノテーションを行い、情報交換ができるコミュニティを形成するためのプロジェクトです。これにより、データの質が高まり、また情報の重複を最小限に留めることも可能になることが期待されます。2011年時点で約7万5千件のPDBエントリーがカテゴリーにより分類されており（酵素分類、実験手法、アルファベット順、公開年、生物種、構造の型)、さらにユーザーによるアノテーションを付加した情報を公開しています。 また、PDBエントリーに対するstructure reportをユーザー自身がテンプレートを用いて簡単に作成することが可能です。
ナショナルバイオリソースプロジェクト ニワトリ-ウズラ
ニワトリ及びウズラリソースの保存と育成、および安定供給を行うNBRPのリソース拠点です。(1) リソースの収集、保存、育成、(2) 遺伝モニタリングによるリソースの高品質化(3) 遺伝子導入、遺伝子改変ニワトリ/ウズラの作出、(4) データベース構築、(5) 人材育成と学術交流会等の企画・開催を行っています。現時点では、ニワトリの野生原種である赤色野鶏、高度近交系、長期閉鎖系、疾患モデル系および育成系を含む20以上のニワトリ系統を維持、またニホンウズラは突然変異系統を含む長期閉鎖系7系統の保有と提供をしています。
名古屋大学 大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター
RIKEN BRC CELL BANK 研究用ヒト臍帯血幹細胞
ナショナルバイオリソースプロジェクト研究用ヒト臍帯血幹細胞のリソース拠点のデータベースサイトです。３つの移植用臍帯血バンク（東海大学さい帯血バンク、東京臍帯血バンク、兵庫さい帯血バンク）の協力を得て、提供同意書を取得できた移植適用外の臍帯血について、新鮮臍帯血または細胞調整後に凍結保存したものを、理研BRCを通じて研究者に提供しています。
ナショナルバイオリソースプロジェクト ゾウリムシ
ゾウリムシリソースの収集、保存、提供を行っているNBRPのリソース拠点です。山口大学が代表機関としてゾウリムシリソースの整備と提供を目的として以下の事業を実施しています。 １）野外から多様な種を収集保存し、さまざまな情報 （シンジェン (syngen)、接合型、採集地、特徴など）とともに提供、また、ゲノム解読やトランスクリプトーム解析に使用された株、交配により作製した株や突然変異株などを提供。 ２）細胞内共生細菌や共生藻を維持している株の提供、それらに対する多様なモノクローナル抗体の使用についても対応。 ３）野外から採集可能なゾウリムシ属の種の保存。
GAIN
Great Ape Information Network (大型類人猿情報ネットワーク)
日本国内のヒト上科 （チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、テナガザル）に関連する情報ネットワークです。 日本列島における分布図、家系図、個体簿など種々の情報をデータベース化して管理し、学術研究の発展を図ると同時に、類人猿の福祉と保全活動を行っています。そのために日本にすむ類人猿に関する情報 (写真や資料など)の提供を求めています。国立遺伝学研究所と京都大学（霊長類研究所と野生動物研究センター）が連携しており、事業の中核となる霊長類研究所は平成２２年度より共同利用・共同研究拠点としてＧＡＩＮ事業を実施します。
FragmentStore
FragmentStoreは代謝産物、薬品、毒物である低分子化合物から作成した化合物断片 (フラグメント)のデータベースです。FragmentStoreでは、フラグメントの2D構造、分子量や回転可能な結合数などのプロパティ、結合サイトにおけるアミノ酸の出現傾向等からフラグメントを検索できます。フラグメントを基に薬剤をデザインする際のフラグメントデータベースとして有用です。また、フラグメントアセンブラーツール (fragment assembler tool)による低分子化合物ライブラリの構築も可能です。
辞書の構築と公開
ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているのかを調査し用語を対応づけたメタ用語集の作成、メタ用語集をもとに日本語と英語やラテン語等の表現を対応づけた翻訳テーブル、さらに遺伝子名、解剖学用語及び施設名称のシソーラスやオントロジーの構築を進めています。 本サイトでは構築された各用語集の説明や概要版の閲覧、及びファイルのダウンロードが可能です。
Species Dictionary
生物種及び生物分類情報のデータベースNCBI Taxonomyに収録されているエントリーの各項目 (Taxonomy ID、学名、英名、また属や科などの分類階級)を表形式で閲覧できるように独自に再整理したデータベースです。さらにライフサイエンス統合データベースセンターで開発されたDBCLSメタ用語集の生物学辞書を利用して対応する和名も掲載しています。本データベースでは分類階級に従ってエントリーが階層だてられており目的のエントリーをクリックしていくと、より下位の階級のエントリーのみに絞り込まれていきます。
Q-TARO
QTL Annotation Rice Online database
文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。 種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。
OGRO
Overview of functionally characterized Genes in Rice Online database
文献データベースWeb of Scienceに対して、遺伝子機能解析に用いられる用語をキーワードとして検索し抽出された文献のうち、遺伝子機能が表現型と関連づけられている文献から702の遺伝子座をイネにおける機能既知遺伝子としました(2012年3月31日現在)。最終的には、それらの情報を表現型、機能解析の方法およびゲノム位置の情報とともに、QTLデータベースであるQ-TARO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01234) と同一のプラットホーム（表とゲノムブラウザ）で表示可能なシステムを構築し、機能既知遺伝子のゲノム上の分布とQ-TAROに登録されているQTL領域などと比較できるようにしています。2012年現在、機能遺伝子情報は更新しています。
ASPicDB
Alternative Splicing Prediction Data Base
オルタナティブスプライシング （選択的スプライシング）を受ける遺伝子とタンパク質に関するデータベースです。オルタナティブスプライシングパターンによる条件絞込み検索が可能で、それぞれの遺伝子やタンパク質についてのアノテーション情報、正常組織やガン組織由来のEST情報などが閲覧できます。
Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo per Universita e Ricerca
SPIKE
Signaling Pathway Integrated Knowledge Engine
既存のパスウェイデータベース、文献情報、タンパク質間相互作用情報を統合した、インタラクティブなヒトシグナルパスウェイデータベース。8種類のシグナルパスウェイマップを収録しており、任意の遺伝子、タンパク質間相互作用、タンパク質複合体、タンパク質ファミリー、細胞周期や状態、シグナル伝達物質に関連したマップを検索することができます。また、ユーザーがオリジナルのマップを作成し追加することが可能です。
UCSC Cancer Genomics Browser
癌ゲノミクスデータベースです。癌の種類ごとに分類されたデータセットで、サンプル毎の遺伝子の発現状況をヒートマップ状に表示できます。また、組織の画像を検索できるUCSC TCGA Slide Browserや、ゲノム情報を検索できるHuman Genome Browser Gatewayへ容易に移動できます。
統合検索ASETT β
All-in-one SEarch of Target Tanpaku
ターゲットタンパク研究プログラム（TPRP）情報プラットフォームで開発されたデータベース群をまとめて検索できるサイトです。検索可能なデーターベースにはTP Atlas, PREIMS, eSOL, CASA DB, PCI, Autophagy DBがあり、さらにTPRPの成果である論文、特許、PDBエントリーや、ライフサイエンス辞書に対しても一括で検索ができます。また検索機能の主な特徴は以下です。 ●検索対象の各々のデータベースのサイトの仕様に関係なくキーワードを入力して一括で検索ができます。 ●遺伝子名、PDB ID、よく使われるキーワードがキーワード候補としてあらかじめリスト化されており、検索クエリを選ぶこともできます。 ●Option機能で検索対象とするデータベースを選択することができます。 2012年12月現在、β版として公開中です。
CASA db
Comprehensive Amino Acids Sequences Annotated database (タンパク質配列データベース)
世界各地に分散している多種多様なタンパク質関連情報を収集/統合した網羅的アミノ酸配列データベースです。2012.12月現在、DDBJ DAD、NCBI NR、UniRefを主とした100万件超のアミノ酸配列、5,300万件超の生物種情報、11,200万件超のIDが収録されています。キーワード、配列、クラスターからの検索により、各タンパク質に関する基本情報、構造予測、機能情報予測、クロスリファレンス情報、サマリ画像などの結果が表示されます。本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
FUJI DB
タンパク質オンデマンド解析データベース (Functionally Annotated Japanese Protein Structural Information database)
