Integbioデータベースカタログ
type: Catalog
title: Integbio Database Catalog @en
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  type: Organization
  label: Japan Science and Technology Agency National Bioscience Database Center @en
language: en
language: ja
dataset: dataset
theme taxonomy: 生物種
theme taxonomy: 対象
theme taxonomy: データの種類
record: en

生物種
type: ConceptScheme
type: SIO_010000
preferred label: organism @en

対象
type: ConceptScheme
preferred label: target @en

データの種類
type: ConceptScheme
preferred label: Information type @en

Integbioデータベースカタログ
type: Dataset
landing page: http://integbio.jp/dbcatalog
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。 文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の取り組みの一環としてこれまで4省が独自にもっていた以下のデータベースのリストを集約し、4省にまたがるデータベースカタログを構築しました。2011年12月にベータ版を公開し、2012年10月には正規公開版サイトを公開しました。その後も4省が協力して継続的にデータベースの情報を収集し、カタログへの追加・更新を行っています。 - 生命科学系データベースカタログ - WINGpro - MEDALSデータベース便覧 - AgrIDのデータベース便覧 - 医薬基盤研究所のデータベースリスト
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-03-17T00:00:00Z
primary topic: Integbioデータベースカタログ

3DinSight
type: Dataset
landing page: http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html
publisher: 九州工業大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っています (例：自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など）。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9545451
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 3DinSight

5'SAGE
type: Dataset
alternative: 5'-end serial analysis of gene expression database
landing page: http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
publisher: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。 オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15300261
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608259
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 5'SAGE

AAindex
type: Dataset
alternative: Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials
landing page: http://www.genome.jp/aaindex/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。 AAindex1：アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース AAindex2：アミノ酸置換行列のデータベース AAindex3：アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17998252
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847231
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592278
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/3244698
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9053899
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: AAindex

ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索）
type: Dataset
landing page: http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/search.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索）

Arch GeNet
type: Dataset
alternative: Archaeal Gene Network
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/db067/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。
theme: Thermoplasma volcanium GSS1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-28T00:00:00Z
primary topic: Arch GeNet

ARCHAIC
type: Dataset
alternative: Archaebacterial Information Collection
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/archaic/ARCHAIC.html
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。
theme: Pyrococcus sp. OT3
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Thermoplasma volcanium GSS1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaeoglobus fulgidus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9598984
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11121031
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ARCHAIC

ArkDB
type: Dataset
landing page: http://www.thearkdb.org/arkdb/
publisher: The Roslin Institute （University of Edinburgh）
  country: イギリス
  type: Organization
description: 家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロサテライト、SSCP等のマーカーを収録しており、核型および染色体情報が一覧できます。
theme: Felis catus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cervus elaphus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Anas platyrhynchos
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Equus caballus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Coturnix japonica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Salmo salar
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Dicentrarchus labrax
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ovis aries
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Meleagris gallopavo
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125062
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19682365
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ArkDB

ArrayExpress
type: Dataset
alternative: ArrayExpress Archive
landing page: http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519949
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14744115
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608260
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16939801
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17132828
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19015125
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21071405
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ArrayExpress

ARTADE
type: Dataset
alternative: ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons
landing page: http://omicspace.riken.jp/ARTADE/
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16098113
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ARTADE

Aspergillus oryzae EST DataBase
type: Dataset
landing page: http://nribf21.nrib.go.jp/EST2/
publisher: 独立行政法人酒類総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し、公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。
theme: Aspergillus oryzae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18448366
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17540709
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Aspergillus oryzae EST DataBase

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
type: Dataset
landing page: http://atlasgeneticsoncology.org/
publisher: 調査中
description: 「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺伝学、分子生物学、腫瘍学、血液学、病理学の臨床医や研究者による、研究者のために構築されています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592271
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847226
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125120
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520000
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10942808
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

BARLEY DB
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/index_ja.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 岡山大学資源植物科学研究所で収集しているオオムギのバイオリソースや、オオムギゲノム解析（cDNA/EST）の情報を提供しています。Germplasmデータベースでは、オオムギ各品種のリソース情報と、種子や穂の写真が収録されています。Full-length cDNA and ESTデータベースでは、プロジェクト概要やクローン情報、ブラスト検索システムを提供しています。その他、ゲノムマップやオオムギ研究のプロトコル（日本語のみ）、バイオリソース価格表（日本語のみ）を閲覧できます。
theme: Hordeum vulgare
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: BARLEY DB

BDGP
type: Dataset
alternative: Berkeley Drosophila Genome Project
landing page: http://www.fruitfly.org/
publisher: The Berkeley Drosophila Genome Project
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10471706
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BDGP

Biomolecules Gallery
type: Dataset
landing page: http://www.abren.net/image/
publisher: 九州工業大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-04-12T00:00:00Z
primary topic: Biomolecules Gallery

BioTermNet
type: Dataset
landing page: http://btn.ontology.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 情報検索技術と情報抽出技術を用いて、概念ネットワークを自動的に描画するシステムです。このシステムでは、(1)概念の関係性が1件以上の文献アブストラクトに明確に記述されている、(2)それぞれの概念がMEDLINEアブストラクト中に共起している場合、に2つの概念が関連していると見なしています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BioTermNet

Photographs of mutants in Bombyx mori
type: Dataset
landing page: http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/bioresource/shimada/mutant_photo.html
publisher: 東京大学
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコの突然変異体の写真を集めた画像集です。変異遺伝子名をクリックするとカイコの画像が表示されます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Photographs of mutants in Bombyx mori

脳画像データベース
type: Dataset
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/brain/index.php
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca fuscata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 脳画像データベース

The Comprehensive Enzyme Information System (BRENDA)
type: Dataset
landing page: http://www.brenda-enzymes.info/
publisher: Technische Universitat Braunschweig
  country: ドイツ
  type: Organization
description: 酵素の機能と特性データを収集した総合的な酵素情報データベースです。データの大半は主要文献から手動で抽出したもので、酵素の機能、構造、生成反応、生物種、活性、実験手法、応用、変異体に関する情報を網羅しています。関連するパスウエイへのリンクや、テキストマイニングによる疾患情報も含まれています。
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cervus elaphus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Tetraodon nigroviridis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Xenopus tropicalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752250
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681450
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11796225
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12850129
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17202167
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18984617
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21030441
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21062828
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21827651
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The Comprehensive Enzyme Information System (BRENDA)

BSORF
type: Dataset
alternative: Bacillus subtilis Genome Database
landing page: http://bacillus.genome.jp/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されています。
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12682299
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BSORF

Cancer Chromosomes
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cancerchromosomes
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ヒト、マウスのがん細胞株の核型解析結果、CGH解析結果、臨床情報等を提供するデータベースです。NCI/NCBIのSKY/M-FISH & CGH Database、NCIのMitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer、NCIのRecurrent Aberrations in Cancerの3つのデータベースを統合したシステムとなっています。身体の部位や診断名、染色体位置から検索できます。現在は廃止され、データはNCBI Database of Genomic Structural Variation (dbVar) URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar ( カタログ詳細ページ：http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00244) に移行しました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: Cancer Chromosomes

CARD R-BASE
type: Dataset
alternative: Center for Animal Resources and Development Database
landing page: http://cardb.cc.kumamoto-u.ac.jp/transgenic/index.jsp
publisher: 熊本大学 生命資源研究・支援センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 熊本大学生命資源開発研究・支援センター動物資源開発研究部門(CARD)に保存されている遺伝子改変マウスの系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関する情報が記載されています。 また、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報も掲載しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CARD R-BASE

CCDS
type: Dataset
alternative: Consensus CDS
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19498102
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CCDS

医用細胞資源センター
type: Dataset
landing page: http://www2.idac.tohoku.ac.jp/dep/ccr/index.html
publisher: 東北大学 加齢医学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クローン抗体産生ハイブリドーマ細胞の新たな細胞株の樹立開発するとともに、貴重な細胞の収集に努め、細胞保存、供給、品質管理、データベース構築、インターネット公開を行っています。本ページでは、保有細胞のカタログが掲載されているほか、細胞供給依頼書や同意書などの書式も用意されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: 医用細胞資源センター

CGED
type: Dataset
alternative: Cancer Gene Expression Database
landing page: http://lifesciencedb.jp/cged/
publisher: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝子発現データと臨床情報の関係は、モザイクプロットによりグラフィカルに表示されます。一般の分子生物学者にも利用しやすいように、一般的な遺伝子名による検索の他、 Gene Ontology TermやSwissProt functional annotationによる機能グループの検索が可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608255
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CGED

CGH Data Base
type: Dataset
alternative: Comparative Genomic Hybridization Database
landing page: http://www.cghtmd.jp/CGHDatabase/index_j.jsp
publisher: 東京医科歯科大学 難治疾患研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CGH Data Base

ChEBI
type: Dataset
alternative: Chemical Entities of Biological Interest
landing page: http://www.ebi.ac.uk/chebi/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情報源のデータを組み合わせ、冗長性を除いています。主な情報源はIntEnz(EBI)、KEGG COMPOUND、PDBeChem(EBI)、ChEMBL(EBI)です。 ChEBIオントロジー（化合物オントロジー）による分類情報と階層表示が特徴です。 全てのエントリーにはデータの信頼性を示す★印がついています； 3つ星：ChEBIチームが手作業で注釈付けを行ったもの。2つ星：ChEMBLチームまたはデータ提供者が手作業で注釈付けを行ったもの。1つ星：情報源から自動的に取得した仮エントリーで、手作業での注釈付けが行われていないもの。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17932057
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19496059
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19854951
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ChEBI

Chlamydomonas reinhardtii EST index
type: Dataset
landing page: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/chlamy/EST/index.html
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
theme: Chlamydomonas reinhardtii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11089912
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10691129
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Chlamydomonas reinhardtii EST index

CIBEX
type: Dataset
alternative: Center for Information Biology gene Expression database
landing page: http://cibex.nig.ac.jp/data/index.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGEDが提唱したMIAME互換標準フォーマットで記述されたデータを登録しています。
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14744116
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15669238
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-11-15T00:00:00Z
primary topic: CIBEX

CluSTr
type: Dataset
alternative: Clusters of SWISS-PROT and TrEMBL proteins database
landing page: http://www.ebi.ac.uk/clustr/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125042
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15961444
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520029
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125045
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CluSTr

CORG
type: Dataset
alternative: Comparative Regulatory Genomics
landing page: http://corg.eb.tuebingen.mpg.de/cgi-bin/index.pl
publisher: Max-Planck-Institut fur Entwicklungsbiologie
  country: ドイツ
  type: Organization
description: 複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード領域を収集し、データベース化しました。保存領域はゲノムビューワで表示されます。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519946
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16888353
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17135197
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15723697
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12385988
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CORG

CSA
type: Dataset
alternative: Catalytic Site Atlas
landing page: http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 酵素の活性部位を集めたデータベースです。Protein Data Bank (PDB）番号やEC番号、Swiss-Prot番号で検索すると、目的の酵素の活性部位に関する情報と、配列上の活性残基の位置が表示されます。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681376
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CSA

CUTG
type: Dataset
alternative: Codon Usage Database
landing page: http://www.kazusa.or.jp/codon/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。
theme: Apalone ferox
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592250
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: CUTG

CyanoBase
type: Dataset
alternative: Genome database for Cyanobacteria
landing page: http://genome.microbedb.jp/cyanobase
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、37種類のシアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。
theme: Cyanobacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19880388
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399802
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592184
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847144
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/24275496
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-06T00:00:00Z
primary topic: CyanoBase

CYORF
type: Dataset
alternative: Cyanobacteria Gene Annotation Database
landing page: http://cyano.genome.jp/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: らん藻遺伝子に関する全世界の研究者の知識を集約した「コミュニティデータベース」です。らん藻の１種であるSynechocystis sp. PCC6803 の全ゲノム配列は1996年にかずさDNA研究所により決定され、その後、配列決定時には未知であった遺伝子機能が続々と解明されました。しかしながら、その情報は学術雑誌に出版され、PubMed データベースに登録されてはいても、配列データベースに全く反映されておらず、ゲノム解析やネットワーク解析に全く利用できない状況でした。そこで、らん藻遺伝子の機能アノテーションを目的としたデータベースを構築し、らん藻DNA チップコンソーシアムのメンバーを中心に我が国の多くのらん藻研究者と共同作業を行いました。Synechocystis ゲノム中に含まれるすべての遺伝子アノテーションを見直し、その1/3にあたる約1000の遺伝子について最新の情報をもとに再アノテーションを行いました。CYORF にはかずさが決定した他のらん藻ゲノムも含まれ、今後は米国などで決定されている多くのらん藻ゲノムも追加し、各らん藻の比較解析ができるようなシステムになっています。
theme: Cyanobacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17211581
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CYORF

D-HaploDB
type: Dataset
alternative: Definitive Haplotype Database
landing page: http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/
publisher: 九州大学 生体防御医学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17166862
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16251461
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19424418
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20537301
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: D-HaploDB

Database of Genomic Variants
type: Dataset
alternative: A curated catalogue of structural variation in the human genome
landing page: http://projects.tcag.ca/variation/
publisher: The Centre for Applied Genomics
  country: カナダ
  type: Organization
description: ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけるコピー多型の全容を解明するプロジェクトを実施しました。その成果を本データベースで公開しています。プロジェクトの結果、約360Mbp、ヒトゲノムの12％以上という、従来考えられていたよりもはるかに広い領域にコピー数多型が見られ、これまで知られていたSNP に加えて新たな個人間のゲノムの多様性を生み出している可能性が示されました。様々な疾患、薬剤感受性に関連するものを含め約3000個の遺伝子が含まれており、いわゆる染色体異常をともなう先天性疾患だけではなく、生活習慣病、自己免疫疾患といったcommon disease（ありふれた病気）を含むヒト形質の個人差に広く寄与している可能性が示されました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15286789
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17124402
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Database of Genomic Variants

Database of the RNAi phenotypes for the 168 genes analyzed
type: Dataset
landing page: http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/mgrl/germline/
publisher: 東京大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生殖細胞の形成過程には多くの研究にも関わらず、未知の点が多く残されています。私たちは逆遺伝学を用いて、生殖細胞形成に関わる遺伝子を効率よく検索するアプローチを試みています。 cDNAプロジェクトによって得られた約7500のcDNAのうちから、生殖腺 (gonad) に特異的に発現する遺伝子約300を同定しました。これらのうち168について、RNAi法と呼ばれる逆遺伝学の手法によって線虫でその遺伝子の機能を阻害し、どのような異常が出るかを調べました。この結果、生殖細胞形成に必要な15の遺伝子を同定しました。胚致死等、不妊以外の表現型が認められたものは26ありました。
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Database of the RNAi phenotypes for the 168 genes analyzed

PRINTS
type: Dataset
landing page: http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/index.php
publisher: The university of Manchester
  country: イギリス
  type: Organization
description: タンパク質のフィンガープリントを提供しているサイトです。Accession番号やPRINTS code、配列情報などで検索することが可能です。立体構造へのリンクや生物種間の配列比較を行うためのマルチプルアラインメントを閲覧することができます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/7937065
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/7971946
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/2330366
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRINTS

DBGET Search
type: Dataset
landing page: http://www.genome.jp/dbget/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9697222
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DBGET Search

dbProP
type: Dataset
alternative: a Protein Polymorphism database
landing page: http://dbprop.nirs.go.jp/Prop/index.html
publisher: 独立行政法人放射線医学総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけではなく、スプライシング変化による多型にまで拡張して扱っています。そのため、領域SNPsだけでなくalternatively-spliced transcripts 情報 も収集・提供しています。
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbProP

dbQSNP
type: Dataset
alternative: SNPs in the transcriptional promoter regions in human
landing page: http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/
publisher: 九州大学 生体防御医学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）に存在するSNPについて、配列情報やアレル頻度情報を掲載しています。SNPのタイピングと定量化は、独自に開発した定量SSCP解析によるものです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15977179
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12449392
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12491901
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11083945
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11242937
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9371745
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/2687159
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbQSNP

DBTBS
type: Dataset
alternative: A database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis containing upstream intergenic conservation information
landing page: http://dbtbs.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681362
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17962296
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DBTBS

DBTGR
type: Dataset
alternative: Database of Tunicate Gene Regulation
landing page: http://dbtgr.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。
theme: Ciona
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381930
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DBTGR

DBTSS
type: Dataset
alternative: Database of Transcriptional Start Sites
landing page: http://dbtss.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しています。ゲノムビューワ上に、オリゴキャッピング法で同定されたcDNA領域、RefSeqやEnsemblで公開されている転写開始点、CpGアイランド、SNP位置が表示されます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cyanidioschyzon merolae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca fascicularis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19910371
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752328
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17942421
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21372179
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19237398
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DBTSS

DDBJ
type: Dataset
alternative: DNA Data Bank of Japan
landing page: http://www.ddbj.nig.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 欧州と米国の対応機関（EBIとNCBI）と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18927114
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21062814
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/24194602
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-23T00:00:00Z
primary topic: DDBJ

DeinoBase
type: Dataset
alternative: Deinococci Genome Database
landing page: http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/php/DeinoBase/index.php
publisher: 独立行政法人日本原子力研究開発機構
  country: 日本
  type: Organization
description: 放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベースに対してprotein/ORF searchやFasta searchを行うことが可能です。
theme: Deinococcus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DeinoBase

DGRC
type: Dataset
alternative: Drosophila Genetic Resource Center
landing page: http://fruitfly.jp/
publisher: 京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関（京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学）で保存されている系統を一括して検索ができるようにしたデータベースです。検索には遺伝子型、細胞学的位置、種名などの項目が利用可能で、検索後、各系統維持機関への提供依頼もできます。
theme: Drosophila
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-05-09T00:00:00Z
primary topic: DGRC

DIP
type: Dataset
alternative: Database of Interacting Proteins
landing page: http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi
publisher: University of California
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Yeast two-hybrid等の生化学実験によって決定されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用するタンパク質の情報の他に、相互作用マップを提供しています。相互作用マップでは、相互作用の信頼度によりエッジが色分けされています。
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Helicobacter pylori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681454
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/1175232
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125102
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592249
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DIP

DOGAN
type: Dataset
alternative: a genome database of microorganisms sequenced at NITE
landing page: http://www.bio.nite.go.jp/dogan/top
publisher: 独立行政法人製品評価技術基盤機構
  country: 日本
  type: Organization
description: NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。
theme: Aeropyrum pernix K1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Anaerolinea thermophila UNI-1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arthrospira platensis NIES-39
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Aspergillus oryzae RIB40
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Brevibacillus brevis NBRC 100599
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caldisericum exile AZM16c01
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Corynebacterium efficiens YS-314
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Deferribacter desulfuricans SSM1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Desulfovibrio magneticus RS-1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gemmatimonas aurantiaca T-27
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Kitasatospora setae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Kocuria rhizophila DC2201
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Methanocella paludicola SANAE
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Microlunatus phosphovorus NM-1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oscillibacter valericigenes Sjm18-20
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pyrococcus horikoshii OT3
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rhodococcus erythropolis PR4
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rhodococcus opacus B4
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sphingobium japonicum UT26S
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sphingobium sp. SYK-6
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Staphylococcus haemolyticus JCSC1435
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Streptomyces avermitilis MA-4680
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sulfolobus tokodaii str. 7
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-02-18T00:00:00Z
primary topic: DOGAN

eF-site
type: Dataset
alternative: electrostatic surface of Functional-site
landing page: http://ef-site.protein.osaka-u.ac.jp/eF-site/
publisher: 大阪大学 蛋白質研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合わせて表示しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12836670
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14871866
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15689509
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12876308
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12831893
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12876312
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/6879170
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: eF-site

EGTC
type: Dataset
alternative: Database for the Exchangeable Gene Trap Clones
landing page: http://egtc.jp/action/main/index
publisher: 熊本大学 生命資源研究・支援センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統情報を掲載しています。各エントリーには、マウスゲノム上の位置、染色体番号、遺伝子名、トラップベクターおよび細胞株、5'-RACE法による塩基配列、ホモロジー検索結果、樹立マウスの情報、各種外部公共データベースへのリンクが含まれています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19199955
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EGTC

EMBL-Bank
type: Dataset
alternative: EMBL Nucleotide Sequence Database
landing page: http://www.ebi.ac.uk/embl/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 欧州の核酸配列レポジトリで、個々の研究者やゲノム配列決定プロジェクトから提供される配列データの登録と配布を行っています。GenBank(米国), DDBJ(日本)と国際的なコラボレーションを行っています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18978013
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EMBL-Bank

Ensembl
type: Dataset
landing page: http://uswest.ensembl.org/index.html
publisher: Wellcome Trust Sanger Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム解読された脊椎生物およびその他の主要な真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22086963
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Ensembl

ENTREZ, Life Sciences Search Engine
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: NCBI Entrezは、PubMed、核酸、アミノ酸配列、発現データ、PubChem (生化学的な働きをする小分子)、タンパク質構造、解読が完了したゲノム、TaxonomyといったNCBIの主要な30以上ものデータベースに対して、テキストベースで統合的に検索できる情報抽出システムです。 Entrezではデータベース内の関連するレコードへのリンクや、そのレコードから他のデータベースへのリンク情報も提供しています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ENTREZ, Life Sciences Search Engine

ENU Mutants (A large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC)
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/gsc/mouse/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理研GSC ENU誘発による大規模マウス突然変異体作製プロジェクトにおいて作製されたマウスラインと関連リソースを検索できます。プロトコルやプロジェクト情報も掲載されています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ENU Mutants (A large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC)

eProtS
type: Dataset
alternative: Encyclopedia of Protein Structures
landing page: http://www.pdbj.org/eprots/index_ja.cgi
publisher: 大阪大学 蛋白質研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: eProtS（タンパク質構造百科事典）は、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。日本語版と英語版を用意しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: eProtS

Escherichia coli O157:H7 Sakai
type: Dataset
landing page: http://genome.bio.titech.ac.jp/bacteria/o157/index.html
publisher: 東京工業大学 大学院生命理工学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。
theme: Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12481030
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11597449
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11111050
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11108008
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10691128
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10734605
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9628576
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11258796
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Escherichia coli O157:H7 Sakai

ECGB
type: Dataset
alternative: Eukaryotic Comparative Genome Browser (真核生物比較ゲノムブラウザ)
landing page: http://www-btls.jst.go.jp/ComparativeGenomics/index_j.html
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構
  country: 日本
  type: Organization
description: この比較ゲノムブラウザでは、ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供しています。比較ゲノミクス解析は、新規遺伝子の発見や、ゲノム進化についての新しい知見の蓄積に役立つ可能性があります。現在は提供を終了しています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-24T00:00:00Z
primary topic: ECGB

Extremobase
type: Dataset
landing page: http://www.jamstec.go.jp/gbrowser/cgi-bin/top.cgi
publisher: 独立行政法人海洋研究開発機構
  country: 日本
  type: Organization
description: 海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列などが閲覧できます。他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報も掲載されています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Extremobase

EzCatDB
type: Dataset
alternative: A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms
landing page: http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)、PDB番号、触媒部位、リガンド情報、文献情報、触媒機構に関する情報、Swiss-prot, CATH, KEGG等の公共データベースのリンクが含まれています。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17039546
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608227
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EzCatDB

FAMSBASE
type: Dataset
alternative: Full Automatic Modeling System database
landing page: http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/Famsbase/index.html
publisher: 長浜バイオ大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 全自動ホモロジーモデリングソフトFAMSを用いてモデリングされた277生物種のタンパク質データをまとめました。
theme: Archaeoglobus fulgidus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520053
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18428727
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11021542
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FAMSBASE

FlyBase
type: Dataset
alternative: FlyBase (A Database of Drosophila Genes & Genomes)
landing page: http://flybase.org/
publisher: Genetics Society of America
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。
theme: Drosophila
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22127867
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FlyBase

FlyView (A Drosophila Image Database)
type: Dataset
landing page: http://flyview.uni-muenster.de/
publisher: University of Munster
  country: ドイツ
  type: Organization
description: ショウジョウバエの成長過程や遺伝情報、特に遺伝子発現パターンに関する画像データベースです。ショウジョウバエの主要データベースである"FlyBase"とも互換性を考慮しています。
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9441952
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FlyView (A Drosophila Image Database)

Full Length cDNA
type: Dataset
landing page: http://cdna.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 完全長ヒトcDNAの配列データベースです。GENBANKフォーマット、FASTAフォーマットそれぞれをダウンロードすることが可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full Length cDNA

Full-Malaria
type: Dataset
alternative: Malaria Full-Length cDNA Database (Plasmodium falciparum)
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_ajax.html
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノムをテンプレートとするマラリア原虫間のタンパク配列相同性を解析した結果も登録されています。
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium vivax
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium yoelii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium berghei
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18987005
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681428
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125052
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16005745
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8125298
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9373149
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Malaria

Full-Toxoplasma
type: Dataset
alternative: Toxoplasma Full-Length cDNA Database
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_tg_ajax.html
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされています。
theme: Toxoplasma gondii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14987357
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Toxoplasma

GBIF
type: Dataset
alternative: Global Biodiversity Information Facility free and open access to biodiversity data
landing page: http://www.gbif.org/
publisher: GBIF Secretariat
  country: デンマーク
  type: Organization
description: 世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイトです。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GBIF

GDBS
type: Dataset
alternative: Gene Diversity DataBase System
landing page: http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/gdbs/desc.html
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 「遺伝子多様性モデル解析事業」において、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)はモデル疾患として選択した幾つかの多因子性疾患に関する遺伝子多型情報等を収集・解析し、疾患の原因となる疾患関連遺伝子を同定するまでの一連の実験・解析フローの確立を目指しました。 同時に、膨大な情報を管理して解析を進めるために必要なデータベースやソフトウェアを構築しました。 産業技術総合研究所のオリジナルサイトからのデータ提供は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからGDBSをご利用いただけます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16000323
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-06-09T00:00:00Z
primary topic: GDBS

GeMDBJ
type: Dataset
alternative: Genome Medicine Database of Japan
landing page: https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/index.do
publisher: 独立行政法人医薬基盤研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 疾患ゲノムデータベースは、アルツハイマー病、がん、糖尿病、高血圧、喘息および薬理遺伝学（ファーマコジェネティクス）のためのミレニアム・ゲノム・プロジェクト（MGP)研究グループ（SGMGP）により構築された統合データベースです。特定の臨床・人口統計情報、JSNPやMGPにおいて発見されたものを含めた他のSNPsの多型情報、AffymetrixのGeneChipにより解析された発現プロファイルを公開しています。また、大部分のデータがヒトゲノム配列上に関連付けられ、「ゲノム・ビューア」上で見ることができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19507519
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20507324
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20121473
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15635486
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18003638
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18488030
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18711367
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19104505
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19415745
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17289870
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15996008
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17391314
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15751005
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15349899
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17133371
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16807943
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16206328
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9420172
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15543535
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12872219
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12973736
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17406554
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GeMDBJ

GENA
type: Dataset
alternative: Gene Name Dictionary
landing page: http://gena.ontology.hgc.jp:8081/search/servlet/gena
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベースです。データは、HUGO、OMIM、Genatlas、LocusLink、GDB、MGI、FlyBase、WormBase、CYGD、SGDから自動的に抽出されたものです。
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GENA

Gene - NCBI
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベースとした情報を提供しています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21115458
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Gene - NCBI

GO
type: Dataset
alternative: Gene Ontology
landing page: http://www.geneontology.org/
publisher: The GO Consortium
description: 遺伝子オントロジー（Gene Ontology;GO）とは、生物学的概念を記述するための標準となる語彙を策定しようとするプロジェクトです。GOで定義された用語はGO Termと呼ばれ、Cellular component、Biological process、Molecular functionという3つのカテゴリーに分類されています。GOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて計算機上で記述することができます。 このサイトでは、GO Termや関連ツールの配布を行っています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22102568
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19578431
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GO

GeneAnnot
type: Dataset
alternative: Microarray Gene Annotation
landing page: http://genecards.weizmann.ac.il/geneannot/index.shtml
publisher: Weizmann Institute of Science/Department of Biological
  country: イスラエル
  type: Organization
description: AffymetrixのプローブセットHG-U95, HG-U133, HG-U133 Plus2.0のアノテーション情報を提供するデータベースです。プローブセットの情報はGeneCards geneとリンクしており、直接プローブ配列とGenBank, RefSeq, EnsemblのmRNA配列と比較することができるようになっています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14725348
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14962929
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18005434
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GeneAnnot

GENIES
type: Dataset
alternative: Gene Network Inference Engine based on Supervised Analysis
landing page: http://www.genome.jp/tools/genies/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: マイクロアレイ発現データやゲノム上の位置情報などの多様なデータを統合して、遺伝子の機能ネットワークを推定します。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11472995
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GENIES

GenoBase
type: Dataset
alternative: Integrated database of E.coli K-12 (W3110)
landing page: http://ecoli.aist-nara.ac.jp/gb6/WGB/intro.html
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 大腸菌K-12 (W3110)の生細胞システムを包括的に理解するためのデータベースです。大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトームの解析結果、変異株や転写制御に関する文献を収集し、提供している公共リポジトリです。ORFクローンや遺伝子破壊株、欠損株の提供も行っています。
theme: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16738554
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16606699
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-02-06T00:00:00Z
primary topic: GenoBase

Genome Project of Streptomyces avermitilis
type: Dataset
landing page: http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/
publisher: 北里大学 北里生命科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 抗寄生虫剤エバーメクチンを生産する放線菌Streptomyces avermitilisの全ゲノム配列と、さまざまなアノテーションが掲載されています。配列情報、物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、二次代謝産物、種特異的遺伝子、コドン使用頻度、16S rRNAによる系統樹などが表示されます。
theme: Streptomyces avermitilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12692562
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11572948
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12893267
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genome Project of Streptomyces avermitilis

GON
type: Dataset
alternative: Genomic Object Net Pathway Database
landing page: http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~gon/index.html
publisher: 山口大学 理学部
  country: 日本
  type: Organization
description: Genome Object Net (GON) は、生体パスウエイのモデリングやシミュレーションのためのソフトウェアプラットフォームで、hybrid functional Petri net (HFPN)とXML技術を基本としています。本サイトでは、HFPNのパスウエイモデルを詳細な説明情報とともに提供しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GON

GEO
type: Dataset
alternative: Gene Expression Omnibus
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: マイクロアレイや次世代シーケンサー、メチル化、その他、高スループット実験で得られた機能ゲノムデータを登録、公開、配布している世界最大のサイトです。登録データの実験情報の記述内容はMIAME（Minimum Information About a Microarray Experiment)形式で統一されており、専門家によって精査されています。サンプル名や解析プラットフォーム名、生物種、実験内容等、各種キーワードで目的のデータを検索することができます。生データの配布も行っています。
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21097893
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18940857
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17160034
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17099226
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16939800
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16888359
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608262
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752295
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GEO

GermOnline
type: Dataset
landing page: http://www.germonline.org/index.html
publisher: Universite de Rennes
  country: フランス
  type: Organization
description: GermOnlineは、生殖系列発生、減数分裂、配偶子形成、有糸分裂細胞周期に着目した異種生物間のマイクロアレイ遺伝子発現データベースです。(1)GeneChipデータ、(2)Multiomics Information Management and Annotation System (MIMAS)を用いたサンプルアノテーション、(3)DNA-タンパク質結合データおよびタンパク質相互作用データ、(4)Ensemblによるゲノムアノテーション情報、(5)EnsemblおよびOrthologs Matrix Project (OMA)のデータを用いて定義したオルソログ情報が含まれています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681481
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17145711
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21149299
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19450266
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GermOnline

Ghost Database
type: Dataset
alternative: Ciona intestinalis genomic and cDNA resources
landing page: http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/SearchGenomekh.html#CDNA
publisher: 京都大学 大学院理学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: カタヤユウレイボヤ（Ciona intestinalis）のゲノムDNAおよびcDNAが登録されています。ゲノムブラウザの利用やBLAST検索の実行、発生ステージごとの遺伝子発現パターンの検索などが可能です。BLAST検索は、ゲノムやEST、ゲノムショットガンリードのデータベースに対して行うことができます。
theme: Ciona intestinalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16141696
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Ghost Database

GIB
type: Dataset
alternative: Genome Information Broker
landing page: http://gib.genes.nig.ac.jp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 既に公開されている微生物ゲノムに対して、付加されている生物学的情報や配列を検索、取得できるデータベースシステムです。古細菌、真正細菌、数種類の真核生物のデータが登録されています。
theme: halophilic archaeon DL31
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752256
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GIB

GiiB-JST mtSNP
type: Dataset
alternative: ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース (human mitochondrial genome single nucleotide polymorphism database)
landing page: http://mtsnp.tmig.or.jp/mtsnp/index.shtml
publisher: 岐阜県国際バイオ研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: このデータベースは、ヒトミトコンドリアゲノムの全塩基配列の解析に基づき、ミトコンドリアゲノムに分布する多型と、多型の相互連鎖、疾患との関連、多型の機能的相違に関する総合的情報を提供しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15466285
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16318308
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: GiiB-JST mtSNP

GLIDA
type: Dataset
alternative: GPCR-Ligand Database
landing page: http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/
publisher: 京都大学 大学院薬学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: Gタンパク質共役受容体(GPCR)は、細胞外の化学的情報を細胞内に伝達する機能を有する膜タンパク質であり、創薬標的として最も注目されている遺伝子ファミリーの１つです。200以上のヒト由来GPCRが結合するリガンドが不明な「オーファン」として残されています。これらのリガンドを明らかにし、その生理機能と作用機構を解明すれば、全く新しい作用を持った薬の開発につながる可能性があると考えられます。GLIDAは、GPCRに関連した創薬探索やGPCR及びリガンド情報を求めている人たちのために開発されたデータベースです。GLIDAは以下の特徴をもちます; 1. GPCRに関する生物学的知見及びリガンドに関する化学的情報をカバーした高度検索システム、2. GPCR及びリガンドそれぞれの検索機能、3. GPCRとリガンド間の相互検索。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381956
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17986454
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GLIDA

Globin Gene Server
type: Dataset
landing page: http://globin.cse.psu.edu/
publisher: Pennsylvania State University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 哺乳類βグロビン遺伝子群の配列や実験結果を収めたデータベースです。自然におこるヒトヘモグロビンの変異とその影響、βグロビン遺伝子クラスターの調整に関する実験データについての情報が含まれており、その他、配列を比較するためのソフトウェアツールが使用できます。
theme: Mammalia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Globin Gene Server

GlycoEpitope
type: Dataset
landing page: http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope/
publisher: 立命館大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GlycoEpitope

GrainGenes
type: Dataset
alternative: A Database for Triticeae and Avena
landing page: http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
publisher: Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: GrainGenesは様々なクラスの内容を検索することができます。クラスは研究に携わっている論文著者名、遺伝子名、文献、多型情報、タンパク情報、配列情報等があります。その他にもBLASTやCmap,GenomeBrowserを使用することができます。
theme: Avena
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Triticeae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16219925
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519977
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GrainGenes

GTOP
type: Dataset
alternative: Genomes To Protein structures and functions
landing page: http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/gtop-j.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースです。配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析 (PROSITE)、ファミリー分類 (Pfam)、膜貫通へリックス予測 (SOSUI)、コイルドコイル予測 (Multicoil)、繰り返し配列解析 (RepAlign)の結果が収録されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18987007
cites as authority: その他多数
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: GTOP

GTOP (Rice version)
type: Dataset
alternative: Genomes to protein structures and functions
landing page: http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/gtop/gtop-j.html
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通へリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752318
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11802435
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12598694
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12628242
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12761299
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12234664
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11163980
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GTOP (Rice version)

H-ANGEL
type: Dataset
alternative: The Human Anatomical Gene Expression Library
landing page: http://www.h-invitational.jp/hinv/h-angel/wge_top.cgi
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示し,遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608263
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15103394
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18089548
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: H-ANGEL

H-InvDB
type: Dataset
alternative: H-Invitational Database
landing page: http://www.h-invitational.jp/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19933760
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18089548
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15103394
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18953038
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18852891
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18838389
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18086709
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17982176
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17574350
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17196768
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17130147
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16914452
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16872759
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16845023
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16185827
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16169162
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15944140
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15860772
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608263
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: H-InvDB

HAL
type: Dataset
alternative: Human genome Annotation Library
landing page: http://www.bioportal.jp/genome/cgi-bin/index.cgi
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトゲノムに潜む遺伝子を発見する信頼性の高いコンピュータアルゴリズムを開発し、それを利用してヒトゲノムに潜む遺伝子の位置と構造、その機能などの注釈情報を取得しました。その成果をデータベース化しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HAL

HarvEST
type: Dataset
landing page: http://harvest.ucr.edu/
publisher: University of California
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 大麦、ヤマカモジグサ属、ミカン属、コーヒー、ササゲ、バナナ、オオバコ、ダイズ、イネ、小麦のEST配列を提供しています。各生物種の配列や関連する遺伝子情報は、専用のソフトウェアをそれぞれダウンロードして閲覧します。
theme: Hordeum vulgare
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Brachypodium
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Manihot esculenta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Citrus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Musa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Glycine max
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Triticum aestivum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HarvEST

Hepatitis Virus Database
type: Dataset
landing page: http://s2as02.genes.nig.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 肝炎ウィルス (B型、C型、E型）の各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、全遺伝子配列を対象にした系統樹、アライメント、距離行列を掲載しています。ユーザ登録が必要なアカウントモードと、フリーで閲覧できる（データに制限あり）非アカウントモードに分かれています。
theme: Hepatitis C virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hepatitis B virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hepatitis E virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17877727
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Hepatitis Virus Database

Het-PDB Navi
type: Dataset
alternative: A navigator of small molecules in Protein Data Bank which is called heterogen atoms or in short hetatoms
landing page: http://hetpdbnavi.nagahama-i-bio.ac.jp/index.php
publisher: 長浜バイオ大学
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質の立体構造がどのような低分子（ヘテロ原子）との共結晶で決定されているかを知ることを目的に、Protein Data Bank (PDB)にエントリーされているタンパク質と低分子の相互作用を収集したデータベースです。PDBに最も多く含まれている低分子は、カルシウム、亜鉛、マグネシウムなどの金属イオンであり、その次に糖分子やヌクレオチドが多く含まれています。これらの低分子は酵素の補因子として働いたり、タンパク質の構造安定化に寄与しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14999012
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Het-PDB Navi

HGMD
type: Dataset
alternative: The Human Mutation Database
landing page: http://www.hgmd.org/
publisher: Institute of Medical Genetics in Cardiff
  country: イギリス
  type: Organization
description: このデータベースは、ヒト遺伝病の原因核遺伝子と遺伝病関連遺伝子の生殖細胞における変異情報を網羅的に収載しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HGMD

HGS
type: Dataset
alternative: Human Genome Sequencing
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構
  country: 日本
  type: Organization
description: 高機能基盤生体データベース (ALIS) プロジェクトの配列データを提供しています。JSTと4つのシークエンシングチームが7染色体を対象としてシークエンシングを行いました。染色体マップとシークエンシングデータは、表中の染色体名または染色体内の領域名を選択すると表示されます。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HGS

HINTdb
type: Dataset
alternative: Homologous Interactions Database
landing page: http://hintdb.hgc.jp/hint/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 実験的に決定したタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。配列相同性を元にグループ化されています。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち87,026件の相互作用にはホモログが存在します。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名やキーワードで検索できます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HINTdb

HIV DATABASES
type: Dataset
landing page: http://www.hiv.lanl.gov/content/index
publisher: Los Alamos National Secutiry, LLC
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: このデータベースはヒト免疫不全ウィルスの塩基配列、エピトープ、薬剤耐性変異、ワクチンの臨床試験に関する情報が含まれています。
theme: Human immunodeficiency virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HIV DATABASES

HomoloGene
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 全ゲノム配列が決定された20種類の真核生物の間で自動的検出したホモログ遺伝子のセット、およびmRNAやタンパク質の配列データを提供しています。他の生物種のUniGene配列でホモログの可能性があるものも表示されます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Anopheles gambiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Kluyveromyces lactis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Eremothecium gossypii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Magnaporthe grisea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Neurospora crassa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HomoloGene

HOWDY
type: Dataset
alternative: Human Organized Whole Genome Database
landing page: http://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY/top_ja.pl
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 科学技術振興機構(JST)で推進しているALIS(Advanced Lifescience Information System)プロジェクトに関する成果と世界で公開されている主な公共データを相互に関連付け、それらを統合的に利用できるようにしたヒトゲノム情報の統合データベースです。辞書を引くようなイメージで、様々なヒトゲノム情報間の関連を得ることができ、横断的な探索やデータソースへの多角的なアクセスが可能となります。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752279
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20058496
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HOWDY

HPRD
type: Dataset
alternative: Human Protein Reference Database
landing page: http://www.hprd.org
publisher: Institute of Bioinformatics
  country: インド
  type: Organization
description: ヒトタンパク質に関して、タンパク質名、各種DBのAccessionNumber、HPRD_ID、GeneSymbol、染色体位置、分子分類、翻訳後修飾、局在情報、ドメイン名、モチーフ名、発現位置、タンパクの配列長、分子量、疾患名などで検索することが可能です。その他にもBLASTによる塩基、アミノ酸配列検索が使用できます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18988627
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HPRD

HUGE
type: Dataset
alternative: A Database of Human Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Human cDNA Project
landing page: http://www.kazusa.or.jp/huge/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 財団法人かずさDNA研究所では、巨大タンパク質をコードすることが予想される4,000塩基以上のヒト長鎖cDNAの構造情報を蓄積してきました。長鎖cDNAがコードするマルチドメイン構造を持つタンパク質が生物学的に重要な働きをしていると推測したからです。現在までに新しく発見した約2,000種の新規ヒト遺伝子にKIAA番号を付して公的データベース登録し、本データベースで情報公開と遺伝子の配布を行っています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681467
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9179496
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: HUGE

IMGT
type: Dataset
alternative: IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®
landing page: http://www.imgt.org/
publisher: CNRS (The National Center for Scientific Research)
  label: Montpellier University, Montpellier
  country: フランス
  type: Organization
description: 免疫グロブリン(IG)、Ｔ細胞レセプター(TR）、主要組織適合性遺伝子複合体（MHC）、免疫グロブリン超分子群、主要組織適合複合体スーパーファミリー、免疫システムに関連するタンパク質に特化した知識リソースです。ヒトやその他の脊椎動物、無脊椎動物の情報が含まれています。配列データベース群、ゲノムデータベース、構造データベースから構成されています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12818634
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847182
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592230
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125093
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520009
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15972004
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608269
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18978023
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-18T00:00:00Z
primary topic: IMGT

IMGT/HLA Database
type: Dataset
landing page: http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: このデータベースはヒト主要組織適合遺伝子複合体の配列情報とWHOの命名委員会の公式配列情報を提供しています。このデータベースはIMGT(the International ImMuno GeneTics project)の一部です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IMGT/HLA Database

INOH Pathway Database
type: Dataset
alternative: Integrating Network Objects with Hierarchies Pathway Database
landing page: http://inoh.hgc.jp/
publisher: 東京大学大学院
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの高次機能情報をオントロジーを使ってデータベース化しています。文献から手作業で抽出したパスウェイ情報を格納しています。
theme: Drosophila
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22120663
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17094236
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18629146
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15089754
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11590099
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-18T00:00:00Z
primary topic: INOH Pathway Database

InterPro
type: Dataset
alternative: Integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites
landing page: http://www.ebi.ac.uk/interpro/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: EBI によるタンパク質のファミリー分類、ドメイン、機能サイトに関する記述を収集した統合データベースです。UniProtやPROSITE、PANTHER、ProDom、SMARTなどタンパク質の特性を収録している複数のデータベースを集結し、様々なレベルでのタンパク質の特徴を提供しています。InterProScanを用いて、ユーザが入力した配列から機能ドメインや構造ドメインを検索することができます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22096229
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22301074
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15980438
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21785143
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18836194
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: InterPro

iProClass
type: Dataset
alternative: Integrated Protein Knowledgebase
landing page: http://pir.georgetown.edu/iproclass/
publisher: Georgetown University Medical Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: UniProtKBおよびUniParc登録タンパク質に対し、タンパクファミリー、機能、パスウェイ、相互作用、構造、構造分類、遺伝子、ゲノム、オントロジー、文献、生物種などを含む90種類以上の生物学データベースのリンク付けを行っているデータベースです。データウエアハウスとハイパーテキストナビゲーション手法を組み合わせて、多数のデータベースのリンク情報を統合したデータを提供しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/4370101
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520030
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21556138
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-15T00:00:00Z
primary topic: iProClass

J*FLY
type: Dataset
alternative: data depository for Drosophila researchers
landing page: http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/index_j.html
publisher: 東京大学 分子細胞生物学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: Jflyでは、ショウジョウバエを中心とした研究を促進する3つのサービスを提供しています。 （１）会員制メーリングリストサービス：ショウジョウバエ研究に関連する情報を交換するメールリストと、bionet.drosophila ニュースグループ記事のメールでの転送を行います。 （２）Jflyホームページ：ショウジョウバエ関連情報（特に日本語の情報）を集積・公開するデータベースを提供しています。 （３）FlyBrain ホームページ：ショウジョウバエ中枢神経系を中心とした画像データベースです。投稿も受け付けています。
theme: Drosophilidae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: J*FLY

JDD
type: Dataset
alternative: Japan Drosophila Database
landing page: http://www.dgrc.kit.ac.jp/~jdd/
publisher: 京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ショウジョウバエ遺伝学のデータベースです。遺伝子一覧表示、唾液染色体のバンドの地図、体の部位の名称、ショウジョウバエ科の生物の紹介、系統分類に重要な文献の検索、2次元電気泳動によるプロテオーム解析結果が収録されています。ショウジョウバエ各部の形態的特徴とその名称の調査、検索システムは特に優れています。
theme: Drosophilidae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JDD

JG-SNP
type: Dataset
alternative: 老年病SNPデータベース
landing page: http://www.tmghig.jp/jg-snp/japanese/top.html
publisher: 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の臨床診断、病理診断、遺伝子多型データをデータベース化したものです。高齢者に特有な疾患と遺伝子多型性との関連に関する研究成果を広く役立てるために構築され、公開されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15336912
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JG-SNP

JMSR
type: Dataset
alternative: Japan Mouse/Rat Strain Resources Database
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/jmsr/top.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: JMSRは国内の入手可能なマウス・ラットリソースのほぼすべてを対象として検索できるデータベースです。本データベースを使って希望するリソースを探し出すと同時に、そのまま提供元の機関にアクセスして注文することができます。データは各機関の協力により定期的に更新しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JMSR

JSNP
type: Dataset
alternative: Japanese Single Nucleotide Polymorphisms
landing page: http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index.html
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 日本人の持つ約19万7000の一塩基多型（SNPs）データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して公開しているデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12436197
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752280
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12426569
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JSNP

KEGG BRITE
type: Dataset
alternative: Functional hierarchies and binary relationships of biological entities
landing page: http://www.genome.jp/kegg/brite.html
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 生命システムを様々な観点から機能分類し、階層的に表現したデータベースで、文献等から手作業で作成されています。「パスウエイ・オントロジー」、「遺伝子・タンパク質」、「病気・医薬品」、「化合物・化学反応」、「生物種・細胞」について、階層的な分類が表示されます。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG BRITE

KEGG EXPRESSION Database
type: Dataset
landing page: http://www.genome.jp/kegg/expression/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: ラン藻Synechocystis PCC6803、枯草菌、大腸菌W3110 株、窒素固定ラン藻アナベナ PCC7120、その他、日本の研究コミュニティが寄与した生物種の遺伝子発現プロファイルデータのレポジトリです。
theme: Synechocystis sp. PCC 6803
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 7120
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG EXPRESSION Database

KEGG LIGAND Database
type: Dataset
alternative: Molecular building blocks of life in the chemical space
landing page: http://www.genome.jp/kegg/ligand.html
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 生体機能と関連する化合物と反応に関する情報を収めたデータベースです。分子量や構造などの化合物そのものの情報の他に、化合物が関連するKEGG PATHWAYへのリンクが含まれています。KEGG COMPOUND, GLYCAN, REACTION, RPAIR, RCLASS, ENZYMEのデータベースから構成されます。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG LIGAND Database

KEGG PATHWAY Database
type: Dataset
alternative: Wiring diagrams of molecular interactions, reactions, and relations
landing page: http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 代謝、様々な細胞プロセス、ヒト疾患などに関する分子ネットワークの知識を表現したパスウェイマップを収録しています。マップは文献等から手作業で作成しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG PATHWAY Database

KEGG SSDB Database
type: Dataset
alternative: Sequence Similarity Database (Orthologs/paralogs, conserved gene clusters, and sequence motifs)
landing page: http://www.kegg.jp/kegg/ssdb/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: KEGG GENES データベースをもとに、完全ゲノム配列決定されている全生物種を対象としてそのアミノ酸配列の類似性スコアがデータベース化されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-11-18T00:00:00Z
primary topic: KEGG SSDB Database

KOME
type: Dataset
alternative: Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia
landing page: http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 「イネ完全長cDNAプロジェクト」において、日本晴イネ由来の各種組織、ストレス処理等をおこなった組織より、完全長cDNAライブラリーを構築し、機能解析を行った約28,000種類のイネ完全長cDNAの情報を公開しています。 核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれます。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12869764
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18043742
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-08-07T00:00:00Z
primary topic: KOME

KONCHU
type: Dataset
alternative: 昆虫学データベース
landing page: http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/index-j.html
publisher: 九州大学 大学院農学研究院
  country: 日本
  type: Organization
description: 昆虫学データベース(KONCHU)は、日本および東アジア、大平洋地域産昆虫 (クモ・ダニ類を含む)に関する種情報データベースの総称で、次のデータベースを含んでいます：昆虫学文献データベース、有用昆虫画像データベース、日本産昆虫目録データベース、日本産昆虫学名和名辞書、熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース、九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベース、九州大学総合研究博物館所蔵甲虫類標本データベース。
theme: Arthropoda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KONCHU

KONCHUR
type: Dataset
alternative: 昆虫学文献データベース
landing page: http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/konchur/index-j.html
publisher: 九州大学 大学院農学研究院
  country: 日本
  type: Organization
description: 昆虫学文献データベース(KONCHUR)は日本の主要な昆虫学・動物学雑誌について、掲載された各論文中の昆虫(クモ・ダニ類を含む)の分類単位(種、属、科等の学名または和名)を一つのレコードとした文献データベースです。日本語と英語に対応しています。扱われている昆虫は、日本国内のみならず、アジア、太平洋地域産の種も多く含まれています。各レコードには、著者名、表題名、掲載誌名、巻号頁、刊行年、目名、科名、同物異名、分布、分類、形態、生態、生理等に関するキーワードなど13項目を収録しています。備考には、新種の模式産地、模式標本の所在地、寄生種の寄主など有用な情報も多数採録しています。
theme: Arthropoda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KONCHUR

LeEST
type: Dataset
landing page: http://yoshiki.life.shimane-u.ac.jp/Ledodes.EST/est%20homepage/LeEST.html
publisher: 島根大学
  country: 日本
  type: Organization
description: シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定しました。EST番号、配列、NCBI BLASTによるホモロジー検索結果（ホモログと相同性）を表形式で掲載しています。
theme: Lentinula edodes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18357445
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LeEST

NBRP Legume Base
type: Dataset
landing page: http://www.legumebase.brc.miyazaki-u.ac.jp/index.jsp
publisher: 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ミヤコグサ、ダイズの2種類の収集や情報を提供しているサイトです。分与申し込みもサイト上で受け付けており、種子、DNA、ベクターなどのバイオリソースを検索することが可能です。
theme: Lotus japonicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Glycine max
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP Legume Base

LinkDB Search
type: Dataset
landing page: http://www.genome.jp/linkdb/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: ゲノムネット内データベースとその他 500以上の外部公共データベースの間のクロスリファレンス情報を2項関係ファイルとして取り込み、あるデータベースのあるエントリについて、他のデータベース中の対応するデータを網羅的に検索できるシステムです。外部データベースと内部データベースを区別なく検索する機能や等価なリンクを扱うための機能が備わっています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LinkDB Search

LipidBank
type: Dataset
landing page: http://lipidbank.jp/
publisher: 日本脂質生化学会 (JCBL)
  country: 日本
  type: Organization
description: 6,000以上の天然生理活性脂質（脂肪酸、グリセロ脂質、スフィンゴ脂質、ステロイド、ビタミン類）について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集したデータベースです。構造はChemDraw、およびMDLMOL形式で提供されます。データベースに登録されている全ての情報は手作業でキュレートを行い、専門家によって承認されたものです。 本ページは旧サイトで、現在はwiki形式で公開されています(http://lipidbank.jp/wiki/Category:LB)。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12058481
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LipidBank

LSD PROJECT
type: Dataset
alternative: ライフサイエンス辞書プロジェクト (LIFE SCIENCE DICTIONARY PROJECT)
landing page: http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/index.html
publisher: 京都大学 大学院薬学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書です。英和検索、和英検索、共起検索、用例、スペルチェックなどが可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できます。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LSD PROJECT

MAGEST
type: Dataset
alternative: MAboya ( the ascidian, Halocynthia roretzi ) Gene Expression patterns and Sequence Tags
landing page: http://magest.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ホヤ卵に存在する母性mRNAのESTと各クローンの発現パターンに関するデータを提供しています。
theme: Halocynthia roretzi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592202
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752271
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MAGEST

MaizeGDB
type: Dataset
alternative: Maize Genetics and Genomics Database
landing page: http://www.maizegdb.org/
publisher: 調査中
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: トウモロコシ研究の総合サイトです。トウモロコシゲノムの配列、変異データ、染色体上でのマッピングデータの他に、研究者の連絡先等の情報を提供しています。
theme: Zea mays
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17202174
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681441
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21565781
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MaizeGDB

MBGD
type: Dataset
alternative: Microbial Genome Database for Comparative Analysis
landing page: http://mbgd.genome.ad.jp/
publisher: 自然科学研究機構 基礎生物学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 微生物の比較ゲノム解析結果を収録したデータベースです。約 600の生物種、約200万の遺伝子に加え、数十億件におよぶそれら遺伝子間のホモロジーデータが登録されています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519947
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17135196
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19906735
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MBGD

MEPD
type: Dataset
alternative: Medaka Expression Pattern Database
landing page: http://ani.embl.de:8080/mepd/
publisher: The European Molecular Biology Laboratory
  country: ドイツ
  type: Organization
description: このデータベースはメダカの遺伝子発現情報をin-situ hybridizationで確認した情報を公開しています。ESTのAccessionNumberやキーワード、発現パターン、配列相同性、アノテーション情報から検索することができます。その他にもOnotology情報や発達段階の解説ページがあります。
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519950
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MEPD

MeSH
type: Dataset
alternative: Medical Subject Headings
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 文献や、生物学情報の内容を表すキーワードのデータベースです。このキーワードを利用することで関連する生物学情報を得ることができます。キーワードは階層構造をなしており、より詳細に情報をたどることも、より抽象的な検索をすることも可能です。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21515544
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21805822
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20623263
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18998962
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15360776
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12463886
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12463898
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9929332
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MeSH

MG Workbench
type: Dataset
alternative: Microbial Genome Workbench
landing page: http://www.bioscinet.org/cgi-bin/mgw.pl
publisher: 調査中
description: ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象とした遺伝子の検索や各種解析ツールを提供しています。プロテアーゼによる分解シミュレーション、制限酵素による切断サイトのシミュレーションも行えます。
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MG Workbench

MGC
type: Dataset
alternative: Mammalian Gene Collection
landing page: http://mgc.nci.nih.gov/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 哺乳類の遺伝子全長のcDNAクローンデータベースです。このサイトでは主にヒト、マウス、ラット、ウシの遺伝子名やキーワードで検索でき、そのcDNAクローンの提供先情報などを得ることができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19767417
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15489334
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15489330
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15088387
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12477932
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MGC

MGI
type: Dataset
alternative: Mouse Genome Informatics
landing page: http://www.informatics.jax.org/
publisher: The Jackson Laboratory
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: マウス研究の総合サイトです。マウス遺伝子に関する情報の他、遺伝子発現データ、多型・変異情報、パスウエイ、遺伝性癌症候群モデルラットに関するデータ、マウス各系統の表現型に関する詳細な情報等を提供しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19274630
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592195
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21062809
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21282667
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MGI

miRBase
type: Dataset
alternative: microRNA database
landing page: http://mirbase.org/
publisher: Faculty of Life Sciences (The University of Manchester)
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 公開されているmicroRNAの配列について、配列から予測されるmiRNA前駆体のヘアピン構造(mirで示されます)、成熟miRNAの配列(miRで示されます)、文献情報等が登録されています。様々な検索機能が用意されており、キーワード検索、ゲノム位置による検索、クラスター検索、発現実験による検索、ユーザ自身の配列による検索が行えます。全ての配列とアノテーションはダウンロード可能です。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: miRBase

MitoFish
type: Dataset
alternative: Mitochondrial Genome Database of Fish
landing page: http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/
publisher: 東京大学 大気海洋研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: DDBJ、GenBank、EMBL に登録された魚類の完全長ミトコンドリア・ゲノム情報の容易な検索を可能にし、あわせて関連情報（記載論文情報、標本情報、生物情報など）を提供します。また、このデータセットを対象に、任意のDNA塩基配列データの相同性検索（BLAST）を行なうことができるので、手元に何らかの魚類から得たミトコンドリアDNA の部分塩基配列データがある場合、それが完全長ミトコンドリアゲノム情報が得られている魚種のどれに一致するか、あるいはどれに類似性が高いかを調べることができ、魚類の種判別や同定への助けが得られます。
theme: Gnathostomata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hyperoartia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MitoFish

miyakogusa.jp
type: Dataset
landing page: http://www.kazusa.or.jp/lotus/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 財団法人かずさDNA研究所は、マメ科植物では世界初となるミヤコグサ（Lotus japonicus）のゲノムの解読に成功しました。「miyakogusa.jp」では、得られた成果や情報を公開しており、ミヤコグサのゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ等が掲載されています。マメ科植物は、その根に共生して存在する根粒菌が、空気中の窒素を吸収、固定して宿主（マメ科植物）に供給しています。
theme: Lotus japonicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18511435
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: miyakogusa.jp

MMDBJ
type: Dataset
alternative: Mouse Microsatellite Data Base of Japan
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/mmdbj/top.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けています。日本産野生マウス（Mus musculus molossinus)に注目し、マウス系統間の単純配列長多型(SSLP)の相違を示す実験結果を、PCR条件とともに提供しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15153678
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MMDBJ

MOKUROKU
type: Dataset
alternative: 日本産昆虫目録データベース
landing page: http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/mokuroku/index-j.html
publisher: 九州大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 昆虫目録データベース（MOKUROKU)は、日本産の全昆虫について1種または1亜種 (一部1変種を含む)を一つのレコードとしたデータベースです。日本語と英語に対応しています。各レコードには、科名、属名、(亜)種名、和名、分布の５項目を収録しています。
theme: Arthropoda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MOKUROKU

アサガオホームページ
type: Dataset
alternative: National BioResource Project Morning glory
landing page: http://mg.biology.kyushu-u.ac.jp/
publisher: 九州大学 大学院
  country: 日本
  type: Organization
description: アサガオ突然変異系統の収集・保存・提供を行っているページです。系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログのほか、遺伝子リストや連鎖地図など、分かりやすい解説ページとして掲載されています。アサガオの栽培方法についても詳細に記されています。
theme: Ipomoea nil
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: アサガオホームページ

MRCD
type: Dataset
alternative: Microbial Resources and Chemotaxomy Database
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/mrcd/servlet/MainServlet
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 知的基盤分類番号をIDとする微生物情報のデータベースです。オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報がテキストベースで得られます。Type strain（基準株）が微生物菌株保存機関に寄託されている場合、それぞれの機関にリンクが張られています。DDBJ/EMBL/GenBankや関連データベースサイトであるRDPなどにもリンクが張られています。微生物名の他、化学分類指標、系統学的位置、生理学的性質、形態、単離法／培養法、生育環境など様々な条件による検索が可能です。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MRCD

Mycoplasma penetrans Genome
type: Dataset
landing page: http://www.nih.go.jp/Mypet/
publisher: 厚生労働省 国立感染症研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マイコプラズマ (M. penetrans、M. pneumoniae) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されています。M. penetransについては、完全長ゲノム配列、アミノ酸配列、アノテーションテーブルを取得できます。
theme: Mycoplasma penetrans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12466555
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12486060
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Mycoplasma penetrans Genome

NBRC Culture Catalogue Search
type: Dataset
landing page: http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCDispSearchServlet
publisher: 独立行政法人製品評価技術基盤機構
  country: 日本
  type: Organization
description: NBRC (NITE Biological Resource Center)は、微生物資源を研究、教育、産業に利用するための基盤整備を推進しています。生物遺伝資源センターとして、古細菌・放線菌を含む細菌、酵母、糸状菌、微細藻類、ファージ、DNAリソースなど、潜在能力のある生物遺伝資源を収集・保存・提供しています。本サイトではこれら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
theme: Bacillus pumilus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NBRC Culture Catalogue Search

NBRP Chrysanthemum
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/chrysanthemum/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 広義キク属の分与、保存を目的としています。属種別の画像が掲載されており、その種類はこのサイトで定義されているAccessionNumberで管理されています。
theme: Chrysanthemum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP Chrysanthemum

NBRP E.coli Strain (The Cloning Vecter Collection)
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/top/top.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 大腸菌や大腸菌組み換えDNA操作ベクター、ラムダファージのコレクションの検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。各生物資源に関する情報や、資源利用した時に得られた成果発表に関する情報を提供しています。
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP E.coli Strain (The Cloning Vecter Collection)

NBRP Medaka
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: メダカバイオリソースに関する情報を提供しています。組織、発生段階等の情報から絞り込んで目的の資源を分与申し込みすることが可能です。また、Medaka Atlasなどの情報へのリンク、BLAST検索ツールへのリンクも貼られています。
theme: Oryzias
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP Medaka

Oryzabase
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabaseV4/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイトです。種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されています。
theme: Oryza
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Oryzabase

KOMUGI
type: Dataset
alternative: Wheat Genetic Resources Database KOMUGI
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/komugi/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: コムギの統合データベースです。1996年にコムギ（Triticumと関連種Aegilops）の遺伝資源に関心の高い研究者らにより作成され、現在は系統情報に加えてゲノム関連情報として遺伝子記号のカタログ情報、ESTクローンおよび遺伝子配列情報、さらに各系統の染色体構成や表現型（画像データを含む）などを収録しています。現在、本データベースは2002年に発足した文部科学省：ナショナルバイオリソースプロジェクトにおけるコムギ委員会によって管理されています。
theme: Triticum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Aegilops
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Avena
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KOMUGI

NDB
type: Dataset
alternative: Nucleic Acid Database
landing page: http://ndbserver.rutgers.edu
publisher: The State University of New Jersey
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Nucleic Acid Database Project (NDB) では、核酸の構造情報を収集、配布することを目的としています。各エントリーにつき、核酸配列、構造とその特徴、最初に報告された文献、実験情報、PDBへのリンクなどが表示され、構造座標や構造因子ファイルのダウンロードが可能です。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/1384741
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NDB

NRSub
type: Dataset
alternative: Non-Redundant B.subtilis database
landing page: http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
publisher: Pole BioInformatique Lyonnais
  country: フランス
  type: Organization
description: 枯草菌に関する情報を提供しているサイトです。シーケンス名、遺伝子アクセション番号、全文検索で検索することが可能です。SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENへの相互参照に加えて、遺伝子マッピング情報やコドンの使用頻度情報も掲載されています。
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8594597
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399801
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NRSub

ODB
type: Dataset
alternative: Operon DataBase
landing page: http://operondb.jp/
publisher: 新潟大学 大学院医歯学総合研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 様々な生物種のオペロンの情報を文献から収集し、データベース化しました。また、既知オペロン構造から推測されるオペロン構造もデータベース化しています。さらに、オペロンに関連する遺伝子間距離、マイクロアレイに基づいた遺伝子間の共発現、代謝系などのパスウェイ間での距離、ゲノム間での遺伝子の並びの保存などの情報も統合されています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381886
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21051344
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: ODB

OMIA
type: Dataset
alternative: Online Mendelian Inheritance in Animals
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ヒト、マウス以外の動物の遺伝子疾患を収録したデータベースです。テキストによる解説、文献情報、OMIM, PubMed, Geneへのリンク情報が含まれます。手作業によるキュレートが行われています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520001
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OMIA

OMIM
type: Dataset
alternative: Online Mendelian Inheritance in Man
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Johns Hopkins大学のVictor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集を行っている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。全ての既知のメンデル型遺伝病と12,000以上の遺伝子に関して、テキスト形式の情報やリファレンスが示されます。MEDLINEやEntrezのリンクも含まれます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18842627
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OMIM

National Bioresource Project "Pathogenic microbes" (ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原微生物）
type: Dataset
landing page: http://pathogenic.lab.nig.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 複数の研究機関で収集、保存されている病原微生物について、各研究機関をネットワーク化することにより、病原微生物遺伝資源の収集、保存、提供体制を構築することを目的としています。細菌/放線菌、真菌、原虫のリソースを検索するための統合データベースが提供されています。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-07-05T00:00:00Z
primary topic: National Bioresource Project "Pathogenic microbes" (ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原微生物）

PDB
type: Dataset
alternative: Protein Data Bank
landing page: http://www.pdb.org/pdb/home/home.do
publisher: Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: タンパク質と核酸の三次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共レポジトリで、生物学的構造データの中心的なデータベースとなっています。X線結晶構造解析やNMRなどで実験的に決定されたデータを蓄積しています。タンパク質の立体構造データの他に、アミノ酸配列、GOといったタンパク質に関する情報やタンパク質に結合している化合物の情報を提供しています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22139036
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21976737
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22404998
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PDB

PDBj
type: Dataset
alternative: Protein Data Bank Japan
landing page: http://pdbj.org/#!home
publisher: 大阪大学 蛋白質研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および欧州バイオインフォマティクス研究所(PDBe)と協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21976737
cites as authority: その他多数
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-07-22T00:00:00Z
primary topic: PDBj

PDBSTR
type: Dataset
landing page: http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質立体構造データベースPDBを、京都大学科学研究所で配列解析用に編成しなおしたデータベースです。PDBの１つのエントリーには複数のポリペプチド鎖がふくまれるので、これを別々のエントリーにし、同時に付加情報をつけています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PDBSTR

PEC
type: Dataset
alternative: Profiling of E. coli Chromosome
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 大腸菌ゲノムの全体像を明らかにするために、染色体上の全遺伝子について、特に実験的な機能解析に重要な情報を集積させる目的で構築したデータベースです。各遺伝子につき、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献情報を基に分類）、関連する大腸菌株の情報、既知の欠失変異株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、相同遺伝子、核酸およびアミノ酸配列が掲載されています。ゲノムを欠損させた632種の株の情報も掲載されています。
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18392982
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PEC

PEDANT3 database
type: Dataset
alternative: a Protein Extraction, Description and Analysis Tool
landing page: http://pedant.gsf.de/
publisher: German Research Center for Environmental Health
  country: ドイツ
  type: Organization
description: 数多くの解析ツールで自動的に解析されたゲノムシーケンス情報を提供しています。このサイトには事前に計算されて得られた相同マトリクスデータベースがあり、新しくシーケンスされたゲノム情報に対しても解析をすぐに行うことができるようになっています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11222261
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519983
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608204
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17148486
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18940859
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PEDANT3 database

PEDE
type: Dataset
alternative: Pig Expression Data Explorer
landing page: http://pede.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ブタのゲノム (コンティグ)やcDNA、cSNP (cDNA上のSNP)の配列情報を格納したデータベースです。絞り込み検索により配列やその注釈情報 (他種の配列との類似性検索結果等)を参照できます。また配列のダウンロードやお手持ちの配列との類似性検索 (BLAST)もできます
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17145712
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681463
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PEDE