指定された任意のタンパク質のアミノ酸配列に対し、様々な情報を付加して、機能予測を行うアミノ酸配列オンデマンド解析データベースです。配列の特徴分析、立体構造、天然変成 (disorder)領域の予測、さらに配列の類似性だけでなく立体構造情報も考慮しての機能予測を行い、表示します。本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
PCI DB
Protein-Compound Interaction Database
世界各地に分散しているタンパク質－化合物相互作用の情報を収集/統合したデータベースです。ChEMBL、DrugBank、CTD、PubChem BioAssayからのデータが取得されており、タンパク質あるいは化合物毎の相互作用情報、またタンパク質－化合物あるいは化合物－タンパク質の双方向での検索が可能です。本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
Trypanosomes Database
トリパノソーマ症 （アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病など）に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について包括的な情報を提供するデータベースです。酵素の一覧表においてPDB、OMIM、NCBIのmRNAやタンパク質の配列情報など関連エントリーへのリンクが提供されています。カテゴリやモチーフなどの情報によるリストの絞り込みやキーワード検索が可能です。 本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
BISC
BInary SubComplex Database
タンパク質間相互作用のデータベースです。構造生物学領域と機能ゲノム領域の橋渡しとなることを目的として、現在主流のタンパク間相互作用データベースに収録されているデータのなかで、モデリングの可能な部分複合体構造を対象にした検索機能を提供しています。このデータベースは以下の３つのパートで構成されています。 1. 既知の部分複合体構造の情報として、PDBの結晶構造から抽出された2量体部分構造およびその座標情報に基づいてPISAにより予測された生物学的多量体の情報を掲載。ホモダイマーはBISCHom、ヘテロダイマーはBISCHetに分けて収録されています。 2. モデリングの可能なタンパク質間相互作用の情報として、実験結果に基づいたタンパク質間相互作用データベースであるBioGRID、IntAct、HPRDのデータを対象に、BISCHomまたはBISCHetにある配列と類似するテンプレート構造を収録。 3. 構造の決定されていない相互作用についてはMolSurferやSCOTCH、PISAといったさまざまな検証プログラムによる実行結果を収録。
cBARBEL
Catfish Genome Database
cBARBELはアメリカナマズの基礎的および応用的な遺伝とゲノムの研究に関するサイトです。ESTや完全長cDNAのBLASTベースの配列検索、contigやゼブラフィッシュゲノムへのマッピングデータ、マイクロアレイでの発現データ等が提供されています。ゲノム配列のページは作成中です。
Department of Fisheries and Allied Aquacultures, Auburn University
CADgene
Coronary Artery Disease Gene Database
冠動脈疾患 (Coronary artery disease; CAD)関連遺伝子のデータベースです。心疾患研究コミュニティに向けて有用な遺伝子情報を提供することを目的に構築されています。現在、約2,000件の文献から得られた300件以上のCAD関連遺伝子が収録されています。機能カテゴリーや染色体マップから遺伝子を検索することができます。
Huazhong University of Science and Technology
ChemProt
ChemProtは化学物質-タンパク質相互作用に関して、複数の無償および商用データベースからの情報をまとめた統合データベースです。化学物質名や標的タンパク質名、化学物質の構造に基づく類似性検索等が可能です。
Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark
Clover Garden
クローバー (Trifolium species) のマーカー情報を収納したデータベースです。アカクローバーおよびシロクローバーの各種マーカー情報、EST、また連鎖地図などを泳動写真とともに公開しています。
JSOL
Japan Solanaceae Consortium (日本ナス科コンソーシアム)
トマトをはじめとするナス科植物の研究を推進するためのリソースの整備、情報交換を目的としているサイトで、国内の公的機関、民間の研究者などにより構成されるJapan Solanaceae Consortiumが提供しています。学会情報やプロトコール集、データベース（例：トマトのデータベース“MiBASE”や完全長cDNAデータベース“KaFTom”）等のサイトへのリンク情報が掲載されています。
Jatropha Genome Database
ヤトロファのゲノムデータベースです。アセンブルにより得られた全ゲノム配列、スキャフォールド、アミノ酸配列、InterProによるモチーフ予測結果などを公開しています。キーワード検索やBLASTによる相同性検索、データのダウンロードが可能です。
LegumeTFDB
主要マメ科モデル植物、ダイズ、ミヤコグサ、タルウマゴヤシのゲノム配列から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在、ダイズの転写因子モデル5,035件、ミヤコグサの転写因子モデル1,626件、タルウマゴヤシの転写因子モデル1,467件が収録されています。 検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。
SoybeanTFDB
ダイズの全ゲノム配列 (Glyma1.0モデル)から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在のところ61ファミリーに分類される転写因子モデル5,035件をエンコードする遺伝子座4,342件が収録されています。 検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。
PepBase
A peptide database with MS/MS spectra
シロイヌナズナの蛋白質修飾部位データベースです。高精度質量分析計を用いたショットガンプロテオーム解析で取得したペプチド配列やスペクトル、修飾部位などの同定情報が収録されています。ペプチド配列、アクセッション番号、蛋白質機能などで検索できます。
Soybean Marker Database
ダイズのマーカー情報のデータベースです。各マーカーにつきEST-SSRの情報としてプライマー配列や対応するEST配列へのリンク情報などが収録されています。連鎖地図から簡単にマーカー情報を取得できます。またキーワードによるサイト内検索も可能です。
KaTomicsDB
ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション（機能性マーカー）、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。
TOMATOMA (Tomato Mutants Archive)
筑波大学 遺伝子実験センターではNBRPトマトの中核機関として、多数のトマト栽培種や近縁野生種の種子を保有しています。また、矮性トマト品種マイクロトムのEMSおよびガンマ線変異誘発系統を大規模に作出しています。TOMATOMAでは、国内外のトマト研究の推進を目的として栽培種、近縁野生種、マイクロトム変異体の種子のリソース提供（有料）を行なっています。系統からの検索、形質からの検索が可能です。NBRP TOMATO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00716) の各種ページからもリンクされています。
Flora of Nepal Database (ネパール植物標本データベース)
東京大学植物標本室に収蔵されているネパール産種子植物の標本を公開しています。収録されている標本数は約46,000点で、このうち4,000点は画像データが掲載されています。学名や地名、採集情報による検索が可能です。
東京大学 総合研究博物館
LSD
Leaf Senescence Database
葉の老化に関するデータベースです。21種の被子植物について老化関連遺伝子と突然変異体、フェノタイプの情報が収録されており、種名や遺伝子、フェノタイプの名称を閲覧しながらエントリーを絞り込む機能や、テキストやBlast検索も提供されています。 老化関連遺伝子ごとに、機能カテゴリや老化への影響の根拠となる文献、配列、マイクロアレイデータ、miRNA相互作用、オーソログ情報がまとめられているエントリーと、変異体ごとに、変異の情報や根拠となる文献、関連遺伝子、フェノタイプの情報がまとめられているエントリーの２つが用意されています。
Center for Bioinformatics, Peking University
RIKEN Plant Hormone Research Network
理化学研究所 植物科学研究センター内の植物ホルモンに関連する研究室で構成される研究ネットワークです。植物ホルモン研究の知識の蓄積や、解析プラットフォームの情報を提供しています。特に「Hormone Metabolic Pathways and Genes in Arabidopsis」では、重要な植物ホルモンごとにその生合成パスウェイと関連するシロイヌナズナの遺伝子の詳細情報が掲載されています。
LIPS
Live Images of Plant Stomata Database
植物の孔辺細胞中に存在するオルガネラや細胞内構造の研究促進を目的に構築されたデータベースです。23,000枚以上の孔辺細胞の光学切片像を収録、公開しています。顕微鏡画像は、各種オルガネラのマーカー蛍光タンパク質を発現するシロイヌナズナ形質転換体を作出、収集し、孔辺細胞の画像を網羅的に取得したものです。各画像につき、ターゲット構造、マーカータンパク、プロモーター、文献等の情報が掲載されています。