PEPTIDOME
type: Dataset
landing page: http://www.peptidome.jp/index-j.html
publisher: 国立循環器病センター研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 生体内のペプチドを液体クロマトグラフィや質量分析で網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: PEPTIDOME

Pfam
type: Dataset
landing page: http://pfam.sanger.ac.uk/
publisher: Wellcome Trust Sanger Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-Bから構成されています。最大の特徴は、検索システムとしてHMMERというプログラムを使用している点であり、これにより高速で精度の高いモチーフの検索を可能にしています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381856
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22127870
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Pfam

PharmGKB
type: Dataset
alternative: Pharmacogenomics Knowledge Base
landing page: http://www.pharmgkb.org/
publisher: Stanford University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 薬物応答におけるヒトの遺伝的変異の影響に関する知識を蓄積しているデータベースです。文献より、医薬品や低分子、ジェノタイプ、フェノタイプ、PK/PD、臨床情報、パスウエイの情報を抽出し、重要なファーマコゲノミクス(PGx)遺伝子や薬物パスウエイのデータを集約しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752281
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18949600
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22103613
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PharmGKB

PHYSCObase
type: Dataset
landing page: http://moss.nibb.ac.jp/
publisher: 自然科学研究機構 基礎生物学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 無処理、オーキシン処理、サイトカイニン処理の原糸体由来のヒメツリガネゴケ完全長cDNAライブラリーから得られた８万以上のEST配列や相同性検索結果、実験プロトコルを公開しています。ヒメツリガネゴケのmRNA、contigの配列、同一クローン由来の5'ESTと3'ESTを連結させてペア化した塩基配列のダウンロードファイルや、ヒメツリガネゴケ全配列に対するBLAST検索機能も提供しています。
theme: Physcomitrella patens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PHYSCObase

Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/p_patens.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 基礎生物学研究所より寄託を受けたヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、DDBJ accession number、clone name (NIBB)を指定することが可能です。
theme: Physcomitrella patens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12808149
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18079367
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search

PIR
type: Dataset
alternative: Protein Information Resource
landing page: http://pir.georgetown.edu/
publisher: Georgetown University Medical Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: タンパク質とゲノムの研究をサポートする統合公開バイオインフォマティクスリソースです。PIRは、1984年にタンパク質配列の同定とアノテーションをサポートするためのリソースとしてNational Biomedical Research財団(NBRF)によって設立されました。今日、PIRはプロテオミクスとゲノムクスのデータ統合やタンパク質アノテーションの標準化をサポートするためのリソースとして世界のさきがけとして情報を提供しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520019
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/4370101
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PIR

PLACE
type: Dataset
alternative: A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements
landing page: http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベースです。ユーザ自身の配列からモチーフを検索するシグナルスキャン検索や相同性検索、キーワードによる検索が可能です。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847208
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PLACE

Plant snoRNA Database
type: Dataset
landing page: http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
publisher: Scotthish Corp Research Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 植物の核小体低分子RNAに関するデータベースを提供しているサイトです。配列情報、発現データ、メチル化偽ウリジン化領域や遺伝子バリエーションの数といった情報が提供されています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chlamydomonas reinhardtii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Medicago truncatula
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Solanum lycopersicum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Lycopersicon hirsutum f. glabratum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Solanum tuberosum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Beta vulgaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mesembryanthemum crystallinum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Citrus unshiu
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Triticum aestivum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Zea mays
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hordeum vulgare
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sorghum bicolor
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pinus taeda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Physcomitrella patens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ceratodon purpureus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520043
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10829025
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11469857
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11780637
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11266566
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10380797
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9312032
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9578473
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9596627
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12136108
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11706161
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/223845
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/4447901
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8799814
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9664033
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Plant snoRNA Database

PMD
type: Dataset
alternative: Protein Mutant Database
landing page: http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/~pmd/pmd-j.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質工学への貢献を目的として作られた文献データベースです。対象は、自然変異、人工変異、ランダム変異、部位指定変異などの全ての変異体を含み、グロビン属と免疫グロブリン属以外の全てのタンパク質としています。各エントリ（文献）には、変異の位置、導入したアミノ酸種などが簡潔に表現され、変異の結果、生じた機能や安定性の変化が記述されています。また、SwissprotやPIRなどのタンパク質配列データベースのリンクが掲載されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847227
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8073043
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PMD

Polymorphism of Microsatellite Markers
type: Dataset
landing page: http://www002.upp.so-net.ne.jp/kyama-Q/MS.html
publisher: 九州大学 生体防御医学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度の情報（4868マーカー）をデータベース化したものです。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備しました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Polymorphism of Microsatellite Markers

PRF
type: Dataset
alternative: Protein Research Foundation
landing page: http://www.prf.or.jp/
publisher: 財団法人蛋白質研究奨励会
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質研究奨励会のホームページです。タンパク質文献データベースである「PRF/LITDB」、アミノ酸配列データベースである「PRF/SEQDB」、合成物質データベースである「PRF/SYNDB」が掲載されています。PRF/LITDBは、ペプチドを主題として扱っている文献を収集し、抄録を登録しています。アミノ酸やペプチドの分析手法に関する文献も収録対象となっています。PRF/SEQDBは、短いペプチドの配列や遺伝子の配列から予測されるアミノ酸配列も含んでいます。また、PRF/SYNDBは、化学合成されている非天然アミノ酸・アミノ酸誘導体・ペプチドに関するデータベースです。文献情報、構造とあわせて化学構造式の図も表示されます。いずれのデータベースも文献より情報を収集しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRF

Probe
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 遺伝子型決定や遺伝子発現解析、SNP解析、ゲノムマッピング、遺伝子サイレンシングの研究で用いられているプローブ情報が登録されています。各プローブにつき、配列、文献、実験方法が掲載されています。実験の種類やプローブのタイプで検索することができます。
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Probe

ProDom
type: Dataset
landing page: http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php
publisher: Rhone-Alpes Bioinformatics Center
  country: フランス
  type: Organization
description: Swiss-ProtとTrEMBLのデータから自動生成したタンパク質ドメインファミリーのデータベースです。ProDomデータベースはInterProプロジェクトの一部です。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12230033
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608179
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ProDom

ProMode
type: Dataset
landing page: http://promode.pdbj.org/
publisher: 早稲田大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを使うことによって、アニメーションで観察するすることができます。Chimeのコマンドを利用して、分子の色を変えたり、表示方法を変えたりすることも可能です。基準振動解析の結果から定義された動的なドメインと、それら相互の運動をらせん運動として解析した結果も Chimeで表示されます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15059828
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-11-19T00:00:00Z
primary topic: ProMode

ProNIT
type: Dataset
alternative: Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
landing page: http://www.abren.net/pronit/
publisher: 九州工業大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が含まれています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381846
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11724731
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11987161
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-04T00:00:00Z
primary topic: ProNIT

ProTherm
type: Dataset
alternative: Thermodynamic Database for Protein and Mutants
landing page: http://www.abren.net/protherm/
publisher: 九州工業大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 正常蛋白質及び実験的に作成した変異蛋白質の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。蛋白質の立体構造や安定性を理解するうえで重要です。二次構造や野生型残基へのアクセシビリティ、実験条件（pH、温度、バッファー、イオン、タンパク質濃度）、測定方法、活性情報（Km、Kcat）、文献情報等も含まれています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681373
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381846
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752320
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11987161
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592247
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847203
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-04T00:00:00Z
primary topic: ProTherm

Pseudogene.org
type: Dataset
landing page: http://www.pseudogene.org/
publisher: Yale University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ヒトの偽遺伝子に関する情報を得られるサイトです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17099229
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Pseudogene.org

PubMed
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: MEDLINEおよび生命科学分野のジャーナル文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録など）を収録したデータベースです。全文をフリーで公開している文献については、提供サイトへのリンクが張られています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PubMed

QFBASE
type: Dataset
alternative: カニクイザルcDNAデータベース
landing page: http://genebank.nibio.go.jp/qfbase/index_j.html
publisher: 独立行政法人医薬基盤研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄、脾臓、膵臓、腎臓、心臓、胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供しています。約120,000の5'末端配列 (5'-EST) 、約22,000の3'末端配列、約9,600の全長cDNA配列が現在登録されています。配列はヒト標準遺伝子 (RefSeq) 配列とのホモロジーによって整理されています。現在、ヒト遺伝子名からの検索またはBLASTサーチによるホモロジー検索により、目的のクローンを探すことが出来ます。
theme: Macaca fascicularis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: QFBASE

RAD
type: Dataset
alternative: Rice Annotation Database
landing page: http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネゲノム研究プログラム(RGP)で蓄積されたイネゲノム(1,3,4&10番染色体)のアノテーション情報及び包括的なゲノム解析情報を提供しています。ゲノム上の予測遺伝子や完全長cDNAのアノテーション情報をグラフィカルに参照できます。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608281
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RAD

RAP-DB
type: Dataset
alternative: Rice Annotation Project DataBase
landing page: http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネアノテーションプロジェクト(RAP)によるイネゲノムの高精度注釈(アノテーション)情報を収録したデータベースです。2種類のアノテーションビューア(GBrowse、G-integra)があり、アノテーション情報をグラフィカルに参照できます。また、ユーザー自身の配列とイネゲノム配列の類似性検索(BLAST,BLAT)を行うことができます。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17210932
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18089549
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381971
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17210233
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17035354
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16100779
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RAP-DB

RARGE
type: Dataset
alternative: RIKEN Arabidopsis + Genome Encyclopedia
landing page: http://rarge.psc.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: シロイヌナズナに関する情報を提供しており、BLAST検索、cDNA情報、トランスポゾンの変異、マイクロアレイの結果、ゲノム情報などに加えて、Genome情報とPhenome情報を統合した情報も提供しているサイトです。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608280
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RARGE

RDP
type: Dataset
alternative: The Ribosomal Database Project
landing page: http://rdp.cme.msu.edu/
publisher: Michigan State University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 細菌及び古細菌のrRNA配列を収めたデータベースです。rRNA配列のアラインメントの他に、類似配列検索ツール及びrRNA配列から生物種分類を行う解析ツール等を提供しています。
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8332524
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19004872
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17586664
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RDP

REACTOME
type: Dataset
landing page: http://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.html
publisher: Reactome Team
description: ヒトの生体内の主要反応経路や生化学反応を整備したデータベースです。ヒト以外の20生物種のデータも格納しており、ヒトとの比較ができます。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイ、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われており、SBGN (Sytem Biology Graphical Notation)形式で視覚化されています。パスウエイ解析、生物種間比較、発現解析も行えます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Dictyostelium discoideum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mycobacterium tuberculosis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Staphylococcus aureus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Taeniopygia guttata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Xenopus (Silurana) tropicalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608231
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: REACTOME

READ
type: Dataset
alternative: Riken Expression Array Database
landing page: http://READ.gsc.riken.go.jp
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理研マウスcDNAマイクロアレイで取得した遺伝子発現データのデータベースです。実験情報とデータが登録されており、Web画面上でデータの抽出やグラフィカル表示機能を提供しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752296
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11226216
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: READ

RefSeq
type: Dataset
alternative: Reference Sequence
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています。生物種ごとに、標準となる配列の包括的データセットを提供することを目的としています。配列の情報源はGenBank由来ですが、それらの中から情報を統合して標準となる配列を提供しています。
theme: Fungi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22121212
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18927115
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RefSeq

RGD
type: Dataset
alternative: The Rat Genome Database
landing page: http://rgd.mcw.edu
publisher: Medical College of Wisconsin/Bioinformatics Research Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ラットゲノム研究の総合サイトです。ラット遺伝子に関する情報の他に、ラットの系統に関する情報、病態モデルラットに関するデータ、文献情報等を提供しています。
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21478484
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17151068
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RGD

RhizoBase
type: Dataset
alternative: Genome database for Rhizobia with annotation
landing page: http://genome.microbedb.jp/rhizobase
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したミヤコグサ根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099を含む、19種の根粒菌の全ゲノム配列情報を収録しています。種毎に、ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。
theme: Mesorhizobium loti MAFF303099
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/24275496
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-06T00:00:00Z
primary topic: RhizoBase

Rice PIPELINE
type: Dataset
landing page: http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE/index_ja.html
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 複数のイネ関連データベースを統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索 (BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果からリンクによる各データベースの参照を可能としています。現在はKOME (http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/) に統合しています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681439
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Rice PIPELINE

Rice Proteome Database
type: Dataset
landing page: http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16217611
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/7925250
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9246640
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8888618
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10217180
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11990509
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12163647
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12092839
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12362332
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12359077
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11870777
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12746528
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14673787
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12601077
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12673015
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12576669
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15221768
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15169937
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15276429
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681440
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15045523
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15086826
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15215503
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15069638
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14634867
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14730683
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Rice Proteome Database

RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/cdnaclone.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理研ゲノム科学総合研究センター(GSC)より寄託を受けたシロイヌナズナ完全長cDNAクローン(RAFL clone)のキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号、NCBI Accesion Number、AGI code、cDNA clone nameの指定が可能です。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9778851
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11910074
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608280
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16769687
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search

RMG
type: Dataset
alternative: Rice Mitochondrial Genome
landing page: http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネのミトコンドリアゲノム情報が掲載されています。 ミトコンドリアゲノムの配列や物理地図等の情報を参照できます。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12471441
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-08-07T00:00:00Z
primary topic: RMG

RMOS
type: Dataset
alternative: Rice Microarray Opening Site
landing page: http://cdna01.dna.affrc.go.jp/RMOS
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年開始)に関する総合的な情報が掲載されています。一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681439
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14982972
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15029956
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12956525
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12728997
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12438691
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11967095
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17448460
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11214972
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RMOS

RPG
type: Dataset
alternative: Ribosomal Protein Gene Database
landing page: http://ribosome.med.miyazaki-u.ac.jp/
publisher: 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 24種の真核生物、4種の古細菌、4種の真正細菌のリボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、フグ、ショウジョウバエ、線虫については、ミトコンドリアリボソームタンパク質遺伝子も収録されています。各遺伝子について、核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、オルソロググループの遺伝子構造とマルチプルアラインメントが掲載されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681386
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RPG

SASSC Quick search
type: Dataset
alternative: The Sendai Arabidopsis Seed Stock Center
landing page: http://sassc.epd.brc.riken.jp/sassc/create_search_panel2.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 仙台シロイヌナズナ種子保存センター（SASSC）より寄託されたシロイヌナズナ野生株・近縁種等の種子に関わるデータベースです。各エントリーには葉の表現系や開花情報、写真が掲載されています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SASSC Quick search

RiceGAAS
type: Dataset
alternative: Rice Genome Automated Annotation System (イネゲノム自動アノテーションシステム)
landing page: http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベースです。 遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752265
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-08T00:00:00Z
primary topic: RiceGAAS

SBM DB
type: Dataset
alternative: Systems Biology and Medicine Database
landing page: http://www.lsbm.org/database/index.html
publisher: 東京大学 先端科学技術研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: SBM DBは包括的な遺伝子発現データベースです。 ヒトの正常組織や、様々な、組織や細胞、疾患状態や薬剤による遺伝子発現プロファイルを oligo-nuculeotide DNAマイクロアレイ「GeneChip(R)」により解析したものです。 当データベースの遺伝子発現データは、LSBM（Laboratory for Systems Biology and Medicine）、 およびその共同研究者により提供されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SBM DB

SCMD
type: Dataset
alternative: Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
landing page: http://yeast.gi.k.u-tokyo.ac.jp/datamine/
publisher: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 出芽酵母遺伝子破壊株の形態（出芽の状態）の顕微鏡写真を収集し、形態の様々な特徴をパラメータ化しているデータベースです。細胞の大きさ、細長さ、芽の位置など細胞形態情報を定量的データとして取得する画像処理ソフトウェアを開発し、形態の特徴抽出や類似性による分類を自動的に行います。
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15980577
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681423
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SCMD

SCOP
type: Dataset
alternative: Structural Classification of Proteins
landing page: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
publisher: The Medical Research Council (MRC) Laboratory of Molecular Biology
  country: イギリス
  type: Organization
description: タンパク質の立体構造をドメインを単位として、進化と構造の類縁関係を考慮して階層的に分類したデータベースです。分類は手動で行なわれています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/7723011
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752311
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681400
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18000004
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SCOP

SGD
type: Dataset
alternative: Sugi Genome Database
landing page: http://www.ffpri.affrc.go.jp/labs/cjgenome/indexj.html
publisher: 独立行政法人森林総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 本データベースは、スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性などに関する情報を提供しています。
theme: Cryptomeria japonica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chamaecyparis obtusa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SGD

SGD
type: Dataset
alternative: Saccharomyces Genome Database
landing page: http://www.yeastgenome.org/
publisher: Stanford University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: スタンフォード大学による出芽酵母の分子生物学データベースです。出芽酵母のゲノムや生物学に関する様々な情報が収録されており、キュレーターによって情報の更新や維持がなされています。SGDでは、Gene Name Registryと呼ばれる出芽酵母の全遺伝子名の管理も行っています。
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399804
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22110037
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SGD

SilkBase
type: Dataset
alternative: EST analysis of silkworm gene expression
landing page: http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/index.cgi
publisher: 東京大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 家蚕であるカイコ及び野蚕の一種であるエリサンはわが国独自のモデル生物であり、鱗翅目（絹糸昆虫および農業害虫の多くがここへ入る）の代表として世界の昆虫研究をリードする研究対象となっています。「SilkBase」は、これらカイコとエリサン(将来的に野蚕のクワコを追加)のゲノム情報を使って構築したデータベースで、ショウジョウバエや蚊類のゲノムデータベースなどでは得られない鱗翅目昆虫に特異的な遺伝子情報が大量に登録されています。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Samia ricini
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bombyx mandarina
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14614147
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-11-29T00:00:00Z
primary topic: SilkBase

Silkworm Base
type: Dataset
alternative: Silkworm Genetic Resource Database
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/silkwormbase/index.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコリソースの総合データベースです。系統、変異体遺伝子情報のほか、文献情報等が掲載されており、目的に応じて各種バイオリソースの提供を受けることができます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Silkworm Base

Silver Project: Ape Genome Sequencing
type: Dataset
landing page: http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan paniscus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gorilla gorilla
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pongo pygmaeus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hylobates sp.
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Silver Project: Ape Genome Sequencing

dbSNP
type: Dataset
alternative: The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 1～数塩基の置換、挿入/欠失、反復等の多型情報からなるデータベースです。各SNPについて、集団間での多型頻度の違いを視覚的に比較することもできます。
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125122
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592272
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbSNP

SPAD
type: Dataset
alternative: Signaling Pathway Database
landing page: http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/spad/
publisher: 九州大学 大学院生物資源環境科学府
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子発現や細胞増殖を制御する膨大なシグナル伝達パスウェイ情報を整理し、可視化したデータベースです。SPADでは、細胞内シグナルパスウエイの引き金となる細胞外シグナル分子に基づき、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスの4つのカテゴリーにパスウエイを分類しています。DNAやタンパク質の配列情報の他、タンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質-DNA相互作用の情報も蓄積しています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SPAD

Species 2000
type: Dataset
landing page: http://www.sp2000.org
publisher: University of Reading
  country: イギリス
  type: Organization
description: Species 2000は、生物多様性研究の基本となるデータセットとして、現在知られている地球上の生物（動物、植物、菌類、微生物）の種を全て列挙し、地球生物種カタログの作成を目指しているプロジェクトです。生物種データベース「Catalogue of Life」を公開しています。現在、80種類のデータベースに由来する1,293,517生物種の情報が収録されています。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Species 2000

The NAISTrap Project
type: Dataset
landing page: http://bsw3.aist-nara.ac.jp/kawaichi/naistrap.html
publisher: 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成しました。トラップされた遺伝子の配列と、さらにはその配列に基づいて作成したDNAマイクロアレイを用いてマウス体内における遺伝子発現パターンを解析しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The NAISTrap Project

NBRP-Rat
type: Dataset
alternative: The National BioResource Project for the Rat in Japan
landing page: http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/nbr/Default.aspx
publisher: 京都大学 大学院医学研究科 附属動物実験施設
  country: 日本
  type: Organization
description: ラットの系統、特性、研究対象分野の検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。ラット資源の保存情報、世代数、特性や繁殖方法、参考文献などの情報が提供されています。
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19654430
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15129252
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16584579
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15591307
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP-Rat

TMIG-2DPAGE Database
type: Dataset
landing page: http://www.proteome.jp/2D/J_index.html
publisher: 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 老化の指標となるタンパク質についての二次元電気泳動実験結果を掲載したデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9548301
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: TMIG-2DPAGE Database

Tobacco EST clones from BY-2 cells Database Search
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/n_tabacum.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理研植物科学研究センター(PSC)より寄託を受けたタバコBY-2培養細胞ESTクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、BY-2 EST clone name、DDBJ accession numberを指定することが可能です。
theme: Nicotiana tabacum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15509851
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Tobacco EST clones from BY-2 cells Database Search

TP-Search
type: Dataset
landing page: http://125.206.112.67/tp-search/login_jp.php
publisher: 東京大学 大学院薬学系研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 薬物体内動態を規定する重要な役割を果たしていることが想定される薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベースです。全ての情報は非常に多くの文献から抽出されたものです。トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウスやラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されています。
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15587938
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-02-13T00:00:00Z
primary topic: TP-Search

Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli
type: Dataset
landing page: http://ecoli.aist-nara.ac.jp/xp_analysis/2_components/
publisher: 奈良先端科学技術大学院大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 大腸菌2成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データを公開しています。2成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の解析が可能です。 ※2012年9月時点で画面によってはリンクエラーが生じます。
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12366850
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli

TranspoGene
type: Dataset
alternative: The influence of Transposed Elements (TEs) on the transcriptome of 7 species
landing page: http://transpogene.tau.ac.il/
publisher: Tel Aviv University
  country: イスラエル
  type: Organization
description: 7生物種のタンパク質コード領域に存在する可動性遺伝因子Transposed Elements (TEs) のデータベースです。TEsの種類やファミリー、ホスト遺伝子に関する情報が収録されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ciona intestinalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17986453
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: TranspoGene

Transposon tag line Database Search
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/transposon.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異開発研究チームより寄託を受けたトランスポゾンタグライン（第１および第５染色体上に存在するDs因子の転移により挿入変異が生じたライン）の検索ページです。本カタログにはTail PCRにより得られた配列情報についてblast searchを行い、上位２番目までの挿入位置の候補について、近傍にあるMIPSのAGI code numberにより表示を行っています。多くの場合は１番目に記載された位置が正しいと予想されます。検索はGSCのカタログに掲載されているライン番号、ないしはAGI code numberで行ってください。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8220445
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8893547
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12177482
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14996221
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15840642
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Transposon tag line Database Search

TraP
type: Dataset
alternative: Transcription Product Database
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/trap/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 古細菌7種の間で、代謝経路（解糖系、TCA回路、電子伝達系、アミノ酸生合成、核酸生合成）を比較したデータベースです。種による差分のハイライト表示が可能です。
theme: Aeropyrum pernix
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaeoglobus fulgidus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Methanobacterium thermoautotrophicum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Methanococcus jannaschii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pyrococcus abyssi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pyrococcus horikoshii OT3
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Thermoplasma volcanium
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9598984
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11121031
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-28T00:00:00Z
primary topic: TraP

TRSIG
type: Dataset
alternative: Database on Translational Signals
landing page: http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/trsig/blast.html
publisher: 九州工業大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子発現は転写だけでなく、翻訳のレベルでも制御されています。そこで、mRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベースを構築しました。現在、18種類のウィルス、10種類の植物、10種類の動物のシグナルを収録しています。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: TRSIG

UCSC Genome Bioinformatics
type: Dataset
landing page: http://genome.ucsc.edu/
publisher: University of California, Santa Cruz
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムブラウザ/データベースとして公開しているプロジェクトです。ゲノム上にマッピングされた様々な分子情報や実験データを閲覧する機能や、ホモロジー検索、データダウンロードなどの便利な機能を提供しています。ユーザ側が用意したデータをゲノムブラウザ上に表示させることも可能です。
theme: Mammalia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Vertebrata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Deuterostomia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hexapoda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17993665
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: UCSC Genome Bioinformatics

UniGene
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 転写産物の非冗長配列セット（クラスター）を自動的に生成し、収録しています。各クラスターは別々の遺伝子、あるいは発現偽遺伝子を表し、クラスタごとに相同タンパク、遺伝子発現、ゲノム位置、mRNA配列、EST配列、cDNAクローンの情報を提供しています。
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8849440
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/7670480
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: UniGene

UniProt
type: Dataset
alternative: The Universal Protein Resource
landing page: http://www.uniprot.org/
publisher: UniProt Consortium
  country: アメリカ合衆国
  country: イギリス
  country: スイス
  type: Organization
description: アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。 UniProtKB: 文献情報などを元に手作業で高品質のアノテーションを付けたSwissProtと、機械的にアノテーションを加えたTrEMBLを公開しています。 UniRef: あらかじめ行われた配列相同性検索の結果を提供しています。 UniParc: 配列IDごとに他のデータベースのID等の情報をまとめています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-05-07T00:00:00Z
primary topic: UniProt

UniSTS
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unists
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: STS (Sequence Tagged Site:ゲノム上での位置が決定されている塩基配列情報)の総合データベースです。データソースには、dbSTS、RHdb、GDB、さまざまなヒトマップ、さまざまなマウスマップが含まれます。各STSにつき、定義したPCRプライマー、ゲノムマッピング、e-PCRの結果（配列）、文献等の情報が提供されています。
theme: Triticum turgidum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: UniSTS

UTGB Medaka Genome Browser
type: Dataset
alternative: University of Tokyo Genome Browser
landing page: http://utgenome.org/medaka/
publisher: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: メダカに関して、ゲノムブラウザの利用が可能です。ゲノムブラウザは、洗練されたインターフェースやAJAXによる非同期通信技術により、スムーズに使用できるよう設計されています。Toolkitとしてダウンロードが可能です。
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17932069
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17554307
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: UTGB Medaka Genome Browser

V. parahaemolyticus Genome Information
type: Dataset
landing page: http://genome.bio.titech.ac.jp/bacteria/vpara/
publisher: 東京工業大学 大学院生命理工学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。データ全体の一括ダウンロードも可能です。
theme: Vibrio parahaemolyticus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/6756788
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12620739
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12169621
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12142404
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10834969
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: V. parahaemolyticus Genome Information

XDB
type: Dataset
alternative: Xenopus laevis Database
landing page: http://xenopus.nibb.ac.jp/
publisher: 自然科学研究機構 基礎生物学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されています。アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされています。WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されています。
theme: Xenopus laevis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: XDB

XenoBiores
type: Dataset
alternative: ナショナルバイオリソースプロジェクト 「ネッタイツメガエルの近交化・標準系統の樹立・提供」のWEBサイト
landing page: http://home.hiroshima-u.ac.jp/amphibia/xenobiores/iweb/XenoBiores_Top.html
publisher: 広島大学 大学院理学研究科附属両生類研究施設
  country: 日本
  type: Organization
description: NBRPネッタイツメガエルのプロジェクトは平成24年3月に終了し、同6月に新規事業として再スタートしました。過去に収集されたネッタイツメガエルの近交化、標準系統の樹立、および、その保存と提供を行います。現在は、安田系統、Ivory Coast 系統を提供し、旧NBRP として東京大学で維持してきたNigerian、Golden、および浅島の各系統は、産業技術総合研究所 幹細胞工学研究センター 器官発生研究チームから提供されています。
theme: Xenopus tropicalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-12-10T00:00:00Z
primary topic: XenoBiores

Yeast
type: Dataset
alternative: ナショナルバイオリソースプロジェクト - 酵母
landing page: http://yeast.lab.nig.ac.jp/nig/index.html
publisher: 大阪市立大学 大学院理学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 分裂、出芽酵母株の菌株、プラスミド、ライブラリ、完全長cDNAなどのリソースの検索が可能です。また、それらの分与申し込みも可能です。
theme: Saccharomyces
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: Yeast

カイコ完全長cDNAデータベース
type: Dataset
landing page: http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/kanzencdna/
publisher: 東京大学 大学院農学生命科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコの完全長cDNAデータベースです。カイコ完全長cDNA末端塩基配列データベース、カイコEST塩基配列データベース(SilkBase) を対象にしてBLASTによる相同性検索が可能です。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: カイコ完全長cDNAデータベース

Mutant Panel
type: Dataset
alternative: Tos17ミュータントパネルのページ
landing page: http://tos.nias.affrc.go.jp
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 農業生物資源研究所遺伝子機能研究チームは、イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成しています。このデータベースではトランスポゾンに隣接する塩基配列を検索したり、3次元DNAプールを用いたPCRスクリーニングの結果から系統名を検索できるようにしています。利用にはユーザ登録が必要です。
theme: Oryza sativa Japonica Group
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12897251
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17180734
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8755553
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16100779
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15284490
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11228433
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9291976
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-06-03T00:00:00Z
primary topic: Mutant Panel

原生生物情報サーバ
type: Dataset
landing page: http://protist.i.hosei.ac.jp/index-J.html
publisher: 法政大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 原生生物とその他の微生物の画像（静止画 81037枚、内訳：総計765属、3203種、15434サンプル、および、動画 2261クリップ、淡水産が主）と関連情報を提供しています。
theme: Cryptophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Fornicata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-11-26T00:00:00Z
primary topic: 原生生物情報サーバ

植物遺伝子材料カタログ
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/plant/g101_search.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 平成8年度より植物細胞開発銀行より提供をおこなっていた遺伝子材料について引き続き実験植物開発室より提供を行なっています。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 植物遺伝子材料カタログ

植物培養細胞カタログ
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/plant/c101_search.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 平成8年度より植物細胞開発銀行が提供をおこなっていた植物培養細胞のカタログです。植物細胞開発銀行の業務は2001年4月より理化学研究所バイオリソースセンターに移管しており、現在では実験植物開発室が行なっています。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 植物培養細胞カタログ

統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル
type: Dataset
landing page: http://www.bri.niigata-u.ac.jp/~molecular/db_A.html
publisher: 新潟大学 脳研究所 基礎神経科学部門 分子神経生物学分野
  country: 日本
  type: Organization
description: 高感度の放射活性を利用したDNAアレイを利用して、統合失調症の脳3領域における病態遺伝子プロファイルを取得し、約2-3000個の主要な既知遺伝子mRNAの発現変化率とその個人差を解析した結果を公開しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル

AgriTOGO
type: Dataset
alternative: 農林水産生物ゲノム情報統合データベース
landing page: http://togo.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 農林水産生物ゲノム情報統合データベースは、農林水産省の研究の成果として公開している情報を統合し、より価値の高い情報を発信することを目的としています。統合検索システム、統合データベース、データベースや解説ツールの紹介、ダウンロードデータなどを提供しています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-08T00:00:00Z
primary topic: AgriTOGO

3DPSD
type: Dataset
alternative: ３次元医薬品構造データベース
landing page: http://www.pharmis.org/jp/3dpsd/index.htm
publisher: 東京薬科大学 薬学部
  country: 日本
  type: Organization
description: ３次元医薬品構造データベース(3DPSD)は医療用医薬品の３次元構造を格納したデータベースで、全ての構造データを公開しています。3DPSDは医薬品の一般名（英名）をアルファベット順に収納し、名称により検索できる階層型データベースと、平面構造式を用いて医薬品を検索できる構造検索システムから成ります。階層型データベースが収納する３次元構造データは、分子モデリングの手法によって計算された分子の最安定構造や分子の運動性を表すアニメーション、電子密度面に貼り付けた静電ポテンシャルマップなどを提供しています。
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 3DPSD

GETDB
type: Dataset
alternative: Gal4 Enhancer Trap Insertion Database
landing page: http://kyotofly.kit.jp/stocks/GETDB/getdb.html
publisher: 京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定しました。また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにしました。本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されています。
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12324948
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GETDB

TABR
type: Dataset
alternative: Tropical Asian Bees Reference Database
landing page: http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/tabr/index-j.html
publisher: 九州大学 大学院農学研究院
  country: 日本
  type: Organization
description: 熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース(TABR)は、熱帯・亜熱帯アジア産ハナバチ類に関する主要な文献について、掲載された各文献中のハナバチの分類単位(種、属、科等の学名)を一つのレコードとした英語による文献データベースです。各レコードには、科名、属名、同物異名、分布のほか、文献、模式産地、模式標本の所在地など11項目を採録しています。
theme: Apoidea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: TABR

Soybean Proteome Database
type: Dataset
alternative: ダイズプロテオームデータベース
landing page: http://proteome.dc.affrc.go.jp/Soybean/
publisher: 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 2D-PAGEによるダイズのプロテオーム解析の結果を主に収録しているデータベースです。ダイズの各器官に存在するタンパク質や細胞内局在性を示すタンパク質を泳動写真マップから閲覧することが可能です。またトランスクリプトーム解析、メタボローム解析のデータ、及び各種実験のプロトコルPDFも公開しています。
theme: Glycine max
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19489578
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22661982
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-09T00:00:00Z
primary topic: Soybean Proteome Database

民族薬物データベース
type: Dataset
landing page: http://ethmed.u-toyama.ac.jp/Search_jp/
publisher: 富山大学 和漢医薬学総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 民族薬物データベースには、民族薬物資料館に保管されている生薬の標本情報及び学術情報が収録されています。その内、和漢薬4,800点（英語3,500点）、ユナニー生薬177点、タイ生薬668点を公開しています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 民族薬物データベース

日本で維持されている可移植性腫瘍株一覧表
type: Dataset
landing page: http://www.idac.tohoku.ac.jp/dep/ccr/JAPAN-2/Ichiran.html
publisher: 東北大学 加齢医学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: この一覧表は、全国の研究者にアンケートを送って移植腫瘍の情報を収集し、まとめたものです。1,002株の情報が収められています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cavia porcellus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryctolagus cuniculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mesocricetus auratus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mastomys natalensis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 日本で維持されている可移植性腫瘍株一覧表

PROSITE
type: Dataset
alternative: Database of protein domains, families and functional sites
landing page: http://prosite.expasy.org/
publisher: Swiss Institute of Bioinformatics
  country: スイス
  type: Organization
description: タンパク質のファミリーやドメインに関するデータベースで、主にUniProtKB/Swiss-Protエントリーのドメイン機能のアノテーションに使用されています。現在、1,000以上のファミリーやドメインに対して特徴的なパターンやプロファイルを収集しています。各ファミリーやドメインを解説した文書エントリーおよびプロファイルやパターンに基づいたProRuleエントリーで構成されています。ユーザーが入力した配列からドメインや機能部位を予測することもできます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12230035
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19858104
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16845026
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16091411
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PROSITE

GeneCards
type: Dataset
landing page: http://www.genecards.org/index.shtml
publisher: Weizmann Institute of Science
  country: イスラエル
  type: Organization
description: オーソロジー、疾患関連、SNPs、遺伝子発現、遺伝子機能はもちろん、広範囲に存在するゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクス情報を効率よく検索できるようにしたヒトゲノム情報のデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20689021
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GeneCards

Epigenomics
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: クロマチン修飾（ヒストン修飾、DNAメチル化、DNA分解酵素フットプリント法）のゲノム網羅的研究結果を収録しています。一研究につき、サンプル情報、アッセイの種類、データソース、文献情報が登録されており、実験データはNCBIシーケンスビューワを用いてゲノム配列上に視覚的に分かりやすく表示されます。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21075792
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Epigenomics

dbVar
type: Dataset
alternative: Database of Genomic Structural Variation
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 大規模なゲノム構造変異（挿入、欠失、転座、逆位など）に関する情報を収録しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbVar

Plasma Proteome Database
type: Dataset
landing page: http://www.plasmaproteomedatabase.org/
publisher: Johns Hopkins University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ヒト血漿タンパク質とそのisoformの包括的リソースです。Isoform特異的発現、関連する疾患、局在、翻訳後修飾、一塩基多型の情報が収集されています。このデータベースで提供される情報は、徹底的な文献調査のもと手作業によるアノテーション付与がなされています。各タンパク質は、キーワードによる検索、あるいは分子機能、ドメイン、モチーフ、PTM、細胞構成成分のカテゴリーから辿ることができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16041672
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Plasma Proteome Database

Amphibian Species of the World
type: Dataset
landing page: http://research.amnh.org/vz/herpetology/amphibia/index.php
publisher: American Museum of Natural History
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 世界に生息する両性類の種のデータベース。階層化された両生類の生物学上の分類が表示され、各分類（網:class、目:order、科:family、亜科:subfamily、属:genus、種:species）ついて同義語、英語名、生息地域（分布）、下位分類、コメントを見ることができます。
theme: Amphibia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Amphibian Species of the World

Ano Base
type: Dataset
alternative: The Anopheles Database
landing page: http://www.anobase.org/
publisher: Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB)
  country: ギリシャ
  type: Organization
description: ガンビエハマダラカ、ネッタイシマカなどのマラリアを媒介する蚊の種名情報やゲノム情報のデータベースです。
theme: Anopheles gambiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Aedes aegypti
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Ano Base

Avibase
type: Dataset
alternative: The World Bird Database
landing page: http://avibase.bsc-eoc.org/avibase.jsp
publisher: Bird Studies Canada
  country: カナダ
  type: Organization
description: 全世界に生息する鳥に関するデータベース。鳥の分布、分類、同義語、各言語での表記法（日本語もある）等を見ることができ、分布は世界地図（画像）で見ることができます。鳥の調査のために世界各地を訪れた際の記録も公開されています。
theme: Aves
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Avibase

BOLD
type: Dataset
alternative: Barcode of Life Data Systems
landing page: http://www.boldsystems.org/views/login.php
publisher: The Consortium for the Barcode of Life (CBOL)
description: DNAバーコード （生物種を特徴付ける短いDNA配列）のデータベース。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18784790
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BOLD

BGPlants
type: Dataset
alternative: Data-base on the plants kept in the Botanical Garden
landing page: http://bean.bio.chiba-u.jp/bgplants/
publisher: 研究用植物データベース作成グループ
  country: 日本
  type: Organization
description: 施設に保存されている研究用植物のデータベース。日本全国の植物園などの施設に系統保存されている植物データの登録・公開を行っています。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BGPlants

Bio-Resourse Network
type: Dataset
landing page: http://bio.tokyo.jst.go.jp/biores/index.htm
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構
  country: 日本
  type: Organization
description: Bio-Resourse Networkの各種システムは、微生物株の分類同定を支援し、ユーザの研究資材データベース作成を支援します。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Bio-Resourse Network

BioCyc
type: Dataset
landing page: http://biocyc.org/
publisher: SRI International
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 各種生物の代謝マップが納められたパスウェイデータベースです。
theme: Agrobacterium tumefaciens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caulobacter vibrioides
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chlamydia trachomatis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli O157:H7
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Haemophilus influenzae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Helicobacter pylori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mycobacterium tuberculosis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mycoplasma pneumoniae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Shigella flexneri
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Treponema pallidum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Vibrio cholerae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22102576
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16246909
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BioCyc

Blocks
type: Dataset
landing page: http://blocks.fhcrc.org/
publisher: Fred Hutchinson Cancer Research Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 類似タンパク質のアミノ酸配列のマルチプルアライメントから自動的に抽出したモチーフのデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Blocks

CAGE Basic Viewer
type: Dataset
landing page: http://fantom31p.gsc.riken.jp/cage/mm5/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: CAGE法によって集められたRNAライブラリやCAGEライブラリなどのデータを検索、閲覧するシステムです。CAGE(Cap Analysis Gene Expression)法とは、遺伝子プロモーター領域を効率よく同定できる手法です。このCAGE法を用いることによって、遺伝子の転写開始点を見つけるために必要な短い配列（タグ）を短時間で大量に収集することができます。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CAGE Basic Viewer

CarpeDB
type: Dataset
alternative: A Comprehensive Database on the Genetics of Epilepsy
landing page: http://www.carpedb.ua.edu/
publisher: The University of Alabama
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 遺伝性てんかんの包括的なデータベースで、遺伝子の情報や論文情報を閲覧できます。また新規データの登録も受付けています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CarpeDB

CGAP
type: Dataset
alternative: The Cancer Genome Anatomy Project
landing page: http://cgap.nci.nih.gov/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 種々の臓器における正常、前癌、癌の各細胞で発現している遺伝子を収録したデータベースです。米国立癌研究所（NCI）のプロジェクトで、正常、前がん状態、がん細胞の発現プロファイルを決定し、がんの発見や診断、治療を向上させることを目標としています。本プロジェクトのリソースはがん関連コミュニティにおいて広く入手することができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11295616
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11280733
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11237021
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11136232
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11272889
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10984457
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10899154
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10751334
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10689348
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10742091
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10889913
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10554005
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11015558
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10933042
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11269648
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9915499
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10023545
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9916919
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9883850
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10207885
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9850058
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9634498
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9676529
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9411767
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9140408
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8968089
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8875945
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CGAP

Codon Table
type: Dataset
landing page: http://www.kazusa.or.jp/java/codon_table_java/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 各種生物のコドンテーブルを掲載。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Codon Table

Conserved Domains and Protein Classification
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 蛋白質の保存されたドメイン構造についてのアノテーションデータベースです。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21109532
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15215404
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17135202
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12368255
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Conserved Domains and Protein Classification

CREB Target Gene Database
type: Dataset
landing page: http://natural.salk.edu/CREB/
publisher: Salk Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 転写因子CREB（cyclic AMP response element-binding protein：cAMP応答配列結合タンパク質）の標的遺伝子のデータベースです。データベース内の各遺伝子には以下の情報が与えられています。 1. プロモータ上のCREB結合部位 2. CREBによるプロモータ局在 3. 細胞組織内のcAMPによる遺伝子活性化
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15753290
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CREB Target Gene Database

DGVa
type: Dataset
alternative: Database of Genomic Variants Archive
landing page: http://www.ebi.ac.uk/dgva/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム上の構造多型データベース。すべての生物種および表現型の生物の構造多型を対象に登録されたデータを、閲覧、ダウンロードすることができます。収録データは、構造多型、ゲノム上の挿入(insertions)、欠失(deletions)、コピー数多型(CNVs：copy number variants)が対象となっています。NCBIのDbVarとカナダのDGVとの国際共同データベースの一環です。
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DGVa

Disease Ontology Wiki
type: Dataset
landing page: http://do-wiki.nubic.northwestern.edu/index.php/Main_Page
publisher: Center for Genetic Medicine
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 疾患オントロジー。この疾患オントロジーでは、病気とその関連症状を特定の医学コードに容易にマッピングできるように設計されています。
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19594883
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19478018
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18314582
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Disease Ontology Wiki

EcoCyc
type: Dataset
landing page: http://ecocyc.org/
publisher: SRI International
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 大腸菌の代謝系の情報データベース。代謝系のマップの表示、経路に関連したタンパク質の情報の取得が可能です。
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21097882
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EcoCyc

EGO
type: Dataset
alternative: Eukaryotic Gene Orthologues
landing page: http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/ego/
publisher: Dana-Farber Cancer Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 真核生物のオーソロガス遺伝子のデータベース。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EGO

ENZYME
type: Dataset
alternative: Enzyme nomenclature database
landing page: http://enzyme.expasy.org/
publisher: Swiss Institute of Bioinformatics
  country: スイス
  type: Organization
description: 酵素の分類、名前、機能、基質、生成物、阻害剤などを登録したデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ENZYME

EROP-Moscow
type: Dataset
alternative: Endogenous Regulatory OligoPeptide knowledgebase
landing page: http://erop.inbi.ras.ru/
publisher: Swiss Institute of Bioinformatics
  country: スイス
  type: Organization
description: オリゴペプチド配列のデータベース。オリゴペプチドの構造、機能、翻訳後修飾等、クォリティの高いアノテーションを提供しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381860
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EROP-Moscow

Experimental Animal Database Search
type: Dataset
landing page: http://shigen.lab.nig.ac.jp/animal/animal1.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 実験動物の情報データベースです。日本実験動物協会が収集及び提供する動物実験関連情報を検索することができます。
theme: Metazoa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Experimental Animal Database Search

FABA
type: Dataset
alternative: Four-dimensional Ascidian Body Atlas
landing page: http://chordate.bpni.bio.keio.ac.jp/faba/1.4/top.html
publisher: 慶應義塾大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 多細胞生物の発生の時間的経過に伴う３次元構造画像のデータベース。カタユウレイボヤの受精卵から孵化後幼生までの26段階の発生ステージについて、形態の3次元画像および断面画像を取得し、データベース化しています。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することにより得られたものです。
theme: Ciona intestinalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17557317
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FABA

FACTS
type: Dataset
alternative: Functional Association/Annotation of cDNA Clones from Text/Sequence Sources
landing page: http://facts.gsc.riken.go.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子に、文献情報をマッピングしたデータベースです。
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12819151
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FACTS

FIDD
type: Dataset
alternative: The Frequency of Inherited Disorders Database
landing page: http://medic.cardiff.ac.uk/fidd/
publisher: Cardiff University School of Medicine
  country: イギリス
  type: Organization
description: 世界中の遺伝病に関する情報を文献から収集・整理したデータベース。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FIDD

FishBase
type: Dataset
landing page: http://www.fishbase.org/search.php
publisher: FishBase Consortium
description: 世界中に生息する魚類の詳細な情報を集めたデータベースです。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: FishBase

Flytrap
type: Dataset
landing page: http://www.fly-trap.org/
publisher: The University of Edinburgh
  country: イギリス
  type: Organization
description: ショウジョウバエ脳におけるP（Gal4）line の発現パターンを収録したデータベースです。
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Flytrap

FMRIDC
type: Dataset
alternative: The fMRI Data Center
landing page: http://www.fmridc.org/f/fmridc
publisher: University of California
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 機能的磁気共鳴映像法（fMRI）データの集積所としての役割をはたしているサイトです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FMRIDC

FMA
type: Dataset
alternative: FoundationalModelAnatomy
landing page: http://protege.cim3.net/cgi-bin/wiki.pl
publisher: University of Washington
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 人の解剖学基本模型データベース。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14759820
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14759821
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FMA

GeMCRIS
type: Dataset
alternative: Genetic Modification Clinical Research Information System
landing page: http://www.gemcris.od.nih.gov/Contents/GC_HOME.asp
publisher: Office of Biotechnology Activities
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 600以上の遺伝子治療方法、遺伝子導入に関する情報をまとめたデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GeMCRIS

GENATLAS
type: Dataset
landing page: http://genatlas.medecine.univ-paris5.fr/
publisher: Universite Rene Descartes
  country: フランス
  type: Organization
description: ヒトゲノム計画の成果を公開している分子生物学データベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GENATLAS

GenBank
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 公に利用できる注釈付きDNA配列のデータベース。 The International Nucleotide Sequence Database Collaborationの一部。 the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) と相互にデータ交換を毎日行っています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22144687
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21071399
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GenBank

BioGPS
type: Dataset
landing page: http://biogps.org/
publisher: Genomics Institute of the Novartis Research Foundation
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ヒトおよびマウスの遺伝子発現情報データベース。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19919682
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BioGPS

GeneLoc
type: Dataset
landing page: http://genecards.weizmann.ac.il/geneloc/index.shtml
publisher: Weizmann Institute of Science
  country: イスラエル
  type: Organization
description: ヒト染色体の統合化されたマップを公開しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12855462
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GeneLoc

GenomeNet
type: Dataset
landing page: http://www.genome.jp/ja/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: ゲノムネットは、生物学・医学に関連したさまざまなデータベースと解析ツールが誰でも自由に利用できるインターネットサービスです。世界中に存在する生物学・医学関連の多様なデータベースを、各研究者のデスクトップで統合して利用できる環境を目指しています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: GenomeNet

GISD
type: Dataset
alternative: Global Invasive Species Database
landing page: http://www.issg.org/database/welcome/
publisher: The Invasive Species Specialist Group
description: 全世界の侵入生物種（invasive species）に関するデータベース。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GISD

GOALL
type: Dataset
landing page: http://shigen.lab.nig.ac.jp/ontology/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: GeneOntology、TraitOntology、Taxonomyのデータ構造のビューア。元のデータはGene Ontology Database http://www.godatabase.org/dev/database/から得ています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GOALL

RIKEN Hub Database Project
type: Dataset
landing page: http://omicspace.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: タイリングアレイ（遺伝子発現情報）とゲノム情報を組み合わせて統計的に解析することにより、遺伝子の構造を高い精度で推定する新しい情報処理技術を開発しました。この技術をシロイヌナズナのデータに適用し、これまでに知られている約２万７千の遺伝子領域のほかにも、約５千２百箇所の領域で発現している新たな遺伝子構造を見出し公開しています。遺伝子のネットワークや変異体の有無に関する情報もあわせて提供しています。「Forward Genetics」、「Reverse Genetics」、「Data Integration」、「Estimation of Candidate Genes」を連携させた「統合Genetics」としてのシステムであり、また、この処理を行うために独自に開発したプログラムARTADE（アートエード）の全ソースコード（プログラム内容）も公開しています。近年のゲノミクスの発展によって、膨大な量の公開データとバイオリソースの蓄積が進行しています。これらをバイオインフォマティクスによって統合化し、より効率的な原因遺伝子探索のストラテジーを作り出すことを目的としています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RIKEN Hub Database Project

HIV Structural Database and Chem-BLAST
type: Dataset
landing page: http://xpdb.nist.gov/hivsdb/hivsdb.html
publisher: National Institute of Standards and Technology
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: HIVの構造データベース。2次元構造（化学式）、3次元構造（立体構造）どちらも見ることができます。
theme: Human immunodeficiency virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15861385
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16508960
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HIV Structural Database and Chem-BLAST

HOVERGEN
type: Dataset
alternative: Homologous Vertebrate Genes Database
landing page: http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hovergen.php
publisher: Pole BioInformatique Lyonnais
  country: フランス
  type: Organization
description: ACNUC sequence databaseを下地とした脊椎動物遺伝子のデータベース。FamFetch application をインストールすると、GUIからアライメントや系統樹を見ることができます。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8036164
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15713731
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: HOVERGEN

Hoppsigen
type: Dataset
alternative: Homologous Processed Pseudogenes database
landing page: http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hoppsigen.html
publisher: Pole BioInformatique Lyonnais
  country: フランス
  type: Organization
description: プロセス型偽遺伝子のデータベース。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608268
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Hoppsigen

HOSTS
type: Dataset
alternative: A Database of the World's Lepidopteran Hostplants
landing page: http://www.nhm.ac.uk/research-curation/research/projects/hostplants/
publisher: Natural History Museum
  country: イギリス
  type: Organization
description: 世界中に生息するチョウやガの幼虫が食べる植物の情報を集めたデータベース。
theme: Lepidoptera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HOSTS

HS3D
type: Dataset
alternative: Homo Sapiens Splice Sites Dataset
landing page: http://www.sci.unisannio.it/docenti/rampone/
publisher: Universita degli Studi del Sannio di Benevento
  country: イタリア
  type: Organization
description: GenBankから抽出したヒトのエキソン、イントロン、スプライス領域のデータセットを提供しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HS3D

Human Genome Segmental Duplication Database
type: Dataset
landing page: http://projects.tcag.ca/humandup/
publisher: The Centre for Applied Genomics
  country: カナダ
  type: Organization
description: ヒトゲノムの重複断片のデータベース。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Human Genome Segmental Duplication Database

IARC TP53 Database
type: Dataset
landing page: http://p53.iarc.fr/
publisher: International Agency for Research on Cancer
  country: フランス
  type: Organization
description: p53の変異、遺伝病、その解析結果のデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17311302
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12007217
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10084119
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10447253
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399837
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9016527
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8594564
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/7937055
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: IARC TP53 Database

IMGT/LIGM-DB
type: Dataset
alternative: IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®/LIGM-DB
landing page: http://www.imgt.org/ligmdb/
publisher: CNRS (The National Center for Scientific Research)
  label: Montpellier University, Montpellier
  country: フランス
  type: Organization
description: ヒトおよびその他の脊椎動物の免疫グロブリン、T細胞受容体に関するアノテーションが付与された配列のデータベースです。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381979
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18978023
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-18T00:00:00Z
primary topic: IMGT/LIGM-DB

INE 稲
type: Dataset
alternative: INtegrated Rice Genome Explorer
landing page: http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネの染色体の連鎖地図、物理地図、EST Mapを掲載。現在はWhoGA (http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/index.html.ja) から提供されています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592192
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-08T00:00:00Z
primary topic: INE 稲

Kyushu University Rice Database
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/rice-kyushu/htdocs/main.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター植物遺伝子開発分野が収集および保存しているイネ品種・系統のデータベース。国内外の品種系統(HO系統、1,398 系統)、FAO国際共同研究供試品種(IBP系統、276 系統)、国内外の陸稲品種(UP系統、342系統)を含んでいます。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Kyushu University Rice Database

LOCATE
type: Dataset
alternative: subcellular localization database
landing page: http://locate.imb.uq.edu.au/
publisher: The University of Queensland
  country: オーストリア
  type: Organization
description: 理研のFANTOM3のタンパク質配列セットに対して、膜組織や細胞内局在性に関する情報を人の手で付加したデータのデータベース。膜組織は MemO pipeline を用いて予測しており、細胞内局在は免疫蛍光検査測定法と人の手による文献の調査によって決定しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17986452
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381849
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LOCATE

MAEDA
type: Dataset
alternative: Micro Array Expression DAta search
landing page: http://rarge.psc.riken.jp/microarray/microarray.pl
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: シロイヌナズナの遺伝子発現データベース。 RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia：http://rarge.gsc.riken.jp/index.html のページで提供されています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12164808
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12444421
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MAEDA

MassBank
type: Dataset
alternative: High Resolution Mass Spectral Database
landing page: http://www.massbank.jp/
publisher: MassBank プロジェクト
  country: 日本
  type: Organization
description: 代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20623627
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MassBank

MnM
type: Dataset
alternative: Minimotif Miner (Application to search for short sequence motifs in proteins)
landing page: http://mnm.engr.uconn.edu/MNM/SMSSearchServlet
publisher: University of Connecticut
  label: University of Nevada
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 翻訳後修飾、タンパク質・核酸・小分子との結合、タンパク質輸送に関与する短い機能モチーフのデータベース。モチーフを選択する助けとしてMnMではモチーフをランク付けしています。このランク付けは、プロテオーム頻度、タンパク質表面予測、進化的保存性に基づいて行われています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22146221
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18978024
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16489333
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MnM

Mouse Genetic Resources
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/nig/locale/change
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 系統生物研究センター・哺乳動物遺伝研究室
  country: 日本
  type: Organization
description: 国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室において維持されているマウス系統に関する情報、及びそれらのマウス系統を用いた遺伝解析に必要な基礎情報を提供しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: Mouse Genetic Resources

Mouse SAGE Site
type: Dataset
landing page: http://mouse.img.cas.cz/sage/
publisher: Institute of Molecular Genetics of the ASCR, v.v.i.
  country: チェコ
  type: Organization
description: マウスの様々な組織や細胞株から生成された SAGE (Serial Analysis of gene expression) ライブラリのデータベース。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681462
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Mouse SAGE Site

Myc Cancer Gene
type: Dataset
landing page: http://www.myccancergene.org/
publisher: Johns Hopkins University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Myc標的遺伝子およびMycと癌の関連をまとめたデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14519204
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Myc Cancer Gene

NONCODE
type: Dataset
landing page: http://www.noncode.org/NONCODERv3/
publisher: Bioinformatics Research Group, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences.
  country: 中国
  type: Organization
description: あらゆる種類の非コードRNA（noncoding RNAs）のデータベース（tRNAとrRNAは除く）です。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22135294
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18000000
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608158
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NONCODE

OBIS
type: Dataset
alternative: Ocean Biogeographic Information System
landing page: http://www.iobis.org/ja
publisher: Census of Marine Life
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 様々な情報源（データベース）の海洋学関連のデータを評価・統合し、多数の海洋生物に関するデータを閲覧、検索できるサイトです。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: OBIS

OBO
type: Dataset
alternative: Open Biomedical Ontologies
landing page: http://www.obofoundry.org/
publisher: Berkeley Bioinformatics Open-source Project
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 医学・生物学分野で使用される語彙を収集し、構造化しています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16564748
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17321117
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16549013
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16964349
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16442850
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16435295
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16360342
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OBO

Okdb
type: Dataset
alternative: Ovarian Kaleidoscope Database
landing page: http://ovary.stanford.edu/
publisher: Stanford University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 卵巣内で発現する遺伝子の生物学的機能、発現パターン、発現規則に関する情報を集めたデータベース。
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22441797
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Okdb

OWL
type: Dataset
landing page: http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/OWL/index.php
publisher: University of Manchester Bioinformatics Education and Research
  country: イギリス
  type: Organization
description: Swiss-Prot, PIR, GenBank（翻訳したもの）, NRL_3Dのデータをもとにして、重複がないように再構成したものです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OWL

PDBsum
type: Dataset
landing page: http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: PDB (Protein Data Bank)に登録されているタンパク質の巨大分子構造をひと目で概観できる画像データベース。タンパク質の分子構造や相互作用を図で見ることができます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18996896
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608193
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125097
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9433130
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17384425
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PDBsum

PlantsT
type: Dataset
alternative: Functional Genomics of Plant Transporters
landing page: http://plantst.genomics.purdue.edu/
publisher: Purdue University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 60種類以上の植物の輸送タンパク質、トランスポーター遺伝子の情報を集めたデータベース。タンパク質の情報（名前、同義語、キーワード、特性、配列、長さ、重量、遺伝子発現データ等）のほかに、タンパク質ファミリーのアライメント、系統樹などを見ることができます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PlantsT

Pmda
type: Dataset
alternative: Pharmaceuticals and Medical Devices Agency (医薬品医療機器情報提供ホームページ)
landing page: http://www.info.pmda.go.jp/
publisher: 独立行政法人医薬品医療機器総合機構
  country: 日本
  type: Organization
description: 医薬品・医療機器等の安全な使用に役立てるため、医薬品関連情報、医療機器関連情報、医療用医薬品および一般医薬品添付文書情報、安全情報を提供しています。
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Pmda

中毒データベース検索システム
type: Dataset
landing page: http://endai.umin.ac.jp/cgi-open-bin/hanyou/lookup/search.cgi
publisher: 大学病院医療情報ネットワーク
  country: 日本
  type: Organization
description: 中毒に関連した情報データベースです。検索条件を入力する前にヘッダーの「中毒情報」や「中毒情報検索（商品分類一覧）」を参照し、原因商品の分類やタイトルを確認すると効率よく検索ができます。医薬品に関する情報だけに留まらず、家庭用品に至るまで身近なものに対し広範囲に網羅しています。
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 中毒データベース検索システム

PRIDE
type: Dataset
alternative: PRoteomics IDEntifications database
landing page: http://www.ebi.ac.uk/pride/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: プロテオームデータの公的レポジトリ。質量分析ペプチドおよび蛋白質の同定データの公的レポジトリ。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19906717
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRIDE

PKR
type: Dataset
alternative: Protein Kinase Resource
landing page: http://www0.nih.go.jp/mirror/Kinases/pk_home.html
publisher: San Diego Supercomputer Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: タンパク質キナーゼの様々な情報（配列、立体構造、アノテーション等）を統合し、Webインタフェースからそれらのデータを閲覧、分析できるシステムです。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PKR

RAFL cDNAs
type: Dataset
alternative: RIKEN Arabidopsis Full-length cDNA
landing page: http://rarge.psc.riken.jp/cdna/cdna.pl
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14,668の非冗長のcDNAグループのクラスタに分類し、また、14,034種のシロイヌナズナ遺伝子について、5'末端の配列データを得、制御領域（プロモーター）データベースを構築したものです。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RAFL cDNAs

RED
type: Dataset
alternative: Rice Expression Database
landing page: http://cdna02.dna.affrc.go.jp/RED/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: REDは、農業生物資源研究所(NIAS)遺伝子発現研究チームと農林水産先端技術研究所(STAFF研)マイクロアレイグループの共同運営組織）によって管理されています。1999年4月から2003年3月までにイネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したページです。現在はKOME（(http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/） に統合しています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RED

REMIB
type: Dataset
alternative: The World Biodiversity Information Network (REMIB)
landing page: http://www.conabio.gob.mx/remib_ingles/doctos/remib_ing.html
publisher: Mexican National Commission on Biodiversity
  country: メキシコ
  type: Organization
description: 生物学的多様性に関する情報を持つ機関・データベースをネットワーク化し、ネットワークに参加しているデータベースの情報に一元的にアクセス・検索することができるシステムです。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: REMIB

Repbase
type: Dataset
landing page: http://www.girinst.org/repbase/
publisher: Genetic Information Research Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 異なる真核生物から得られた反復性DNAを表す原型の配列のデータベースであるRepbase Update(RU) と、電子ジャーナルRepbase Reports(RR)のサービスを提供しています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16093699
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10973072
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9666329
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Repbase

RGP
type: Dataset
alternative: The Rice Genome Research Program
landing page: http://rgp.dna.affrc.go.jp/index.html
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: イネゲノムの高密度分子遺伝地図、酵母人工染色体（YAC）の整列化地図、65000個のEST塩基配列情報、及び、これらESTをYAC整列化地図上に位置づけた発現遺伝子地図が公開されています。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RGP

RIKEN BIORESOURCE CENTER EXPERIMENTAL ANIMAL DIVISION
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/animal/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: バイオリソースセンターにおいて提供を行っている実験動物（マウス）の系統検索等のデータベースのポータルサイト。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RIKEN BIORESOURCE CENTER EXPERIMENTAL ANIMAL DIVISION

老化促進モデルマウス (SAM)研究協議会
type: Dataset
landing page: http://samrc.md.shinshu-u.ac.jp/
publisher: 老化促進モデルマウス（SAM）研究協議会
  country: 日本
  type: Organization
description: 老化促進モデルマウス（SAM）に関する掲載論文の書誌情報データベース。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 老化促進モデルマウス (SAM)研究協議会

SEER
type: Dataset
alternative: Surveillance Epidemiology and End Results
landing page: http://seer.cancer.gov/
publisher: National Cancer Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 1973年からアメリカでの癌の罹患率や生存率、死亡率等、癌に関する統計データを収集しているサイト。30種類以上の癌の情報を集めており、アメリカの人口の約26パーセントをカバーしています。300万人以上の癌患者の腫瘍診断や治療法に関する情報も閲覧することができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SEER

SHIGEN
type: Dataset
alternative: Shared Information of GENetic Resources
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝資源情報の提供者と利用者が一緒に作り上げる情報アーカイブ。SHIGENプロジェクトは <1> 実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供する(WGR) <2> 国内の利用可能な資源に関しては、関連する様々な情報を含めた統合データベースを構築して利用者の便宜を図る <3> 日本の生物遺伝資源委員会の活動に関する最新の情報を提供する (GRC) <4> 国内の遺伝資源に関するデータベース構築を支援する(Databases) などを目的として、国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報センター(三島市)で推進しています。ここでいう「遺伝資源」とは、遺伝物質を含み、増殖、保存、分譲が可能な実験材料(生物個体、 組織、細胞、DNA、笂など)をさします。本センターは国内の遺伝資源情報の中心を担うべく、1998年に設立されました。また2002年7月に発足したナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)における情報中核機関としても機能しています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: SHIGEN

snoRNABase
type: Dataset
landing page: http://www-snorna.biotoul.fr/
publisher: Laboratoire de Biologie Moleculaire des Eucaryotes
  country: フランス
  type: Organization
description: ヒトのsnoRNA（small nucleolar RNA：核小体低分子RNA）に関する包括的なデータベース。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381836
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: snoRNABase

Springer Protocols
type: Dataset
landing page: http://www.springerprotocols.com/
publisher: Springer Science+Business Media
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ライフサイエンスや医学などに主に使われる、実験の手順や注意点などをまとめたプロトコルのデータベースです。18,000件のプロトコルを収録しており、テキスト検索と分野別ブラウズが可能です。Videoプロトコルも収録されています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Springer Protocols

SRS
type: Dataset
alternative: Sequence Retrieval System
landing page: http://srs.ebi.ac.uk/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 生物学に関するサーチエンジン。ライフサイエンスインフォマティックスの統合プラットフォームとして、400以上の世界各地のデータベースをリンクし、独自のIndex生成により一度の検索で全ての関連情報を入手することが可能です。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12176845
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11847095
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15215339
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8435768
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8743681
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SRS

SMD
type: Dataset
alternative: Stanford Microarray database
landing page: http://smd.stanford.edu/
publisher: Stanford University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: マイクロアレイの遺伝子発現データをデータベース化しています。
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18953035
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17182626
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608265
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12519956
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125075
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: SMD

HPV Sequence Database
type: Dataset
landing page: http://www.stdgen.lanl.gov/
publisher: Los Alamos National Laboratory
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 性感染するバクテリアおよびウイルスに関する分子配列情報を集めたデータベース。遺伝子の詳細データや配列、パスウェイなどを見ることができます。
theme: Chlamydophila pneumoniae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chlamydia trachomatis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Haemophilus ducreyi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mycoplasma genitalium
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Neisseria gonorrhoeae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Streptococcus agalactiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Treponema pallidum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ureaplasma urealyticum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Human herpesvirus 1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Human herpesvirus 2
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Human herpesvirus 5
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Human herpesvirus 8
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Suid herpesvirus 1
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Human Papillomavirus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HPV Sequence Database

OSF online
type: Dataset
alternative: Orthoptera Species File Online
landing page: http://orthoptera.speciesfile.org/HomePage.aspx
publisher: Illinois Natural History Survey
  label: Museum of Comparative Zoology
  country: イギリス
  type: Organization
description: 世界中に生息するキリギリス上科の昆虫のデータベース。キリギリス上科に属する昆虫の説明、分布、画像等を見ることができます。
theme: Orthoptera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OSF online

The Chromosome 7 Annotation Project
type: Dataset
landing page: http://www.chr7.org/
publisher: The Centre for Applied Genomics
  country: カナダ
  type: Organization
description: ヒト7番染色体に関するデータベース。ヒト7番染色体に総合的な説明を作成することを目的としています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12690205
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The Chromosome 7 Annotation Project

DRAFT SEQUENCE OF FUGU GENOME ASSEMBLY RELEASE 1, 2, 3 and 4
type: Dataset
landing page: http://fugu.nimr.mrc.ac.uk/News/FuguWebsite_02_04_03.html
publisher: Queen Mary, University of London
  country: イギリス
  type: Organization
description: フグのDNA配列、EST配列を公開しています。
theme: Takifugu rubripes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DRAFT SEQUENCE OF FUGU GENOME ASSEMBLY RELEASE 1, 2, 3 and 4

The New York Botanical Garden
type: Dataset
landing page: http://sciweb.nybg.org/science2/
publisher: International Plant Science Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 世界中の植物に関する記事や本のデータ、700万種以上の植物標本を集めたデータベース。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The New York Botanical Garden

PomBase
type: Dataset
landing page: http://www.pombase.org/
publisher: Sanger Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: Schizosaccharomyces pombeゲノムに関する統合データベース。S.pombeに関する他のサイト、解析ツールへのリンクが充実しており、S.pombeに関する様々な検索、解析がこのサイトから実行できます。
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22039153
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PomBase

United States Regulatory Agencies Unified Biotechnology Website
type: Dataset
landing page: http://www.nbii.gov/termination/index.html
publisher: National Biological Information Infrastructure
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: アメリカ国内で検査を受けた、食品、食料用遺伝子組み換え作物のデータベース。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: United States Regulatory Agencies Unified Biotechnology Website

WBD
type: Dataset
alternative: World Biodiversity Database
landing page: http://wbd.etibioinformatics.nl/bis/index.php
publisher: ETI BioInformatics
  country: オランダ
  type: Organization
description: 世界中の生物種の分類データベース。各生物種についての解説、分類、同義語、文献情報、写真、映像、音声等を閲覧することができます。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: WBD

WER
type: Dataset
alternative: WHO疫学週報トピックス(Weekly Epidemiological Record)
landing page: http://wer.ams.kobe-u.ac.jp
publisher: 神戸大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: WHOの疫学週報、Weekly Epidemiological Record(WER)を邦訳したものを公開しています。この週報は、WHOのHealth Information Management and Dissemination が、国際保健規則（International Health Regulation）に準ずる疾患の流行や事例、あるいは、進行・再興感染症を含む公衆衛生上重要な伝染病に関する迅速な疫学情報を提供するもので、毎週金曜日にWHOのホームページ上で英・仏語で提供されています。その情報を簡単に入手できるように、邦訳、公開をしています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18613558
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: WER