Tohoku Univ. Brassica Seed Bank (Brassica 近縁種保存系統)
東北大学大学院農学研究科植物遺伝育種学研究室が保存するアブラナ科植物（キャベツ、ハクサイ、ナタネを含むBrassica属と近縁種）の遺伝資源バンクです。2012年12月現在、地中海沿岸で独自採集されたもの、および海外の研究機関等から集めたもの58属177種758系統が登録されています。学術目的の研究者には無償で分譲種子を提供しています。毎年、種子を更新し、系統保存と特性評価を行うと同時に、種の類縁関係の解析を行っています。
東北大学 大学院農学研究科
KAOS
The Kazusa Arabidopsis data opening site
the Arabidopsis Genome Initiatives (AGI))によるシロイヌナズナのゲノム塩基配列決定国際協調プロジェクトにおいて、かずさDNA研究所で決定したシロイナズナゲノムの配列データを公開しています。分担プロジェクトに参加している各国の研究グループの決定した配列も収集し、かずさDNA研究所で解析を加えた結果をArabidopsis Genome Displayerで公開しています。染色体からの検索、BLAST検索、キーワード検索により、データにアクセスできます。
水質浄化に利用可能な植物データベース
水質浄化能力が研究されている植物の情報を収録したデータベースです。各植物につき、和名や英名、サイズ、バイオマスなどの基本項目、窒素除去速度、リン除去速度、増殖速度などの水質浄化項目、生存温度、適応可能温度などの生息環境項目が掲載されています。検索システムを提供しており、浄化対象水域の環境や浄化方法、植物の大きさや再利用法などの条件を指定した検索が可能です。また植物の和名、学名、英名一覧からの検索もできます。 このデータベースにより、研究者と水質浄化施設の設計者、管理者間の情報交換の円滑化、また植物を用いた水質浄化を手軽に広く利用できるようになることが期待されます。
大阪大学 大学院
微生物系統保存施設
独立行政法人国立環境研究所 微生物系統保存施設では、シアノバクテリア、真核微細藻類、原生動物、絶滅危惧藻類の系統保存と分譲を行っています。また環境問題やその他の研究に重要とされる培養株の寄託の受け入れも行っています。 保存株は各種キーワードや分類別リストから検索が可能で、詳細情報は画像付きで公開しています。目的の株および一部の培地をオンラインで注文することができます。その他、文献検索も可能です。
KU-MACC
神戸大学海藻類系統株コレクション (Kobe University Macroalgal Culture Collection)
KU-MACCでは海藻類培養株の分譲と寄託の受け入れを行っています。本サイトでは、保存株のリストを画像付きで公開しています。その他、培地/培養法や寄託方法、分譲方法、寄託/分譲関連書類が掲載されています。
海洋島植物標本データベース
東京大学総合研究博物館および理学系研究科附属植物園 植物標本室の海洋島植物標本を収録しているデータベースです。現在は主に、植生調査で収集した小笠原諸島産の被子植物と裸子植物、シダ植物の標本データ（採集情報、収蔵場所、同定情報、標本画像など）が閲覧できます。データは順次入力更新が行われます。
microForce (微生物インベントリー)
農業環境中に生息する細菌、糸状菌のデータベースです。「農業環境技術研究所所蔵微生物さく葉標本目録」、「日本野生植物寄生・共生菌目録」、「日本産糸状菌目録」、「除草剤2,4-D分解微生物データベース」、「農業環境技術研究所所蔵標本画像データベース」、「Burkhordelia cepacia近縁菌データベース」などが閲覧できます。またデータベース横断的な検索が可能な総合検索も提供しています。
ReaD&Researchmap
Read&Researchmapは22万件におよぶ国内最大の研究者情報のデータベースです。研究分野、所属機関、またキーワードで研究者を検索し、研究者のプロフィールや業績など様々な情報を閲覧できます。また、簡単な登録で自身の研究者サイトを作成できます。研究者コミュニティや資料配布用キャビネット、研究ブログなど様々な便利ツールで研究者の情報発信を支援します。本サイトは独立行政法人科学技術振興機構が運営し、国立情報学研究所がソフトウェアの研究開発を実施しています。
学会名鑑
学会名鑑は日本学術会議の活動に協力する「協力学術研究団体」を中心に、国内の主要学術団体の各種データを収録しています。財団法人日本学術協力財団が冊子媒体で発行していた『学会名鑑2007～9年版』をもとに約2,100の学会に対して調査を行い、日本学術会議、独立行政法人科学技術振興機構（JST）及び財団法人日本学術協力財団が協力してその内容をデータベース化しました。本データベースでは、分野や50音別によるレコードの絞り込み、また詳細検索を利用したキーワード検索が可能です。
PeakDB
HiCEP Peak Database
マウスES細胞について、高カバー率遺伝子発現解析法（HiCEP法）を用いて得られたピークシグナルとアノテーション（ピークと遺伝子の対応付け）情報を格納したデータベースです。細胞中に発現している約1万5千種類のmRNA情報が収納されています。また、ピークに対応する遺伝子の推定に次世代シーケンサを活用して作成された「HiCEP Peak Databse - NGSeq」もマウスES細胞、ヒト末梢血（単核球）、及びムレミカヅキモの3種について公開されています。
分子プローブライブラリー
放射線医学総合研究所において実際に製造、利用できるPETプローブのデータベースです。検索画面または一覧からプローブを探すことができます。
RaDaP
Radiosynthesis Database of PET Probe (ポジトロン標識化合物合成文献データベース)
文献で報告されたPET分子プローブの標識合成法やPET核種で標識された化合物の情報をまとめたデータベースです。化合物の分類や著者名などのリストから化合物の構造式や詳細情報を容易に検索できます。 文部科学省分子イメージング研究プログラムの一環として放射線医学総合研究所と理化学研究所が共同で開発したデータベースです。
知のアーカイブ
放射線医学総合研究所でこれまでに蓄積されてきた調査研究の成果から、日本社会が直面している環境中の放射能とそれによる健康影響の問題の理解に役立つと思われる内容のものを選びまとめたデータベースです。内容を項目別（線量、影響、リスクなど）に分類し、出来るだけ無加工な状態でデータを公開しています。
Sagace (国内の医学／生命科学データと生物資源をさがす )
Sagaceは国内のデータベースを検索対象とした創薬・疾患研究のための生命科学分野のデータベースの横断検索サービスです。メタデータを活用した検索結果やファセットを用いた検索結果の効果的な絞り込み方法が特徴です。
船戸和弥のホームページ
慶應義塾大学医学部解剖学教室にて船戸和弥博士を中心に作成された医学生教育のためのコンテンツです。解剖学用語、解剖学テキストや脳血管内治療に関するデバイス情報などを日本語で提供しています。
Gray's Anatomy of the Human Body
Gray's Anatomy of the Human Bodyは人体解剖学に関する1247点の版画や、Antrum of Highmore（ハイモア洞）からZonule of Zinn（毛様小帯）に至る13,000項目の記事を掲載している1918年に出版されたHenry Grayの著書です。Bartleby.comのサイトより電子テキストを無料で閲覧できます。
Bartleby.com, Inc.
WikiProject Molecular and Cellular Biology
Wikipediaにて分子細胞生物学関連の主要なテーマに関する記事を作成し完成させることを目的としたプロジェクトです。Gene Wiki (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00834) などいくつかの関連するウィキペディアプロジェクトとも連携しています。
Local Vegetables of Thailand （タイの地域野菜データベース）
タイの在来野菜について名称などの情報を収集、整理し記録する事業を行っています。また、それら在来野菜が有用な生理機能性を示すこともわかり、成分の解明や食品への利用に向けて国内外の研究機関と共同研究プロジェクトを展開しています。
独立行政法人国際農林水産業研究センター
中国東北部大豆遺伝資源データベース
中国東北部大豆遺伝資源データベースに記載されている主要特性のデータは吉林省公主領市の吉林省農業科学院大豆研究センター圃場にて2001年-2003年の3ヶ年にわたり同一栽培条件下（4月播種、畦間65cm、株間8cm 、1株1本立）で収集されたものです。各品種・系統の特性データのうち特に量的な形質については栽培環境によって変動します。また、評価した大豆遺伝資源は、主に吉林省を中心に黒竜江省、遼寧省などの中国東北部原産ですが、一部その他の地域の育成品種・在来種も含んでいます。英語版と中国語版のデータファイル (Excel形式)を提供しています。
中国の主要食料の生産と消費データベース
現時点で入手可能な最新の公表資料を収集し、中国の主要食料の生産と消費の現状をわかりやすい表のかたちであらわしました。
世界の主要食糧の需給状況（統計資料）
開発途上地域での研究や開発に携わる研究者、実務者、学生などが世界の食料需給の現状と中長期的な変化の方向を概観するためのものとして作成した統計資料です。本資料の統計は、国連食糧農業機関のFAOSTAT を利用しています。PDFファイルの形式で提供しています。 世界の主要食料の需給（供給、生産、貿易、自給率など）の現状をわかりやすい地図であらわしています。
Fakara Plants - A database of the plants of the Sahel - （サヘルの植物写真図鑑）