文献データベースPRF/LITDB
type: Dataset
landing page: http://www.prf.or.jp/litdb.html
publisher: 財団法人蛋白質研究奨励会
  country: 日本
  type: Organization
description: 国内のペプチドを主題として扱った論文のタイトル、雑誌名、独自の抄録を収録した文献データベース。内容に応じて10種の分野に文献を分別し、セクションコードが与えられています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 文献データベースPRF/LITDB

マウス画像データベース
type: Dataset
landing page: http://www.miyazaki-med.ac.jp/AnimalCenter/mouseDB/index2.html
publisher: 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 国立遺伝学研究所、浜松医科大学、宮崎大学、埼玉県がんセンター研究所等で維持しているマウス系統の画像、および国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室が所蔵している中国産野生ハツカネズミの標本画像を公開しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus caroli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: マウス画像データベース

家畜ゲノムデータベース
type: Dataset
landing page: http://animal.dna.affrc.go.jp/agp/database-j.html
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 家畜ゲノム解析研究プログラム（略称：ＡＧＰ）で開発されたブタのマイクロサテライトマーカー等のＤＮＡマーカー、ブタ連鎖地図（ToNMaP）等についての情報を提供しています。
theme: Sus scrofa domestica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8138161
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10612229
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11167524
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12648097
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12873213
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12755823
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17145712
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681463
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10690355
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10947985
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12871218
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15777643
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16189668
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16441290
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16263171
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16712934
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17112699
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-06-03T00:00:00Z
primary topic: 家畜ゲノムデータベース

極域動物標本データベース
type: Dataset
landing page: http://animal.nipr.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立極地研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 国立極地研究所が収蔵している全動物標本（約2500点）を掲載しています。極域に生息する生物の理解を少しでも深めるため、標本を撮影し、分類群などで検索できるデータベースとして公開されました。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: 極域動物標本データベース

佐賀大学電子図書館 植物遺伝資源検索
type: Dataset
landing page: http://www.dl.saga-u.ac.jp/z3950/plant/search.html
publisher: 佐賀大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 佐賀大学が所有する、柑橘及びミカン亜科植物の形態、分布、特徴及び画像を収録したデータベース。
theme: Rutaceae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 佐賀大学電子図書館 植物遺伝資源検索

森林生物情報
type: Dataset
landing page: http://www.ffpri.affrc.go.jp/labs/seibut/bcg/index.html
publisher: 独立行政法人森林総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: このデータベースは、森林病害虫獣を含め、日本の森林に関係する種の個々の生態等について簡単な説明と写真を掲載したものです。現在、菌類及び樹木病原性生物28件、昆虫・小動物類116種、鳥獣類14種、昆虫病原微生物32種、カエル類35種を収録しています。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 森林生物情報

動物行動の映像データベース (movie archives of Animal Behavior)
type: Dataset
landing page: http://www.momo-p.com/
publisher: 帝京科学大学 生命環境学部 アニマルサイエンス学科
  country: 日本
  type: Organization
description: 動物行動の映像データベース。動物の行動や種類別に映像を分類しています。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 動物行動の映像データベース (movie archives of Animal Behavior)

苫小牧研究林生命情報データベース (Biological Information in Tomakomai Experimental Forest)
type: Dataset
landing page: http://bioinfo.lowtem.hokudai.ac.jp/toef/bioinfo/index.html
publisher: 北海道大学 総合博物館
  country: 日本
  type: Organization
description: 苫小牧研究林所蔵の標本情報のデータベース。データベースのリストは「日本産昆虫目録データベース(MOKUROKU)」(http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/mokuroku/index-j.html) および「日本産蛾類大図鑑」(講談社 1982)を元に作成しています。
theme: Lepidoptera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 苫小牧研究林生命情報データベース (Biological Information in Tomakomai Experimental Forest)

南極昭和基地周辺の蘚苔類 (Handbook of Antarctic Mosses)
type: Dataset
landing page: http://antmoss.nipr.ac.jp/ham/index_j.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立極地研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 昭和基地周辺の蘚苔類の生態、分布を掲載しています。
theme: Bryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 南極昭和基地周辺の蘚苔類 (Handbook of Antarctic Mosses)

萩庭さく葉標本
type: Dataset
landing page: http://www.p.chiba-u.ac.jp/lab/plant/haginiwa.html
publisher: 千葉大学 大学院薬学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 植物さく葉標本の約５万点が収録されています。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 萩庭さく葉標本

Database for Genetic Engineering of Microalgae (微細藻類遺伝子工学データベース)
type: Dataset
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/db027/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 微細藻類の遺伝子組換えの実用化へ向けて役立つ技術を集めたもので、相互に利用を図ることを目指しています。現在は手持ちのラン藻のホストーベクター系を中心に、ベクターの構造、塩基配列、文献などの情報が収められています。
theme: Anabaena sp.
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Anabaena sp. PCC 7118
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Anabaena sp. PCC 7120
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chlamydomonas reinhardtii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chlorella sorokiniana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Euglena gracilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Fischerella muscicola
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Fremyella diplosiphon
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Leptolyngbya boryana PCC 6306
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp.
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 6720
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 7107
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 7121
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 73102
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 7416
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nostoc sp. PCC 7524
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Phaeodactylum tricornutum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plectonema boryanum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Spirulina platensis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Synechococcus sp. NKBG 042902
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Synechococcus sp. PCC 6301
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Synechococcus sp. PCC 7002
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Synechococcus sp. PCC 7942
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Synechocystis sp. PCC 6803
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-01-18T00:00:00Z
primary topic: Database for Genetic Engineering of Microalgae (微細藻類遺伝子工学データベース)

文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報
type: Dataset
landing page: https://www.genome-sci.jp/tokutei2005/modules/g4_paper2/
publisher: 文科省科研費ゲノム4領域特定領域「ゲノム」
  country: 日本
  type: Organization
description: 文部科学省は、5年単位プロジェクトの4代目として、2005年4月に「特定領域研究ゲノム」をスタートさせました。このプロジェクトの研究成果情報を、カテゴリ、期間、領域、受付番号、氏名、キーワードで検索することができます。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報

木材データベース
type: Dataset
landing page: http://f030091.ffpri.affrc.go.jp/index.html
publisher: 独立行政法人森林総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 木材標本庫所蔵の顕微鏡像、表面観、さく葉標本像、採集時の画像、種名、採集情報を掲載しています。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 木材データベース

3DMET
type: Dataset
alternative: A three-dimensional-structure database of natural metabolites
landing page: http://www.3dmet.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 天然分子の三次元構造、物性値を閲覧することができます。細胞内での分子認識においては三次元構造が重要であり、特に農業分野で利用できる（農薬の設計、食品の成分分析等）天然物を中心に構成されています。簡易な入力操作で、構造や物性が類似している化合物を検索し、その構造と種々の物性値を表示します。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 3DMET

5S Ribosomal RNA Database
type: Dataset
landing page: http://biobases.ibch.poznan.pl/5SData
publisher: Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Sciences
  country: ポーランド
  type: Organization
description: 古細菌、真正細菌、真核生物の5S rRNAの塩基配列を提供しているデータベースです。二次構造や三次構造、修飾分子の情報も掲載されています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592212
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 5S Ribosomal RNA Database

ostogenesis imperfecta & Ehlers-Danlos syndrome variant databases
type: Dataset
landing page: http://www.le.ac.uk/genetics/collagen
publisher: University of Leicester Department of Genetics
  country: イギリス
  type: Organization
description: 骨形成不全症とエーラー・ダンロス症候群を引き起こすと報告されている全ての遺伝子の変異情報を収録することを目的としています。骨形成不全症では、COL1A1, COL1A2, CRTAP, FKBP10, LEPRE1, PLOD2, PPIB, SERPINH1, SP7遺伝子上に変異がみられます。ＩＩＩ型コラーゲン遺伝子COL3A1上の変異は主にエーラー・ダンロス症候群IV型を引き起こします。V型コラーゲン遺伝子COL5A1, COL5A2上の変異は古典型エーラー・ダンロス症候群を主に引き起こします。各遺伝子につき、遺伝子の基本情報、変異に関する報告数、変異配列リスト、ゲノムビューワ、OMIM、HGMD等の外部リンクなど、全てキュレートされた情報が登録されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9016532
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399846
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ostogenesis imperfecta & Ehlers-Danlos syndrome variant databases

A List of Biodiversity Websites in Japan
type: Dataset
landing page: http://protist.i.hosei.ac.jp/gbif/DB_list/index.html
publisher: 法政大学
  country: 日本
  type: Organization
description: ネット上に存在する生物多様性関連のWebサイト454件のリンク集です。各生物種ごと、あるいは標本ごとにWebページが存在し、各々について種の特徴が判別できる精細な画像と、その撮影場所、年月日、和名、学名等、デジタル標本としての記載データが付記されているサイトのみを集めています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Viruses
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: A List of Biodiversity Websites in Japan

ACLAME
type: Dataset
alternative: A CLAssification of Mobile genetic Elements
landing page: http://aclame.ulb.ac.be/
publisher: Universite Libre de Bruxelles
  country: ベルギー
  type: Organization
description: ファージゲノムやプラスミド、トランスポゾンを含む、原核生物の全ての既知の可動性遺伝因子(Mobile Genetic Elements; MGEs)の収集とクラス分けを行ったデータベースです。ゲノムや遺伝子の情報を提供するだけでなく、タンパク質や遺伝子、またはそれ以上のレベルにおいての機能的モジュールの包括的なクラス分けを目指しています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Viruses
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19933762
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18238785
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18234706
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17614261
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17482656
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17064288
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681355
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ACLAME

addgene
type: Dataset
landing page: http://www.addgene.org/
publisher: Addgene
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Addgeneは、研究者にプラスミドを分配する非営利組織です。数百の研究室と共同で、論文発表で用いた高品質なプラスミドのライブラリを収集し、プラスミドレポジトリを構築しています。プラスミドと文献をリンクさせることにより、研究者はいつでも必要とするプラスミドとそれに関連するデータを入手することができます。プラスミド寄託用のページ、プラスミド依頼用のページ、プラスミドの配列解析やベクターデータベースへのリンク、関連プロトコルを収集したページが用意されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Xenopus laevis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: addgene

Algae Resource Database
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/algae/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 藻類に関する株情報の検索、寄託情報、遺伝子情報、藻類の画像、文献情報を検索することができます。その他、株の分譲に関する情報も得ることができます。
theme: Chlorophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Algae Resource Database

Allie
type: Dataset
alternative: A Search Service for Abbreviation / Long Form
landing page: http://allie.dbcls.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健図書館(National Library of Medicine, NLM)の生物医学分野における書誌情報データベースであるMEDLINERに含まれる全ての題目と要旨を対象として、略語とその展開形を検索します。 MEDLINEは2千万件を超す書誌情報を収めており、実際の文献中に出現する領域固有の略語とその展開形を抽出するのに相応しいものとなっています。またAllie Portal (http://data.allie.dbcls.jp/) からSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクもご利用いただけます。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21498548
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Allie

Aminoacyl-tRNA synthetases database
type: Dataset
landing page: http://rose.man.poznan.pl/aars
publisher: Poznan Supercomputing and Networking Center
  country: ポーランド
  type: Organization
description: 既知のすべてのアミノアシル-tRNA合成酵素のアミノ酸配列を集積しているデータベースです。対応するアミノ酸や生物種により分類されています。X線回折やNMRで解析した三次元構造も掲載されています。アミノアシル-tRNA合成酵素はDNAから蛋白質への遺伝情報の転移を確実にする広範な酵素群です。それらはアミノ酸のtRNAへの結合を触媒し、アンチコドンのヌクレオチドトリプレットと対応するアミノ酸とをマッチングすることにより、遺伝暗号の法則を確立します。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125115
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Aminoacyl-tRNA synthetases database

Analysis of CASP8 targets and predictions
type: Dataset
landing page: http://prodata.swmed.edu/CASP8/evaluation/CASP8Home.htm
publisher: University of Texas Southwestern Medical Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: CASP8に参加したグループの予測構造と、その評価を納めたデータベースです。各グループの予測構造はPyMOLを用いて表示することができます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20157476
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Analysis of CASP8 targets and predictions

The Androgen Receptor Gene Mutations Database World Wide Web Server
type: Dataset
landing page: http://androgendb.mcgill.ca/
publisher: Lady Davis Institute for Medical Research
  country: カナダ
  type: Organization
description: アンドロゲン(男性ホルモン)受容体変異データベースです。PDFファイルによる一覧と、FileMakerPro用データベースファイルのダウンロードによりデータが得られます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10727996
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15146455
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15242343
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15705293
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399843
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22334387
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The Androgen Receptor Gene Mutations Database World Wide Web Server

AphidBase
type: Dataset
alternative: The Aphid Genome Database
landing page: http://www.aphidbase.com/aphidbase/
publisher: Institut national de la recherche agronomique
  country: フランス
  type: Organization
description: アブラムシゲノム解析コンソーシアムによる成果として、エンドウヒゲナガアブラムシのドラフト配列とアノテーションを公開しています。各種プログラムによる自動的な遺伝子予測結果に加え、着目した2000以上の遺伝子に対しては人手によるキュレーションが施されています。遺伝子モデルに対する機能アノテーションは、系統樹解析をもとにしたオーソログの予測から、ショウジョウバエのGene Ontologyを自動的に付与しています。
theme: Acyrthosiphon
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20482635
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17237053
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: AphidBase

AQUA DNABook
type: Dataset
landing page: http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒラメの遺伝地図作成に用いたマイクロサテライトマーカーと魚病診断に用いるプライマーをスポットしたDNAブックです。コイヘルペスなど病原体17種類のDNA断片と、ヒラメやマダイなどの耐病性の判定に利用できる217種類のDNA断片が収められています。DNAブックから調べたい病気のDNAを切り取って溶液に溶かし、魚から採取した試料と反応させれば、約2時間ほどで病気の有無などが診断できます。水産・海洋分野の新しいツールになることが期待されます。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: AQUA DNABook

Arabidopsis thaliana EST Index
type: Dataset
landing page: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/arabi/EST/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10907847
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Arabidopsis thaliana EST Index

Arabidopsis thaliana project
type: Dataset
landing page: http://mips.helmholtz-muenchen.de/plant/athal/
publisher: Helmholtz Zentrum Munchen
  country: ドイツ
  type: Organization
description: ドイツのシロイヌナズナゲノム解析グループのホームページです。クローンやコンティグ、遺伝子情報を公開しています。データベースMatDBでは、シロイヌナズナゲノムデータベースであるMIPS、TIGR、TAIRのアノテーションと配列データの統合情報を提供しています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Arabidopsis thaliana project

Ares lab Yeast Intron Database
type: Dataset
landing page: http://compbio.soe.ucsc.edu/yeast_introns.html
publisher: University of California, Santa Cruz
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 真核ゲノムのスプライシングパターンや制御を理解するために、酵母ORFのイントロン情報やスプライシング因子破壊株のマイクロアレイデータを蓄積しています。各エントリーには、ORF名、イントロンの数と配列、スプライシング位置、検証した文献情報、発現ヒートマップなどが含まれています。
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10734188
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12073325
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11988574
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10496214
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10024174
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Ares lab Yeast Intron Database

ARSA
type: Dataset
alternative: All-round Retrieval of Sequence and Annotation
landing page: http://arsa.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: DDBJがWWWならびにWeb APIで提供している高速なキーワード検索サービスです。国際塩基配列データベースのほか、生命科学分野の主要なデータベースに対して統合的な検索を行うことができます。SRSに代表されるような従来のキーワード検索システムでは、検索条件が複雑になるに従って加速度的に検索レスポンスが悪化したり、データ量の増加に伴ってキーワードインデックスの生成に長時間を要したりする課題がありますが、ARASAではXML型データベースエンジンShunsakuEngineを利用することにより、複合条件検索でも高速な検索を実現しています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ARSA

AS-ALPS
type: Dataset
alternative: Alternative splicing-induced ALteration of Protein Structure
landing page: http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/
publisher: 長浜バイオ大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子機能の多様化に重要な役割を果たす現象と考えられている選択的スプライシングが、タンパク質の立体構造や機能にどのような影響を与え得るかについてコンピュータにより解析した結果をまとめたデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19015123
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16872759
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: AS-ALPS

CAoGD
type: Dataset
alternative: Comprehensive Aspergillus oryzae Genome Database
landing page: http://nribf21.nrib.go.jp/CFGD/
publisher: 独立行政法人酒類総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベースです。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には、酒類総合研究所のRIB40株が使われました。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができます。
theme: Aspergillus oryzae RIB40
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: CAoGD

ASSETs
type: Dataset
alternative: Alternative Splicing Sequence Enriched Tags
landing page: http://genome.gsc.riken.jp/splicing/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 二つのマウス細胞株（メラノサイト、メラノーマ）由来の完全長cDNA ライブラリから選択的スプライシングライブラリ(Alternative Splicing Library: ASL)を構築し、そこから濃縮した選択的スプライシングクローン（Alternative Splicing Sequence TagS: ASSETS）の配列データを得ました。ASSETS の配列はスプライシングの上流と下流の配列を含んでいるためにマウスゲノムと配列と比較することで選択的スプライシングのパターンを知ることが可能となります。Watanuki et. al., Nature Methods (2004) のsupplementary informationです。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15782199
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ASSETs

ASTRA
type: Dataset
alternative: Alternative Splicing and Transcription Archives
landing page: http://alterna.cbrc.jp
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネについて、選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを収集したデータベースです。独自のアルゴリズムを用いて、ゲノム塩基配列とcDNA配列のマッピング結果から得られるエキソン-イントロン構造から、カセット型、5'end型等の種々の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを検出し、分類しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16500940
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16219431
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-28T00:00:00Z
primary topic: ASTRA

AtGenExpress
type: Dataset
landing page: http://atpbsmd.yokohama-cu.ac.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理化学研究所植物科学研究センターがMaxPlank研究所などと協力して、植物において初めて大規模なトランスクリプトームデータ（Affymetrixチップ1000枚以上）を収集して公開した「AtGenExpress」国際プロジェクト（2004年）の成果です。材料にはモデル植物シロイヌナズナを用い、生育段階、器官特異性、ストレス応答、ホルモン応答、栄養、光など、植物の成長と環境応答に関する基本データを網羅しています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15086809
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15806101
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17376166
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18419781
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: AtGenExpress

Atlas (ISH Data Base)
type: Dataset
landing page: http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html
publisher: 筑波大学 大学院
  country: 日本
  type: Organization
description: 細胞性粘菌 Dictyostelium discoideum AX2 株 cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridizationに基づく空間的遺伝子発現情報（画像）を収録したデータベースです。シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができます。部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができます。
theme: Dictyostelium discoideum AX2
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12796308
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15470253
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Atlas (ISH Data Base)

ATTED-II
type: Dataset
alternative: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
landing page: http://atted.jp
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: AtGenExpressに蓄積されているシロイヌナズナのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しています。遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供しています。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）で表わされます。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21217125
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18953027
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17130150
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20383554
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19767600
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19620096
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-01-17T00:00:00Z
primary topic: ATTED-II

BCBC
type: Dataset
alternative: Beta Cell Biology Consortium
landing page: http://www.betacell.org/
publisher: Beta Cell Biology Consortium
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Beta Cell Biology Consortiumは、膵臓ランゲルハンス島の発生と機能に関する理解を進展させる学際的アプローチの促進を目的としています。長期的な目標として、インスリン・デリバリーのための細胞療法の開発を掲げています。ゲノム機能解析研究のデータや、研究リソースの配布を行っています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BCBC

BeanGenes (A Phaseolus/Vigna sp. Database)
type: Dataset
landing page: http://beangenes.cws.ndsu.nodak.edu
publisher: North Dakota State University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: マメ（インゲンマメ属、ササゲ属）ゲノムデータベースへのリンク集です。※アクセス不可のページが多数みられます。
theme: Phaseolus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Vigna
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BeanGenes (A Phaseolus/Vigna sp. Database)

Biology Links
type: Dataset
landing page: http://mcb.harvard.edu/BioLinks.html
publisher: Harvard University Department of Molecular and Cellular Biology
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ハーバード大学分子細胞生物学部で公開している生物学全般に関するリンク集です。生物学の各分野や、インターネットバイオリソース、検索エンジン、データバンク、モデル生物データベースといった分類ごとに有用なリンク情報が集められています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Biology Links

Biomarker Candidates (Inferences of Novel Biomarker Candidate Functions)
type: Dataset
landing page: http://omicspace.riken.jp/Biomarker/
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: バイオマーカー候補と臨床的障害の関係から新規のバイオマーカー候補を見出すためのデータベースです。MEDLINE、OMIM、PPIs等の文献情報からバイオマーカー関連の情報をまとめています。キーワード検索が可能です。
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Biomarker Candidates (Inferences of Novel Biomarker Candidate Functions)

BioSystems
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 代謝パスウエイやシグナルパスウエイ、疾患やその他の生体内プロセスに関わる生体分子の相互作用セットを収集したデータベースです。現在は、KEGGとEcoCycデータベースのパスウエイを対象としています。各エントリーには、パスウエイ図、文献情報、遺伝子、タンパク質配列、化合物のデータが含まれています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19854944
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BioSystems

BMRB
type: Dataset
alternative: Biological Magnetic Resonance Data Bank
landing page: http://www.bmrb.wisc.edu/
publisher: University of Wisconsin System Board of Regents
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ペプチド、タンパク質、核酸のNMRデータベース。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17984079
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BMRB

BombMap
type: Dataset
alternative: Bombyx mori genome Map information system
landing page: http://sgp.dna.affrc.go.jp/BombMap/index.html
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューアにより、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-11-29T00:00:00Z
primary topic: BombMap

Bombyx Trap DataBase
type: Dataset
landing page: http://sgp.dna.affrc.go.jp/ETDB/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: エンハンサートラップ法によりカイコの新規突然変異系統を作出し、これらの系統におけるGFPレポーター発現部位情報や画像、ゲノム挿入位置情報などをまとめた新規突然変異系統データベースを構築しました。カイコゲノムデータベース（KAIKObase）との統合を行い、トランスポゾンベクターの挿入位置が染色体地図にマップされるようになりました。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19843344
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Bombyx Trap DataBase

Bookshelf
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: オンラインで利用できる生物医学関連の電子書籍を収録しています。テキスト中の引用文献はPubMedにリンクしています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Bookshelf

Breast Tumor Image Database
type: Dataset
landing page: http://breast-tumor.midb.jp/lib/chlang.php
publisher: 独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: マンモグラフィ検診の導入や診断機器の進歩により、早期乳癌の発見率は増加してきました。一方で、境界病変や非触知病変、腫瘤非形成型病変など診断に苦慮する機会も増えています。そこで、医療関係者の方々を対象として乳腺疾患の医用画像データベースを構築しています。匿名化された乳腺腫瘍の症例について、マンモグラフィ検査や超音波（エコー）検査、MRI検査の診断画像、細胞診や病理組織の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化しており、組織学的分類や年齢から検索できる症例検索、検査方法や検査画像の所見から検索できる画像検索が可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Breast Tumor Image Database

Broad Institute of MIT and Harvard
type: Dataset
landing page: http://www.broadinstitute.org/
publisher: Broad Institute of Harvard and MIT
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ブロード研究所は、マサチューセッツ工科大学（MIT）のホワイトヘッド研究所とハーバード大学のHarvard Institute of Chemistry and Cell Biology (ICCB) という遺伝子医学の二大研究所が2004年に統合改組して設立された研究機関です。ブロード研究所で開発したソフトウエアや、研究データもダウンロードできます。
theme: Achromobacter xylosoxidans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Broad Institute of MIT and Harvard

Caenorhabditis elegans WWW Server
type: Dataset
landing page: http://elegans.swmed.edu
publisher: Virginia Commonwealth University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 線虫研究に関するポータルサイト、リンク集です。最新の論文、学会情報、解析ソフトウェア、C. elegans以外の線虫を紹介するページや、主要な線虫データベース、関連サイト、各研究室へのリンク集を提供しています。
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Caenorhabditis elegans WWW Server

NCC-CIR
type: Dataset
alternative: Cancer Image Reference Database (がん診断画像レファレンスデータベース)
landing page: http://cir.ncc.go.jp/
publisher: 独立行政法人国立がん研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報委員会が作成しています。診断や症例からの検索、部位やモダリティの指定による検索が可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NCC-CIR

Cassava Full-Length cDNA Database
type: Dataset
landing page: http://amber.gsc.riken.jp/cassava/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ESTのアセンブルによって得られたキャッサバの完全長cDNAデータベースです。キーワード検索やBLAST検索が可能です。
theme: Manihot esculenta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18096061
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Cassava Full-Length cDNA Database

CDT-DB
type: Dataset
alternative: Cerebellar Development Transcriptome Database
landing page: http://www.cdtdb.brain.riken.jp/CDT/Top.jsp
publisher: 独立行政法人理化学研究所 和光研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マウス小脳の生後発達ステージにおける時空間的遺伝子発現プロファイル（トランスクリプトーム）をまとめた総合的な神経科学データベースです。データは、ディファレンシャル・ディスプレイ、RT-PCR、GeneChip、cDNAマイクロアレイ、in situハイブリダイゼーション等のゲノムワイドな解析により収集し、これらをオントロジーや文献情報などに基づいたアノテーションをつけて体系化しています。この体系的な発現データのマイニングで、これまでに知られていなかったり、解析されていなかった脳発達関連遺伝子が多く同定されました。独創的な手法で同定されたこれら新規遺伝子の機能と発現の詳細な解析は、脳発達の分子メカニズムの解明に大きく貢献するものと期待されます。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18603407
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15018818
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21243430
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CDT-DB

CGD
type: Dataset
alternative: Candida Genome Database
landing page: http://www.candidagenome.org
publisher: Stanford University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ヒト病原体であるカンジダ菌（Candida albicans）のゲノム配列や、手作業でキュレートした遺伝子、タンパク質のアノテーション情報を提供しているデータベースです。カンジダ菌の代謝パスウエイ表示や実験データ解析、文献の全文検索も行えます。
theme: Candida albicans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19808938
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19577928
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19465905
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17090582
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16879419
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608216
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22064862
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CGD

ChimerDB
type: Dataset
alternative: A Knowledgebase for fusion sequences
landing page: http://genome.ewha.ac.kr/ChimerDB/
publisher: Ewha Womans University
  country: 大韓民国
  type: Organization
description: 融合遺伝子配列のデータベースです。融合遺伝子転写産物の情報とそのevidenceの情報が登録されています。遺伝子名もしくは染色体バンド名、Domain/MotifのAccession名称で検索がかけられます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ChimerDB

Chloroplast Function Database
type: Dataset
alternative: A database of mutant phenotypes of nuclear-encoded chloroplast proteins
landing page: http://rarge.psc.riken.jp/chloroplast/
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: シロイヌナズナの葉緑体タンパク質を産生すると予想した遺伝子に、トランスポゾンまたはT-DNAを挿入して破壊したタグラインを大規模に収集し、植物体の形態変化を育成プレート上で観察・分類した結果、異常な表現型を示した変異体の原因遺伝子の情報と表現型の写真をデータベース化し、ウェブ上で自由に閲覧・検索可能にしました。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Chloroplast Function Database

CITRES
type: Dataset
alternative: Ciona Intestinalis Transgenic line RESources
landing page: http://marinebio.nbrp.jp/ciona/
publisher: 筑波大学 下田臨海実験センター
  country: 日本
  type: Organization
description: カタユウレイボヤの系統、GFP導入ベクターによる蛍光発現画像や関連文献が掲載されています。各系統種やベクターの分与申し込みも可能になっています。
theme: Ciona intestinalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CITRES

CleanEx
type: Dataset
landing page: http://cleanex.vital-it.ch/
publisher: 調査中
  country: スイス
  type: Organization
description: ヒトとマウスの遺伝子発現データを収集・整備し、実験間で比較することができるデータベースです。キーワード検索が可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681477
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CleanEx

Clone DB
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clone/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 遺伝子クローンとライブラリの統合データベースです。クローン名とライブラリ情報、末端塩基配列情報、提供者の情報を提供しています。クローンの登録も行えます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Clone DB

COGs
type: Dataset
alternative: Clusters of Orthologous Groups of proteins
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 全ゲノムにコードされているタンパク質配列の全てのオーソログを定義しているデータベースです。オーソログクラスターに含まれる生物種とタンパク質名、系統樹を収録しています。各クラスターは、個々のタンパクやパラログから構成されており、保存ドメインと一致します。前身のデータベースは「NCBI Clone Registry」です。
theme: Methanobacteriales
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9381173
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12969510
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: COGs

Comparasite
type: Dataset
alternative: Full-length cDNA Database
landing page: http://comparasite.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 7種類の寄生原虫（熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ネズミマラリア原虫2種、トキソプラズマ原虫、クリプトスポリジウム原虫、エキノコックス条虫）から全長cDNAライブラリを作成し、比較生物学的研究に利用するための比較ゲノムデータベースを作成しました。相同遺伝子群のクラスター化や、モチーフ、細胞膜貫通領域などの比較解析結果が含まれています。
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium yoelii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium vivax
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium berghei
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Toxoplasma gondii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cryptosporidium parvum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Echinococcus multilocularis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17151081
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16902086
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681428
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12703735
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Comparasite

EBI Genomes Pages
type: Dataset
landing page: http://www.ebi.ac.uk/genomes
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 完全ゲノム配列決定された生物のゲノム配列と、ゲノムにマッピングされたアノテーション情報を提供しています。
theme: Streptococcus suis SS12
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EBI Genomes Pages

ConfC
type: Dataset
alternative: Database of conformation changes in protein structures
landing page: http://mbs.cbrc.jp/ConfC/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。タンパク質の動的情報を得るには、実験もしくは分子動力学計算を行う必要がありますが、どちらも全てのタンパク質を網羅するには非常に膨大な時間と労力を必要とします。本データベースは、現在得られているタンパク質の立体構造からこの動的情報を抽出し、1）進化的構造変化、2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの3種類に分類しました。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ConfC

CDD
type: Dataset
alternative: Conserved Domain Database
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 分子進化的に保存されたタンパク質ドメインの配列アライメントとプロファイルを収録しています。Pfam、SMART、COG、PRK、TIGRFAMを情報源としています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18984618
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17135202
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15215404
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12368255
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CDD

COPE
type: Dataset
alternative: Cytokines & Cells Online Pathfinder Encyclopedia
landing page: http://www.copewithcytokines.de
publisher: 調査中
  country: ドイツ
  type: Organization
description: サイトカインと細胞に関するオンライン辞典で、全てテキストで記載されています。アルファベット別にキーワードが整理されており、情報量が多いのが特徴です。 ※アカデミア、非営利組織のみフリーアクセスが可能です。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: COPE

CREATE portal
type: Dataset
alternative: Collaboration of Regional Entities for the Advancement of Technological Excellence
landing page: https://webcreate.kazusa.or.jp/create/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されています。ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されています。（以上、InGaPデータベースについて） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されています。相互作用は検索／表示／ダウンロードできますが、表示には専用のソフトが必要になります。（以上、InCePデータベースについて）
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-11-13T00:00:00Z
primary topic: CREATE portal

CSML
type: Dataset
alternative: Cell System Markup Language
landing page: http://www.csml.org/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XMLフォーマットであるCellMLやSBML形式を包含できるよう定義されています。さらに、より厳密かつ効率的に他形式とのデータのやりとりを実現するため、CSMLは、OWL(Web Ontology Language)で記述したオントロジー言語CSO(Cell System Ontology)を利用して定義しています。CSOは、シグナル伝達経路や遺伝子制御ネットワークをダイナミクスを含めて知識表現するにおいて必須と考えられる語彙を定義しています。さらに、さまざまなアプリケーション間で視覚情報も標準化して相互にやりとりできるようにするため、CSOでは各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CSML

CyanoClust database
type: Dataset
alternative: Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids
landing page: http://cyanoclust.c.u-tokyo.ac.jp/
publisher: 東京大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェア「GCLUST」を用いて、10種のバクテリアと38種のシアノバクテリア、59種の葉緑体、1種類の有殻アメーバの全タンパク質のクラスタリングを行い、その結果を収録したデータベースです。系統プロファイリングによる検索が可能なことが特徴です。さらに、植物プロモータデータベースPPDBとの連携により、相同タンパク質のプロモータ構造を比較することができます。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cyanobacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Paulinella chromatophora
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20428314
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: CyanoClust database

Cystic Fibrosis Mutation Database
type: Dataset
landing page: http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr/app
publisher: The Hospital for Sick Children (SickKids)
  country: カナダ
  type: Organization
description: 嚢胞性線維症(CF;Cystic Fibrosis)の病因はCFTR（CF transmembrane conductance regulator、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子）遺伝子の変異にあります。このデータベースでは、嚢胞性線維症の遺伝研究のために、CFTR遺伝子の変異情報やデータを収集し、提供することを目的としています。既知のCFTR変異配列は全て収録されており、新規の変異情報をオンラインで登録することも可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Cystic Fibrosis Mutation Database

DaphniaBASE
type: Dataset
landing page: http://daphnia.nibb.ac.jp/
publisher: 自然科学研究機構 基礎生物学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: オオミジンコ（D. magna）のNIESクローンについてcDNAライブラリを作成し、EST解析を実施した結果が公開されています。クローン配列あるいはコンティグ配列、およびそれらに対するホモロジー検索の結果が利用可能です。
theme: Daphnia pulex
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16094427
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DaphniaBASE

The Journal of Biological Databases and Curation
type: Dataset
landing page: http://database.oxfordjournals.org/
publisher: Oxford University Press
  country: イギリス
  type: Organization
description: Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュレータとユーザー間の橋渡しを強化することを目的としています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The Journal of Biological Databases and Curation

Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi
type: Dataset
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/ffdb/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。 Aspergillus oryzae EST データベース：麹菌EST・ゲノム解析コンソーシアムにおいて、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為にシングルパスのシークエンスを行ないました。FastaAによる相同性検索ができます。 他にAspergillus oryzae 転写制御データベース、Aspergillus nidulans コスミドシークエンスなどがあります。
theme: Aspergillus oryzae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi

DB-SPIRE
type: Dataset
alternative: Database for Structure-based Protein Interaction Research
landing page: http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータベースとしてPROSITEとBLOCKSの2種類を用い、タンパク質立体構造データベースとしてProtein Data Bank (PDB)を用いています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DB-SPIRE

dbCFC
type: Dataset
alternative: Cytokine Family Database
landing page: http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp
publisher: 熊本大学 大学院医学教育部
  country: 日本
  type: Organization
description: NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報として、各種公開データベースのリンクが記載されています。現在は提供を終了しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbCFC

dbEST
type: Dataset
alternative: Expressed Sequence Tags database
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 各生物種のEST情報が得られる世界最大規模のESTレポジトリです。データの登録も可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8401577
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbEST

dbGaP
type: Dataset
alternative: Genotypes and Phenotypes
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ゲノムワイド関連解析(GWAS)、メディカルシーケンシング、分子診断アッセイを含む、遺伝子型と表現型の関連研究のアーカイブです。登録されているデータセットは、公開データとコントロールデータに分けられており、コントロールデータを入手する場合は申請手続きが必要です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: dbGaP

DBH2H
type: Dataset
alternative: Head-to-head Gene Database
landing page: http://lifecenter.sgst.cn/h2h/
publisher: Shanghai Center for Bioinformation Technology
  country: 中国
  type: Organization
description: ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグのhead-to-head (h2h)遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグにおいて、h2h遺伝子のペアは転写開始点が1kb以内に存在することが知られています。H2h領域では、CpGアイランドやSNPs、転写因子結合サイトなどの配列的特徴が見出されています。さらに、h2hペア遺伝子は、発現や機能に相関性が見られます。このデータベースでは、h2h遺伝子ペアについて、プロモーター領域に存在するCpGアイランドやSNPの情報、遺伝子発現の相関、OMIMやGene Onotology、KEGG由来の機能情報を提供しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Fugu rubripes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16839196
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DBH2H

DBSB
type: Dataset
alternative: DataBase for Systems Biology
landing page: http://sirius.cdb.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 神戸研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: DBSBはゲノムワイドな情報を利用した複雑な生命現象を解析するためのプラットフォームを提供します。サーカディアンリズムとホメオスタシス、細胞周期と細胞分裂、組織特性と区別、光応答とシグナル伝達などが重点分野ですが、これらに限らず広い分野に渡っています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12152080
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15665827
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11854264
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11403560
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12151263
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DBSB

dbSTS
type: Dataset
alternative: database of Sequence Tagged Sites
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Sequence Tagged Site(STS)を収録したデータベースです。STSはゲノムの位置を特定できる短い（約200-500bp）配列です。ゲノムの物理地図を作成する際の目印になります。dbSTSに登録されている配列はFTPサイトから入手できます。
theme: Triticum turgidum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/2781285
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dbSTS

DGSP
type: Dataset
alternative: DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT
landing page: http://gsdb.biol.se.tmu.ac.jp/~dclust/
publisher: 首都大学東京
  country: 日本
  type: Organization
description: ショウジョウバエのGSベクター挿入系統データベースです。個々の系統の情報やベクター隣接配列、GAL4存在下で強制発現される遺伝子および表現型情報が登録されています。 GS系統番号、遺伝子名、染色体領域名で検索可能です。
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9927464
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DGSP

Dicty_cDB
type: Dataset
alternative: Dictyostelium cDNA Database
landing page: http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/cDNA/database.html
publisher: 筑波大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。本データベースは、細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果です。
theme: Dictyostelium discoideum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11911458
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Dicty_cDB

dictyBase
type: Dataset
landing page: http://dictybase.org/
publisher: Northwestern University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 細胞性粘菌研究の総合サイトです。ゲノムや遺伝子情報、学会情報、実験プロトコル、解析ツール等の提供と、株の配布を行っています。
theme: Dictyostelium discoideum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Dictyostelium purpureum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21087999
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18974179
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381903
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16957284
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681427
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: dictyBase

DiProDB
type: Dataset
alternative: Dinucleotide Property Database
landing page: http://diprodb.fli-leibniz.de
publisher: Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research
  country: ドイツ
  type: Organization
description: DNAやRNAのジヌクレオチド配列の熱力学的特性や立体配座特性を収集したデータベースです。Twist, Bend, Roll(DNA-protein complex), Slide (DNA-protein complex)など125の特性について、全ジヌクレオチドの値と、報告された文献や核酸のタイプ等が表示されます。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18805906
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DiProDB

Distribution of Human cDNA Clones
type: Dataset
landing page: http://www.nbrc.nite.go.jp/hflcdna/cgi-bin/Clone_Search.cgi
publisher: 独立行政法人製品評価技術基盤機構
  country: 日本
  type: Organization
description: NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード検索、BLAST検索により、ヒトcDNAの検索を行ない、希望のクローンが分譲対象になっていた場合、入手することが可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Distribution of Human cDNA Clones

DJI
type: Dataset
alternative: Dictionary of Japanese Insect Names
landing page: http://konchudb.agr.agr.kyushu-u.ac.jp/dji/index-j.html
publisher: 九州大学 大学院農学研究院
  country: 日本
  type: Organization
description: 日本産の全昆虫について、和名または学名を入力することによって、その文字列を含む昆虫のリストを学名と和名で表示する辞書です。
theme: Hexapoda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DJI

Pyrococcus DNABook
type: Dataset
landing page: http://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/VIEW/Book_Top.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 超好熱古細菌のDNAを収録したDNAブックです。
theme: Pyrococcus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Pyrococcus DNABook

DPInteract
type: Dataset
landing page: http://arep.med.harvard.edu/dpinteract
publisher: Harvard University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベースです。大腸菌の55種類のDNA結合タンパク質と結合サイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されています。 ※各遺伝子の詳細ページが表示されません。
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DPInteract

Dr. Zompo (Data Repository for Seagrass ESTs including: Posidonia oceanica, Zostera marina)
type: Dataset
landing page: http://drzompo.uni-muenster.de/
publisher: University of Munster
  country: ドイツ
  type: Organization
description: 2種類の海藻（地中海ポシドニア、アマモ）のEST配列を提供しているデータベースです。地中海ポシドニア9,412配列(3,387遺伝子）、およびアマモ5,185配列（1,219遺伝子）が収録されています。各エントリーには、Swiss-Protの相同性検索結果、Gene OntologyやPfam、KEGG検索結果、配列情報等が含まれています。
theme: Posidonia oceanica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Zostera marina
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20157482
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18239962
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21226908
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Dr. Zompo (Data Repository for Seagrass ESTs including: Posidonia oceanica, Zostera marina)

DTA
type: Dataset
alternative: DDBJ Trace Archive
landing page: http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dta/index.shtml
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNAクロマトグラム、決定した配列、クオリティ値のアーカイブです。 DTA は International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) のメンバーであり、NCBI Trace Archive と EBI Trace Archive との国際協力の下、データを収集しています。 DTA に登録されたデータは NCBI Trace Archive にアップロードされます。公開されたデータは Trace Archive で検索、取得することができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22110025
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: DTA

EBI
type: Dataset
alternative: European Bioinformatics Institute
landing page: http://www.ebi.ac.uk
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子生物学研究所）の一部門で、1992年に設立されました。バイオインフォマティクス研究の推進、フリーで入手可能なデータやバイオインフォマティクスサービスの整備と提供、教育活動等を目的としています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19934258
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EBI

Ecgene
type: Dataset
alternative: Genome Annotation for Alternative Splicing
landing page: http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/
publisher: Ewha Womans University
  country: 大韓民国
  type: Organization
description: 選択的スプライシングを考慮した遺伝子推定プログラムECgeneをゲノムに適用してアノテーションしたデータベースです。生物種はヒト、マウス、ラットを対象としています。遺伝子を示すビューワーと詳細情報として、転写産物、ドメイン、モチーフ、遺伝子発現情報を閲覧可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Ecgene

ECRbase
type: Dataset
landing page: http://ecrbase.dcode.org/
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 脊椎動物ゲノム間の進化的保存領域、RefSeqとUCSC既知遺伝子のプロモーター領域、ゲノム間のシンテニー、プロモーター領域および進化的保存領域の転写因子結合サイトについて、ダウンロード形式でファイルを提供しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Didelphidae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Xenopus tropicalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Fugu rubripes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Tetraodon
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17090579
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ECRbase

EMGLib
type: Dataset
alternative: Enhanced Microbial Genomes Library
landing page: http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
publisher: Universite Claude Bernard Lyon 1
  country: フランス
  type: Organization
description: 原核生物（真正細菌、古細菌）と酵母の完全ゲノム配列を提供しています。GenBankやEMBL、RefSeqなどのデータベース名を選択し、キーワードや配列名、アクセッション番号で検索します。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ascomycota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592183
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EMGLib

ENA
type: Dataset
alternative: European Nucleotide Archive
landing page: http://www.ebi.ac.uk/ena/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20972220
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ENA

EnsemblBacteria
type: Dataset
landing page: http://bacteria.ensembl.org/index.html
publisher: Ensembl Project
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム解読された真正細菌、古細菌を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Viruses
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19884133
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EnsemblBacteria

EnsemblFungi
type: Dataset
landing page: http://fungi.ensembl.org/index.html
publisher: Ensembl Project
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム解読された菌類を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
theme: Fungi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19884133
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EnsemblFungi

EnsemblMetazoa
type: Dataset
landing page: http://metazoa.ensembl.org/index.html
publisher: Ensembl Project
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム解読された無脊椎動物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
theme: Diptera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nematoda
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chelicerata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hemiptera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Phthiraptera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19884133
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EnsemblMetazoa

EnsemblPlants
type: Dataset
landing page: http://plants.ensembl.org/index.html
publisher: Ensembl Project
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム解読された植物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19884133
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EnsemblPlants

EnsemblProtists
type: Dataset
landing page: http://protists.ensembl.org/index.html
publisher: Ensembl Project
  country: イギリス
  type: Organization
description: ゲノム解読された原生生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
theme: Dictyostelium discoideum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Plasmodium falciparum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19884133
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-11-26T00:00:00Z
primary topic: EnsemblProtists

EPD
type: Dataset
alternative: The Eukaryotic Promoter Database
landing page: http://epd.vital-it.ch/
publisher: Swiss Institute of Bioinformatics
  country: スイス
  type: Organization
description: 転写開始点が決定されている真核生物のポリメラーゼIIプロモーターについての注釈付きデータベースです。各エントリーの注釈には、転写開始部位のマッピング実験に関する記述、外部データベースへのリンク、文献情報などが含まれています。配列比較用として、意味のあるプロモーターサブセットの動的抽出が容易となるように設計されています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381980
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681364
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752326
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592254
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847211
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399872
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EPD

EpoDB
type: Dataset
alternative: Erythropoiesis database
landing page: http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/release/version_2.2/epodb.html
publisher: University of Pennsylvania
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 脊椎動物の赤血球細胞（赤血球産生）関連遺伝子を収集したデータベースです。各エントリーにはDNA配列、構造、タンパク情報、遺伝子発現情報、転写因子結合サイトが含まれています。 ※現在、検索時にInternal Server Errorとなり、検索結果が表示されません。
theme: Vertebrata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EpoDB

eSOL
type: Dataset
alternative: Solubility database of all E.coli proteins
landing page: http://www.tanpaku.org/tp-esol/index.php
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の実験結果を検索することができます。全データのダウンロードも可能です。
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19251648
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22615364
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11479568
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: eSOL

EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: GenBankに登録されている、転写産物の一部の短い配列（EST）を収集したデータベースです。各エントリーにつき、EST名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます。
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)

ESTHER
type: Dataset
alternative: ESTerases and alpha/beta Hydrolase Enzymes and Relatives
landing page: http://bioweb.ensam.inra.fr/ESTHER/general
publisher: Institut national de la recherche agronomique
  country: フランス
  type: Organization
description: α/β‐ヒドロラーゼ折畳みスーパーファミリーのデータベースです。タンパク質のα/β‐ヒドロラーゼ折畳みは、α/β/αサンドイッチ構造を形成する5～8本鎖のβシートコアによって特徴づけられます。共通の祖先から派生したスーパーファミリーのメンバーは、広範囲の基質特異性をもつ加水分解酵素や、触媒活性を持たない他のタンパク質に分かれました。ESTHERデータベースは、スーパーファミリーの遺伝子やタンパク質の配列、生化学的、薬理学的、構造的データに関する全ての情報を論文から収集し、注釈をつけています。これらの情報を連結してファミリー内における構造-機能の関係性を示したり、ファミリーのメンバーと関連のあるヒト疾患情報も提供しています。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681380
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21933125
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ESTHER

Evola
type: Dataset
alternative: Evolutionary annotation database
landing page: http://www.h-invitational.jp/evola/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリアントを比較することもできます。EvolaへはH-InvDBの各所にある「evola_icon（樹木アイコン）」からアクセスできます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Equus caballus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Monodelphis domestica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Tetraodon nigroviridis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Takifugu rubripes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pongo pygmaeus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17982176
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-28T00:00:00Z
primary topic: Evola

Evolutionary Trace Server
type: Dataset
landing page: http://pdbjets.protein.osaka-u.ac.jp/
publisher: 大阪大学 蛋白質研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: アミノ酸配列をクエリとし、Blast検索、マルチプルアライメント、と順次ET法の各過程を実行し、最終的に予測した保存部位を立体構造上に表示します。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16809388
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Evolutionary Trace Server

FABA2
type: Dataset
alternative: Four-dimensional Ascidian Body Atlas Ver.2
landing page: http://chordate.bpni.bio.keio.ac.jp/faba2/2.2/ja/top.html
publisher: 慶應義塾大学
  country: 日本
  type: Organization
description: カタユウレイボヤの孵化後の細胞の時空間的形態変化を明らかにし、網羅的発生ステージ表を作製することを目的に、後期の各発生ステージ（受精後17.5時間幼生～受精後7日幼若体）に対応する形態の3次元画像および断面画像を取得しました。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することで得られたものです。
theme: Ciona intestinalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17557317
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FABA2

FANTOM3
type: Dataset
alternative: Functional Annotation of Mouse 3
landing page: http://fantom3.gsc.riken.jp
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16645617
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16141072
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16141073
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FANTOM3

FANTOM4
type: Dataset
alternative: Functional Annotation of the Mammalian Genome
landing page: http://fantom.gsc.riken.jp/4/index.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20211142
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19377474
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19377478
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19377475
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FANTOM4

Flavonoid Database
type: Dataset
landing page: http://metabolomics.jp/wiki/Category:FL
publisher: 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
  country: 日本
  type: Organization
description: 様々な植物種で同定されたフラボノイドを報告した文献を集めたデータベースです。物質、植物種、文献 という3つの名前空間で構成されます。現在、6918フラボノイド構造、3655植物種、5006件の文献に基づく 19937物質：生物種の対応関係が登録されています。検索機能として、化合物検索、著者や雑誌の検索、構造検索が用意されています。食品情報も提供されています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Flavonoid Database

FLJ Human cDNA Database
type: Dataset
landing page: http://flj.lifesciencedb.jp/top/
publisher: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 転写開始点の多様性やスプラシシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万～2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予測されています。この多様性は転写開始点とスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。このデータベースは、経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られたFLJ完全長cDNA配列、FLJ完全長cDNA配列の5'-EST、公開ヒトcDNA配列、ヒトゲノム配列などを用いて構築されました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20728443
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22140100
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19880432
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19073703
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19054851
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16344560
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16303743
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14702039
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11808872
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11853313
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11375929
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11337467
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11700583
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10756096
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FLJ Human cDNA Database

Fluorome
type: Dataset
alternative: The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Database
landing page: http://www.photosynthesis.jp/fluorome/
publisher: 早稲田大学 教育学部
  country: 日本
  type: Organization
description: 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。シアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803の約500の変異株のデータが収録されています。各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。
theme: Synechocystis sp. PCC 6803
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17284470
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Fluorome

fRNAdb
type: Dataset
alternative: Functional RNA Database
landing page: http://www.ncrna.org/frnadb/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 経済産業省「機能性RNAプロジェクト」の成果であるデータベース群のポータルサイト「ncRNA.org」の中のデータベースです。ncRNAの配列、構造、遺伝子発現情報をまとめています。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17099231
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16683036
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16185827
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381832
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608158
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520045
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17145715
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381836
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17099226
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18948287
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: fRNAdb

FUGU GENOME PROJECT
type: Dataset
landing page: http://www.fugu-sg.org/
publisher: Institute of Molecular and Cell Biology
  country: シンガポール
  type: Organization
description: フグのゲノム情報を提供しています。このサイトでは各アセンブルデータに対するBLAST機能やアセンブルされた配列情報のダウンロード、GenomeBrowserを使用することができます。
theme: Takifugu rubripes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: FUGU GENOME PROJECT

Full-Anopheles
type: Dataset
alternative: Anopheles Full-length cDNA database
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_ag_ajax.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機能していません。
theme: Anopheles stephensi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Anopheles

Full-Babesia
type: Dataset
alternative: Babesia Full-length cDNA database
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_bb_ajax.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。
theme: Babesia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Babesia

Full-Cryptosporidium
type: Dataset
alternative: Cryptosporidium Full-Length cDNA Database
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_cp_ajax.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページでは配列情報がFASTA形式で取得できます。
theme: Cryptosporidium parvum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Cryptosporidium

Full-Echinococcosis
type: Dataset
alternative: Echinococcosis Full-length cDNA database
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_em_ajax.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSearchも使用することができ、本DBの配列と比較することが可能になっています。
theme: Echinococcus multilocularis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Echinococcosis

Full-Tsetse
type: Dataset
alternative: Tsetse Full-length cDNA database
landing page: http://fullmal.hgc.jp/index_arth.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。
theme: Glossina morsitans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Full-Tsetse

The Plant Organelles Database 2 Functional Analysis Database
type: Dataset
landing page: http://podb.nibb.ac.jp/Organellome/bin/findFunctional.php
publisher: 自然科学研究機構 基礎生物学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 植物オルガネラデーターベース第２版に含まれている４つのデータベースの一つで、植物オルガネラ研究のプロトコール集です。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21115470
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19755394
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17932059
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: The Plant Organelles Database 2 Functional Analysis Database

真菌・放射菌ギャラリー
type: Dataset
landing page: http://www.pf.chiba-u.ac.jp/gallery.html
publisher: 千葉大学 真菌医学研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。
theme: Fungi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 真菌・放射菌ギャラリー

G-compass
type: Dataset
landing page: http://h-invitational.jp/g-compass/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたorthologous なゲノム領域をグラフィカルに閲覧できます。同時に遺伝子座、リピート領域、コピー数多型領域(CNV)、哺乳類の系統で同定された超保存領域(UCE)、cis-element等の詳細なゲノム構造を見ることができ、各遺伝子座からH-InvDB のヒト遺伝子アノテーション情報を参照できます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Equus caballus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Monodelphis domestica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Tetraodon nigroviridis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19846439
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16169162
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-28T00:00:00Z
primary topic: G-compass

GALAXY
type: Dataset
alternative: Glycoanalysis by the three axes of MS and chromatography
landing page: http://www.glycoanalysis.info/galaxy2/
publisher: 名古屋市立大学 大学院薬学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄積した500種類に及ぶPA糖鎖の構造式、 ODSカラム及びアミドカラムにおける溶出位置、マススペクトロメトリーで得られるPA糖鎖の分子量、コード番号、試料糖鎖の起源、参考文献が含まれています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GALAXY

Gastrointestinal Medical Image Database (消化管医用画像データベース)
type: Dataset
landing page: http://www.midb.jp/db/jp/
publisher: 独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。独立行政法人国立病院機構九州がんセンターによって運営されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Gastrointestinal Medical Image Database (消化管医用画像データベース)

Gclust Server
type: Dataset
landing page: http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/
publisher: 東京大学 大学院総合文化研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースです。95生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づき、類似度の閾値を自動的に設定しながら相同タンパク質の分類を行います。機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため、着目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより、それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりが得られます（系統プロファイリング）。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Metazoa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Fungi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19158159
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16901089
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14571386
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Gclust Server

GEMCA
type: Dataset
alternative: Genotyping Microarray based CNV Analysis
landing page: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/CNV/gemca_details.html
publisher: 東京大学 先端科学技術研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: マイクロアレイによる遺伝子発現およびDNAコピー数解析によって、染色体およびRNAのレベルからゲノムの多様性を解明し、疾患感受性や薬剤感受性の遺伝的素因を明らかにすることを目指し、ヒトゲノム配列中のコピー数を定量するアルゴリズムを開発しました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GEMCA

Gene Expression in Tooth Database
type: Dataset
landing page: http://bite-it.helsinki.fi
publisher: University of Helsinki
  country: フィンランド
  type: Organization
description: 歯の遺伝子発現データベースには成長因子、受容体、シグナル分子などの分類で遺伝子発現情報が記録されており、その成長過程での遺伝子発現の有無についても各種実験方法で確かめられた結果がリストで掲載されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Gene Expression in Tooth Database

遺伝子発現バンク(GEO)目次
type: Dataset
landing page: http://lifesciencedb.jp/geo/
publisher: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) に登録されている遺伝子発現データの全容を俯瞰するための仕組みです。測定技術や生物種、サンプルごとにデータがまとめられ、登録件数を一覧できます。その他、国別登録データ分布や登録データ推移が地図やグラフで分かりやすく表示されます。
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 遺伝子発現バンク(GEO)目次

Gene Ontology Annotation (UniProtKB-GOA) Database
type: Dataset
landing page: http://www.ebi.ac.uk/GOA
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 本プロジェクトは高精度のGOアノテーションをUniProtKBやIPIに付加するためのものです。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18957448
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22123736
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19744993
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Gene Ontology Annotation (UniProtKB-GOA) Database

GeneDB
type: Dataset
landing page: http://www.genedb.org
publisher: Sanger Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: GeneDBはSangerInstituteの病原菌ゲノミクスの中核をなすプロジェクトです。GeneDBではタンパクの長さ、タンパク質の分子量、遺伝子の種類やGeneOntology、EC番号などでDB内の情報を検索することができます。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22116062
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GeneDB

GENIA Project
type: Dataset
landing page: http://www.nactem.ac.uk/genia/
publisher: 東京大学 大学院情報理工学系研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 科学技術分野における情報の洪水を克服するために科学者の書いた文章から有用な情報を抽出することを目的としています。現在、分子生物学論文からのタンパク質反応イベントの抽出をタスクとしたシステムと、その構築に必要なリソース（コーパス、辞書）の開発を行なっています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GENIA Project

GENIUS II
type: Dataset
landing page: http://genius.cbrc.jp
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて、全ゲノム配列が決定されている生物種の全ORFコードタンパク質を構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10195280
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10211823
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14751990
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GENIUS II

Genolevures
type: Dataset
alternative: Genomic Exploration of the Hemiascomycete Yeasts
landing page: http://www.genolevures.org/
publisher: Bordeaux Bioinformatics Center
  country: フランス
  type: Organization
description: このデータベースはアノテーション付けされたシーケンスデータや18種類のHemiascomycete Yeastの分類を提供しています。
theme: Saccharomycetes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genolevures

Genome
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 1,000以上の生物の染色体配列、コンティグ配列、UniGeneクラスター、遺伝子の染色体マッピング情報を提供しています。真正細菌、古細菌、真核生物、ウイルス、ファージ、ウイロイド、プラスミド、オルガネラの完全ゲノムやドラフトゲノムが登録されています。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Viruses
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: Genome

Genome Databases
type: Dataset
landing page: http://www.ebi.ac.uk/Databases/genomes.html
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: このページは４つのデータベースから構成されています。1)ENA Genomes Server、欧州塩基アーカイブに寄せられたすべての完全ゲノム情報にアクセスできます。2)Ensembl、EMBL-EBIとSangerInstituteが共同で運用しており、真核生物ゲノムに自動的にアノテーション付けをするシステムです。3)Ensembl Genomes、無脊椎動物に関するゲノム情報を提供しています。4)Karyn's Genomes、その他のゲノムシーケンスを提供しています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genome Databases

Genome Network Platform
type: Dataset
landing page: http://genomenetwork.nig.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 「ゲノムネットワークプロジェクト」は転写制御を中心とした生体内のネットワークを網羅的に探査し、その全容を明らかにすることを目的としています。ヒト遺伝子の転写開始点の情報、転写因子とヒトゲノム上の制御領域への結合に関する情報、転写因子を中心としたタンパク質間相互作用に関する情報に関するデータを、利用可能な形に整合化し情報プラットフォームを構築すると共に、統合的なデータベースを作成しました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genome Network Platform

BioProject (Formerly Genome Project)
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 特定の組織やコンソーシアムにより立ち上げられたゲノムプロジェクトをはじめとする生命科学分野の各種プロジェクトを単位とし、そこから産生されたデータセットをまとめたデータベースです。産生された配列データに関しては完全決定配列（ドラフト、進行中を含む）、アセンブリ、アノテーション、マッピングなどの進捗状況が含まれています。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22139929
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: BioProject (Formerly Genome Project)

Genome Project of Symbiobacterium thermophilum
type: Dataset
landing page: http://hp.brs.nihon-u.ac.jp/~projects/genome/STH/
publisher: 日本大学 大学院総合科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: Symbiobacterium thermophilum（好熱性細菌の一種）の完全長塩基配列から得られた情報（オーソログ分析の結果、パラログ分析の結果、系統樹等）を公開しています。
theme: Symbiobacterium thermophilum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15383646
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genome Project of Symbiobacterium thermophilum

GenomeAtlasDatabase
type: Dataset
landing page: http://www.cbs.dtu.dk/services/GenomeAtlas/
publisher: Center for Biological Sequence Analysis
  country: デンマーク
  type: Organization
description: 各種真正細菌の様々な情報がまとまっています。GenomeAtlas, BaseAtlas, A-DNA Atlas, Z-DNA Atlas, Structure Atlasなどがあり、たとえばGenomeAtlasではCDSやGC塩基の割合などが図で示されます。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15256401
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: GenomeAtlasDatabase

Genpac
type: Dataset
landing page: http://www.genpac-nalapro.com/
publisher: ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
  country: 日本
  type: Organization
description: ライフサイエンス専門用語辞書と高度な自然言語処理技術を用いて、MEDLINEアブストラクト内の概念（遺伝子／蛋白質、化合物、疾患、生命現象、器官、組織、細胞内器官、等）の関係情報をデータベース化したものです。アクセスにはユーザーログインが必要です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genpac

GENSAT
type: Dataset
alternative: Gene Expression Nervous System Atlas
landing page: http://www.gensat.org/about.jsp
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: マウスの中枢神経系において、数千の遺伝子がいつ、どこで発現しているか、詳細な遺伝子発現地図を作成することを目的としています。胎児15.5日、生後7日、成獣の発生3段階の細胞について、RI法によるin situ ハイブリダイゼーション画像と、BACトランスジェニックマウスの発現画像を提供しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14586460
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GENSAT

GEO Data Sets
type: Dataset
alternative: Gene Expression Omnibus
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: GEOのスタッフによって編集されています。同一のプラットフォーム、実験条件や後処理、であるサンプルを集めてエントリーを構築しておりまたGEOの種々の解析ツール(発現プロファイルやクラスタ)をエントリー中から使用することができます。
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752295
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21097893
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GEO Data Sets

GOLD
type: Dataset
alternative: Genomes Online Database v3.0
landing page: http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/index.cgi
publisher: DOE Joint Genome Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 古細菌、バクテリア、真核生物、メタゲノムの塩基配列解読に関する情報をアーカイブしているデータベースです。2011年2月現在9900種類のゲノム配列の情報が蓄積されており、1607のゲノム配列の解読が完了しています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22135293
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GOLD

GPCRDB (Information system for G protein-coupled receptors)
type: Dataset
landing page: http://www.gpcr.org/7tm
publisher: Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
  country: オランダ
  type: Organization
description: Gタンパク質共役受容体のアミノ酸配列情報を収集したデータベースです。GPCRの立体構造データ、膜貫通部位予測のデータ及び変異実験のデータ等を提供しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21045054
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GPCRDB (Information system for G protein-coupled receptors)

GRAMENE
type: Dataset
landing page: http://www.gramene.org
publisher: Cold Spring Harbor Laboratory
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: イネゲノム統合情報です。ゲノム配列や、各種の系統図、代謝経路、タンパク質、遺伝子、オントロジー、マーカー、QTLなどのカテゴリを横断して検索することが可能です。BLASTなどのツールを使用することも可能です。
theme: Poaceae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21076153
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GRAMENE

GSS
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: GenBankのGSS (Genome Survey Sequence)の配列レコードを収集したデータベースです。各エントリーにつき、GSS名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GSS

GWAS DB
type: Dataset
alternative: Genome wide association database
landing page: http://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/gwasdb/gwas_top.cgi
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: ゲノムワイド関連解析（非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたデータの管理と共有を目的として構築されたリポジトリー型のデータベースです。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19629137
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-29T00:00:00Z
primary topic: GWAS DB

GyDB
type: Dataset
alternative: Gypsy Database 2.0
landing page: http://gydb.org
publisher: La Universitat de Valencia
  label: Universidad Politecnica de Valencia
  country: スペイン
  type: Organization
description: 可動性遺伝因子(Mobile Genetic Element)に関するWikiベースのサイト構成になっており、BLAST,HMMPfam,HMMSearch,文献検索、データ送付などのメニューから構成されています。MGEに関するファミリーやドメイン情報が説明してあるページが存在します。
theme: Viruses
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21036865
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GyDB

H-DBAS
type: Dataset
alternative: Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing
landing page: http://h-invitational.jp/h-dbas/simple_search.jsp
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20433709
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19969536
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18838389
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17130147
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16914452
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15103394
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-28T00:00:00Z
primary topic: H-DBAS

HATODAS
type: Dataset
alternative: Heavy-atom Database System
landing page: http://hatodas.harima.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質のX線結晶解析に用いられる重原子誘導体の作成支援を目的としたデータベースシステムです。既知の重原子誘導体をデータベース化しており、結晶構造解析を行いたいタンパク質のアミノ酸配列を入力すると、標識物質として使える可能性の高い重原子試薬や重原子の結合サイトが出力されます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16131765
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HATODAS

血液腫瘍画像データベース (Hematological malignancy image database)
type: Dataset
landing page: http://www.midb.jp/blood_db/db.php
publisher: 独立行政法人国立病院機構 九州がんセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 多岐にわたる白血病・悪性リンパ腫の病型をWHO分類(2001)、FAB分類(1976)を基に整理し、匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄、リンパ節、末梢血の顕微鏡像および病理所見・検査所見等をアーカイブ化しています。骨髄転移性腫瘍も提示症例として掲載しています。 臨床医、臨床検査技師をはじめ医療スタッフの方々を対象にしています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: 血液腫瘍画像データベース (Hematological malignancy image database)

HERVd
type: Dataset
alternative: Human Endogenous Retrovirus Database
landing page: http://herv.img.cas.cz
publisher: Academy of Sciences of the Czech Republic
  country: チェコ
  type: Organization
description: ファミリー、染色体位置などで情報を検索することができます。また、塩基配列をBLAT,FASTAを使用して検索することも可能です。
theme: Retroviridae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752294
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681356
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HERVd

HGPD
type: Dataset
alternative: Human Gene and Protein Database
landing page: http://riodb.ibase.aist.go.jp/hgpd/cgi-bin/index.cgi
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 「タンパク質機能解析プロジェクト」及び「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」において、約2万2千個のヒト遺伝子の約70％にあたる約15,000種に対応する世界最大のヒトGatewayRエントリークローンを作製し、世界最大規模のタンパク質発現リソースを構築しました。HGPDでは、ヒトGatewayRエントリークローンの詳細情報、SDS-PAGEによる発現タンパク質情報、クローンの入手案内を掲載しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19073703
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22140100
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HGPD

GWAS Central
type: Dataset
landing page: http://www.gwascentral.org/
publisher: University of Leicester
  country: イギリス
  type: Organization
description: ヒトの遺伝子型と表現型をまとめたデータベースです。アレルや遺伝子型頻度、遺伝的関連の意味の情報を含みます。JBICが開発したデータ記述標準PaGE-OM(Phenotype and Genotype Object Model)を用いています。以前の「Human Genome Variation database of Genotype-to-Phenotype information(HGVbaseG2P)」からデータベース名が変更されました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18948288
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752345
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592273
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: GWAS Central

HHDB
type: Dataset
alternative: Hydrogen and Hydration Database
landing page: http://hhdb.jaea.go.jp/
publisher: 独立行政法人日本原子力研究開発機構
  country: 日本
  type: Organization
description: 水素及び水和水を含むタンパク質構造データをデータベース化し、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能、各種グラフを用いた統計情報閲覧機能を提供します。HHDBに登録されている水素及び水和水を含むタンパク質構造データは、中性子解析法によって得られる実測データと、X線解析法等によって得られる構造予測を含むデータです。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-11-12T00:00:00Z
primary topic: HHDB

Histone Database
type: Dataset
landing page: http://research.nhgri.nih.gov/histones
publisher: National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Histone Sequence Databaseには、各生物種のヒストンアミノ酸配列をClustalW, MUSCLEでAlignmentした結果や、ヒストンのアミノ酸配列、翻訳後修飾情報、ヒトヒストン遺伝子配列、NCBI Structure, PDBへの立体構造情報へのリンクがあります。一部情報は画像情報で提供されており、テキストベースの情報活用ができません。
theme: Vertebrata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22025671
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Histone Database

HitPredict
type: Dataset
alternative: A database of high confidence protein-protein interactions
landing page: http://hintdb.hgc.jp/htp/htp.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ハイスループットデータから予測した高信頼性のタンパク質-タンパク質相互作用を収録したデータベースです。IntAct、BIOGRID、HPRDのタンパク質相互作用情報を集結させ、アノテーションと信頼度スコアを付与しました。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち116,118件が信頼性の高い予測結果です。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名、キーワード、PubMed IDで検索できます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Escherichia coli
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Schizosaccharomyces pombe
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20947562
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15833142
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HitPredict