サヘル帯に分布する植物のデータベースです。データベース名にある「Fakara」とは、ニジェール共和国南東部にあるプロジェクトの実証サイトの地域名です。写真、現地名（ザルマ語）ならびに利活用に関わる情報は、ほとんどこの地域で集められたものです。休閑を含む農耕地、放牧地、路傍、さらにはいわゆるタイガーブッシュ（荒地に見られる灌木から成る植生）に至るまでの、主な植物種を網羅しました。
Plants in lowland savanna of west Africa （西アフリカのサバンナ低湿地帯の雑草データベース）
収集した西アフリカのサバンナ低湿地帯の雑草や野生生物の画像をデータベース化したものです。 雑草種は、主にガーナ北部のタマレ地域を中心に広がるサバンナ低湿地において同定したもので、雑草等の抑草技術の開発のための基盤情報として作成しました。
MDAID
内部被ばく線量評価のための代謝データベース (Metabolic Database for Assessment of Internal Dose)
動物（ラット）体内の各組織中の3H、14C濃度を時系列変化のデータセットとしてまとめた代謝データベースです。被ばく形態差や臓器・組織間による放射性物質の体内代謝、動態の違いを簡単に比較表示できます。閲覧は無償ですが利用申請が必要です。現在トリチウムや放射性炭素の動物体内代謝データおよび人被ばく時のバイオアッセイデータの格納を終えて運用試験を実施中であり、今後はCo-60やSr-90など金属性放射性核種の代謝データベース化を進める予定です。
Pu DB
プルトニウム内部被曝に関する動物実験病理データベース (Internal Pu Exposure Animal Pathology Studies Data Base)
プルトニウム内部被ばくによる発がんとリスク評価のために、動物実験を用いて生物学的影響を研究した結果をまとめた病理学的データベースです。閲覧は無償ですが利用申請が必要です。
放射線誘発骨髄性白血病発症の修飾因子に関する動物実験データベースカロリー制限による放射線誘発骨髄性白血病の減少効果
カロリー制限による放射線誘発骨髄性白血病の減少効果を、C3H/Heマウスを用いて研究した結果をまとめたデータベースです。実験マウスの病理組織標本（ヘマトキシン・エオジン染色）の所有状況の情報公開や希望者への提供も行っています。データベースの閲覧は無償ですが利用申請が必要です。
内部被ばく線量算定支援グラフデータベース（体内残留率・排泄率のモデル予測値）
公衆や作業者により、吸入、経口摂取された放射性核種について、摂取量や預託実効線量を計算、評価するためのデータベースです。全身計測、バイオアッセイなどの個人モニタリングの計測値から、体内残留率や排泄率、あるいは、モニタリング測定値当たりの実効線量換算係数をグラフ表示します。
希少疾病治験ウェブ
難治疾患の治療に用いられるオーファンドラッグや補助人工心臓等のオーファンデバイスの中から、患者さんの数が５万人未満他の条件を満たしたものが、厚生労働大臣により希少疾病用医薬品、又は希少疾病用医療機器に指定されます（希少疾病用医薬品指定品目一覧表：http://www.nibio.go.jp/shinko/orphan/kisyoiyaku-hyo1.html 希少疾病用医療機器指定品目一覧表：http://www.nibio.go.jp/shinko/orphan/kisyoiyaku-hyo2.html）。 これらの指定を受けた品目のうち、 このウェブサイトでは医薬基盤研究所で助成金交付等支援した品目の中で、開発企業から提供の協力を得た薬事法の製造販売承認取得に向けて、実施中の臨床試験（治験）に係る情報を患者さん向けに掲載しています。
化学物質の有害性評価書
本ページでは製品評価技術基盤機構 (NITE)で公開されている「化学物質有害性評価書」の要点のみを簡潔にまとめた「CERI有害性評価書」を公開しています。原版の簡素化によりすばやくその有害性を俯瞰し、化学物質のリスクを判断するおおよその手がかりを提供します。評価書は化学物質ごとに作成され、水生生物への影響やヒト健康への影響に関する報告が含まれます。CAS番号やPRTR番号、評価物質名称の分類から目的の化学物質の報告書を探すことができます。
化学物質評価研究機構
FFPRI FluxNet データベース
森林総合研究所フラックス観測ネットワークは、主に森林を対象とした二酸化炭素・エネルギーフラックス (単位時間内に単位面積を通って輸送される物質やエネルギーなどの量)の観測研究を行っています。本サイトでは、微気象学的手法による二酸化炭素フラックス測定を中心とした全国6カ所の試験地の観測データを公開しています。データ利用の際は、利用申請を行う必要があります。
ForestGEN
Forest EST and Genome database
森林に生息する生物のゲノム情報を提供しているデータベースです。スギ、ヒノキなど森林を構成する樹木、菌類や線虫などの微生物、きのこ、その他の森林性生物のゲノム情報を研究者に無償で提供し、森林におけるゲノミクス、集団遺伝、病理、育種研究の発展に貢献することを目的としています。これらの研究成果を森林が持つ有益な機能を最大限に発揮する森林の取り扱い手法の開発や、未知なる遺伝子資源の宝庫である森林からの新たな有用遺伝子の発見につなげる狙いがあります。 現在は、マツノザイセンチュウ、ニセマツノザイセンチュウ、スギ、ヒノキについてのゲノム情報を公開しています。
PRDB
Phytosociological Releve' Database (植物社会学ルルベデータベース)
日本全国で実施された植物社会学的調査法による植生調査区 （ルルベ）のデータです。ルルベデータとして、調査年月日、位置 （地理区画コード）、標高、地形等の立地情報、階層構造、出現種名と優占度などが収録されています｡本データベースを用いることにより、さまざまな植物種の分布を知ることができます｡植物の分布図やルルベのデータは公開準備中です。
インドネシア産カミキリムシ画像データベース
本データベースには、1999～2001年、インドネシア東カリマンタン州のブキットバンキライ保護林の一部 (約300ha、1/5の面積)で収集された約470種のカミキリムシが収録されています。各カミキリムシについて、画像および学名、サイズ、雌雄、分布、記載誌などが収録されており、生態サムネール、標本サムネール、種名リスト、属名からの検索が可能です。カミキリムシ類は森林環境の変化を良く反映するため、地域の一部においてカミキリムシのインベントリーを行うことで、その地域全体の森林環境を推測することができます。
ブナ等結実度データベース
林野庁 森林事務所で調査したブナの結実度の広域分布図を公開しています。調査は「結実割合」「結実木の状況」「種子の内容」の3つの観点から行っています。結実度の度合いは「豊作」「並作」「凶作」「無結実」「欠測」の5段階で、日本地図上に年代別に示されます。ミズナラは近日公開予定です。
収穫試験報告
独立行政法人森林総合研究所は、森林管理局と共同で全国の国有林に200箇所余りの収穫試験地を設定し、定期的な林分調査を行っています。各試験地では、立木を個体識別して間伐・枯死などの消長を記録し、胸高直径や樹高などの精密な毎木調査が行われています。 収穫試験報告は、これら収穫試験地の概況や定期調査の集計結果をまとめたデータ集であり、全文をPDFで提供しています。
収穫表調製業務研究資料
林野庁は1949年に制定した「同齢単純林の林分収穫表調製要綱」に基づき、1969年までに、本州以南の国有林スギ、ヒノキ、アカマツ、カラマツを対象とする収穫表40種類を作成し、公表しました。収穫表調製業務研究資料では、標準地の選定と調査、データの整理、地位区分、収穫表構成式の決定、収穫表の編成、適用上の注意点までの詳細な説明、さらに収集された林分データや構成式の係数なども収録されています。第36号まで （35号が欠番のため全35冊）の全文を、PDFで提供しています。特に、第1号 (岩手アカマツ)、第12号 (信州カラマツ)、第27号 (関東ヒノキ)は記述が非常に詳細で、国内外の豊富な文献が引用された質の高いレビューと言えます。
森林総合研究所さく葉標本データベース
森林総合研究所の所蔵する植物標本をデータベース化したものです。現在、本所さく葉標本庫(TF)および多摩森林科学園さく葉標本庫（TFA）の所蔵分のうちのおよそ4万3000件が登録されて、検索可能となっています。また、木材標本庫(TWTw)との横断検索も可能です。 これらの植物標本はおもに歴代の職員が収集したもので、1920年代からの古い標本もあり、採取地も北海道から沖縄まで広がっています。 また、一部には外国産の標本も含まれています。
FDDB
森林動態データベース (Forest Dynamics Database)
森林総合研究所が日本各地の大型天然林試験地で長期に渡り観測した樹木の生存と生長のデータを収録しています。成木、稚樹、実生、種子、落葉落枝、林床植生、地形、環境に関する詳細なデータを閲覧、ダウンロードできます。ダウンロードにはデータ利用申請が必要です。
東南アジア産材の木材特性データベース (The Database of Properties of South-east Asian Timbers)
森林総合研究所が長期間に渡る調査を行い蓄積してきた、東南アジア11地区、パプアニューギニア2地区産の32科68属93種の針葉樹、広葉樹材について、容積密度、収縮率、吸水量などの物理的性質、乾燥や切削などの加工適性、曲げ強度などの強度的性質、パルプ特性などの化学的性質に関するデータを収録しています。また、木材の横断面、柾目面、板目面の3断面を光学顕微鏡で撮影した切片写真や、木材表面のカラー写真も収録しています。本データベースは、木材を建築材料、家具材として利用する場合や合板や集成材などをつくる場合など、材の用途にあった樹種を選択する際の基礎的な資料として活用できます。
微生物遺伝資源データベース
森林総合研究所では「林野庁において実施する森林・林業に関するジーンバンク事業」として、森林・林業に関わる樹木病原菌、木材腐朽菌、菌根菌、昆虫病原菌、きのこ類の探索・収集、評価、保存、配布を行っています。 収集した微生物遺伝資源は専門家による同定や特性調査が行われ、同定された菌株は安定した状態で保存・維持管理されています。保存微生物遺伝資源に関する情報はデータベース化し、本サイトで公開しており、微生物種や採集地、キーワード等により検索できます。
FOLIS
林業・林産関係国内文献データベース (Japanese Forestry Literature Information System)
林業・林産関係の文献の書誌情報を収録しています。キーワードによる簡易検索と、複数条件を入力する詳細検索が可能です。森林総合研究所の図書館に収蔵されている国内刊行の学会誌、雑誌の中から約400誌を独自に選び、その中から林業・林産関係の論文や記事を選出しています。
樹木データベース
樹木データベース（樹木DB）は、広葉樹林化プロジェクト（研究プロジェクト「広葉樹林化のための更新予測および誘導技術の開発」）の一環として、森林総合研究所の研究者を中心とするプロジェクトメンバーによって構築されています。現在は広葉樹林化のための樹木の情報を提供することを目的としていますが、将来的には日本産樹木の総合的なデータベースとして活用されることを目指しています。一般的な文献情報をベースにして、現場で樹木をよく観察している研究者の視点で、樹木の各特性をデータ化しています。
日本竹筒ハチ図鑑
ハチの中には竹筒のような細長い空間に巣を作るものがいます。環境によって巣を作る種類が違うので、モニタリング調査や環境教育に使われています。本データベースでは竹筒に巣を作る約30種のハチやその天敵をご紹介します。
多摩森林科学園と関東・中部地方のチョウ
多摩森林科学園で記録されたことのある73種を含めた関東・中部地方に生息する約150種のチョウを解説します。
無花粉（雄性不稔）スギのデータベース
農林水産省の新たな農林水産政策を推進する実用技術開発事業「スギ雄花形成の機構解明と抑制技術の高度化に関する研究」（平成18〜20年度）の中で、無花粉（雄性不稔）スギの特性解明を進め、そのデータベースを構築しました。注：PDFが表示されます。
生物学的製剤基準
厚生労働省告示に基づき国立感染症研究所検定検査品質保証室で作成した生物学的製剤基準をPDFファイルから閲覧出来ます。医薬品ごとに詳しい製法や試験、貯法などの情報を閲覧出来ます。
病原体検出マニュアル
感染症法に基づいて感染症の報告がなされる際の検査の標準化のために、国立感染症研究所と全国地方衛生研究所の共同作業で作成された検出マニュアルです。感染症ごとに検出マニュアルをPDFファイルから閲覧出来ます。
百日咳データベース
百日咳の2013年3月までの発生状況を都道府県別に閲覧できるデータベースです。また報告症例の週別分布、都道府県別報告数分布、年齢別分布、年齢別予防接種歴別報告数分布、検査診断の有無とその内容についてのサマリーが閲覧出来ます。
Hib(b型インフルエンザ菌)感染症発生データベース
b型インフルエンザ菌感染症の発生状況を閲覧できるデータベースです。医師による自発的登録により報告された患者の年齢や発症月例、診断名、薬剤使用状況等のサマリーが閲覧出来ます。
症候群サーベイランス
感染症の症状を、感染症の早期探知を目的として、外来・入院 （医療機関から得られた症状のデータ）、救急車搬送 （救急車の出動記録に記載された症状のデータ）、薬局 （毎日の処方状況から特定の薬効分類での処方箋枚数を利用）、OTC (特定の疾患の一般用医薬品の売り上げを利用）、保育園 （保育園の欠席者、発症者のデータ）、学校欠席 （小中高校の欠席者のデータ）、高齢者施設 （高齢者施設の発症者のデータ）といった様々な情報源から収集し、項目ごとにサーベイランスを行っています。これらのうち、薬局 （インフルエンザの推定患者数）、学校（学校欠席者情報収集システム）についてはサーベイランスの結果を閲覧することができます。
IASR
Infectious Agents Surveillance Report (病原微生物検出情報)
最新の病原微生物検出に関する情報を閲覧できるサイトです。全国の地方衛生研究所と検疫所から送られる最新の病原体検出報告に基づいて作成されたグラフ・集計表および速報記事と、定期刊行物である月報に掲載される特集・国内情報・外国情報記事を閲覧することができます。
感染症発生動向調査 週報（IDWR）
感染症法（平成11年施行）に規定された疾患の患者の発生動向を調査、集計したサイトです。最近の注目すべき感染症情報や病原体情報、海外感染症情報、個々の感染症の概要や週別、月別に過去10年間の比較グラフを閲覧することができます。
感染症 画像・映像アーカイブ
国立感染症研究所の所有する病原体や感染症研究関連の画像や映像を閲覧できるサイトです。病原体の電子顕微鏡写真が掲載されています。
抗生物質標準品交付リスト
国立感染症研究所が製品交付する日本薬局方の抗生物質標準品のリストです。使用目的の原則は「日本薬局方に収載の抗生物質の原薬（標準品候補品を含む）及びそれらを使用した各種製剤の製造及び品質管理（製品開発にかかわる公的な申請データに必要な場合を含む）に使用すること」が交付基準であり、使用目的が合致していても、転売等での申請は不可のため、必ず実際の使用者が申請することが必要です。
感染症流行予測調査
感染症の流行予測の調査をまとめたサイトです。感染症ごとの集団の抗体保有状況や予防接種状況を調査結果や、各種の疫学資料と合わせて検討し予防接種事業の効果的な運用や疾病の流行を予測することを目的としています。報告は報告書やグラフの形式で得られます。予防接種に関する情報も、法やガイドラインから、Q&Aや予防接種スケジュールを閲覧することができます。
感染症の情報 (感染源や特徴で探す)
感染症の情報を感染源や特徴から検索できるデータベースです。感染源や特徴から含まれる疾患を特定し、その疾患の臨床症状、検査と診断法やサーベイランスを調べることができます。 本サイトとともに「疾患名で探す」 ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01318 )も提供されています。
感染症の情報 （疾患名で探す）
感染症の情報を疾患名から検索できるデータベースです。感染症の基本情報から、最新の疫学情報を世界保健機構（WTO）、 アメリカ合衆国・疾病対策センター（CDC）、国際獣疫事務局（OIE）などから邦訳も含めて得ることができます。本サイトとともに「感染源や特徴で探す」 ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01317 ) も提供されています。
HESS
有害性評価支援システム統合プラットフォーム (Hazard Evaluation Support System Integrated Platform)
HESSはラットを対象とした化学物質の反復投与毒性試験データ及び毒性にかかわる作用機序情報などを集積した毒性知識情報データベースとラットやヒトなどのほ乳類における化学物質の代謝情報から構成される知識情報データベースの2つのデータベースを備えたシステムです。これら2つのデータベースから必要な情報を抽出し、各化学物質間のデータの比較や化学物質の分子構造、物理化学的性質などによる化学物質の分類 （カテゴリー化）を行うことを支援し、カテゴリーアプローチによる未試験化学物質の反復投与毒性の評価を支援することが可能です。 ユーザー登録後にメールアドレスに配信されるURLからHESS及びHESS DBをダウンロードできます。
GlycosideDB
糖鎖に関する配糖体のデータベースです。IUPAC名、SMILES、構造などの情報を収録しています。各データはグリカンとアグリコンとの結合状態により分類されています。また配糖体構造やグリカン構造、アグリコンリスト、日本名リストからも検索できます。
横断検索 - JCGGDB
日本糖鎖科学統合データベースの横断検索サイトです。糖鎖研究に関するリソース、遺伝子、タンパク質、糖鎖構造、分析結果などのデータベースから、情報を横断的に検索できます。
PDBj-BMRB portal site
BMRBへのデータ登録を目的とした、マニュアルや各種ツール、検索機能を提供するポータルサイトです。
KOMICS
Kazusa Metabolomics Portal
質量分析によるメタボローム解析とメタボロームを活用したオミクス解析のためにかずさDNA研究所でこれまで開発されてきた解析ツールやデータベースを公開しているポータルサイトです。LC-精密質量MSの強力な解析ツールPowerGetや、世界最大級のデータ量を持つ分析生データのレポジトリMassBase等、ユニークなリソースが整備されています。また、メタボロミクス関係のリソースへのリンク集など、これからメタボロミクス分野へ参入する研究者にとっても役立つ情報を提供しています。
Metabolonote
メタボロミクス実験の詳細な実験手法に関する情報 （メタデータ）のみを専門的に取り扱うデータベースです。セマンティックMediaWikiを利用したシステムにより、ユーザー登録（無料）をすることでだれでも気軽に各自のメタデータを記録・編集することができます。 メタデータを実際のデータ （生データファイルや、ピークアノテーション情報、ピークのスペクトル情報など）と切り離して管理することにより、１）実験後すぐに、さらには実験前であっても、メタデータを記載することができるため、実験設定の詳細を忘れてしまう前に記録に留めておくことができます。また、２）一度記録したメタデータは、論文や実際のデータを管理するその他のデータベースから共通して参照できるというメリットがあります。 Metabolonoteのコアシステムは公開されているため、ユーザー独自のMetabolonoteをLIMSや公開サイトとして構築できるほか、フォーマットを独自に定義することで、メタボロミクス以外のデータ管理についても使用することが可能です。
TOT-DB
The Theileria orientalis Genome Annotation Database
寄生性原虫Theileria orientalisの全ゲノムを対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。 病原性の強いT. parvaやT. annulataとのゲノム比較ができます。またゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同性検索やデータの一括ダウンロードも行えます。全ゲノムの配列はホールゲノムショットガンと手動のギャップクロージング、自動および手動のアノテーションとを組み合わせて決定されています。