Homeodomain Resource
type: Dataset
landing page: http://research.nhgri.nih.gov/homeodomain/
publisher: National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ホメオドメインファミリーについて手作業でキュレートしたデータを収録しています。タンパク配列とドメイン領域の配列と、タンパク-DNA複合体の3次構造、タンパク-タンパク相互作用、DNA結合サイトの文献情報を提供しています。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Aspergillus nidulans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Aspergillus niger
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chaetomium globosum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Coccidioides immitis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Coprinopsis cinerea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Coturnix japonica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cryptococcus neoformans var. neoformans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Danio rerio
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Dictyostelium discoideum AX4
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Laccaria bicolor
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Magnaporthe grisea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mesocricetus auratus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Nematostella vectensis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Neurospora crassa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oncorhynchus tshawytscha
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Paramecium tetraurelia strain d4-2
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sclerotinia sclerotiorum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Tetrahymena thermophila SB210
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Trichomonas vaginalis G3
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Trichoplax adhaerens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ustilago maydis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Xenopus laevis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Xenopus tropicalis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20157477
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Homeodomain Resource

ヒトES細胞プロジェクト情報公開ページ
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/escell/human/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトES細胞の分与に関する規定や申請についての情報を提供しています。リソースの特性により、倫理に関する情報、その使用法の政府指針等へのリンクが提供されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ヒトES細胞プロジェクト情報公開ページ

HUMHOT
type: Dataset
alternative: Human Meiotic Recombination Hot Spots
landing page: http://www.jncasr.ac.in/humhot/
publisher: Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research
  country: インド
  type: Organization
description: 減数分裂時に相同組み換えが起こりやすい場所 (HotSpot)に関するデータを集めています。情報は文献等から取得しており、HotSpot名や染色体番号で検索することができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381857
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: HUMHOT

iCOD
type: Dataset
alternative: Integrated Clinical Omics Database
landing page: http://omics.tmd.ac.jp/icod/portal/top.do
publisher: 東京医科歯科大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 医療への応用に向けたゲノム、プロテオームなどの分子情報の成果をこれまでの臨床・病理情報や環境情報と関連づけ、新たな臨床医学として体系化するためのデータベースを目指しています。2005年より収集したがん症例について、臨床・病理情報、環境情報および分子情報を利用し、研究デザインに沿った統計解析、症例ごとの病態像について固体レベルから、組織レベル、細胞レベルに至るまで、横断的に視覚化するための情報を統合しています。 「症例一覧」「臨床オミックス解析」「遺伝子検索」の３つのメニューがあります。 「症例一覧」とは、2005年より東京医科歯科大学医学部附属病院および本プロジェクトの協力機関にて、研究の同意を得た患者様より頂いた臨床・病理・環境データを元にデータベースを作成しています。主に癌を対象とするいくつかの組織に関して、背景（病歴、生活歴等）、検査所見（血液、尿、画像検査の結果）、病理所見、治療、予後といった情報を多く、網羅的に掲載しています。個人が特定されないための匿名化および個人の特定情報については掲載していません。また、癌細胞における遺伝子発現情報、検体情報についても合わせて掲載しています。 「臨床オミックス解析」とは、臨床、病理、分子の3つの情報を横断的に統計解析し、病態と遺伝子の相関を見るための解析機能のことです。二次元三層マップとは、各層（臨床層、病理層、分子層）で使用するデータの種類と計算方法を指定し、二次元マップ上に配置します。 ある層のある点を選択すると、それに該当する、別の層での位置と関係性が見えるため、それぞれの相関や関係性が視覚的に認識ことができます。また、正則化正準相関分析による、全データの統合的な表示によって、臨床・病理情報と遺伝子発現データとの相関を一度に把握することができます。 「遺伝子検索」では、疾患を選択し、遺伝子名かプローブセットIDを入力すると、対象遺伝子の正常細胞と比較した時の遺伝子発現値を検索できます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21143802
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: iCOD

IES MDS Database
type: Dataset
landing page: http://oxytricha.princeton.edu/dimorphism/database.htm
publisher: Princeton University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 繊毛虫類の配列データベースです。大核（MAC）や小核（MIC）の配列、IES（Internal Eliminating Sequences）およびMDS（macronuclear-destined sequences） の位置情報や数が登録されています。生物名もしくはタンパク質名で検索をかけます。
theme: Sterkiella histriomuscorum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oxytricha fallax
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14751966
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15552058
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15258807
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IES MDS Database

IGTC
type: Dataset
alternative: International Gene Trap Consortium
landing page: http://www.genetrap.org/
publisher: International Gene Trap Consortium
description: 利用可能な遺伝子トラッピング用細胞株の情報を提供しているサイトです。Accession Number、ID、キーワード、配列データ組織発現プロファイル情報や生物学的経路で検索することが可能です。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381950
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IGTC

IMSR
type: Dataset
alternative: the Internatinal Mouse Strain Resource
landing page: http://www.findmice.org/
publisher: The Jackson Laboratory, Medical Research Council
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: マウスの種類や提供情報をまとめたデータベースです。系統名や系統種、試料の形態、遺伝子名や変異の種類、染色体番号、その他、マウス試料の提供元の場所で検索することが可能です。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15619965
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10098412
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IMSR

InBase (The Intein Database and Registry)
type: Dataset
landing page: http://www.neb.com/neb/inteins.html
publisher: New England Biolabs Inc.
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: インテイン（タンパク質分子の一部分で、自動的に切除され、残った部分（エクステイン）がペプチド結合で再結合される（「タンパク質スプライシング」）ようなもの）に関する公開・非公開の情報をまとめたものです。比較表や各インテインに関する詳細情報、網羅的な文献情報を提供しています。また、インテインに特化したBLASTサービスも提供しており新しいインテインを同定するのに役立てられます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752343
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: InBase (The Intein Database and Registry)

Info-PubMed
type: Dataset
landing page: http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/info-pubmed/
publisher: 東京大学 大学院情報理工学系研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: PubMedに収録された文献情報（アブストラクト）からキーワードの共起やその関係性を機械的に抽出することによって得られたタンパク質間相互作用、遺伝子と疾病関連性を検索することができます。画面の操作性が優れており、流れるように操作できるのが特徴です。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Info-PubMed

IntAct
type: Dataset
landing page: http://www.ebi.ac.uk/intact/main.xhtml
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: IntActはオープンソースの分子間相互作用のデータベースとツールキットで構成されています。データは文献から取得したり、専門家によって蓄積されたデータから構成されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19850723
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22121220
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IntAct

IntEnz
type: Dataset
alternative: Integrated relational Enzyme database
landing page: http://www.ebi.ac.uk/intenz/index.jsp
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: IntEnzは酵素命名規則にフォーカスした自由に使用可能な情報源です。IntEnzにはIUBMBの命名規則委員会の提言が含まれています。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681451
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IntEnz

International HapMap Project (国際HapMap計画)
type: Dataset
landing page: http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.ja
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 国際 HapMap 計画は、ヒトにおける遺伝的多型パターンを明らかにし、病気や薬に対する反応性に関わる遺伝子を発見するための基盤を整備するプロジェクトです。この計画は、カナダ、中国、日本、ナイジェリア、英国、米国の科学者と各国政府、財団などの協力により行われています。 「Generic Genome Browser」では、プロジェクトのデータを閲覧することができます。染色体上のある領域について、遺伝子型およびアレル頻度のデータや、それ以外のゲノム情報を同時にみることができます。 染色体の１つをまるごとブラウズすることもできます。 「データ全体のダウンロード」では、現在公開されている遺伝子型のデータ、SNPリスト、連鎖不平衡に関する数値、各SNPのアレル頻度と遺伝子型頻度、タイピング詳細情報、サンプル詳細情報などを取得することができます。遺伝子型データを取得するにはID登録が必要です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: International HapMap Project (国際HapMap計画)

IS FINDER
type: Dataset
landing page: http://www-is.biotoul.fr/
publisher: Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaire
  country: フランス
  type: Organization
description: 古細菌や真正細菌から単離された転位因子配列情報を提供しています。名前、長さ、起源、ファミリー名などで検索することが可能で、BLAST検索も使用することができます。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381877
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IS FINDER

IUBMB Nomenclature
type: Dataset
alternative: INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
landing page: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb
publisher: University of London
  country: イギリス
  type: Organization
description: IUBMB、IUPACの命名規則に関する情報を提供しています。文書全体をWeb上で閲覧できるように変換しており、見やすいように修正を加えています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: IUBMB Nomenclature

J-GLOBAL
type: Dataset
alternative: 科学技術総合リンクセンター
landing page: http://jglobal.jst.go.jp/
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構
  country: 日本
  type: Organization
description: J-GLOBALには研究開発によく出現する情報を基本情報として登録しています。これらの基本情報同士をJSTが長年培ってきたノウハウを駆使して有機的につなぎ、異分野の知や意外な発見などを支援する新しいサービスです。登録対象としている基本情報は、研究者、文献、特許、研究課題、大学・研究所、科学技術用語、化学物質、遺伝子、資料、です。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: J-GLOBAL

J. Craig Venter Institute
type: Dataset
landing page: http://www.jcvi.org/
publisher: J. Craig Venter Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: J. Craig Venter Instituteのホームページです。下記2つのグループのサイトにデータベースがあります。 ・Genomic Medicineグループ The Microbial Protein Interaction Database（MPIDB）：全ての既知の物理的微生物相互作用の情報を提供しています。検索はタンパク質名や種名で実行可能です。 ・Plant Genomicsグループ Castor Bean Database：トウゴマを対象に全ゲノムアセンブリとアノテーションした結果が登録されています。ゲノムブラウザの閲覧、blast検索が可能です。 Medicago truncatula Database：タルウマゴヤシの全ゲノム、EST、BAC末端配列のデータベースです。発現情報や変異情報も含まれています。ゲノムブラウザの閲覧、blast検索が可能です。 Rice Database：イネゲノムアノテーションデータベースです。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: J. Craig Venter Institute

Jabion
type: Dataset
alternative: 日本語バイオポータルサイト
landing page: http://www.bioportal.jp/ja/
publisher: 情報・システム研究機構 国立情報学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ジャビオンは日本語で最新の生物学や生命科学をわかりやすく解説した総合情報サイトです。コラム、注目ニュース、用語解説、研究最前線に関する情報に加え、GenomeViewer、データベースビューア、文献検索のメニューが含まれています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Jabion

JACVSD
type: Dataset
alternative: Japan Adult Cardiovascular Surgery Database (日本成人心臓血管外科手術データベース)
landing page: http://www.jacvsd.umin.jp
publisher: 日本心臓血管外科手術データベース機構
  country: 日本
  type: Organization
description: 心臓血管外科手術を受ける患者の術前後の医学的身体状況と手術内容・結果を掲載したデータベースです。現在日本の心臓血管外科手術の結果に関する状況は全国規模では把握されておらず、どのような手術がどれくらいの危険性でなされているのか、また、手術前の状態が良好な方と重症な方とで手術の危険性にどの程度違いがあるのか、全国規模での研究はなされておりません。そこで、心臓血管外科手術を受ける患者さんの手術前の医学的身体状況と行われた手術およびその結果を調査し、これをデータベースとして情報収集し全国的に集計することにより、日本の心臓血管外科学の進歩、ひいては国民全体の福祉健康の増進に寄与することを目的としています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JACVSD

Japanese Ant Image Database (日本産アリ類画像データベース)
type: Dataset
landing page: http://ant.edb.miyakyo-u.ac.jp/J/index.html
publisher: 宮城教育大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 本データベースは、アリ類分類に関する最新の知識を主として学術研究および教育普及に役立てるために、アリ類データベース作成グループにより編纂された高品質画像を中心としたデータベースで、インターネットおよびCD-ROMで利用することができます。「アリ学入門」、「用語の解説」、「日本産アリ類の最新の分類体系」、「日本産アリ類の名前索引」、「日本のアリのタイプ標本」、「世界のアリ」などアリに関する豊富なメニューがあり、アリの専門知識がなくても使用できる幾通りもの検索方法を用意することで、一般の人にも閲覧しやすいシステムとなっています。
theme: Formicidae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Japanese Ant Image Database (日本産アリ類画像データベース)

JCGGDB
type: Dataset
alternative: Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology Database (日本糖鎖科学統合データベース)
landing page: http://jcggdb.jp/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 産総研の糖鎖遺伝子機能解析チーム、糖鎖分子情報解析チーム、レクチン応用開発チームが保有する６種類のデータベース（GMDB、LfDB、レクチンと糖鎖の相互作用プロファイリングDB、GGDB:糖鎖関連遺伝子DB、KEM-C:糖転移酵素の基質特異性に関するDB、GlycoProtDB:マウス・線虫等のN型糖タンパク質DB）を公開し、統合します。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JCGGDB

JCRB細胞バンク
type: Dataset
landing page: http://cellbank.nibio.go.jp/
publisher: 独立行政法人医薬基盤研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: JCRBが保有する培養細胞を分譲するデータベース。キーワード検索と分譲の注文に関する情報。また、細胞の培養、保存に関する啓蒙情報を提供しています。
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Felis catus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Gallus gallus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Capra hircus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cavia porcellus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Cricetulus griseus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mesocricetus auratus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Chlorocebus aethiops
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca fascicularis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca fuscata
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Macaca mulatta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Culicidae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus minutoides
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Tupaia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-13T00:00:00Z
primary topic: JCRB細胞バンク

JenaLib
type: Dataset
alternative: Jena Library of Biological Macromolecules
landing page: http://www.imb-jena.de/IMAGE.html
publisher: Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research
  country: ドイツ
  type: Organization
description: 生体高分子の立体構造情報を収録しているデータベースです。Protein Data Bank (PDB) とNucleic Acid Database (NDB)を情報源としています。対象分子はタンパク質、核酸、RNA、糖鎖、ペプタイボルで、立体構造の画像と解析情報が表示されます。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: JenaLib

KaFTom
type: Dataset
alternative: Kazusa Full-length Tomato cDNA Database
landing page: http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベースです。
theme: Solanum lycopersicum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20350329
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15975739
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KaFTom

KAIKO Proteome Database
type: Dataset
landing page: http://kaiko2ddb.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/search_2DDB.cgi
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコの2次元電気泳動（プロテオーム）情報を格納したデータベースです。組織・発生段階毎のスポット情報をキーワード検索や画像選択により参照できます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KAIKO Proteome Database

KAIKObase
type: Dataset
landing page: http://sgp.dna.affrc.go.jp/KAIKObase/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。またお手持ちの配列とカイコゲノム配列との類似性検索(BLAST)も行えます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19843344
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KAIKObase

KAIKOBLAST
type: Dataset
landing page: http://kaikoblast.dna.affrc.go.jp/
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコの塩基配列、アミノ酸配列の相同性検索(BLAST)を行うためのシステムです。お手持ちの配列とカイコ関連配列との相同性検索を行えます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KAIKOBLAST

KAIKOGAAS
type: Dataset
alternative: KAIKO Genome Automated Annotation System
landing page: http://kaikogaas.dna.affrc.go.jp
publisher: 独立行政法人農業生物資源研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: カイコゲノム配列を元にタンパク質をコードする遺伝子構造を自動予測するシステムです。予測処理では複数の解析ツール(GeneScan、FGENESH、HMMER等)の解析結果を統合して行なっています。カイコゲノム配列に対する本システムの予測結果が参照できます。またお手持ちの塩基配列に対しての予測処理もできます。
theme: Bombyx mori
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-03-08T00:00:00Z
primary topic: KAIKOGAAS

KaPPA-View 4
type: Dataset
alternative: Kazusa Plant Pathway Viewer
landing page: http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 遺伝子の発現データと代謝産物の蓄積データを、代謝経路マップ上で同時に表示することができるビューワーです。ユーザー自身のDNAマイクロアレイデータや代謝産物分析データを、インターネットブラウザを介してKaPPA-View4にアップロードすると、KaPPA-View4は、代謝経路マップ上に各遺伝子や化合物のデータを当てはめて表示します。デフォルトでは、シロイヌナズナ、イネ、ミヤコグサ、トマトに対応する約150枚の代謝マップが準備されています。ユーザーが作成した代謝マップを利用することもできます。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Solanum lycopersicum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Lotus japonicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Glycine max
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Hordeum vulgare
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Populus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Triticum aestivum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Vitis vinifera
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Zea mays
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16010003
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21097783
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KaPPA-View 4

KATANA
type: Dataset
alternative: Kazusa Arabidopsis thaliana Annotation Abstract
landing page: http://www.kazusa.or.jp/katana
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。代謝経路とGOタームを用いた高度な検索も行うことができます。
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KATANA

TogoAnnotation
type: Dataset
landing page: http://togo.annotation.jp
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ソーシャルブックマークによる文献情報集積プラットフォームです。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: TogoAnnotation

KazusaMart1.0
type: Dataset
landing page: http://mart.kazusa.or.jp/biomart/martview
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するゲノムスケールの遺伝子情報管理システムです。植物および関連微生物を対象としており、現在シアノバクテリア34生物種が公開されています。システムはBioMartを利用しています。
theme: Cyanobacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KazusaMart1.0

KCGD
type: Dataset
alternative: Kyoto Chlamydomonas Genome Database
landing page: http://chlamy.pmb.lif.kyoto-u.ac.jp/chlamybase
publisher: 京都大学 大学院生命科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 緑藻クラミドモナスのゲノムデータベースです。データベースの閲覧にはユーザIDとパスワードが必要となります。クラミドモナスは、最初に葉緑体DNAが発見された生物で、葉緑体、ミトコンドリアと核の３つのゲノムについてDNA形質転換が可能なことから、光合成、生殖、鞭毛モーターなどの遺伝子研究のモデル生物として世界中で利用されています。当研究室ではゲノムライブラリー・EST・cDNAアレイが整備されています。次世代シーケンサーを用いた大規模遺伝子発現解析も進めており、収集した発現データはKCGDから公開する予定です。
theme: Chlamydomonas reinhardtii
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KCGD

KEGG
type: Dataset
alternative: Kyoto Encyclopedia at Genes and Genomes
landing page: http://www.kegg.jp/kegg/kegg_ja.html
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: KEGGデータベースシステム全体の統括ページです。データタイプごと（PATHWAY、BRITE、DISEASE、DRUG、GENES、GENOME、COMPOUND、GLYCAN、REACTION）、生物種ごとにアクセスできます。KEGG MapperやKEGG Atlas、KASSなど各種解析ツールの実行画面にもアクセスできます。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9287494
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381885
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681412
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/24214961
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-23T00:00:00Z
primary topic: KEGG

KEGG DAS
type: Dataset
alternative: KEGG Distributed Annotation System
landing page: http://keggdas.hgc.jp
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: KEGGに含まれる全生物のゲノムマップ情報に対して、DAS（Distributed Annotation System）サービスを提供する高度ゲノムデータベースシステムです。GBrowse GUIを用いて、ウェブブラウザからグラフィカルに利用できます。DASプロトコルを用いてプログラムからの利用も可能です。 ※GBrowse2に移行のため、現在サービスを停止しています。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG DAS

KEGG GENES Database
type: Dataset
alternative: Molecular building blocks of life in the genomic space
landing page: http://www.genome.jp/kegg/genes.html
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: KEGG GENESは、全ゲノム配列が決定されたすべての生物種について、その遺伝子セットをRefSeq その他の公共データベースから自動生成し、KEGG 独自のアノテーション（KO アノテーション）を行っているデータベースです。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG GENES Database

KEGG GLYCAN
type: Dataset
alternative: Glycome informatics resource integrating genomics and chemistry
landing page: http://www.genome.jp/kegg/glycan/
publisher: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 文献で報告されている糖鎖構造と関連するパスウェイを収集したデータベースです。KEGG Pathwayとのリンクにより、糖鎖の生合成および分解反応や関連酵素の情報も得られます。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16014746
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16362924
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19327755
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15215393
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16159923
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18546491
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KEGG GLYCAN

Klotho
type: Dataset
alternative: Biochemical Compounds Declarative Database
landing page: http://www.biocheminfo.org/klotho
publisher: University of Missouri Bioinformatics Consortium
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Klothoは生物化学で始まる生物学的プロセスをモデル化しようとする試みです。このデータベースでは分子構造を検索することができます。
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Klotho

KMaiDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation autoimmune database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、自己免疫関連疾患に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMaiDB

KMbloodDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation blood database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、血液関連疾患に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMbloodDB

KMbrainDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation brain database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMbrainDB

KMcancerDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation cancer database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17233812
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMcancerDB

KMDB/MutationView
type: Dataset
alternative: Keio Mutation Databases
landing page: http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/MutationView/jsp/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM、GDB、文献より収集し、人体・臓器の模式図上への疾患遺伝子/発症疾患名のマッピング表示や、染色体上への疾患遺伝子のマッピング表示を行っています。変異による遺伝子構造の変化 (アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12762231
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125127
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592275
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMDB/MutationView

KMearDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation ear database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、聴覚障害に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMearDB

KMeyeDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation eye database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20232414
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10612828
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847228
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMeyeDB

KMheartDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation heart database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、心筋症に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMheartDB

KMmuscleDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation muscle database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、筋ジストロフィーに関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMmuscleDB

KMsyndromeDB
type: Dataset
alternative: Keio Mutation syndrome database
landing page: http://131.113.190.5/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: MutationViewのサブデータベースで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KMsyndromeDB

KNApSAcK
type: Dataset
alternative: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database
landing page: http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/
publisher: 奈良先端科学技術大学院大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKを開発し、無償で公開しています。KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22123792
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: KNApSAcK

KOP
type: Dataset
alternative: Kazusa ORFeome Project
landing page: http://www.kazusa.or.jp/kop/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒト蛋白質発現クローン（Flexi ORF clones）データベースです。ORF配列やアミノ酸配列、InterProScanの結果、transmembrane regionの予測結果、OMIM databaseの疾病遺伝子に対するホモロジー検索の結果が登録されています。遺伝子名検索やキーワード検索、ホモロジー検索が可能です。機能別に分類された一覧も用意されています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16769670
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18316326
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16769688
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: KOP

L1Base
type: Dataset
alternative: Annotation of Full-Length, Intact L1 Element
landing page: http://line1.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/l1base.php
publisher: University of Wurzburg
  country: ドイツ
  type: Organization
description: L1Baseはヒトやげっ歯類ゲノムに存在する有効と思われるL1 Insertion専門のデータベースです。２つのORFが欠損していないL1 Element配列全長、そして、欠損していないORF2と欠損しているORF1を持つL1 Element配列が含まれています。その他にも完全長を得られていないL1Element配列（6000bp以上）データも含まれています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608246
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17963496
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: L1Base

Labome.Org
type: Dataset
landing page: http://www.labome.org/
publisher: National Center for Biotechnology Information, Computer Retrieval of Information on Scientific Projects, United States Patent and Trademark Office
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: Labome.Orgは研究助成金、論文、特許、研究テーマに関連したWebページに関する情報を掲載しており、ゲノムや遺伝子、科学者や生物種を簡単に検索閲覧できるページです。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
language: etc.
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Labome.Org

LEGENDA
type: Dataset
alternative: Literature-Extracted Gene-Disease Associations
landing page: http://h-invitational.jp/legenda/top.htm
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: PubMedに登録されている文献に記載されているヒト遺伝子/タンパク質名、遺伝子機能名、疾患名、化合物名のうち、2つの用語が共起した文献を検索するシステムです。遺伝子2つのように同じタイプについても検索できます。独自の同義語辞典や共起データベースを利用しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-06-06T00:00:00Z
primary topic: LEGENDA

LSDB Archive
type: Dataset
alternative: 生命科学系データベースアーカイブ (Life Science Database Archive)
landing page: http://dbarchive.biosciencedbc.jp/
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管しています。データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にすると共に、 利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LSDB Archive

LigandBox
type: Dataset
alternative: LIGANds Data Base Open and eXtensible
landing page: http://ligandbox.protein.osaka-u.ac.jp/ligandbox/
publisher: 大阪大学 蛋白質研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 化合物の３次元分子構造と原子荷電を収集したデータベースです。KEGG DRUGデータベースを情報源としています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 薬剤/化学物質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Drug/Chemical @en
  note: 薬剤や低分子化合物などの化学物質を対象
  note: Information about chemicals such as drugs and low-molecular-weight compounds @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LigandBox

Lotus japonicus (miyakogusa) EST dataset
type: Dataset
landing page: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/lotus/EST/index.html
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: かずさDNA研究所で決定したミヤコグサのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
theme: Lotus japonicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15915647
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11089912
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15284495
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10819328
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10907852
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: Lotus japonicus (miyakogusa) EST dataset

Lowe Syndrome Mutation Database
type: Dataset
landing page: http://research.nhgri.nih.gov/lowe/
publisher: National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 先天性白内障、精神発達遅滞、尿細管性アシドーシスを主な症状とするLowe症候群を引き起こす原因となっているOCRL1遺伝子の変異に関するデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Lowe Syndrome Mutation Database

LSDB
type: Dataset
alternative: 統合ホームページ (統合データベースプロジェクト)
landing page: http://lifesciencedb.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: 文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、各種ツール、バイオNLP、教材、事業説明などを提供しています。2011年4月から一部サービス (生命科学系データベースカタログ、生命科学横断検索、生命科学系データベースアーカイブ)がJSTバイオサイエンスデータベースセンターに移行されました。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: LSDB

M Base
type: Dataset
alternative: Medaka Genome Database
landing page: http://mbase.nig.ac.jp/mbase/medaka_top.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: MEBase (メダカのESTデータベース)、MLBase (メダカの連鎖地図データベース)、MBBase (メダカの人工染色体データベース)の3種類からなっています。また、メダカに関する外部リンクも使用することができます。
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-11-22T00:00:00Z
primary topic: M Base

MachiBase
type: Dataset
alternative: A Drosophila Melanogaster 5'-end mRNA Transcription Database
landing page: http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
publisher: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: ショウジョウバエの転写開始点に関して世界最大の情報量を提供するゲノムブラウザです。ショウジョウバエの７つの組織（胚、幼虫、老/若x雄/雌, S2（培養細胞株））から収集した約2500万個の5'-end mRNA tags (25-27塩基長) 情報を公開しています。
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18842623
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MachiBase

MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum
type: Dataset
landing page: http://orca10.bio.sci.osaka-u.ac.jp/array02/
publisher: 大阪大学 大学院理学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 根粒菌Bradyrhizobium japonicumのゲノムワイドな発現比較およびCGH解析データをまとめています。１）芳香族化合物の分解過程における遺伝子発現解析結果、２）ダイズ種子抽出物と大豆由来フラボノイドGenisteinで誘導された遺伝子発現解析結果、３）バクテロイドと自由生活細胞の遺伝子発現比較結果、４）Bradyrhizobium japonicum株間におけるCGH比較結果が掲載されています。
theme: Bradyrhizobium japonicum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18511436
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum

Macrophage Curated Database Index
type: Dataset
landing page: http://gnp.hgc.jp/macrophage/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マクロファージの分化・活性化ネットワークに関する遺伝子発現情報等の大規模・総合的データから動的転写制御ネットワークを抽出し、利用するための計算戦略をイン・シリコパイプラインとして構築されています。このパイプラインを使って、マクロファージの分化・活性化に関して、分化のマスター遺伝子やクリティカルパスウェイのイン・シリコ探索及びシミュレーションによる分化・活性化の再現解析が可能です。
theme: Metazoa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Macrophage Curated Database Index

MAK type database
type: Dataset
alternative: Makino Herbarium Type Specimen Image Database
landing page: http://ameba.i.hosei.ac.jp/BIDP/MakinoCD/makino/html_j/index0.html
publisher: 首都大学東京
  country: 日本
  type: Organization
description: 日本の植物分類学の草分けともいえる故牧野富太郎博士（1862～1957）が収集した植物標本約40万点が東京都立大学（現：首都大学東京）に寄贈され、当大学理学部は「牧野標本館」を設置して、整理と保管に当たってきました。この標本は、牧野博士が”新種”として発表した植物の基準標本（タイプ標本）の一部を含み、日本のほぼ全域をカバーする標本で、明治時代の東京都内の植生の証拠としても貴重な標本です。標本館所蔵標本をデジタル化・データベース化して公開する計画の第一段階として、基準標本（タイプ標本）の画像データを含むデータベースを作成しました。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
cites as authority: 調査中
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: MAK type database

MCPA2
type: Dataset
alternative: 哺乳類頭蓋の画像データベース (Mammalian Crania Photographic Archive Second Edition)
landing page: http://macro.dokkyomed.ac.jp/mammal/jp/mammal.html
publisher: 獨協医科大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 1997年より高解像度デジタルカメラで撮影された10,956件の哺乳類頭蓋の画像集です。6方向（前面・後面・左側面・右側面・上面・下面）からの撮影は、原則として、耳眼平面[眼窩の下縁と外耳孔の上縁によって形成される平面]が水平になるように頭蓋を固定して行い、下面のみ上顎の歯列が形成する平面[骨口蓋の部分]を水平になるようにして撮影しました。 頭蓋画像は(1)系統分類一覧、(2)日本語名、(3)英語名、(4)学名 から検索することができます。各標本につき、左右前後上下方向の6つの写真（測径器付き）と、系統分類名、性別、年齢が表示されます。いくつかの種については生態写真を確認することができます。霊長類の標本には下顎骨の画像が付いています。画像および標本情報と計測値データはダウンロードが可能です。
theme: Mammalia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MCPA2

McSyBi
type: Dataset
alternative: Multi-document Clustering System for Biomedicine
landing page: http://textlens.hgc.jp/McSyBi/index.html
publisher: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
  country: 日本
  type: Organization
description: PubMed検索結果を用いた、生体臨床医学のための文献クラスタリングシステムです。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16996316
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: McSyBi

MDB
type: Dataset
alternative: Metalloprotein Database and Browser
landing page: http://metallo.scripps.edu
publisher: The Scripps Research Institute
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: MDBはProteinDatabase(PDB)に存在する構造のうち、金属イオンを含むものに関して定量的な情報を提供しています。金属イオンの種類とその個数、タンパク質立体構造の分解能でも検索することが可能です。また、タンパク質立体構造内の金属イオンとアミノ酸との距離やその個数による検索も可能です。検索方法として、Webで検索したい項目を指定するほか、SQLによる検索も可能です。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752342
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MDB

MDeR
type: Dataset
alternative: The metadata element repository in life sciences
landing page: http://mder.biosciencedbc.jp/
publisher: 独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。国際標準およびライフサイエンス分野のデータベースのメタデータ要素の定義や内容、さらにデータ記述法を収録し、データベース構築時のデータのメタデータの標準化や既存のデータベースのデータ相互の関連付けを支援するサイトです。メタデータレポジトリには、異なる標準のメタデータが登録され、統一的なデータの概念、表現、定義を提供しますので、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用が可能となります。MDeRには、ISO/IEC 11179 Part 3 (Registry metamodel and basic attributes) (ISO/IEC JTC1 SC32ホームページ、2008-03-03参照)に準拠した形でメタデータ要素が収録されています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
language: ja
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MDeR

MEDALS
type: Dataset
alternative: METI database portal for life science
landing page: http://medals.jp/
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。現在の成果物数: 108 (Database:63, Analysis tool:45)現在のプロジェクト数: 51今後もこれらの成果物が効果的に利用されることを目的に、内容を更新・追加していきます。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-22T00:00:00Z
primary topic: MEDALS

MEDIE
type: Dataset
landing page: http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/medie/
publisher: 東京大学 大学院情報理工学系研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: 自然言語処理とテキストマイニング技術をベースとし、MEDLINEアブストラクトから生物医学の関係概念を検出するための知的検索エンジンです。構文解析によって計算された意味構造を用いて、高精度かつ高速に関係概念を検索・抽出します。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: オントロジー/用語/学名/命名法
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Ontology/Terminology/Nomenclature @en
  note: 統制語彙及びオントロジーの開発や維持、もしくは分子や生物種の命名法及び目録
  note: - The development and management of controlled vocabularies and ontologies - Nomenclatures of processes, molecules and organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MEDIE

MEROPS
type: Dataset
alternative: the Peptidase Database
landing page: http://merops.sanger.ac.uk
publisher: Sanger Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: ぺプチダーゼ（プロテアーゼ、タンパク質分解酵素）とそのインヒビターの情報を収集、整備したデータベースです。約3,000件のぺプチダーゼとインヒビターが登録されており、各エントリーには、名称、ドメイン構造、ファミリーなどの分類、活性、ヒトとマウスの遺伝子情報、三次元構造、生物種ごとの配列、文献、基質など様々な情報が含まれています。MEROPSでは、分子構造を基本としたタンパク質の階層分類を採用しています。各ぺプチダーゼは、アミノ酸配列相同性を基本とするファミリーに分類し、さらに相同性を持つファミリーは、スーパーファミリーclanにグループ化しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 酵素
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Enzyme @en
  note: RNA、蛋白質のうち触媒活性をもつ分子を対象
  note: As for "Protein" and "RNA", but with a focus on catalytic molecules @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17991683
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22086950
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MEROPS

MethDB
type: Dataset
alternative: the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects
landing page: http://www.methdb.de/
publisher: MethDBチーム
description: DNAに存在するメチル化シトシンの出現頻度に関するデータベースです。HPLCやシーケンスなど様々な方法で解析されたデータが蓄積されています。このデータベースはメチル化情報を登録するために作成されているため、解析ツールは備わっていませんが、外部に有用なツールがありそれらを活用することができます。たとえば、Ensembl contig viewにMethDBの情報をMappingすることも可能です。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: 調査中
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MethDB

MGI
type: Dataset
alternative: Medaka Genome Initiative
landing page: http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/MGI2/MGI.html
publisher: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科
  country: 日本
  type: Organization
description: MGIはメダカに関する研究チームの国際的な枠組みです。メダカゲノムプロジェクトを推進するべく、効率的に研究を進め、遺伝子情報をはじめそのために必要な情報を収集し、開発するためのコミュニティーです。実質、MEPDへのリンクが有用な資源となっており、関連する組織へのリンクを得ることができます。
theme: Oryzias latipes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15602912
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MGI