北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター
沿岸海域有害赤潮広域分布情報
日本沿岸の有害赤潮プランクトンの分布情報を収集してデータベースに収録し、公表していています。現在、平成23年5月以降のデータが収録されています。
西海区水産研究所魚類標本コレクション
（独）水産総合研究センター西海区水産研究所魚類標本コレクションで所蔵する標本目録です。本コレクションは東シナ海・黄海産の魚類標本が充実していることが特徴で、登録標本に由来するDNA用組織片および魚体のデジタル画像の収集も行っています。
南半球の魚図鑑
（独）水産総合研究センター開発調査センターが発行した魚類図鑑のうち、絶版 (完売)となった３種の図鑑に掲載されている全869種をデジタル化し全文掲載（和英併記）しています。【1.パタゴニア海域の重要水族、2.スリナム･ギアナ沖の魚類、3.スリナム・ギアナ沖の甲殻類および軟体類】
東シナ海・黄海のさかな
西海区水産研究所で1986年に発行した図鑑「東シナ海・黄海のさかな」に掲載された330種のうち、代表的な72種を抜粋して、HP上で図鑑の記述（特徴、分布、成長、生殖、漁獲、利用、地方名など）、ならびに標本写真を閲覧できるようにしています。
NPOTDB
西部北太平洋に分布する魚類の耳石による種類同定法
本データベースは、西部北太平洋に分布している主要な魚類116種の耳石の形態を詳細に記述したものです。これを用いることにより、採集の過程で外形が壊れた魚類や、鯨類等の大型捕食者の胃内容として出現する消化が進んだ魚類を、種レベルで同定することが可能になります。
日中韓水産用語集データベース
日中韓の三つの水産研究機関の協力によって刊行された「韓・中・日水産用語集」を基に作成したデータベースです。水生生物名及び水産に関する一般用語の検索及び閲覧が、日本語、中国語、韓国語及び英語で可能となっています。
栄養塩・クロロフィルデータベース
（独）水産総合研究センターが水産研究所観測船を用いて実施した調査により得られた二酸化炭素吸収に関与する植物プランクトンに関連する調査データ（栄養塩、クロロフィル量、水温、塩分など）を収録しています。このデータベースは環境省予算により実施された「太平洋域の人為起源二酸化炭素の海洋吸収量解明に関する研究」により構築されました。
A-line Database
（独）水産総合研究センターが親潮域の海洋学的・水産学的諸過程の変動機構を解明するため、1988年以降年間数回、親潮域を横断する海洋観測定線で行っている海洋環境と生物パラメータの観測データ（CTDデータ、栄養塩、クロロフィル、プランクトンネットデータ）を公開しています。
N-line Database
（独）水産総合研究センターが2000年から行っている北海道オホーツク海沿岸・沖合域での定線モニタリング調査のデータ（クロロフィルa、栄養塩、プランクトンネット現存量）を公開しています。
KNApSAcK DietNavi (病気予防データベース)
食品や二次代謝物と健康との繋がりを整理したデータベースです。 肥満、高血圧、高脂血症などの生活習慣病を防ぐにはどのような食材や成分が有効であるかを文献情報とともに提供しています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK FoodProcessor (加工食品データベース)
加工食品の成分に関するデータベースです。日本国内で製造されているレトルトカレーの材料について、成分のオントロジー、学名などを収録しています。成分リストからの検索や、製造者名による検索が可能です。県ごとの検索もできます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK DietDish (食べ合わせデータベース)
健康に役立つ食品の食べ合わせを示すデータベースです。食品の組み合わせによる効能や文献情報が収録されています。食品、分類リスト、キーワード入力による検索や、症状や効能からの検索が可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK WorldMap (世界の薬用植物データベース)
薬用植物とその使用国（217カ国）の情報を収録したデータベースです。植物ごとに、それぞれ種名や効果、文献情報を含んでおり、国名や種名からの検索が可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK Tea Pot (ハーブデータベース)
健康促進や薬用効果のある植物のデータベースです。学名、一般名、原産地、日本伝来、効能、参考文献の情報が収録されています。種名による検索や一覧表示からのブラウズが可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity)
生体由来の代謝物質にみられる生物活性のデータベースです。生物種と健康、薬用、効能の情報とが関連づけられています。学名による検索、全体表示によるリストからのブラウズが可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK Motorcycle
薬用植物における有効成分の生合成過程を把握する目的で、植物の二次代謝に関わる酵素－酵素反応をまとめたデータベースです。文献情報をもとに、酵素のアミノ酸配列と代謝酵素反応を関連づけています。反応ID、酵素名、遺伝子名、生物種によるアミノ酸配列の検索の他、BLASTPを使用したアミノ酸配列データベースとの比較も可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK MetalMine
金属イオン結合蛋白質に関するデータベースです。金属イオン、アミノ酸残基、および金属結合部位に含まれたヘテロな分子など、手動でキュレートされた情報を収録しています。さらに、PDB idをクリックすると金属結合サイト構造が表示されます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK KAMPO
日本薬局方に基づく漢方生薬配合および生薬に関するデータベースです。漢方名検索、あるいは、生薬名（またはグループ）検索により、関連漢方の生薬配合一覧、漢方薬一覧、また効能や様々な処方についての詳細情報が調べられます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb データベース)
薬草を原料としたインドネシアの伝統的な生薬JAMUに関するデータベースです。JAMUのリストから検索することで、効能や配合生薬成分とその詳細情報を、また生薬のリストから検索することでJAMUの処方とその詳細を調べることができます。各生薬の代謝物情報へのリンクも提供されています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK Lunch Box (食用データベース)
食用生物の食履歴、効能などに関するデータベースです。収録されている情報は文献情報に基づいており、食用生物の学名、分類名、原産、日本伝来、食用、健康促進/薬用、文献情報、加工品に関する情報を調べることができます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
H-EPD
H-Inv Extended Protein Database (ヒトタンパク質データベース)
H-EPDは、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列のデータを提供しています。H-InvDB独自の転写産物データより予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot及びRefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定に利用できます。
独立行政法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
Recount DB
RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。
NBDCヒトデータベース
本サイトはヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴い産生されつつある膨大な量のヒト関連データを整理・格納し、個人情報の保護に配慮しつつデータの共有や利用を推進するためのルールや仕組みを備えています。 科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)により設立され、国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)との協力によりデータの公開を進めています。 本サイトを通じてヒトに関するデータの利用及びヒトに関するデータの提供を行なうことができます。
SSBD
Systems Science of Biological Dynamics
SSBDは生命動態の定量データとその取得に利用した動画像を再利用が容易なかたちで包括的に管理することを目的に構築されたデータベースです。単一分子、細胞、細胞核などのスケールにおける様々な手法により取得された様々な生物種のデータを収集しています。手法としては実験解析およびコンピュータシミュレーションともに対象としています。 定量データについては、新規に開発されたBiological Dynamics Markup Language (BDML)というデータフォーマットに従って表現されています。また動画像については、OMEROという世界標準になりつつある生命科学分野の動画像の管理システムを利用して管理されています。 本データベースに収録されているデータセットはダウンロード可能であり、各々の利用許諾にもとづいて利用することができます。
KONAGAbase
KONAGAbaseはコナガ (Plutella xylostella) のゲノムデータベースです。本データベースは現在、BLAST、HMMER3、および、Blast2GOによる有用なアノテーション情報とシーケンスデータを提供しています。
Brown planthopper Maps & Markers Database
トビイロウンカ マップ・マーカー データベース
イネの害虫であるトビイロウンカ（BPH, Nilaparvata lugens）の遺伝子連鎖地図やマーカーを参照できます。現在、474のSSR、43のSNP、1つのSTSマーカーから構成されています。
SELIMIC
SafEty information Literature in IMIC (国内医薬品安全性情報のデータベース)
国内で定期的に発行される医学・薬学雑誌から医薬品の安全性情報を、医薬品の安全性情報を普遍的に安全性の収載頻度が高い臨床系の雑誌を中心に抽出し提供しているデータベースです（有料）。
中毒情報データベース
家庭用品、自然毒による急性中毒に関する毒性や症状、処置などの情報が掲載されているデータベースです。保健師、薬剤師、看護師などの医療従事者が市民に対応することを想定し、作成されています。
日本中毒情報センター
医薬品と対応病名検索システム
「標準病名」と医療用医薬品添付文書の「効能効果」を対応させて検索できるデータベースです。検索には「商品名」の他、「一般名」「病名」「薬効分類」「ICD10」などから検索することが出来ます。なお、添付文書の「効能効果」と対応する「標準病名」の結び付けは、一般財団法人日本医薬情報センター (JAPIC)が、専門家による妥当性の評価を受けて独自に作成したものです （有料）。
一般財団法人日本医薬情報センター
医薬品情報ナビ
医療用医薬品の医薬品名 （商品名）から、医薬品の製造・販売・発売会社のホームページの参照、添付文書PDFの参照、JAPIC提供の医薬文献データベース「iyakuSearch」 (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00878) の検索結果を参照できるリンク集です。
マスタデータの提供 (添付文書関連データ、JAPIC辞書データ)
国内の医薬品添付文書情報や医薬文献情報を基本とした各種データベースや医薬品名・副作用用語・疾患名の辞書データを提供しています （一部有料）。
ダウンロードできる研究データ (放射線影響研究所)
放射線と疾患に関わる解析データやそれらのデータを説明した文章を提供しているサイトです。
公益財団法人放射線影響研究所
医薬品に関する情報
日本国外の主な規制機関、国際機関等から出される医薬品に関わる重要な安全情報を収集、検討し、日本語の概要等をつけ迅速に提供することを目的に作成されています。
国立医薬品食品衛生研究所
循環器疾患データベース
循環器疾患に関する統計データ （患者数、死亡率、医療施設数等）とそれらに関する概要や提言をまとめたデータベースです。
日本心臓財団
実地診療のためのデータベース - 主な疾病に関するデータ2011
主な疾病の患者数の推移やそれらに掛かる医療費、国別死亡数の割合を表形式やグラフにして提示したページです。
NCD
National Clinical Database 外科系の専門医制度と連携した症例データベース
外科系の専門医制度と連携し、各施設や学会から集められた症例データをまとめて管理しているデータベースです。本システムを利用できるのは利用者登録をした医師の方に限られます。
一般社団法人National Clinical Database
JACLiD
鍼灸医療総合文献データベース
鍼灸医療に関わる学術研究論文の書誌情報 （タイトル、著者名、掲載雑誌名、年・巻・号・ページ等）を提供するデータベースです。著作権上問題のない一部の論文は全文の閲覧が可能です。医療に関わる臨床家、研究者、教育関係者にかぎらず、東洋医学に関心をもつ全ての人を対象としています。
公益社団法人東洋療法学校協会
筋ジストロフィー患者のための遺伝子データベース
福山型筋ジストロフィーの遺伝子データを登録・管理するデータベースです。データは原則公開されず、日本筋ジストロフィー協会が運営する「神経・筋疾患医学情報登録・管理機構」で厳重に管理されます。登録されたデータは個人情報と医学的データに分けられ、前者は患者さんに治験情報を提供するために利用され、後者は今後の医療に役立てられます。
社団法人日本筋ジストロフィー協会
KiTSOSY
病害虫雑草関連文献データベース
日本国内の農林業病害虫雑草関連の文献について、学会誌、研究会誌（関東病虫研報など）、総説誌（植物防疫など）、都道府県研究機関報告、業界誌（今月の農業、農薬、農薬時代、農薬ガイドなど）等、約3万件の書誌情報を収録しています。キーワードにより目的の書誌を検索できます。
カバークロップ導入支援データベース検索システム
収穫対象とならず、土壌侵食の防止や有機物の供給などを目的として、主作物の休閑期や栽培時の畦間などに栽培されるカバークロップの利用情報を収録したデータベースです。品種、商品名、利用目的、栽培管理方法などの情報が、カバークロップ名、科名、利用地域から検索できます。
雑草生物情報データベース検索システム
雑草の種別に、発生・被害情報、生態的特性や生物間相互作用に基づく生物情報、防除等に関する情報を整理、蓄積したデータベースです。「雑草情報検索システム」「除草剤抵抗性雑草検索システム」「外来雑草早期警戒システム 」で構成されています。各草種目の学名、英名、問題となっている点、除草剤についての情報、外来雑草の重要度ランキング（侵入警戒度、防除優先度、被害度）が検索できます。
ウンカのリアルタイム飛来予測
イネの重要害虫であるウンカの海外から日本への飛来をリアルタイムに予測するシステムです。翌日または翌々日に日本のどの地域にウンカが飛来するかを予測できます。また飛来源も分かります。
ダイズの病害虫診断
ダイズに関連する病害虫を診断するためのサイトです。病害虫を発生部位ごとの画像で紹介しているほか、ウイルスやかびなどの病原や害虫の基本情報を記載しています。病名、害虫名の一覧から調べることも可能です。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター
電子顕微鏡で見た病原体
病原体の電子顕微鏡像を集めたデータベースです。病原体に感染した組織の光学顕微鏡像、電子顕微鏡像を収録しています。ウィルス、真菌、原虫など病原体の種類から検索できます。
監視伝染病・発生情報（2004年以前～）
家畜伝染病と届出伝染病について、1998年から2008年までの発生件数が、県ごと、および月ごとに登録されています。
APDB
Apple Pest Database (リンゴ害虫生態画像データベース)
本データベースは、リンゴを加害する害虫の写真を中心に、形態・生態、被害を受けたリンゴの写真、防除などの情報を掲載しています。害虫名リスト、リンゴの加害部位別害虫名リスト、収獲果実の被害要因から検索することができ、リンゴ園で発生した害虫をすぐに同定し、適切な防除に役立つことを目的としています。リンゴを加害する害虫は250種以上におよび、本データベースでは平成19年時点で147の害虫種のデータを登録しています。
飼料作物の害虫目録
試料作物の害虫と加害作物をまとめたデータベースです。「日本牧草害虫目録 農林水産省 畜産試験場資料No.43-13 1969年3月」、「農林有害動物・昆虫名鑑 日本応用動物昆虫学会編 1987年12月」、「農林有害動物・昆虫名鑑 増補改訂版 日本応用動物昆虫学会編 2006年6月」、「農林有害動物・昆虫名鑑 増補改訂版」などをもとに作成されています。昆虫以外の飼料作物に害を及ぼす無脊椎動物および脊椎動物についても掲載しています。加害作物は加害作物名が明らかなものは記述し、それ以外はマメ科牧草、イネ科牧草、トウモロコシなどと大まかな分類名で記述されています。
体細胞クローン技術に関する情報
国内で生産された体細胞クローン牛およびその後代牛に関するデータを集めたデータベースです。病理学的、臨床的データ集、体細胞クローン家畜や胚における分子生物学的な特性調査のためのマニュアル、核移植胚作出と胚の品質評価のためのマニュアルなどを収録しています。
青果ネットカタログ
野菜、果物、米、茶などの農作物一品ごとの生産出荷情報を登録、公開するサイトです。各情報は商品についた８ケタの「カタログNo.」「産地」「品目」「栽培方法」などから検索することができます。
酵素一覧
日本国内で市販されている酵素とその用途に関するデータベースです。タンパク質およびアミノ酸、糖質、脂質に関連する酵素や酸化酵素について、商品名、起源、用途、酵素メーカー名を収録しています。
MRV
Microbial Responses Viewer
食品環境における微生物の増殖/非増殖データのデータベースです。国際予測微生物データベースComBaseに収録されているデータから抽出した各種微生物の情報が、培地ベースのデータと食品由来のデータとの区別をつけて検索できます。任意の環境条件（温度、ｐH、水分活性）における増殖速度の情報も同時に検索することが可能です。
組換え農作物の安全性評価のための食品成分データベース
様々な地域で栽培された水稲（玄米）と大豆について、各成分を分析したデータベースです。品種、産地、収穫年、成分項目、測定値、試験方法が一覧になっています。品種、産地、成分項目、収穫年での絞り込みができます。検索結果のテキストファイルをダウンロードすることも可能です。
ニュートリゲノミクス機能性評価データベース
各種食品成分の動物試験による機能性評価法、およびその結果（DNAマイクロアレイ解析、生化学的データなど）を収めたデータベースです。DNAマイクロアレイを用いて動物組織での遺伝子発現を網羅解析するトランスクリプトミクスなどにより、食品成分の作用を詳細に調べています。実験の詳細の閲覧、実験データのダウンロードが可能です。
iNTRODB
Integrated Neglected TROpical disease DataBase
顧みられない熱帯感染症 (NTDs)の原因病原体に関する情報を統合した創薬研究向けのデータベースです。原因病原体であるトリパノソーマ科寄生原虫の全遺伝子情報、蛋白質構造情報、関連化合物情報が収められています。PDB, ChEMBL, Gene DBなどのリソースをもとに構築されています。ユーザは蛋白質の構造の類似性や配列相同性などの絞り込み条件を用いて、蛋白質リストから創薬標的候補の探索が可能です。 日本の産学官の6つの機関と国際NPOで構成された共同研究の一環として開発されたデータベースです。