MIAMI
type: Dataset
alternative: Microarray-based Integrated Analysis of Methylation by Isoschizomers
landing page: http://grc.dept.med.gunma-u.ac.jp/~gene/index.html
publisher: 群馬大学 生体調節研究所附属生体情報ゲノムリソースセンター
  country: 日本
  type: Organization
description: MIAMI法（マイクロアレイによるゲノムワイドなメチル化解析法）について詳しい実験手法を示すとともに、この手法を用いた解析により、様々な疾患とエピジェネティクスの関係の例をまとめています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MIAMI

MiBASE
type: Dataset
alternative: Micro-Tom Database
landing page: http://www.pgb.kazusa.or.jp/mibase/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: トマト品種Micro-Tomの果実由来のESTと葉由来のEST(合計125,883EST)を公開しています。公共データベースから得たトマトESTとMicro-Tom ESTと合わせ、アセンブルを行い構築した 76,276個のUNIGENEと機能アノテーション情報、マイクロアレイのデータも公開しています。
theme: Solanum lycopersicum
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20350329
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15975739
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MiBASE

miRO
type: Dataset
alternative: The miR-Ontology Database
landing page: http://ferrolab.dmi.unict.it/miro/
publisher: University of Catania
  country: イタリア
  type: Organization
description: ヒトにおけるmiRNAの表現型関連を提供するナレッジベースです。miRNA名、疾患名、遺伝子名、GOターム等で検索でき、バリデーション情報や配列、ステムループ配列、ゲノムの位置情報等を確認することができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20157481
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: miRO

MitoDat
type: Dataset
alternative: Mendelian Inheritance and the Mitochondrion
landing page: http://www.ccrnp.ncifcrf.gov/mitoDat/
publisher: Center for Cancer Research Nanobiology Program
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ミトコンドリアの生合成や機能に関わっている酵素、骨格系タンパク質やその他機能がいまだ判明していないタンパク質を規定している核遺伝子の情報を集めたものです。遺伝子名や分画で検索が可能です。また、データベースのダウンロードも可能になっています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/8740181
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MitoDat

MolMovDB
type: Dataset
alternative: The database of molecular motions
landing page: http://molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/
publisher: Yale University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: PDBファイル間の動きをモーフィングしたデータベースです。その多くはユーザの投稿データによって構成されています。また、解析ツールとして、化学的に2つの構造の補間構造を生成する"MorphServer"があり、現在RNA,DNA,複数のサブユニットからなる複合体に対応しています。その他にもへリックス構造の相互作用の解析などの立体構造解析に有用なツールがあります。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9722650
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MolMovDB

Mouse Basement Membrane Bodymap
type: Dataset
landing page: http://www.matrixome.com/bm/Home/home/home.asp
publisher: 大阪大学 蛋白質研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マウス胎仔における基底膜蛋白質42種（既知の基底膜蛋白質の約90％）の発現部位を免疫組織化学的手法を用いて網羅的に解析し、得られた染色標本のデジタル画像を収録した画像データベースです。各基底膜蛋白質に対する抗体で染色した胎生16.5日のマウス胎仔の全身標本のデジタル画像（高解像度顕微鏡写真より合成された約4GBの画像）210枚が登録されており、タンパク質ごと、組織ごとに閲覧できます。"Google Earth"と同じ感覚で、標本の任意の部位を全身レベルから１個１個の細胞レベルまで任意の倍率で観察できます。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Mouse Basement Membrane Bodymap

Mouse DNA Microarray
type: Dataset
landing page: http://www.kazusa.or.jp/DNA_Microarray/mouse/2003-B6vs129/
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 129X1/SvJとC57BL/6Jマウスの系統間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓における遺伝子発現の差をマイクロアレイで調べた結果を掲載しているデータベースです。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15029957
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: Mouse DNA Microarray

Mouse Genome Databases
type: Dataset
landing page: http://www.nervenet.org/main/dictionary.html
publisher: Neurogenetics at University of Tennessee Health Science Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 2000-2001年マウス染色体委員会の報告書、1997年のMITマイクロサテライトマップRelease15、遺伝子組み換え近交系マウスデータベース、染色体マップのテキスト情報をもとに、データを提供しています。データはExcel,TEXT,FileMaker形式で提供されており、ダウンロードして利用することが可能です。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Mouse Genome Databases

MTB Database
type: Dataset
alternative: Mouse Tumor Biology Database
landing page: http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do
publisher: The Jackson Laboratory
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 様々な要因で発生したマウスの腫瘍に関する情報を提供しています。腫瘍発生頻度、潜伏期間、系統、臓器などの様々なキーワードで検索することが可能です。病理学データも含まれており、病理組織画像や臓器の腫瘍の様子を映した写真も閲覧することができます。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11888882
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MTB Database

MusBanks
type: Dataset
alternative: A portal to worldwide mutant databases
landing page: http://omicspace.riken.jp/MusBanks/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: マウスの変異に関して、MEDLINE等の文献と世界のマウス変異データベースから情報を収集したデータベースです。キーワード検索が可能です。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MusBanks

MutationView
type: Dataset
landing page: http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mv/top
publisher: 慶應義塾大学 医学部
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトの疾患の原因遺伝子に関するデータベースです。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。例えば目の病気、心臓の病気、脳の病気というように、病気の部位ごとに関与している遺伝子の変異を調べることも出来ますし、総合的に自己免疫病や癌の原因遺伝子について調べることも出来ます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12762231
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125127
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592275
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: MutationView

ナショナルバイオリソースプロジェクト「ニホンザル」(National Bioresource Project "Japanese monkeys")
type: Dataset
landing page: http://www.macaque.nips.ac.jp/
publisher: 自然科学研究機構 生理学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 研究用サルの供給を目的としています。このプロジェクトでは、研究用サルの繁殖・飼育事業、研究用サルの供給事業、供給を通して研究者への実験動物福祉と動物実験の適正化の啓発、ニホンザルに関する種々の基礎的データの蓄積（解剖学、生理学、分子生物学、生化学、獣医学）などを目的としています。
theme: Japanese macaque
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: ナショナルバイオリソースプロジェクト「ニホンザル」(National Bioresource Project "Japanese monkeys")

National BioResource Project Bacillus subtilis
type: Dataset
landing page: http://www.shigen.nig.ac.jp/bsub/index.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 枯草菌の遺伝子破壊株の情報、寄託、分譲に関する申し込みを受け付けているサイトです。分譲の受付から発送状況まで進捗を適宜確認できるページも用意されています。
theme: Bacillus subtilis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: National BioResource Project Bacillus subtilis

NBRP ナショナルバイオリソースプロジェクト情報公開サイト
type: Dataset
landing page: http://www.nbrp.jp/localeAction.do
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: ２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイトで、ライフサイエンス研究の基礎・基盤となるバイオリソース（動物、植物等）について収集・保存・提供を行うとともに、バイオリソースの質の向上を目指し、保存技術等の開発、ゲノム等解析によるバイオリソースの付加価値向上により時代の要請に応えたバイオリソースの整備を行っています。また、バイオリソースの所在情報等を提供する情報センター機能を強化しています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP ナショナルバイオリソースプロジェクト情報公開サイト

NBRP Nenkin
type: Dataset
alternative: National BioResource Project Cellular slime molds
landing page: http://nenkin.lab.nig.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 細胞性粘菌は単細胞と多細胞の状態を行き来するユニークな生活環をもち、基礎と応用の両面から注目されているモデル生物です。筑波大学は第2期ナショナルバイオリソースプロジェクトの中核機関として細胞性粘菌の株と遺伝子リソースを整備し、リクエストに応じてそれらを国内外に提供します。
theme: Dictyosteliida
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: NBRP Nenkin

NCBI
type: Dataset
alternative: National Center for Biotechnology Information
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: NCBI（米国立バイオテクノロジー情報センター）は、NIH（米国立衛生研究所）のNLM（米国立医学図書館）の一部門として1988年に設立されたバイオインフォマティクス研究組織です。1989年にBLAST、1990年に検索システムEntrezを開発しました。現在では、NCBI内の各種データベースに対する検索を統一的なインタフェースで行えるようにしています。
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22140104
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NCBI

Genome - Genome information for rice
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome
publisher: National Institutes of Health
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: イネゲノムに関する各種情報を集約したサイトです。NCBIの情報はもとより、ゲノムシーケンスを行った各機関へのリンクやBLASTへのツールなどがあります。
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20487381
cites as authority: その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Genome - Genome information for rice

NCL Mutation and Patient Database
type: Dataset
landing page: http://www.ucl.ac.uk/ncl/mutation.shtml
publisher: University College London
  country: イギリス
  type: Organization
description: 神経セロイドリポフスチン症(NCL; Neuronal Ceroid Lipofuscinosis)に関する遺伝子変異情報を提供しているサイトです。ヒトに限らず、モデル動物に関する情報も掲載されており、公表されていないデータも取り扱われています。命名規則はHuman Genome Variation Societyに従っています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Canis lupus familiaris
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Ovis aries
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bos taurus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NCL Mutation and Patient Database

RNA Bibliography - ncRNA.org
type: Dataset
landing page: http://www.ncrna.org/rna-bibliography
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 機能性RNAプロジェクト(NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」の一部です。RNA BibliographyではRNAに関する文献情報を収集しています。キーワード検索により目的の文献の書誌情報やアブストラクトを閲覧することが可能です。
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: RNA Bibliography - ncRNA.org

Project Specific Custom Tracks - ncRNA.org
type: Dataset
landing page: http://www.ncrna.org/custom-tracks
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 機能性RNAプロジェクト (NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」の一部です。miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベースです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Drosophila melanogaster
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 調査中
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Under survey @en
  note: サイトが休止や運用を終了しているなどの理由からカテゴリの選択が難しい
  note: Difficult to assign categories for reasons such as website closures @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18440970
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Project Specific Custom Tracks - ncRNA.org

Neal's DNA Mutation Site
type: Dataset
landing page: http://www.ibiblio.org/dnam/mainpage.html
publisher: Glaxo Wellcome, Inc.
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 遺伝子導入された微生物lacI遺伝子、ヒトp53遺伝子、ヒトhprt遺伝子、遺伝子導入lacZ遺伝子の変異情報が掲載されており、その解析に使われるツールも使用することができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rodentia
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9399835
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Neal's DNA Mutation Site

Neuraminidase Structure DB
type: Dataset
landing page: http://protein.gsc.riken.jp/jp/Research/index_na.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAMS（ファムス）を用いました。インフルエンザウイルスの増殖にはウイルス由来のノイラミニダーゼと呼ばれるタンパク質が必須であり、特に全世界での新型インフルエンザの流行の可能性という緊急性から、その情報を全て公開することにしました。ノイラミニダーゼは9種類（N1～N9）の亜型に分類されますが、データベースには全種類含まれており、立体構造モデル数は1603件です。
theme: Influenza A virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Influenza B virus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16187353
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Neuraminidase Structure DB

NIJC
type: Dataset
alternative: Neuroinformatics Japan Center
landing page: http://nijc.brain.riken.jp/index.php
publisher: 独立行政法人理化学研究所 和光研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 神経情報基盤センター(Neuroinformatics Japan Center、略称：NIJC)は、OECD国際協力に基づくニューロインフォマティクス日本ノードとして、日本におけるニューロインフォマティクスの情報集積拠点となるべく、独立行政法人理化学研究所・脳科学総合研究センター内に設立されました。ニューロインフォマティクスは脳神経科学と情報科学・技術の接点であり、その目的はデータの共有、データ解析ツールの開発、脳の計算論モデルの開発などから成る新しい分野です。センターでは、脳科学に関するデータベースの構築・運用を支援するとともに、データベースやニューロインフォマティクス情報へのポータルサイトを運用し、脳科学研究の情報、ニューロインフォマティクス情報の流通基盤を整備します。また、データベース開発、データベース間連携、情報流通に関する技術開発も行います。
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: NIJC

New Natural Compounds purified in Antibiotics Lab, RIKEN
type: Dataset
landing page: http://www.npd.riken.jp/antibiotics/ja/compounds.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 理化学研究所長田抗生物質研究室で精製された新規天然化合物一覧です。化合物名、生物活性、産生生物、参考文献、化学構造が収録されています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22595423
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22052940
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22566693
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22406264
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22186593
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22360440
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22506091
cites as authority: その他多数
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: New Natural Compounds purified in Antibiotics Lab, RIKEN

NEXTDB
type: Dataset
alternative: The Nematode Expression Pattern DataBase
landing page: http://nematode.lab.nig.ac.jp/
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcDNAクローンの塩基配列、ホモロジー検索の結果が利用可能です。
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11231151
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NEXTDB

NIG Mouse Genome Database
type: Dataset
landing page: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/index.jsp
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: MSM/Ms近交系マウスに特化した染色体、遺伝子、BAC Cloneに関する情報を提供しているサイトです。このマウスは日本で樹立された系統で、研究で用いられている亜種に３種類あり、そのうちのMUSという亜種から作成された系統です。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15574823
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NIG Mouse Genome Database

NIG Mouse Phenotype Database
type: Dataset
landing page: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html
publisher: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 染色体提供としてMSM/Ms系統種、宿主系統種としてC57BL/6Jを用いconsomic（遺伝的背景が同一の）系統を作成し、それらの系統からComplex Traitに重きを置いた表現系情報を収集しており、現在も継続して進められています。
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19448335
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18256237
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15574823
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NIG Mouse Phenotype Database

Nocardia farcinica Genome Project Page
type: Dataset
landing page: http://nocardia.nih.go.jp
publisher: 厚生労働省 国立感染症研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタンパク遺伝子、リボソームRNA遺伝子、tRNA遺伝子などを閲覧できます。
theme: Nocardia farcinica
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/21097631
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19942945
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17314425
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16569850
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15466710
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Nocardia farcinica Genome Project Page

Noncoding RNA database
type: Dataset
landing page: http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA
publisher: Poznan University
  country: ポーランド
  type: Organization
description: 非コードRNAの配列と機能に関する情報を収集したデータベースです。真正細菌、古細菌、真核生物の99生物種について30,000以上の配列が登録されています。配列情報はGenBank、アノテーション情報はFANTOM3（マウス）、H-inviational Integrated Database（ヒト）、ゲノムマッピング情報はUCSCゲノムブラウザを用いています。細菌由来の低分子量細胞質RNA（scRNA）の配列とアノテーションはRfamデータベースを用いています。 本データベースにはmicroRNA、snoRNAや、rRNA、tRNA、snRNA、SPR RNAのようなハウスキーピングRNAは含まれません。
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Archaea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Noncoding RNA database

NucleaRDB
type: Dataset
alternative: information system for Nuclear Receptors
landing page: http://www.receptors.org/NR
publisher: University of California, San Francisco, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
  country: アメリカ合衆国
  country: オランダ
  type: Organization
description: 核内受容体に関する情報を提供しているサイトです。受容体タンパク質の配列情報、配列アラインメント情報、構造情報として、２次元情報やPDBへのリンク、NRSAS (Nuclear Receptor Structure Analysis Server)へのリンク、その他、変異情報や核内受容体遺伝子の染色体上における位置、受容体結合に関する情報も掲載されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125133
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: NucleaRDB

Nucleotide
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 国際塩基配列データベースであるGenBank、EMBL、DDBJ の配列データを収録しています。NCGR（National Center for Genome Resources）が提供しているゲノム配列データベース（GSDB）の配列データや、米国特許商標庁（USPTO）および他の国々の特許庁の国際的なデータベースで公開されている特許配列も含まれます。
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Nucleotide

O-GlycBase
type: Dataset
alternative: O- and C-glycosylated proteins database
landing page: http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE
publisher: Center for Biological Sequence Analysis
  country: デンマーク
  type: Organization
description: O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベースです。各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847232
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: O-GlycBase

OLIGAMI
type: Dataset
alternative: Oligomer Architecture and Molecular Interface
landing page: http://protein.t.soka.ac.jp/oligami/
publisher: 創価大学
  country: 日本
  type: Organization
description: 生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OLIGAMI

OmicBrowse
type: Dataset
landing page: http://omicspace.riken.jp/db/genome.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成されており、データサーバーは強力なデータ統合機能と豊富な拡張性を持ち、ビューアーは表示範囲に限界がないという特徴があります。データが多い場合でも統計的な指標を瞬時に計算して表示することができ、そこからキーワードで重要な遺伝子を絞り込むことにより、病気の原因遺伝子を探索するなどの作業が大幅に効率化されます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Oryza sativa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15262794
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17077097
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OmicBrowse

OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)
type: Dataset
landing page: http://omicspace.riken.jp/OmicScan/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変異、局在、薬物名等に関してキーワード検索が可能です。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Caenorhabditis elegans
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Arabidopsis thaliana
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
language: en
available: 休止

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)

OriDB
type: Dataset
alternative: DNA Replication Origin Database
landing page: http://www.oridb.org/index.php
publisher: University of Aberdeen Foresterhill
  country: イギリス
  type: Organization
description: 出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17065467
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: OriDB

PANDIT
type: Dataset
alternative: Protein and Associated Nucleotide Domains with Inferred Trees
landing page: http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/pandit/
publisher: The European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。2008年11月のアナウンスとして予算上の都合でデータベースの更新が滞っていることが示されています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381879
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PANDIT

Pathguide
type: Dataset
alternative: Pathway resource list
landing page: http://www.pathguide.org/
publisher: Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
  country: アメリカ合衆国
  country: カナダ
  type: Organization
description: 約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝パスウエイ、シグナルパスウエイ、パスウエイダイアグラム、転写因子・遺伝子制御ネットワーク、タンパク質-化合物相互作用、遺伝子相互作用ネットワーク、タンパク質配列、その他）に分類されています。
theme: Eukaryota
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Bacteria
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Viruses
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16381921
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Pathguide

病理コア画像
type: Dataset
alternative: Pathology Core Pictures
landing page: http://pathology.or.jp/corepictures2010/index.html
publisher: 社団法人日本病理学会
  country: 日本
  type: Organization
description: 主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目的の画像を閲覧することができ、さらに画像を自由にダウンロードすることも可能です (商用利用の際には申請が必要です）。現在は第２版改訂版を公開しています。以前は「病理各論コア画像 (Pathology Core Pictures)」として公開されていました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 細胞
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Cell @en
  note: 細胞の構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of cells @en
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-11-22T00:00:00Z
primary topic: 病理コア画像

PAZAR
type: Dataset
alternative: A Public Database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation
landing page: http://www.pazar.info
publisher: Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
  country: カナダ
  type: Organization
description: 転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17916232
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18971253
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PAZAR

PDB-REPRDB
type: Dataset
alternative: 代表タンパク質チェイン決定システム
landing page: http://mbs.cbrc.jp/pdbreprdb-cgi/reprdb_menuJ.pl
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins とpeptides のチェインは分類対象から除くものとします。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12520060
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11125096
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9322039
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PDB-REPRDB

PDBe
type: Dataset
alternative: Protein Data Bank Europe
landing page: http://www.ebi.ac.uk/pdbe/
publisher: European Bioinformatics Institute
  country: イギリス
  type: Organization
description: 欧州蛋白質構造データバンク（PDBe: Protein Data Bank Europe)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および日本蛋白質構造データバンク（PDBj)はと協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: 22110033:その他多数
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PDBe

PDDB
type: Dataset
alternative: Prion Disease Database
landing page: http://prion.systemsbiology.net/cgi-bin/dispatcher.cgi/Welcome/display
publisher: Institute for Systems Biology, University of Cambridge
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: プリオン病研究に特化したデータを扱っているデータベースです。このサイトではプリオン病研究を行っている研究者に、解析、データの投稿、共有を他の研究者と行うことができるようにすることを目的にしています。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20157484
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PDDB

PEDB
type: Dataset
alternative: Mammalian Promoter/Enhancer Database
landing page: http://promoter.cdb.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 神戸研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 保存されているnon-coding領域転写開始領域、転写因子結合領域の情報を統合した、哺乳類のプロモーター/エンハンサーデータベースを提供しているサイトです。Gene SymbolやRefSeqID、Functionなどのキーワードで検索することが可能で、動物種はヒト、マウス、ラットです。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Rattus norvegicus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18815372
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PEDB

PEDB
type: Dataset
alternative: Prostate Expression Database
landing page: http://www.pedb.org
publisher: Fred Hutchinson Cancer Research Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 前立腺での遺伝子発現に関するデータを集めたデータベースです。EST配列、cDNAライブラリに関する情報、マイクロアレイデータ等を提供しています。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11752298
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10592228
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/9847181
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PEDB

Peptidome - NCBI
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/peptidome
publisher: National Institutes of Health
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: タンデム型質量分析器測定で得られたペプチドやタンパク質同定データを蓄積している公共データベースです。イオン化方法や同定エンジン、修飾情報等、同定時のパラメータや生データを取得することができ、それらのキーワードを用いて実験の検索も可能です。なお現在はサイト運用を終了しており、過去のデータはftpサイト (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/peptidome/ )から取得可能です。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19942688
language: en
available: 運用終了

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Peptidome - NCBI

Petri Net Pathways
type: Dataset
landing page: http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/pnp/
publisher: 山口大学 理学部
  country: 日本
  type: Organization
description: ビジュアルな例を通して、ペトリネットによる生命パスウェイの構築方法を理解することができます。現在はシグナル伝達経路だけですが、代謝経路、遺伝子ネットワークなど追加される予定です。
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16935409
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16413544
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/16377414
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15740835
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15754404
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15939340
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15780593
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15836773
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15698951
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15992833
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15922020
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15653325
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15896972
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15686620
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15288530
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15145317
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15177036
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15356544
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15209377
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14698616
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15023437
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15249583
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14998571
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15337521
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15108807
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15219996
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15550174
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15527798
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15276015
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15084582
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15588951
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15062641
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15130563
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15102433
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14684181
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12535517
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12935885
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14534577
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12829244
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14745968
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cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14644140
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12821780
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12691603
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cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12901945
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12869586
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12620219
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12829228
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12951164
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12403768
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12829245
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12809600
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12454019
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14597384
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14644150
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12425940
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12421668
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11983154
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11854544
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12464174
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11750880
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12150926
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12242293
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12459498
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12039028
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12421671
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12110143
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12020477
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12452429
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12191611
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12412688
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12175651
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11790549
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12169433
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12024020

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-04-21T00:00:00Z
primary topic: Petri Net Pathways

PFDB
type: Dataset
alternative: Pathogenic Fungi Database (病原真菌データベース)
landing page: http://www.pfdb.net/myhtml/database_jpn.html
publisher: 帝京大学 医真菌研究センター
  country: 日本
  type: Organization
description: 病原真菌データベース(PFDB)は、病原真菌の研究と教育のために利用できる画像とデータを公開しています。データベースの内容は、起因菌別あるいは疾患別に整理した病原真菌、および病理、臨床画像をメインに構成しました。
theme: Fungi
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 個体/種
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Organism @en
  note: 個体/生物種の特徴や属性を対象
  note: Features and properties of species/individuals of organisms @en
theme: 健康/疾患
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Health/Disease @en
  note: ヒト疾患表現型、疫学、疾患の遺伝学的知見、もしくはヒト疾患モデル動物の情報、もしくは健康科学や栄養学に関する知見を対象
  note: Disease phenotypes and epidemiology, the genetic basis of disease and animal models of human disease Information about health and nutrition @en
theme: 画像/動画
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Image/Movie @en
  note: 研究や教育のための画像/動画
  note: Visual materials of research or educational value @en
language: ja
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2013-05-01T00:00:00Z
primary topic: PFDB

PicSNP
type: Dataset
alternative: A Catalog of Non-Synonymous SNP
landing page: http://plaza.umin.ac.jp/~hchang/picsnp/
publisher: 大学病院医療情報ネットワーク
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒトの非同義置換（アミノ酸置換をともなう）SNP (Non-synonymous SNP; nsSNP)を収集したデータベースです。nsSNPは遺伝子の機能に従って分類し、タンパク質機能の階層分類リストガイダンスによる検索を可能にしました。また、既知のタンパク質の活性部位およびドメインにおいてアミノ酸変化を引き起こすnsSNPに注目しました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/11549289
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PicSNP

PigGIS
type: Dataset
alternative: Pig Genomics Informatics System
landing page: http://pig.genomics.org.cn/
publisher: Beijing Genomics Institute
  country: 中国
  type: Organization
description: 配列の判明している領域における豚の遺伝子アノテーションを正確に提供しているサイトです。Sino-Danish Pig Genome Projectで得られたWGSデータ、ESTデータGenbankのデータを統合しています。配列データだけでなく、SNPデータも公開しており、さらに欠損変異を解析する"SIFT"も近日公開予定です。
theme: Sus scrofa
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17090590
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PigGIS

PiSITE
type: Dataset
alternative: Database of Protein interaction SITEs
landing page: http://pisite.hgc.jp/
publisher: 東京大学 医科学研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位を同時に考慮している点が特徴です。また副産物として、多くの異なるタンパク質と一時的な相互作用することが出来るSociable proteinのリストも提供しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18836195
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PiSITE

Plant Repeat Databases
type: Dataset
landing page: http://plantrepeats.plantbiology.msu.edu/index.html
publisher: Michigan State University
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: 12種類の植物の反復配列データベースを提供しているサイトです。各配列に含まれている反復配列は配列や構造の類似性を基にsuper-class, class, subclassに分類されています。主に塩基配列をBLASTにかけることで検索することができます。
theme: Embryophyta
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: その他のDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other DNA @en
  note: 上記に該当しないDNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of DNA, which do not fall under any categories above @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14681434
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Plant Repeat Databases

PolymiRTS
type: Dataset
alternative: Polymorphism in microRNA Target Site
landing page: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/
publisher: The University of Tennessee Health Science Center
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: microRNA(miRNA)のTargetSiteのDNA自然変異に関する情報を集めているデータベースです。miRNA Target siteの変異により、遺伝子発現に影響を及ぼすことがあります。SNPID,miRID,GeneID,GeneSymbol, Gene Description, Phenotypeなどで検索することができ、入力例も用意されています。GeneIDにいくつのmiRNAが関与していて、miRNA Target siteの変異がいくつ報告されているかという一覧も見ることができます。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: Mus musculus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22080514
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17099235
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PolymiRTS

Poplar Full-Length Clone Database Search
type: Dataset
landing page: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/poplarclone.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 筑波研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能です。
theme: Populus
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: バイオリソース
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Bioresource @en
  note: DNAクローン、細胞及び生物個体のバイオリソースやそれらの提供機関
  note: Bioresources and stock centers for DNA clones, cells and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18053163
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15653793
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Poplar Full-Length Clone Database Search

Popset
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: ある集団の進化的関係を解析するために集められたDNA配列のセットを収録しています。集団は同一生物種の個体で構成されている場合と、異なる種の個体で構成されている場合があります。各エントリーの配列セットでアライメントすることもできます。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Popset

Porphyra yezoensis (susabinori) EST dataset
type: Dataset
landing page: http://est.kazusa.or.jp/en/plant/porphyra/EST/index.html
publisher: かずさディー・エヌ・エー研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
theme: Porphyra yezoensis
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/22013916
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/10907854
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-01-24T00:00:00Z
primary topic: Porphyra yezoensis (susabinori) EST dataset

PosMed
type: Dataset
alternative: Positional MEDLINE
landing page: http://omicspace.riken.jp/PosMed/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: 任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力します。まず、最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索し、次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けします。さらに、OmicsSpace中の生体内相互作用の情報を参照してキー遺伝子に関連する遺伝子を探索し、それに対応する情報（オリジナル論文を含む）も出力します。詳細情報の表示にはOmicBrowseを使用します。
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 論文/その他報告書/書誌
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Journal article/Report/Bibliography @en
  note: 論文のレポジトリ、解説書、調査報告、プロトコル、もしくは書誌情報
  note: - Article repositories, protocols, manuals and reports of survey - Bibliographic databases @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19468046
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PosMed

PPI view
type: Dataset
alternative: Protein-Protein Interaction viewer
landing page: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/index.html
publisher: 独立行政法人産業技術総合研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割り当てを行いました。
theme: Homo sapiens
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 相互作用/パスウェイ
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Interaction/Pathway @en
  note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
  note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PPI view

PRIDE
type: Dataset
alternative: PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression
landing page: http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されています。ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されています。また、マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能です。
theme: Zinnia violacea
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRIDE

PRIGEN
type: Dataset
alternative: PRImate GENes
landing page: http://www.prigen.org
publisher: 独立行政法人医薬基盤研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: チンパンジーの脳や皮膚、上皮組織を材料に作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定、その一部の全長配列を解読しデータベース化しています。現在、14,004の5'EST配列を格納しています。
theme: Pan troglodytes
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: cDNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: cDNA配列/ライブラリーを対象
  note: cDNA sequences and libraries @en
theme: タグ配列 (核酸)
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Tag sequence (nucleic acid) @en
  note: EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象
  note: Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17574350
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15677748
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12727913
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2014-02-24T00:00:00Z
primary topic: PRIGEN

PRIMe
type: Dataset
alternative: Platform for RIKEN Metabolomics
landing page: http://prime.psc.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: PRIMeは、網羅的代謝産物解析の基盤を整備し、メタボローム研究を促進することを目的としたプロジェクトです。複数の研究機関と協力し、代謝産物測定のハイスループット化や、解析ツールの開発、データベースの構築を行い、生物の全体像の解明を目指しています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19032166
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRIMe

PRIMe - SpinAssign
type: Dataset
alternative: Platform for RIKEN Metabolomics - SpinAssign
landing page: http://prime.psc.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: メタボロミクスにおいて2次元NMRは新しいアプローチです。そのため、スペクトルの測定から物質を帰属する流れは確立されていません。SpinAssignでは、標準化合物の2次元NMRスペクトルデータベースに対し、ピーク値によって検索する手法を開発し、ウェブアプリケーションとして提供しています。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19032166
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20121204
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19030231
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17035691
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15356336
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRIMe - SpinAssign

PRIMe - Standard Spectrum Search
type: Dataset
alternative: Platform for RIKEN Metabolomics - Standard Spectrum Search
landing page: http://prime.psc.riken.jp/
publisher: 独立行政法人理化学研究所 横浜研究所
  country: 日本
  type: Organization
description: PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名またはPubChem CompoundID、KEGG ID、組成式で検索することができます。スペクトルデータは、質量分析の場合はMassBank.jp上で、NMR分析の場合はPRIMe上で閲覧することができます。
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/19032166
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PRIMe - Standard Spectrum Search

PROPHECY
type: Dataset
alternative: PROfiling of PHEnotypic Characteristics in Yeast
landing page: http://prophecy.lundberg.gu.se
publisher: Goteborgs universitet
  country: スウェーデン
  type: Organization
description: 遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間（成長を始めるまでの時間）を用いて表現系を定量化しています。
theme: Saccharomyces cerevisiae
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: その他
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Others @en
  note: いずれのカテゴリも該当しない
  note: Not under any categories @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/12489126
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/14676322
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/17148481
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: PROPHECY

Protein
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: GenBank、EMBL、DDBJの核酸配列から翻訳したコード領域のアミノ酸配列と、PIR（Protein Information Resource）、SWISS-PROT、PRF (Protein Research Foundation)、PDB (Protein Data Bank) に登録されているタンパク質配列（既知配列）を収録しています。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Protein

Protein Cluster
type: Dataset
landing page: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proteinclusters
publisher: National Center for Biotechnology Information
  country: アメリカ合衆国
  type: Organization
description: アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情報が手動で付与されます。
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 系統発生/分類
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Phylogeny/Classification @en
  note: 分子もしくは生物種間の進化学的関係や分類
  note: Evolutionary relationships and classifications of molecules and organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18940865
language: en
available: 稼動中

ja
type: CatalogRecord
language: ja
issued: 2011-12-08T00:00:00Z
modified: 2012-10-01T00:00:00Z
primary topic: Protein Cluster

Pseudomonas Genome Database V2
type: Dataset
landing page: http://www.pseudomonas.com
publisher: Simon Fraser University
  country: カナダ
  type: Organization
description: シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を閲覧することができます。ゲノムで確認されているCDS,ncRN, rRNAなどのかず、全ゲノムのタンパク質の細胞内位置なども閲覧することができます。
theme: Pseudomonas
  type: Concept
  in scheme: 生物種
theme: ゲノム
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Genome @en
  note: ゲノムの全配列や構造を対象
  note: Whole genome sequences or structures @en
theme: 遺伝子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Gene @en
  note: 遺伝子の配列、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, properties and functions of genes @en
theme: 多型
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Polymorphism @en
  note: SNPなどの多型を対象
  note: Genetic variations (SNP, etc.) @en
theme: RNA
  type: Concept
  in scheme: 対象
  note: RNAの配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of RNA @en
theme: 蛋白質
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Protein @en
  note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
  note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en
theme: その他の生体分子
  type: Concept
  in scheme: 対象
  preferred label: Other biomolecule @en
  note: DNA、RNA、蛋白質、酵素を除く生体分子の属性及び機能を対象
  note: Structures, properties and functions of biomolecules that do not fall under the categories of DNA, RNA, Protein or Enzyme (including glycan-related molecules, lipids and secondary metabolites) @en
theme: 配列
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Sequence @en
  note: 核酸配列及びアミノ酸配列
  note: Amino acid and nucleotide sequence data @en
theme: 構造
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Structure @en
  note: 生体分子/生理活性物質の化学構造及び３次元構造
  note: Chemical and three-dimensional structures of biological and biologically active molecules @en
theme: 遺伝子発現
  type: Concept
  in scheme: データの種類
  preferred label: Gene Expression @en
  note: 細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル
  note: Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms @en
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/20929876
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/18978025
cites as authority: http://identifiers.org/pubmed/15608211
language: en
available: 稼動中

蛋白質
type: Concept
in scheme: 対象
preferred label: Protein @en
note: 蛋白質の配列、構造、属性、及び機能を対象
note: Sequences, structures, properties and functions of proteins @en

相互作用/パスウェイ
type: Concept
in scheme: データの種類
preferred label: Interaction/Pathway @en
note: 分子及び細胞間の物理的相互作用や遺伝子相互作用、もしくは細胞内における一連の化学反応
note: - The physical or genetic interactions between molecules - A series of chemical reactions occuring within a cell @en