Coelacanth Genome Project
シーラカンスのゲノム情報を集めたデータベースです。Gbrowseによる閲覧、Blast検索、キーワード検索が可能です。また、頭部のＣＴ画像や３次元像なども収録されています。
Strawberry GARDEN
Strawberry Genome And Resource ENtry
食用イチゴのゲノムに関するデータベースです。栽培品種であるFragaria x ananassaのゲノムを近縁野生種４種と比較し、公開されている１品種のゲノム上にマップして得られた遺伝子の、シーケンスやアノテーション情報を収録しています。データはキーワードやBLASTによる検索が可能です。マーカーリストのデータベースも含んでいます。
ARTRA
Arabidopsis DNA Microarray probe information
タカラバイオ株式会社との共同で作製した、シロイヌナズナのマイクロアレイ情報を提供しているデータベースです。DNAマイクロアレイやRNAi設計に利用できる転写産物や遺伝子特異的な配列を格納しています。
J-CHECK
化審法データベース
J-CHECKは、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」にかかわる厚生労働省、経済産業省及び環境省が、化学物質の安全性情報の発信基盤の充実・強化を目指して化学物質の安全性情報を広く国民に発信するため作成するものです。改正化審法対象物質リストの他、公示物質や既存化学物質、届出不要物質のリスト、国が保有する化学物質の有害性情報等を収録しています。CAS番号、化学物質名称、法規制分類に加えて化学的条件、生物への毒性、発がん性などの観点による検索が可能です。
PcsEST
KAMEMUSHI (PS: oriental stink bug) EST
果樹の害虫として知られるチャバネアオカメムシ （Plautia crossota stali）のESTデータベースです。データはメス成虫の中腸から構築された2つのcDNAライブラリに由来しています。クローンごとに、配列情報に加えてGene Ontologyによるアノテーション情報や、NCBI-NRデータ、ショウジョウバエ及び線虫のデータとのホモロジー検索の結果が掲載されています。キーワード検索、オントロジーによる絞り込み、またBLAST検索が可能です。
PVcDNA
YUSURIKA cDNA
ネムリユスリカ (Polypedilum vanderplank) のESTデータベースです。データは幼虫全体から得られたｃDNAライブラリーに由来しています。クローンごとに、配列情報に加えてGene Ontologyによるアノテーション情報や、NCBI-NRデータ、ショウジョウバエ及び線虫のデータとのホモロジー検索の結果が掲載されています。キーワード検索、オントロジーによる絞り込み、またBLAST検索が可能です。 ネムリユスリカの幼虫は乾燥無代謝休眠状態となることで知られています。
YOKOBAI (NC: green rice leafhopper) EST
ツマグロヨコバイ (Nephotettix cincticeps) のESTデータベースです。 データは、様々な発生段階や組織から構築されたcDNAライブラリーに由来しています。クローンごとに、配列情報に加えてGene Ontologyによるアノテーション情報や、NCBI-NRデータ、ショウジョウバエ及び線虫のデータとのホモロジー検索の結果が掲載されています。キーワード検索、オントロジーによる絞り込み、またBLAST検索が可能です。
薬用植物総合情報データベース
「薬用植物総合情報データベース」は、漢方薬・生薬に用いられる薬用植物に関するさまざまな情報を、簡単な操作で検索・閲覧することができる、薬用植物の「総合図鑑」です。 薬用植物の情報、生薬の情報、成分・遺伝子に関する情報、栽培法に関する情報等に加え、国内に流通する代表的な生薬を「モデル生薬」として集め、これらの成分等について実際に測定、解析したデータを収載しています。また、薬用植物の栽培や増殖に関する情報、生薬の内部形態の情報なども充実しています。
AgrID
農畜産物ゲノム情報データベース (Agrigenomics Information Database)
AgrIDでは、農畜産物のゲノム情報のポータルサイトとして、主に農林水産省が進めたゲノム関連プロジェクトで作成されたデータベースをまとめています。またNIAS横断検索では、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の連携により、各省及び国外の生命科学系データベースを、特許や文献情報とあわせて一括横断検索できます。
FANTOM
FANTOMは、ゲノムDNAから転写されているRNAの機能をカタログ化することを目的として2000年に発足した理化学研究所が主催する国際研究コンソーシアムです。これまでに第４期に渡って活動が行われており、本サイトから過去のFANTOMプロジェクトで整備されたリソースにアクセスすることができます。 第５期 (FANTOM５)では、ヒトの正常細胞を含む約1000の細胞や組織ごとに1分子CAGE法を用いてプロモーター及びエンハンサーの活性が測定され、2014年にはその網羅的解析により得られたリソースデータが公開されました。
XS-TBR
つくば生物医学資源横断検索システム
つくば地区の研究機関 （医薬基盤研究所薬用植物資源研究センター 、筑波大学、農業生物資源研究所、理化学研究所） が保有する生物医学資源のデータベースを横断的に検索するシステムです。薬用植物、ヒト組織、マウス凍結保存胚、微生物、植物種、動物由来細胞株、ヒト由来細胞株を検索対象としています。保有機関や資源の名称などから検索できます。
つくば国際戦略総合特区
MiFuP
Microbial Functional Potential (微生物遺伝子機能検索DB)
MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。 機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。 搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報（機能を発揮するメカニズム、実用化例等）を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。
HGVD
Human Genetic Variation Database
日本人健常者のゲノム配列を解析したデータベースです。難病の原因遺伝子同定や、見いだされた遺伝変異が疾患発症に関わるかの評価分析のための活用を目的として構築されました。1,208検体のエクソーム解析情報や3,248検体によるコホート研究の結果をもとに得られた遺伝変異の情報が掲載されています。 HGVDブラウザーでは、対立遺伝子、遺伝子型頻度、サンプル数、coverageおよびeQTLなどの情報を閲覧することができます。
病気の解説 難病情報センター
難病と呼ばれる疾患のうち，厚生労働省が難治性疾患克服研究事業（臨床調査研究分野）の対象としている疾患を中心に解説したページです。
難病医学研究財団
NCBNカタログデータベース
国立高度専門医療センター （ナショナルセンター）で収集したバイオバンク試料を検索することが出来るデータベースです。担当する疾患 （がん、循環器疾患、精神・神経・筋疾患、感染症・代謝疾患・免疫異常症、成育疾患、老年病）の異なる６つのNC （ナショナルセンター）から、高精度な臨床情報を備えた高品質の試料データが提供されています。アクセス可能な生体試料については、 http://www.ncbiobank.org/sample.html#sample02 から参照できます。
国立高度専門医療研究センター
TradMPD
伝統医薬データベース
生薬や漢方薬、および生薬に含有される化合物についての各種情報のデータベースです。生薬の学術情報や関連植物の遺伝子情報、また漢方方剤の構成生薬、文献情報や疾患別頻用漢方方剤を調べることができます。さらに、生薬や漢方薬・生薬含有化合物の化学分析結果と生物活性試験の結果を収録しています。
KNApSAcK Bicycle
KNApSAcK Bicycle Algae Metabolic Pathway
藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベースです。94種類の藻類に存在する96,641個のタンパク質の情報と、これらのタンパク質が関与する化学反応 (614反応)の情報が調べられます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
ヒト組織バンクデータベース
患者への十分な説明と同意のもとに摘出されたヒト組織を匿名化などの個人情報保護に係る手続きを厳格に行った上で、研究者に分譲しています。
独立行政法人 医薬基盤研究所
日本人由来Ｂ細胞株・ＤＮＡバンクデータベース
約2,000名の日本人由来のＢ細胞を不死化した細胞株と、同細胞株から抽出されたDNAを分譲しています。
Carnation DB
カーネーション (Dianthus caryophyllus、ダイアンサス カリオフィラス)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとに配列データに加えてGOなどによるアノーテーション情報やUniProtなどの既存データベースに対するBlastpによる解析結果がまとめられています。BLAST検索や収録データの一括ダウンロードも可能です。
Raphanus sativus Genome DataBase
ダイコン (Raphanus sativus、ラファナス サチブス) のDNAマーカーデータベースです。EST-SSR、Isozyme marker、Morphological marker、R-EST、RAPD、RFLP、SSR、STSに関する配列情報を収録しています。また連鎖地図情報も公開しています。SNPリストからの情報取得やBLASTによるマーカー検索が可能です。